УСТАНОВЛЕНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ ФЛУВАСТАТИНА В КОМПЛЕКСЕ С МИЦЕЛЛАМИ ДОДЕЦИЛФОСФОХОЛИНА МЕТОДАМИ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ
|
ВВЕДЕНИЕ 3
1 ТЕОРЕТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ 6
1.1 Физические основы спектроскопии ядерного магнитного резонанса 6
1.2 Параметры спектров ЯМР высокого разрешения 8
1.2.1 Химический сдвиг 8
1.2.2 Косвенное спин-спиновое взаимодействие 9
1.2.3 Интегральная интенсивность 10
1.3 Двумерная спектроскопия ЯМР 12
1.3.1 Эксперимент 2D COSY 14
1.3.2. HSQC ЯМР эксперимент 16
1.4 Спектроскопия ядерного эффекта Оверхаузера 19
1.4.1 Ядерный эффект Оверхаузера 19
1.4.2 Эксперимент NOESY 22
1.4.3 Экспериментальное определение межпротонных расстояний 24
2 ПРАКТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ 28
2.1 Материалы, методы и объекты исследования 28
2.2 Анализ 1H ЯМР спектра 29
2.2 Анализ 2D COSY спектра 30
2.3 ЯМР спектры 1Н-13С HSQC и HMBC флувастатина 33
2.4 Спектры 2D NOESY 35
3 Заключение и выводы 43
Список использованной литературы 44
Приложение А
1 ТЕОРЕТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ 6
1.1 Физические основы спектроскопии ядерного магнитного резонанса 6
1.2 Параметры спектров ЯМР высокого разрешения 8
1.2.1 Химический сдвиг 8
1.2.2 Косвенное спин-спиновое взаимодействие 9
1.2.3 Интегральная интенсивность 10
1.3 Двумерная спектроскопия ЯМР 12
1.3.1 Эксперимент 2D COSY 14
1.3.2. HSQC ЯМР эксперимент 16
1.4 Спектроскопия ядерного эффекта Оверхаузера 19
1.4.1 Ядерный эффект Оверхаузера 19
1.4.2 Эксперимент NOESY 22
1.4.3 Экспериментальное определение межпротонных расстояний 24
2 ПРАКТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ 28
2.1 Материалы, методы и объекты исследования 28
2.2 Анализ 1H ЯМР спектра 29
2.2 Анализ 2D COSY спектра 30
2.3 ЯМР спектры 1Н-13С HSQC и HMBC флувастатина 33
2.4 Спектры 2D NOESY 35
3 Заключение и выводы 43
Список использованной литературы 44
Приложение А
Явление ядерного магнитного резонанса (ЯМР), открытое в 1945 г. Ф. Блохом и Э. Парселлом легло в создание нового вида спектроскопии, являющегося сегодня одним из самых информативных методов исследования структуры и динамических превращений молекул, межмолекулярных взаимодействий, механизмов химических реакций и количественного анализа веществ [1].
ЯМР является эффективным методом исследования структуры молекул. Это вызвано многими причинами, но главная из них в том, что метод ЯМР позволяет устанавливать взаимосвязи между ядрами. Высокая информативность, определяемая большим диапазоном химических сдвигов и интенсивностей сигналов, имеет по существу общий характер для остальных спектральных методов. В этом отношении ЯМР не имеет больших преимуществ [2]. Его особая ценность обусловлена тонкой структурой спектра, возникающей за счет взаимодействия между ядрами, а также различными другими взаимодействиями, такими, как ядерный эффект Оверхаузера (яэО), который позволяет определять межпротонные расстояния между магнитными ядрами, отстоящими друг от друга на расстоянии до 5 А. [3].
Существует большой арсенал ЯМР методов для каждого случая. Разработка новых методик проведения экспериментов и обработки данных постоянно расширяла круг решаемых с применением ЯМР задач и позволяла исследовать все более сложные объекты. Это способствовало успешному применению ЯМР для исследования структуры молекул и их функций в организме на уровне клеток и органов. В настоящее время современные методы спектроскопии ядерного магнитного резонанса достигли столь высокого уровня, что позволили вплотную приблизиться к детальному 3 изучению биофизических процессов в медицине и биологии [4]. Также ЯМР является мощным инструментом для детального изучения биофизических свойств медицинских объектов, например статинов, которые были исследованы в моей работе.
Статины — это препараты, способные блокировать работу фермента (HGM-CoA) в печени, который является необходимым для производства холестерина. Хотя холестерин необходим для нормального функционирования клетки и организма, очень высокий уровень холестерина липопротеинов низкой плотности может привести к атеросклерозу, состоянию, при котором образуются холестерин содержащие бляшки в артериях и блокируют поток крови. Снижая уровень холестерина липопротеинов низкой плотности в крови, статины снижают риск возникновения сердечнососудистых заболеваний [5,6].
Ранее группой Mason и соавторами высказывалось предположение, что [7]. Однако, исследования этой группы проводились методом рентгеновского дифракционного анализа, соответственно, для твердотельных образцов, и поэтому их результаты не могут быть достоверно применены к организму человека, где все процессы происходят в жидкой среде - растворах. Одной из наиболее эффективных методик ЯМР для исследования пространственного строения молекул и молекулярных комплексов в растворе является спектроскопия 2D NOESY. Недиагональные кросс пики в таком двумерном спектре соответствуют ядерным эффектам Оверхаузера, возникающим между близко расположенными ядрами (< 50 нм) или ядрам, находящимся в химическом обмене. Однако, непосредственное исследование структуры клеточных мембран с помощью метода ЯМР затруднено, поскольку время протонной релаксации для фосфолипидных агрегатов оказывается слишком мало в шкале ЯМР химических сдвигов (<10-6c), что приводит к сильному уширению линий в спектрах и затрудняет их анализ. В связи с этим в данной работе взаимодействие статинов с поверхностью клеточной мембраны исследовалось на модельных мембранах, в качестве 4
которых были выбраны мицеллы додецилфосфохолина (ДФХ) [8-13]. В отличие от фосфолипидов, которые формируют бислои и мультислои в водных растворах, молекулы додецилфосфохолина в растворах способны формировать мицеллы - относительно небольшие агрегаты сферической формы, распределенные по всему раствору [14]. Наличие у ДФХ полярной гидрофильной головной группы и гидрофобного «хвоста» по аналогии с фосфолипидными молекулами делает ДФХ подходящей модельной системой для изучения взаимодействия различных составляющих клеточных мембран, в том числе холестерина, с фосфолипидными мембранами [15].
Целью работы являлось исследование взаимодействия и комплексообразования флувастатина с мицеллами додецилфосфохолина (ДФХ), использованными в качестве модели биологической мембраны, а также описание комплекса флувастатин — мицеллы ДФХ в растворе современными методами спектроскопии ядерного магнитного резонанса. Задачами дипломной работы являются:
• освоение техники проведения ЯМР экспериментов,
• подтверждение химической структуры флувастатина на основании 1H, 2D 1Н-1Н COSY, 1H-13C HMBC, 1H-13C HSQC ЯМР экспериментов,
• изучение пространственной структуры флувастатина в растворе на основании спектров 2D NOESY,
• исследование взаимодействия и комплексообразования флувастатина с моделью биологической мембраны на основе мицелл ДФХ,
• расчет межъядерных расстояний между флувастатином и ДФХ на основании спектров NOESY с различными временами смешивания.
Работа выполнена на оборудовании ФЦКП ФХИ Казанского Федерального университета (спектрометр ЯМР Bruker Avance II 500).
ЯМР является эффективным методом исследования структуры молекул. Это вызвано многими причинами, но главная из них в том, что метод ЯМР позволяет устанавливать взаимосвязи между ядрами. Высокая информативность, определяемая большим диапазоном химических сдвигов и интенсивностей сигналов, имеет по существу общий характер для остальных спектральных методов. В этом отношении ЯМР не имеет больших преимуществ [2]. Его особая ценность обусловлена тонкой структурой спектра, возникающей за счет взаимодействия между ядрами, а также различными другими взаимодействиями, такими, как ядерный эффект Оверхаузера (яэО), который позволяет определять межпротонные расстояния между магнитными ядрами, отстоящими друг от друга на расстоянии до 5 А. [3].
Существует большой арсенал ЯМР методов для каждого случая. Разработка новых методик проведения экспериментов и обработки данных постоянно расширяла круг решаемых с применением ЯМР задач и позволяла исследовать все более сложные объекты. Это способствовало успешному применению ЯМР для исследования структуры молекул и их функций в организме на уровне клеток и органов. В настоящее время современные методы спектроскопии ядерного магнитного резонанса достигли столь высокого уровня, что позволили вплотную приблизиться к детальному 3 изучению биофизических процессов в медицине и биологии [4]. Также ЯМР является мощным инструментом для детального изучения биофизических свойств медицинских объектов, например статинов, которые были исследованы в моей работе.
Статины — это препараты, способные блокировать работу фермента (HGM-CoA) в печени, который является необходимым для производства холестерина. Хотя холестерин необходим для нормального функционирования клетки и организма, очень высокий уровень холестерина липопротеинов низкой плотности может привести к атеросклерозу, состоянию, при котором образуются холестерин содержащие бляшки в артериях и блокируют поток крови. Снижая уровень холестерина липопротеинов низкой плотности в крови, статины снижают риск возникновения сердечнососудистых заболеваний [5,6].
Ранее группой Mason и соавторами высказывалось предположение, что [7]. Однако, исследования этой группы проводились методом рентгеновского дифракционного анализа, соответственно, для твердотельных образцов, и поэтому их результаты не могут быть достоверно применены к организму человека, где все процессы происходят в жидкой среде - растворах. Одной из наиболее эффективных методик ЯМР для исследования пространственного строения молекул и молекулярных комплексов в растворе является спектроскопия 2D NOESY. Недиагональные кросс пики в таком двумерном спектре соответствуют ядерным эффектам Оверхаузера, возникающим между близко расположенными ядрами (< 50 нм) или ядрам, находящимся в химическом обмене. Однако, непосредственное исследование структуры клеточных мембран с помощью метода ЯМР затруднено, поскольку время протонной релаксации для фосфолипидных агрегатов оказывается слишком мало в шкале ЯМР химических сдвигов (<10-6c), что приводит к сильному уширению линий в спектрах и затрудняет их анализ. В связи с этим в данной работе взаимодействие статинов с поверхностью клеточной мембраны исследовалось на модельных мембранах, в качестве 4
которых были выбраны мицеллы додецилфосфохолина (ДФХ) [8-13]. В отличие от фосфолипидов, которые формируют бислои и мультислои в водных растворах, молекулы додецилфосфохолина в растворах способны формировать мицеллы - относительно небольшие агрегаты сферической формы, распределенные по всему раствору [14]. Наличие у ДФХ полярной гидрофильной головной группы и гидрофобного «хвоста» по аналогии с фосфолипидными молекулами делает ДФХ подходящей модельной системой для изучения взаимодействия различных составляющих клеточных мембран, в том числе холестерина, с фосфолипидными мембранами [15].
Целью работы являлось исследование взаимодействия и комплексообразования флувастатина с мицеллами додецилфосфохолина (ДФХ), использованными в качестве модели биологической мембраны, а также описание комплекса флувастатин — мицеллы ДФХ в растворе современными методами спектроскопии ядерного магнитного резонанса. Задачами дипломной работы являются:
• освоение техники проведения ЯМР экспериментов,
• подтверждение химической структуры флувастатина на основании 1H, 2D 1Н-1Н COSY, 1H-13C HMBC, 1H-13C HSQC ЯМР экспериментов,
• изучение пространственной структуры флувастатина в растворе на основании спектров 2D NOESY,
• исследование взаимодействия и комплексообразования флувастатина с моделью биологической мембраны на основе мицелл ДФХ,
• расчет межъядерных расстояний между флувастатином и ДФХ на основании спектров NOESY с различными временами смешивания.
Работа выполнена на оборудовании ФЦКП ФХИ Казанского Федерального университета (спектрометр ЯМР Bruker Avance II 500).
• На основании 1H и 1Н-1Н 2D COSY, 1H-13C HSQC и HMBC ЯМР экспериментов установлено, что химическая структура исследуемого соединения соответствует флувастатину. С помощью 2D NOESY экспериментов установлены особенности пространственной структуры флувастатина в растворе D2O, а также в присутствии мицелл додецилфосфохолина, использованных в качестве модели биологической мембраны.
• Установлено, что флувастатин образует комплекс с моделью биологической мембраны путем проникновения циклической части молекулы в поверхность мицелл ДФХ и рассчитаны средние межъядерные расстояния между протонами флувастатина и додецилфосфохолина.
• Установлено, что флувастатин образует комплекс с моделью биологической мембраны путем проникновения циклической части молекулы в поверхность мицелл ДФХ и рассчитаны средние межъядерные расстояния между протонами флувастатина и додецилфосфохолина.



