Введение
1 Теоретические основы конверсии растительного сырья
1.1 Классификация методов конверсии растительного сырья
1.2 Микробная биоконверсия
1.2.1 Сырье для микробной биоконверсии
1.2.2 Технология микробной биоконверсии
1.2.3 Продукты микробной биоконверсии
1.3 Инновации в производстве кормов
2 Объекты и методы исследования
2.1 Выделение и идентификация мицелиальных грибов из природных
источников 37
2.2 Скрининг штаммов мицелиальных грибов как продуцентов белка и
целлюлаз 39
2.3 Оптимизация условий культивирования штаммов мицелиальных
грибов 42
2.4 Определение профиля ферментативной активности штаммов
мицелиальных грибов 43
2.5 Определение микотоксинов у штаммов мицелиальных грибов 45
2.6 Определение антибиотикочувствительности штаммов мицелиальных
грибов 46
2.7 Транскриптомный анализ штамма-продуцента полисахарид¬
деградирующих ферментов, обеспечивающих полную конверсию растительных субстратов 46
3 Результаты и обсуждение исследования 49
3.1 Результаты выделения и идентификации штаммов мицелиальных
грибов 49
3.2 Результаты скрининга штаммов мицелиальных грибов как продуцентов
белка и целлюлаз 54
3.3 Результаты оптимизации условий культивирования штаммов
мицелиальных грибов 59
3.4 Синтез полисахарид-деградирующих ферментов и гликозидаз у штаммов
мицелиальных грибов 60
3.5 Безопасность использования штаммов термофильных и морских
мицелиальных грибов 68
3.6 Антибиотикочувствительность штаммов мицелиальных грибов 68
3.7 Транскриптомный анализ штамма-продуцента полисахарид-
деградирующих ферментов, обеспечивающих полную конверсию растительных субстратов 72
Заключение 79
Список использованных источников 81
Приложения 88
Создание прочной кормовой базы - это не только увеличение производства и повышение качества кормов разных видов, но прежде всего внедрение высокоэффективных способов и средств их производства, приготовления, способствующих высокой усвояемости животными питательных веществ, содержащихся в кормах и обеспечивающих их рациональное использование.
В современном животноводстве большое внимание уделяется обеспечению сбалансированного питания животных. Применяя научно обоснованные системы кормления, можно повысить продуктивность животных и эффективно использовать корма. В процессе питания составные вещества воздействуют на организм животного не изолированно друг от друга, а в комплексе. Сбалансированность составных веществ корма в соответствии с потребностями животных - основной показатель этого комплекса.
Для животноводства важно не только количество, но, главным образом, качество кормов, т.е. их ценность, определяемая содержанием питательных веществ. Полноценными считаются такие рационы и корма, которые содержат все необходимые для организма животного вещества и способны в течение длительного времени обеспечить нормальные отправления всех его физиологических функций.
Под питательностью понимают свойство корма удовлетворять природные потребности животных в пище. Определить питательность корма можно только в процессе его взаимодействия с организмом по физиологическому состоянию животного и изменению его продуктивности. Питательность корма нельзя выразить каким-либо одним показателем. Проведенные ученными исследования роли отдельных питательных веществ в жизнедеятельности организма животного позволили сделать вывод о необходимости всесторонней системы оценки питательности кормов. Эта оценка складывается из следующих данных: химического состава корма и его калорийности; перевариваемость питательных
веществ; общей (энергетической) питательности; протеиновой, минеральной и витаминной питательности.
Интенсификация сельскохозяйственного производства в условиях рискованного земледелия, постоянный рост населения городов и сокращение пахотной земли на душу населения вызывают необходимость более полного использования имеющихся кормовых ресурсов.
Поэтому в наше время очень актуально получение высокоэффективных белково-углеводных кормов на основе растительных отходов. В качестве сырья могут выступать зерно любого качества, отруби, солома, полова, спиртовая барда, пивная дробина, свекловичный жом, лузга подсолнечника, отходы крупяных производств, корнеплоды, стержни кукурузных початков и другие компоненты грубых кормов отдельно или в смеси. Одним из перспективных способов обработки растительного сырья является его микробиологическая биоконверсия [18].
Грибы являются ценными продуцентами белков и ферментов, способными использовать в качестве субстрата мелассу, молочную сыворотку, сок растений, лигнин, клетчатку, целлюлозосодержащие отходы пищевой и
деревообрабатывающей промышленности [55,56]. Белки грибного мицелия по содержанию незаменимых аминокислот близки к белкам сои. Они богаты лизином, имеют высокую биологическую ценность и усвояемость. Кроме того, в отличие от бактериальных и дрожжевых клеток, которые продуцируют ДНК в количестве, вызывающем интоксикацию у животных, концентрация нуклеиновых кислот и пуринов в грибном мицелии (1 - 4 % от сухой массы) почти такая же, как в тканях растительного организма. Однако в биомассе грибов синтезируется значительно меньше белка (20 - 60 % от сухой массы), чем в дрожжах, и у них относительно медленней происходит рост биомассы.
В связи с этим целью данной работы является исследование путей оптимизации микробиологической конверсии растительного сырья с помощью мицелиальных грибов для получения белковых кормов.
В соответствии с заданной целью были поставлены следующие задачи:
1. выделение и идентификация мицелиальных грибов из природных источников;
2. скрининг штаммов мицелиальных грибов как продуцентов белков и ферментов;
3. оптимизация сред для культивирования перспективных штаммов мицелиальных грибов;
4. определение субстратной специфичности полисахарид-
деградирующих ферментов штаммов мицелиальных грибов;
5. определение антибиотикочувствительности штаммов для
возможности их использования в модификации ферментного профиля.
6. транскриптомный анализ мицелиального гриба Mycothermus thermophilus - продуцента широкого спектра полисахарид-деградирующих ферментов и гликозидаз, обеспечивающих полную конверсию растительных субстратов.
Данная работа состоит из 87 страниц, включает введение, три главы, заключение, список литературы в количестве 73 использованных источников, 10 таблиц, 8 рисунков, а также приложения.
Создание прочной кормовой базы - это не только увеличение производства и повышение качества кормов разных видов, но прежде всего внедрение высокоэффективных способов и средств их производства, приготовления, способствующих высокой усвояемости животными питательных веществ, содержащихся в кормах и обеспечивающих их рациональное использование.
В настоящее время есть огромный резерв неиспользуемых вторичных (побочных) продуктов - вторичного малоценного растительного сырья: это отходы зерноперерабатывающей, сахарной, пищевой и других отраслей АПК. При переработке основного растительного сырья используется от 20 до 50% этого сырья, остальное - отходы, малоценное растительное сырье.
Именно эти отходы можно использовать в кормовых целях. Одним из перспективных способов обработки растительного сырья является его микробиологическая биоконверсия. Поиск новых штаммов мицелиальных грибов, обеспечивающих глубокую конверсию растительного сырья, и исследование молекулярно-генетических механизмов этого процесса, обеспечит создание передовых технологий его переработки и использования в промышленности и сельском хозяйстве.
В ходе проделанной работы были исследованы пути оптимизации биоконверсии растительного сырья с помощью мицелиальных грибов для возможности их применения при получении белковых кормов в биотехнологии, для это были выполнены следующие задачи:
1. выделены и идентифицированны мицелиальные грибы из
природных источников;
2. проведен скрининг штаммов мицелиальных грибов как
продуцентов белка и целлюлаз;
выполнена оптимизация сред для культивирования перспективных
штаммов мицелиальных грибов;
4. определен профиль полисахарид-деградирующей активности в отношении растительных и водорослевых субстратов;
5. определена антибиотикочувствительность штаммов для
возможности их использования в модификации ферментного профиля и метаболома.
6. Проведен транскриптомный анализ штамма-продуцента полисахарид-деградирующих ферментов, обеспечивающих полную конверсию растительных субстратов.
Результаты работы опубликованы в научных сборниках, а именно:
П.К. Базюх Мониторинг сельскохозяйственного производства для биотехнологического получения белково-углеводных кормов на основе растительных отходов. // Новая экономика, бизнес и общество: сборник материалов апрельской научно-практической конференции молодых учёных ШЭМ (г. Владивосток, 28 апреля 2017 г.). - С. 948-953.
Базюх П.К., Ларионова А.А., Слепченко Л.В., Шкрыль Ю.Н., Югай Ю.А., Балабанова Л.А. Разработка векторной системы для эффективной генетической трансформации мицелиальных грибов как перспективных продуцентов белков. // Новое в технологии и технике функциональных продуктов питания на основе медико-биологических воззрений. Сборник статей VII Международной научно-технической конференции, посвященной 90-летию со дня рождения заслуженного деятеля науки РФ, профессора Зубченко А.В. (Воронеж, 13-15 июня 2018 года). - С. 317-321.
1. Абайзов О.А. Ферментативный способ обработки соломы. - М.: Россельхозиздат, 1984. - 240 с.
2. Ахмадышин, Р.А. и др. Микотоксины - контаминанты кормов / Р.А. Ахмадышин и др. // Технология и аппараты пищевых производств - 2007 -№ 3. - С. 88-103.
3. Бабицкая, В.Г. Изучение условий глубинного культивирования мицелиальных грибов на соломе / В. Г. Бабицкая, И. В. Стахеев // Микология и фитопатология. - 1981. - Т. 15, вып. 1. С. 22-27.
4. Бабицкая, В.Г. и др Изучение условий биотрансформации лигноцеллюлозных субстратов мицелиальными грибами в условиях твердофазной ферментации / В. Г. Бабицкая и др. // Прикладная биохимия и микробиология. - 1986. - Т. 22 - № 4 - С. 531-539.
5. Биоконверсия целлюлозсодержащего сырья / под редакцией В.В. Володина // Труды Коми науч. центра УрО РАН, №129 - Сыкт.: Сыктавк. ун- тет, 1992. - 72 с.
6. Биотехнология Кн. 5: Производство белковых веществ / Под ред. Н. С. Егорова, В. Д. Самуилова. / В. А. Быков, М. Н. Манаков, В. И. Панфилов и др. — М.: Высш. шк., 1987. — 142 с.
7. Богданов, Г.А. Кормление сельскохозяйственных животных. -М.: Агропромиздат. - 1990. - 624 с.
8. Бровенко Г.Н., Гусельникова Т.В. Химический состав гидролизатов древесины - субстрат для микробиологического синтеза белка. // Гидролиз. и лесохим. пром-сть. - 1993. - № 1.С. 6-10.
9. Бурцева, Ю.В., Сова, В.В., Пивкин, М.В., Анастюк, С.Д., Горбач,
B. И., Звягинцева, Т.Н. «Распространение о-гликозилгидролаз в морских грибах Японского и Охотского морей // Прикл Биохим Микробиол. 2010. Т. 46. №. 6. -C.700-708.
10. Варфоломеев, С. Д. Биотехнология: Кинетические основы
микробиологических процессов / С. Д. Варфоломеев, С. В. Калюжный. - М. : Высш. шк., 1990. - 296 с.
11. Гельфанд, Е.Д. Технология комплексной переработки растительного сырья методом гидролиза: учеб. Пособие / Е.Д. Гельфанд - Л.: Ленингр. лесохим. акад. им. С.М. Кирова, 1978. - 80 с.
12. Жуков, Н.А. Теоретические основы и технологические принципы непрерывной конверсии растительного сырья. Автореф. дис.... д-ра техн. наук: 03.00.23 / Н.А. Жуков - Киров, 2001. - 254 с.
13. Ибрагимова С.А. и др. Морфологические и физиологические особенности гриба при культивировании с целью получения кормового белка// «Биотехнология на рубеже двух тысячелетий»: сб. материалов научно-техн. конф. - Саранск, 2001. - 85 с.
14. Кашеваров, Н.И., Данилов, В.П. Достижения и перспективы развития кормопроизводства в Западной Сибири // Достижения науки и техники АПК №1 - 2006г. - С. 19-22.
15. Киреева, В.В. Технология комплексной переработки растительного сырья с получением пищевых белковых добавок / В.В. Киреева // Известия вузов. Пищевая технология, № 5-6, 2004 г. - С. 50-51.
16. Корольков, И.И. Перколяционный гидролиз растительного сырья - М.: Лесн. пром-сть, 1990. - 272 с.
17. Костенко В.Г., Костенко Л.Д. Загрязняющие вещества в продуктах, полупродуктах и отработанных средах гидролизного производства. Обзор/ Минмедбиопром. - М., 1990. - Вып. 4. - 27 с.
18. Легеза, В.Н. Животноводство: учеб. Для начин. Проф. Образования. - М.: ИРПО; ПрофОбрИздат, 2001. - 384 с.
19. Литвинов М.А. Определитель микроскопических почвенных грибов. Л.: Наука. 1967. - 303 с.
20. Лобанок, А.Г., Бабицкая, В.Г., Богдановская, Ж.Н. Микробный синтез на основе целлюлозы: Белок и другие ценные продукты. Мн.: Наука и техника. 1988. - 261 с.
21. Манаков М.Н., Победимский Д.Г Теоретические основы технологии микобиологических производств. - М.: ВО АГРОПРОМИЗДАТ, 1990. - 272 с.
22. Мельникова, Е.В. Использование послеспиртовой барды в качестве сырья для получения высокобелковых кормовых препаратов / Е.В. Мельникова // Известия МГТУ «МАМИ» № 2(14), 2012, т. 4. - С. 101-105.
23. Методы экспериментальной микологии / под ред. В.И. Билай. Киев: Наукова думка. 1982. 549 с.
24. MaxSignal ELISA Test Kits [Электронный ресурс] - Электрон. дан. - Режим доступа: http://www.biooscientific.com/.
25. Национальный центр биотехнологической информации
[Электронный ресурс]. - Электрон. дан. - Режим доступа: http: //blast.ncbi.nlm. nih.gov/Blast.cgi.
26. Немировская В.Д. и др. Содержание вредных примесей в гидролизных средах// Гидролиз. и лесохим. пром-сть. - 1988. - № 4. С. 21-22.
27. Павловская, Н.Е. Использование отходов сельскохозяйственного производства для получения белково-углеводных кормовых добавок с разными функциональными свойствами / Н.Е. Павловская // Вестник ОрелГАУ 6’(10). - С. 109-110.
28. Панфилов, В. И. Биотехнологическая конверсия
углеводсодержащего растительного сырья для получения продуктов пищевого и кормового назначения : дисс. ... д-ра техн. наук : 03.00.23 / Панфилов Виктор Иванович. - М., 2004. - 359 с.
29. Перт С.Дж. Основы культивирования микроорганизмов и клеток. Пер. с англ. Петровой Т.А., Позмоговой И.Н.; Ред. Работнова И.Л. - М.: Мир, 1978. - 330 с.
30. Реагент для выделения суммарной РНК из биологических образцов.
Номер по каталогу BC032. Инструкция по применению. [Электронный ресурс].
- Электрон. дан. - Режим доступа: http://evrogen.ru/kit-user-
manuals/extractRNA.pdf.
31. Ржаников Н.Н., Сушкова В.И., Солодянкина Л.А., Новик А.И.. Интенсификация процесса гидролиза // Гидролиз. и лесохим. пром-сть. - 1988.-№1. С. 34-37.
32. Ромалийский, В.С. Приготовление углеводно-белковых кормов посредством биоферментации вторичных растительных отходов АПК / В.С. Ромалийский // Инновации в сельском хозяйстве. - 2016. № 4(19) - С. 208-217.
33. Рухман А.А. Мощное ультразвуковое оборудование// Сб. материалов «Ультразвуковые технологические процессы». - М., 1998. С. 193¬196.
34. Сельскохозяйственная биотехнология: Учеб./ B.C. Шевелуха, Е.А. Калашникова, Е.З. Кочиева и др.; Под ред. B.C. Шевелухи. — 3-е изд., перераб. и доп. — М.: Высш. шк., 2008. — 710 с.
35. Сергеев, А.Ю., Сергеев, Ю.В. Грибковые инфекции. Руководство для врачей. 2 изд. М.: Издательство БИНОМ. 2008. - 480 с.
36. Синицын А.П., Гусаков А.В., Черноглазов В.М. Биоконверсия
лигноцеллюлозных материалов. - М.: Московский университет, 1995. - 224 с.
37. Смирнов К.А., Ю.Д. Алашкевич, Н.С. Решетова. Особенности твердофазной ферментации. Химия растительного сырья. 2009. №3. - С. 161¬164.
38. Сушкова В.И., Баранова А.В. Исследование оптимальных параметров процесса сернокислотного гидролиза некондиционного зерна// Химическая технология. - 2004. - №1. С. 23-27.
39. Технология биоконверсии растительного сырья. Ч. II. Перспективыне технологии микробиологической конверсии растительной биомассы / П. В. Ми-ронов [и др.]. - Красноярск : СибГТУ, 2002. - 159 с.
40. Толоконин, П.С., Баурин, Д.В. Пивная дробина: кислотный гидролиз и потенциал для биоконверсии // Успехи в химии и химической технологии. ТОМ XXXI. 2017. № 9. - С. 26-28.
41. Трофимов, А.Н., Белоусов, А.М. Получение белково-углеводного корма на основе соломы // Химия растительного сырья. 2003. №4. - С. 69-72.
42. Тур, А.В., Епишкина, Ю.М. и др. Полный факторный эксперимент комплексного гидролиза депротеинизированного подсолнечного шрота // Успехи в химии и химической технологии. ТОМ XXXI. 2017. № 9. - С 29-31.
43. Урванцева, А.М., Бакунина, И.Ю., Ким, Н.Ю., Исаков, В.В., Глазунов, В.П., Звягинцева, Т.Н. // Химия растит сырья. 2004. Т. № 3. - C. 15¬24.
44. Фаритов, Т. А. Корма и кормовые добавки для животных: Учебное пособие / Т. А. Фаритов. - СПб.: Лань, 2010. - 304 с.
45. Фицев, А. И. Проблемы и перспективы производства кормового бел-ка в России / А. И. Фицев // Кормопроизводство. - 2003. - №10. С.25-31.
46. Холькин Ю.И. Технология гидролизных производств. - М.: Лесн. пром-сть, 1989. - 496 с.
47. Щеколдина, Т.В. Технологии получения белоксодержащего сырья из продуктов переработки семян подсолнечника / Т.В. Щеколдина // Научный журнал КубГАУ, №109(05), 2015 г. - С. 1-19.
48. Эрнст Л.К., Науменко З.М., Ладинская С.И. Кормовые продукты из отходов леса. - М.: Лесн. пром-сть, 1982. - 168 с.
49. Bakunina, I., Nedashkovskaya, O., Balabanova, L., Zvyagintseva, T., Rasskasov, V., Mikhailov, V. // Mar Drugs. 2013. V. 11. №. 6. - P. 1977-1998.
50. Bredford, M.M. // Anal Biochem. 1976. V. 72. №. 1-2. - P. 248-254.
51. Carmichael J.W. 1962. Chrysosporium and some other aleuriosporic hyphomycetes. Can. J. Bot. 40. - P. 1137-1175.
52. Dashtban M, Schraft H, Qin W. Fungal Bioconversion of Lignocellulosic Residues; Opportunities & Perspectives. Int J Biol Sci 2009 - P. 578¬595.
53. Deshmukh, S. K., Prakash, V., Ranjan, N. (2017). Marine Fungi: A source of potential anticancer compounds. Front. Microbiol., 05 January 2018 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02536.
54. Doelle, H.W. // Biotechnol. Adv. 1984. V. 2. № 1. - P. 1 - 19.
55. Douglas, C.M. // Med Mycol. 2001. V. 39. №. - P. 55-66.
56. Ellis M.B. Dematiaceous hyphomycetes. CMI, Kew. 1971. - 608 p.
57. Jing Xu, Jingen Li, Liangcai Lin, Qian Liu, Wenliang Sun, Bangquan Huang and Chaoguang Tian. Development of genetic tools for Myceliophthora thermophila // BMC Biotechnology 2015. - P. 1-10.
58. Karnaouri, A., Topakas, E., Antonopoulou, I., Christakopoulos, P. // Front Microbiol. 2014. V. № 5. - P. 281.
59. Kusaykin, M.I., Bakunina, I.Y., Sova, V.V., Ermakova, S.P., Kuznetsova, T.S., Besednova, N.N., Zaporozhets, T.S., Zvyagintseva, T.N. J Biotechnol. 2008. V. 3. №. - P. 904-915.
60. Lio, J. Y., Wang, T. (2012). Solid-state fermentation of soybean and corn processing coproducts for potential feed improvement. J. Agric. Food Chem 60. - P. 7702-7709.
61. Lowry O.H., Rosebrough N.J., Farr A.L., Randall R.J. Protein measurement with Folin phenol reagent. J. Biol. Chem. 1951. V. 193. №1. - P. 265¬275.
62. Nelson, T.E. // J Biol Chem. 1944. V. 153. №. - P. 375-381.
63. Nolwenn Hymery Valerie Vasseur Monika Coton Jerome Mounier Jean- Luc Jany Georges Barbier Emmanuel Coton Filamentous Fungi and Mycotoxins in Cheese: A Review Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety 2014. - P. 437-456.
64. Samson R.A. 1974. Paecilomyces and some allied hyphomycetes. Studies in mycology. Baarn 6. - 119 p.
65. Saleh, A.M., Nevin, M.F., Ebtsam, N.H. // J Biotechnol. 2006. V. № 127. - P. 54-64.
66. Thom C., K.B. Raper. A manual of the Aspergilli. U.S.A. 1945. - 373 p.
67. Tonozuka, T., Yoshida, M., Takeuchi, М. Research Approaches to Sustainable Biomass Systems. Waltham: Academic Press. 2014. - P. 225-242.
68. Tzvi Tzfira, Guo-Wei Tian, Benoi't Lacroix, Shachi Vyas, Jianxiong Li, Yael Leitner-Dagan, Alexander Krichevsky, Tamir Taylor, Alexander Vainstein and Vitaly Citovsky. pSAT vectors: a modular series of plasmids for autofluorescent protein tagging and expression of multiple genes in plants. // Plant Molecular Biology (2005) 57. - P. 503-516.
69. Zvyagintseva T.N., Shevchenko N.M., Nazarenko E.L. // J Exp Mar Biol Ecol. 2005. V. 320. № 2. - P. 123-131.
70. Randy M Berka, Igor V Grigoriev, Asaf Salamov, Ian D Reid. Comparative genomic analysis of the thermophilic biomass-degrading fungi Myceliophthora thermophila and Thielavia terrestris // Nature biotechnology 2011. V.29. № 10. - P. 922-929.
71. The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa. JOURNAL Nature 422 (6934), 859-868 (2003).
72. Naumoff, D.G. Development of a hierarchical classification of the tim- barrel type glycoside hydrolases // Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2006, 1, 294—298.
73. Xia,W., Bai,Y., Cui,Y., Xu,X., Qian,L., Shi,P., Zhang,W., Luo,H., Zhan,X. and Yao,B. TITLE Functional diversity of family 3 beta-glucosidases from thermophilic cellulolytic fungus Humicola insolens Y1 JOURNAL Sci Rep 6, 27062 (2016).
74. Barnshtein method // Anal Biochem. 1978. V. 72. №. 1-2. - P. 248-254.