📄Работа №90556

Тема: ОСОБЕННОСТИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ПРОГРАММЫ MEGA X В ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ РАСТЕНИЯ НА ПРИМЕРЕ РОДА ASPLENIUM

📝
Тип работы Бакалаврская работа
📚
Предмет информационные системы
📄
Объем: 60 листов
📅
Год: 2021
👁️
Просмотров: 120
4700 руб.
🛒 Купить работу
Не подходит эта работа?
Закажите новую по вашим требованиям
Узнать цену на написание
ℹ️ Настоящий учебно-методический информационный материал размещён в ознакомительных и исследовательских целях и представляет собой пример учебного исследования. Не является готовым научным трудом и требует самостоятельной переработки.
📋 Содержание 📖 Введение ✅ Заключение 📕 Литература 🖼 Скриншоты 🔍 Похожие 🛒 Купить

📋 Содержание

ГЛАВА 1. БИОРАЗНООБРАЗИЕ РОДА ASPLENIUM И ЕГО ФИЛОГЕНИЯ 5
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 8
2.1. Математическое обеспечение и программы 8
2.2. Объект исследования 9
ГЛАВА 3. ОБЗОР ПРОГРАММ ИСПОЛЬЗУЕМЫХ В МОЛЕКУЛЯРНО¬
ГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ 10
ГЛАВА 4. БАНКИ ДАННЫХ ДЛЯ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ
ИССЛЕДОВАНИЙ РАСТЕНИЙ 19
ГЛАВА 5. ПРОГРАММЫ MEGA ИХ МОДИФИКАЦИИ, И ОСОБЕННОСТИ
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ 24
ГЛАВА 6. ПРОГРММА MEGA X И ОСОБЕННОСТИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В
ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ РАСТЕНИЙ 28
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 53
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК 54

📖 Введение

Актуальность нашей работы заключается в том, что филогенетические исследования занимают очень важную место в изучении растений. На данном этапе существуют множества программ для филогенетических исследований, в том числе и MEGA, но модификация программы МEGA X более удобная и простая в использовании для построения филогенетических древ и кладограмм. В настоящее время существует множество компьютерных программ для оценки эволюционных расстояний и реконструкции филогенетических деревьев на основе молекулярных данных. Однако большинство из них написаны для конкретных методов и не могут быть легко связаны между собой из-за их негибких форматов входных и выходных файлов. MEGA представляет собой интерактивную, удобную для пользователя платформу для оценки эволюционных расстояний, реконструкции филогенетических деревьев и вычисления основных статистических величин, представляющих эволюционный интерес. MEGA был разработан специально для использования на IBM и IBM-совместимых персональных компьютерах.
MEGA предназначена для облегчения расширенного анализа данных последовательности с эволюционной точки зрения с использованием одного пакета программ. В то же время, было сознательно избегнуто дублирование между методами, реализованными в MEGA и другими существующими программами эволюционного анализа. Это отражается в исключении метода максимального правдоподобия и в отсутствии обширных вариантов метода максимальной скупости. Ограничения на объем памяти и относительно более медленные скорости работы настольных компьютеров (а также наличие большого количества коммерческих и некоммерческих программ) побудили принять решение включить методы выравнивания последовательности в MEGA.
Именно поэтому она была выбрана нами для более углубленного изучения.
Целью нашей работы была выбрана изучение возможности использования программ MEGA в молекулярно–филогенетических исследований и реконструкции на примере растений, а именно рода Asplenium.
В связи с выбранной целью работы мы поставили следующие задачи:
1) изучить особенности вариантов программ MEGA;
2) сравнить их возможности и инструментарии;
3) изучить особенности выравнивания и построения филогенетических деревьев рода Asplenium ;
4) сравнить варианты отображения кладограмм и их интерпретацию на примере рода Asplenium.
Объектом нашего исследования была выбрана программа MEGA, а так же род Asplenium. Предметом исследования, в свою очередь, будет являться построение филогенетического древа рода Asplenium с помощью программы MEGA X.

Возникли сложности?

Нужна качественная помощь преподавателя?

👨‍🎓 Помощь в написании
🎓 Дипломные 📘 Магистерские 📙 Диссертации 📗 Курсовые 📝 Статьи 📄 ВКР

✅ Заключение

По итогам проделанной нами научной работы можно сделать следующее
заключение:
• Изучили особенности использования программ MEGA в филогенетических исследованиях и реконструкции на примере растений рода Asplenium;
• Были рассмотрены и изучены основные программы для построения филогенетических древ и кладограмм и их основные возможности;
• Были рассмотрены и изучены основные базы данных генетического материала;
• Изучили последовательность развития программы MEGA, по мере обновления ее до новых версий, сравнили их возможный инструментарий;
• Подробно изучили инструментарий программы MEGA X, научились работать в программе. Изучили особенности выравнивания сиквенсов и построения филогенетические древа, а так же варианты их отображения и интерпретацию;

Нужна своя уникальная работа?
Срочная разработка под ваши требования
Рассчитать стоимость
ИЛИ
Поиск аналога

📕 Список литературы

1. Altschul R., Gish A., Miller K., Myers M., Lipman D. Basic local alignment search tool // Journal of Molecular Biology, 1990. - Vol. 215. - № 3. - P. 403-410.
2. Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucleic Acid Res, 1997. - Vol. 25. - № 1. - P. 3389 - 3402.
3. Chevenet Francois, Brun Christine, Banuls Anne-Laure, Jacq Bernard, Christen Richard. // BMC Bioinformatics, 2006. - Vol. 7. - № 1. - 439 p.
4. Curwen V., Eyras E., Daniel Andrews T., Clarke L, Mongin E. The Ensembl Automatic Gene Annotation System // Genome Research, 2004. — Vol. 14. - № 5. - P. 5 - 6.
5. Edwards AWF., Cavalli-Sforza LL. Reconstruction of evolutionary trees. Phenetic and Phylogenetic Classification. - J, 1964. — P. 67—76.
6. Edgar RC. MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity // BMC Bioinformatics. 2004, - Vol. 5. - № 2. - P. 112 - 113.
7. Edgar RC. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucleic Acids Res, 2004b. - Vol. 32. - № 3. - P. 1792 - 1797.
8. Fernandez, Gomez, Sergio. Solving Non-uniqueness in Agglomerative Hierarchical Clustering Using Multidendrograms // Journal of Classification: journal, 2008. - Vol. 25. - № 1. - P. 43—65.
9. HGMD / HGMD: Home page [Electronic recourse]
http: //archive.uwcm.ac. uk/uwcm/mg/hgmd0 .html (12.05.2020).
10. GeneBee / GeneBee Molecular Biologic Server [Electronic recourse] URL:http://www.genebee.msu.su (12.05.2020).
11. ExPAS / ExPAS: PROSITE [Electronic recourse]
http://www.expasy.ch/prosite/ (12.05.2020).
12. KECG / Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes: Home page [Electronic recourse]. URL: http://www.genome.ad.jp/kegg/(12.05.2020).
13. BankIt / NCBI: BankIt [Electronic recourse]. URL:
http: //www.ncbi .nlm.nih.gov/BankIt/ (12.05.2020).
14. UniGen / NCBI: UniGen [Electronic recourse]. URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene (12.05.2020).
15. GenBank / GenBank: Overview [Electronic recourse].
URL: http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankOverview. html (12.05.2020).
16. LocusLink / NCBI: LocusLink [Electronic recourse]. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/refseq.html (12.05.2020).
17. Sequin / NCBI: Sequin [Electronic recourse]. URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/ (12.05.2020).
18. dbSNP / NCBI: dbSNP [Electronic recourse]. URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ (12.05.2020).
19. Huerta-Cepas Jaime; Dopazo Joaquin; Gabaldon Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration // BMC Bioinformatics : journal, 2010. — Vol. 11. - № 3. - P. 24 - 25.
20. Hall BG, Barlow M. Phylogenetic analysis as a tool in molecular epidemiology of infectious diseases // Ann Epidemiol, 2006. - Vol. 16. - № 1. - P. 157 - 169.
21. Hall BG, Pikis A, Thompson J. Evolution and biochemistry of family 4 glycosidases: implications for assigning enzyme function in sequence annotations // Mol Biol Evol, 2009. - Vol. 26. - № 1. - P. 2487 - 2497.
22. Joachimiak L., Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java // BioMed Central: journal, 2002. —Vol.
3. - № 12. - P. 3 - 12.
23. Ke-Wang Xu, Lu-Lu Wang, Li-Bing Zhang. Taxonomic revision of the Asplenium wrightii complex with reinstatement of A. alatulum and A. subcrenatum, 2021. - P. 75-91.
24. Kramer K. U., Viane R. Aspleniaceae. In: The Families and Genera of Vascular Plants. Eds, 1990. - Vol. 1. - № 1. P. 52-57.
25. Kumar S, Dudley J. Bioinformatics for biologists in the genomics era // Bioinformatics, 2007. - Vol. 35. - № 9. - P. 1 - 20.
26. Kumar S, Dudley J, Nei M, Tamura K. MEGA: A biologist centric soiZDre for evolutionary analysis of DNA and protein sequences // Brief Bioinformatics 9, 2008. - Vol. 9 - № 2. - P. 299-306.
27. Kumar S., Stecher G, Peterson D, Tamura K. MEGA-CC: computing core of molecular evolutionary genetics analysis program for automated and iterative data analysis // Bioinformatics 28, 2012.-Vol. 28. - № 9. - P. 2685-2686.
28. Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets // Mol Biol Evol. 33, 2016. - Vol. 33. - № 8. - P.1870-1874.
29. Kumar S., Tamura K., Jakobsen I. B., Nei M. MEGA2: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software // Bioinformatics 17, 2001. - Vol. 17. - № 9. - P. 1244-1245.
30. Kumar S., Tamura K., Nei M. Manual for MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Software: Pennsylvania State University, University Park. - PA, 1993. - P. 5 - 15.
31. Kumar S, T amura K, Nei M. MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis soiZDre for microcomputers // Comput Appl Biosci 10, 1994. Vol. 10. - № 3. - P. 189-191.
32. Kumar S, Tamura K, Nei M. MEGA3: an integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment // Brief Bioinform 5, 2004. - Vol. 5. - № 4. - P. 150-163.
33. Kumar S., Tamura K., Nei N. MEGA - Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers // Computer Applications in the Biosciences 10, 1994. - Vol. 10. - № 5. - P. 189-191.
34. Jiao Zhang, Li Liu, Jiang-Ping Shu, Dong-Mei Jin, Hui Shen, Hong- Feng Chen, Rui Zhang, Yue-Hong Yan. Transcriptomic Evidence of Adaptive Evolution of the Epiphytic Fern Asplenium nidus // International Journal of Genomics 10, 2019. - Vol. 10 - № 4. - P. 1 - 9.
35. Lin Y.X., Viane R.. Aspleniaceae. In: Flora of China, 2013. - Vol. 2. - № 3. - P. 267-316.
36. Lovis J. D. Evolutionary patterns and processes in ferns // Adv. Bot. Res. 4, 1977. -Vol. 4. - № 1. - P. 230-424.
37. Lovis J. D. The taxonomy of Asplenium trichomanes in Europe // British Fern Gazette 9, 1964. -Vol. 2. - № 1. - P. 147-160.
38. Luna M.L., Ganem M.A., Grossi M.A., Giudice G.E. Root anatomy of 37 species of Asplenium (Aspleniaceae) from Argentina: contributions to the systematics and phylogeny of the genus, 2020. - P. 151- 706.
39. Manton I. Problems of cytology and evolution in the Pteridophyta. - Cambridge, 1950. - P. 316 - 317.
40. Nei M, Kumar S. Molecular evolution and phylogenetics // New York Oxford University Press, 2000. - P. 24- 25.
41. Ohlsen D. J., Perrie L. R., Shepherd L. D., Brownsey P. J., Bayly M. J. Phylogeny of the fern family Aspleniaceae in Australasia and the south-western Pacific. - Austral, 2015. - P. 355-371.
42. Pablo de la Fuente, Jose M. Gabriel y Galan, Sonia Molino, Emily B. Sessa, Luis G. Quintanilla. Character expression, reproductive barriers, and origin of the rare fern hybrid Asplenium *aran-tohanum (Aspleniaceae) // Plant Systematics and Evolution 10, 2020. - Vol. 10 - № 3. - P. 300 - 306.
43. Page, RDM. Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers // Computer Applications in the Biosciences: journal, 1996. — Vol. 12. - № 4. - P. 357—358.
44. Reichstein T., Lovis J. D., Greuter W., Zaffran J. Die Asplenien der Insel Kreta // Annales musei goulandris 1, 1973. -Vol. 1. - № 5. - P. 133-163.
45. Shmakov A. I. Key for the Ferns of Russia. - Barnaul, 1999. - P. 106 - 107.
46. Shmakov A. I. Key for the Ferns of Russia. - Barnaul, 2009a. - P. 125
- 126.
47. Shmakov A. I. Synopsis of the Ferns of North Asia. - Barnaul, 2009b. -Vol. 12. - № 3. - P. 88 - 148.
48. Shmakov A. I. Synopsis of the Ferns of North Asia. - Barnaul, 2011. - P. 208 - 209.
49. Shmakov A. I. Synopsis of the Ferns of Russia. - Barnaul, 2001. -Vol.
4. - № 2. - P. 106 - 107.
50. Stabenau A., McVicker G., Melsopp C, Proctor G, Clamp M. The Ensembl Core Software Libraries // Genome Research, 2004. - Vol. 14. - № 5. - P. 929-933.
51. Stecher G., Tamura K., and Kumar S. / Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) for macOS // Molecular Biology and Evolution 35, 2020. - P. 1237-1239
52. Stover Ben C, Muller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses // BMC Bioinformatics, 2010. — Vol. 11. - № 1. - P. 7-8.
53. Sudhir K., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. Molecular Biology and Evolution MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms // Molecular Biology and Evolution 35, 2018.
- Vol. 35. - № 6. - P. 1547-1549.
54. Tamura K. et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. // Mol. Biol. Evol. 30, 2013. - Vol.30. - № 7. - P. 2725-2729.
55. Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Mol. Biol. Evol. 28, 2011. - Vol. 28. - № 6. - P. 2731-2739.
56. Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice // Nucleic Acids Res., 1994, - Vol. 22. - № 1. - P. 4673 - 4680.
57. Vos R. A., Caravas J., Hartmann K., et al., Bio: :Phylo - phyloinformatic analysis using Perl. BMC Bioinformatics, 2011. - P. 8 - 10.
58. Wagner W. H. Reticulate evolution in the Appalachian Asplenium // Evolution 8, 1954. -Vol. 1. - № 1. 1954. - P. 103-118.

🖼 Скриншоты

🛒 Оформить заказ

⚡ Работу высылаем в течении 5 минут после оплаты.

🔍 ПОХОЖИЕ РАБОТЫ ПО ТЕМЕ

Использование программ лояльности в деятельности предприятий индустрии гостеприимства Бакалаврская работа гостиничное дело 2016 г. 5000 руб. ПОЗНАВАТЕЛЬНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ УЧАЩИХСЯ 5-6-х КЛАССОВ В ПРОПЕДЕВТИЧЕСКОМ КУРСЕ МАТЕМАТИКИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММЫ GEOGEBRA Магистерская диссертация педагогика 2018 г. 4900 руб. СОЗДАНИЕ ЭЛЕКТИВНОГО КУРСА «РЕШЕНИЕ ЗАДАЧ С ПАРАМЕТРАМИ» ДЛЯ ПОДГОТОВКИ К ЕГЭ ПО МАТЕМАТИКЕ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММЫ GEOGEBRA Дипломные работы, ВКР педагогика 2018 г. 4300 руб. ИЗУЧЕНИЕ ТЕМЫ «КЛЕТКА» С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММЫ SMART NOTEBOOK В КУРСЕ БИОЛОГИИ Магистерская диссертация информационные системы 2016 г. 5500 руб. РАЗРАБОТКА ПРОЕКТА СТАНДАРТА ОРГАНИЗАЦИИ «ПОРЯДОК РАЗРАБОТКИ КОНСТРУКТОРСКОЙ ДОКУМЕНТАЦИИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММЫ Е3» Дипломные работы, ВКР машиностроение 2019 г. 4275 руб. РАЗРАБОТКА И МЕТОДИКА ИСПОЛЬЗОВАНИЯ СТЕНДА ПО ИЗУЧЕНИЮ ОПТИКО-АКУСТИЧЕСКИХ ДАТЧИКОВ И ДАТЧИКОВ ДВИЖЕНИЯ ПО ДИСЦИПЛИНЕ «ПРАКТИЧЕСКОЕ (ПРОИЗВОДСТВЕННОЕ) ОБУЧЕНИЕ» Бакалаврская работа педагогика 2018 г. 4345 руб. ОСОБЕННОСТИ ОРГАНИЗАЦИИ КУЛЬТУРНО-ДОСУГОВОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ СРЕДСТВАМИ ТЕАТРА ТРАВЕСТИ Дипломные работы, ВКР культурология 2020 г. 4700 руб. ОСОБЕННОСТИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ЦВЕТА КАК СРЕДСТВА ВЫРАЗИТЕЛЬНОСТИ В РИСУНКАХ СТАРШИХ ДОШКОЛЬНИКОВ Бакалаврская работа специальное дефектологическое образование 2017 г. 3900 руб. МЕТОДИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ МУЛЬТИМЕДИЙНОЙ ПРЕЗЕНТАЦИИ В ИНОЯЗЫЧНОМ ОБРАЗОВАНИИ СТУДЕНТОВ ЛИНГВИСТИЧЕСКОГО НАПРАВЛЕНИЯ Дипломные работы, ВКР лингвистика 2017 г. 4820 руб. Особенности использования электронных образовательных ресурсов в обучении школьников на уроке труда (технологии) (Государственный Социально-Гуманитарный Университет) Курсовые работы методика преподавания 2025 г. 600 руб.

📎 БАКАЛАВРСКАЯ РАБОТА ПО ПРЕДМЕТУ «ИНФОРМАЦИОННЫЕ СИСТЕМЫ»

Найдено работ: 1019

Разработка автоматизированного рабочего места администратора физкультурно-оздоровительного комплекса Бакалаврская работа информационные системы 2020 г. 1000 руб. Торговый робот с возможностью интеграции в различные биржевые информационные системы Бакалаврская работа информационные системы 2022 г. 4350 руб. Разработка клиент-серверного мобильного приложения на примере логической головоломки в жанре «три в ряд» Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4345 руб. Разработка трехмерных интерактивных моделей с использованием инструментов дополненной реальности Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4215 руб. Программное обеспечение для мониторинга торговой активности на криптовалютных биржах Бакалаврская работа информационные системы 2022 г. 4225 руб. Алгоритмическое и программное обеспечение для выявления лесных пожаров на изображениях дистанционного зондирования Земли Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4320 руб. Разработка системы "HR-automation" Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4215 руб. Разработка учебной онлайн-платформы с визуализацией известных алгоритмов Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4255 руб. Разработка web приложения для учета и обработки заявок микрофинансовой организации Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4340 руб. Разработка симулятора для долгосрочного хранения CO2 с использованием методов машинного обучения Бакалаврская работа информационные системы 2022 г. 4320 руб. МОБИЛЬНОЕ ПРИЛОЖЕНИЕ - АГРЕГАТОР СЕРВИСОВ ТПУ Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4310 руб. Разработка механик интерактивного взаимодействия для обучения пользователей монтажу линии электропередач в виртуальном пространстве Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4200 руб. Разработка игрового веб-приложения «Картографы» Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4295 руб. Разработка и реализация адаптивного веб-сайта для оплаты срочной зарядки телефонов Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4385 руб. Разработка системы биомониторинга состояния здоровья младенцев. Серверная часть Бакалаврская работа информационные системы 2023 г. 4285 руб.
📋 Содержание 📖 Введение ✅ Заключение 📕 Литература 🖼 Скриншоты 🔍 Похожие 🛒 Купить ⬆️

Оценка стоимости

Это краткая форма заказа. После ее заполнения вы перейдете на полную форму заказа работы

Каталог работ (208541)

Поиск работ


©2026 Cервис помощи студентам в выполнении работ
.