Все многообразие природных соединений, их синтетических аналогов, биологически активных веществ обязано не только различием в структуре и конфигурации этих молекул, но и различными конформациями. Порой изменение конформации влечет за собой изменение свойств молекулы, ее реакционной способности.
Изучение влияния конформационных изменений в молекулах на их физико-химические свойства является одной из актуальных задач как в органической химии, биологии, так и в физике. Так для химиков важно знать, как влияет изменение конформации молекулы на ее реакционную способность [1], для биологов важной характеристикой является особое свернутое состояние белка, зависимость биологической активности вещества от конформации [2]. Для физиков же одним из важных моментов является учет влияния конформаций особых молекул, так называемых спиновых меток, на параметры спектров электронного парамагнитного резонанса (ЭПР), такие как g-фактор и константа сверхтонкого взаимодействия.
Различные конформации возникают в тех случаях, когда есть некоторая свобода для движения определенных частей молекулы по отношению ко всей молекуле в целом. Такая ситуация возникает для молекул, содержащих циклы: пяти-, шести-, семичленные циклы и т.д. В случае спиновых меток такими молекулами являются производные нитроксильных радикалов, содержащие шестичленный гетероцикл.
Целью нашей работы является изучение методом функционала плотности влияния на параметры спектров ЭПР (константа сверхтонкого взаимодействия СТВ и g-фактор) различных конформаций шестичленных производных нитроксильных радикалов (TEMPO, TEMPONE, TEMPOL).
Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:
• поиск оптимальной электронной и пространственной структуры различных конформаций гетероциклических шестичленных нитроксильных радикалов: «твист», «ванна», «кресло»;
• расчеты параметров спектров ЭПР изучаемых молекул - константы сверхтонкого взаимодействия с атомом азота, g-фактор молекулы.
• поиск переходного состояния между конформациями «кресло» и «твист» нитроксильных радикалов TEMPONE и TEMPO.
• определение оптимального сочетания функционал/базис в квантово-химических расчетах для описания как геометрических, так и спектральных характеристик спиновых меток.
Результаты квантово-химических расчетов докладывались на Итоговой научно-образовательной конференции студентов КФУ 2015 и 2016 года, на XXVII Симпозиуме “Современная химическая физика» (2015 г.).
1. Расчеты показали, что энергетически выгодной структурой нитроксильных радикалов является структура с конформацией «кресло».
2. Рассчитанная величина g-фактора для конформации «кресло» (для всех изучаемых производных нитроксильных радикалов) является наиболее близкой к экспериментальным данным.
3. Для конформации «ванна» не удалось найти критическую точку на поверхности потенциальной энергии (ППЭ) для всех изучаемых соединений, что можно объяснить энергетически не выгодным положением атомов водорода при противолежащих углеродах.
4. Наиболее оптимальным сочетанием функционал/ базис для квантово-химических расчетов нитроксильных шестичленных радикалов (с помощью программного пакета ORCA) являются:
• BP86/TZVP для нахождения электронной и пространственной структуры молекулы
• BHandHLYP/EPRII при расчетах параметров спектров ЭПР. Рассчитанные значения изотропной константы СТВ и g-фактор изучаемых молекул имеют значения наиболее близкие к экспериментальным данным.
[1] Новаковская, Ю.В. Молекулярные системы. Теория строения и взаимодействия с излучением. Часть I (Общие основы квантовой механики и теории симметрии) / Ю.В. Новаковская. - Москва: УРСС, 2004. - 102 с.
[2] Илиел, Э. Конформационный анализ / Аллинжер Н., Энжиал С., Моррисон Г. - М.: Мир, 1969.- 592 с.
[3] M. Kumara, Dh. Electron spin resonance spectroscopy studies on reduction process of nitroxyl radicals used in molecular Imaging / European Journal of Biophysics. - 2014. - Vol. 2(1). - P. 1-6.
[4] Тихонов, А.Н. Спиновые метки / Соборовский образовательный журнал. - 1998.
[5] Игнатов, С.К. Квантово-химическое моделирование молекулярной структуры, физико- химических свойств и реакционной способности. (Часть 1. Обзор современных методов электронной структуры и теории функционала плотности). Учебно-методический материал по программе повышения квалификации «Новые материалы электроники и оптоэлектроники для информационно-телекоммуникационных систем» / С.К. Игнатов. - Нижний Новгород, 2006. - 82 с.
[6] Parr, R. G. Density-Functional Theory of Atoms and Molecule / R. G. Parr, W. Yang. - Oxford: Oxford University Press. - 1994. - 352 p.
[7] Atoms, molecules, solids, and surfaces: Applications of the generalized gradient approximation for exchange and correlation / J.P. Perdew, J. A. Chevary,
S. H. Vosko, Koblar A. Jackson, Mark R. Pederson, D. J. Singh, C.Fiolhais // Phys. Rev. B, - Vol.46. - P. 6671 - 6687.
[8] Becke, A. D. Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange / A. D. Becke // The Journal of Chemical Physics, 1993. - Vol. 98. - P. 5648-5652.
[9] Becke, A. D. A new mixing of Hartree-Fock and local density-functional theories /A. D. Becke // The Journal of Chemical Physics, 1993. - Vol. 98. - P. 1372-1377.
[10] Becke, D. Density-functional exchange-energy approximation with correct asymptotic- behavior / D. Becke // Phys. Rev. A. - 1988. - Vol. 38. - P. 3098-3104.
[11] Becke, D. Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange/ D. Becke // J. Chem. Phys. - 1998. - P. 3187-31194.
[12] Аминова, Р.М. Основы современной квантовой химии. Учебное пособие для студентов и магистрантов физического и химического факультетов Казанского государственного университета / Р.М. Аминова. - Казань, 2004. - 106 с.
[13] Schaefer, A. Fully optimized contracted Gaussian-basis sets for atoms Li to Kr/ A.Schaefer, H. Horn, R. Ahlrichs //J. Chem. Phys. - 1992. - Vol. 97. - P. 2571-2577.
[14] Schafer, A. Fully optimized contracted Gaussian basis sets of triple zeta valence quality for atoms Li to Kr / A. Schaefer, H. Horn, R. Ahlrichs // J. Chem. Phys. - 1994. - Vol. 100(8). - P. 5829-5835.
[15] Self-consistent molecular orbital methods. XX A basis set for correlated wave functions / Krishnan R., Binkley J.S., Seeger R., Pople J.A. // J. Chem. Phys. - 1980. - Vol.72. - P.650-654.
[16] Barone, V. Recent Advances in Density Functional Methods, Part I, ed.
D. P. Chong, World Scientific Publ. Co., Singapore. - 1995.
[17] Rogowska, A. Theoretical investigation of the EPR hyperfine coupling constants in amino derivatives //J. Chem. Phys. - 2007. - Vol. 9. - P. 828836.
[18] Neese, F. The ORCA program system / F. Neese // Comp. Mol. Science, 2012. - Vol.2. - P. 73-78.
[19] Zarycz, N. Joint Theoretical Experimental Investigation of the Electron Spin Resonance Spectra of Nitroxyl Radicals: Application to Intermediates in Situ Nitroxide Mediated Polymerization (in Situ NMP) of Vinyl Monomers/ J.Phys. Chem.B. - 2008. - Vol.112. - P. 10432-10442.
[20] Новаковская, Ю.В. Молекулярные системы. Теория строения и взаимодействия с излучением. Часть II (Квантовые состояния молекул) / Ю.В. Новаковская. - Москва: УРСС, 2004. - 173 с.
[21] Степанов, Н. Ф. Квантовая механика и квантовая химия / Н. Ф. Степанов. - Москва: МИР, Изд. МГУ, 2001. - 519 с.
[22] Malcek, M. Calculation of hyperfine coupling constant of the TMPD molecule/Acta Chimica Slovaca. - 2012. - Vol.5 (1). - P.100-108.