ГЛАВА 1. БИОРАЗНООБРАЗИЕ РОДА ASPLENIUM И ЕГО ФИЛОГЕНИЯ 5
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 8
2.1. Математическое обеспечение и программы 8
2.2. Объект исследования 9
ГЛАВА 3. ОБЗОР ПРОГРАММ ИСПОЛЬЗУЕМЫХ В МОЛЕКУЛЯРНО¬
ГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ 10
ГЛАВА 4. БАНКИ ДАННЫХ ДЛЯ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ
ИССЛЕДОВАНИЙ РАСТЕНИЙ 19
ГЛАВА 5. ПРОГРАММЫ MEGA ИХ МОДИФИКАЦИИ, И ОСОБЕННОСТИ
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ 24
ГЛАВА 6. ПРОГРММА MEGA X И ОСОБЕННОСТИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В
ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ РАСТЕНИЙ 28
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 53
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК 54
Актуальность нашей работы заключается в том, что филогенетические исследования занимают очень важную место в изучении растений. На данном этапе существуют множества программ для филогенетических исследований, в том числе и MEGA, но модификация программы МEGA X более удобная и простая в использовании для построения филогенетических древ и кладограмм. В настоящее время существует множество компьютерных программ для оценки эволюционных расстояний и реконструкции филогенетических деревьев на основе молекулярных данных. Однако большинство из них написаны для конкретных методов и не могут быть легко связаны между собой из-за их негибких форматов входных и выходных файлов. MEGA представляет собой интерактивную, удобную для пользователя платформу для оценки эволюционных расстояний, реконструкции филогенетических деревьев и вычисления основных статистических величин, представляющих эволюционный интерес. MEGA был разработан специально для использования на IBM и IBM-совместимых персональных компьютерах.
MEGA предназначена для облегчения расширенного анализа данных последовательности с эволюционной точки зрения с использованием одного пакета программ. В то же время, было сознательно избегнуто дублирование между методами, реализованными в MEGA и другими существующими программами эволюционного анализа. Это отражается в исключении метода максимального правдоподобия и в отсутствии обширных вариантов метода максимальной скупости. Ограничения на объем памяти и относительно более медленные скорости работы настольных компьютеров (а также наличие большого количества коммерческих и некоммерческих программ) побудили принять решение включить методы выравнивания последовательности в MEGA.
Именно поэтому она была выбрана нами для более углубленного изучения.
Целью нашей работы была выбрана изучение возможности использования программ MEGA в молекулярно–филогенетических исследований и реконструкции на примере растений, а именно рода Asplenium.
В связи с выбранной целью работы мы поставили следующие задачи:
1) изучить особенности вариантов программ MEGA;
2) сравнить их возможности и инструментарии;
3) изучить особенности выравнивания и построения филогенетических деревьев рода Asplenium ;
4) сравнить варианты отображения кладограмм и их интерпретацию на примере рода Asplenium.
Объектом нашего исследования была выбрана программа MEGA, а так же род Asplenium. Предметом исследования, в свою очередь, будет являться построение филогенетического древа рода Asplenium с помощью программы MEGA X.
По итогам проделанной нами научной работы можно сделать следующее
заключение:
• Изучили особенности использования программ MEGA в филогенетических исследованиях и реконструкции на примере растений рода Asplenium;
• Были рассмотрены и изучены основные программы для построения филогенетических древ и кладограмм и их основные возможности;
• Были рассмотрены и изучены основные базы данных генетического материала;
• Изучили последовательность развития программы MEGA, по мере обновления ее до новых версий, сравнили их возможный инструментарий;
• Подробно изучили инструментарий программы MEGA X, научились работать в программе. Изучили особенности выравнивания сиквенсов и построения филогенетические древа, а так же варианты их отображения и интерпретацию;
