Тема: Индуцированный докинг производных 5-цианопиримидина в активном сайте EGFR-киназы
Закажите новую по вашим требованиям
Представленный материал является образцом учебного исследования, примером структуры и содержания учебного исследования по заявленной теме. Размещён исключительно в информационных и ознакомительных целях.
Workspay.ru оказывает информационные услуги по сбору, обработке и структурированию материалов в соответствии с требованиями заказчика.
Размещение материала не означает публикацию произведения впервые и не предполагает передачу исключительных авторских прав третьим лицам.
Материал не предназначен для дословной сдачи в образовательные организации и требует самостоятельной переработки с соблюдением законодательства Российской Федерации об авторском праве и принципов академической добросовестности.
Авторские права на исходные материалы принадлежат их законным правообладателям. В случае возникновения вопросов, связанных с размещённым материалом, просим направить обращение через форму обратной связи.
📋 Содержание
ВВЕДЕНИЕ 6
1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР 7
1.1. Эффективная генерация EPS с использованием моделей эластичных сетей (ENM) 11
1.2 Генерация EPS с использованием концепции лиганд-модель 11
1.3 Выбор «оптимального» EPS для докинга 12
1.4 Выбор EPS с использованием экспериментальных данных лиганда 13
1.5 Деформируемые сетки 13
1.6 Методы КМ и КМ / ММ для улучшения процесса подсчета очков в докинге 14
1.7 Методы, основанные на КМ / ММ 18
1.8 Методы линейного масштабирования и фрагментации 20
2. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ 23
3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ 44
3.1 Подготовка комбинаторной библиотеки 44
3.2 Подготовка молекулы белка 44
3.3 Молекулярный докинг 44
3.4 Индуцированный докинг 45
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 47
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ 48
📖 Введение
Поэтому возникает необходимость поиска новых ингибиторов EGFR-киназ путём осуществления молекулярного моделирования и последующего молекулярного докинга с киназой.
Производные 2-алкилсульфонил-4-амино-6-арил-5-цианопиримидина обладают высокой биологической активностью, поэтому они были выбраны для молекулярного докинга.
Цель работы:
Установить основные структурные закономерности, возникающие между базовым скаффолдом и структурой белка, с учетом конформационной подвижности для конструирования на основании полученных данных высокоаффинных лигандов.
Задачи:
1. Построение виртуальной комбинаторной библиотеки структур производных 2- алкилсульфонил-4-амино-6-арил-5-цианопиримидина;
2. Проведение индуцированного молекулярного докинга;
3. Анализ полученных результатов молекулярного докинга и оценка относительной аффинности лигандов методом MM/GBSA.
✅ Заключение
• смоделированы и получены данные по индуцированному докингу ряда производных 5-цианопиримидина;
• выделены соединения, имеющие наибольшее значение скоринга;
• отмечено, что наибольший вклад в связывание с активным сайтом EGFR-киназы вносят водородные связи между описываемыми соединениями и аминокислотой MET 793, что сопоставляется с ранее описанной литературой по изучению ингибиторов EGFR-киназ.
📕 Список литературы
🖼 Скриншоты
