ВВЕДЕНИЕ
1 Метод множественного тестирования с гарантированным уровнем FDR (критерий множественного тестирования по Бенджамину - Хочбергу) .... 6
2 Описание выборочных данных 8
3 Вычисление выборочных коэффициентов асимметрии и эксцесса и их
p-значений 11
4 Тестирование гипотезы нормальности распределения для значений экспрессии генов 47
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 51
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 52
ПРИЛОЖЕНИЕ 53
ЛИСТИНГ ПРОГРАММЫ 60


Купить

В последние десятилетия в силу большой практической важности получили большое продвижение способы одновременного тестирования большого числа гипотез в задачах генетики и доказательной медицины. Особой значимостью метода множественного тестирования является обнаружение генов, которые являются ответственными за патологию организма (болезнь), по данным наблюдения экспрессии генов у здоровых и больных особей. Как правило, сопоставляются средние значения экспрессии генов у подобных групп пациентов с помощью критерия Стьюдента, а потом используется процедура множественного тестирования Бенджамини - Хочберга [3] (см. также [4]). Важно то, что данная процедура гарантирует предписанное значение индекса FDR (False Discovery Rate - частота ложных открытий). Значение FDR равно относительной частоте генов, не ответственных за патологию среди тех, которые объявлены ответственными (нулевая гипотеза отвергнута).
Целью дипломной работы является применение этой методики множественного тестирования к проверке нормальности распределения экспрессии генов у здоровых и страдающих болезнью Альцгеймера особей. Решалась задача проверки предположения о том, что как у больных, так и у здоровых особей существуют гены, имеющие одно и то же распределение: нормальное или отличное от оного. Это предположение было отвергнуто по данным результатов множественного тестирования. Кроме того, эти же результаты тестирования показали, что порядка 99,5% генов обладают нормальным распределением их экспрессии. Это важный в практическом отношении результат, оправдывающий применение двух выборочного критерия Стьюдента при сравнении средних значений экспрессии у здоровых и больных особей.
В дипломной работе сначала развивается методика множественного тестирования гипотезы нормальности, которая используется на данных статистического моделирования. Использование методики к реальным генетическим данных планируется осуществить в следующих параграфах дипломной работы.
Содержание дипломной работы планируется следующим образом: в первом параграфе описывается процедура множественного тестирования Бенджамина -Хочберга. Во втором параграфе приводится описание баз данных, использованных в работе. В третьем параграфе содержатся формулы для вычисления выборочных коэффициентов асимметрии и эксцесса и предлагается метод статистического моделирования для реализации процедура множественного тестирования Бенджамина -Хочберга. Четвертый параграф содержит тестирование гипотезы нормальности распределения для значений в экспрессии ген для реальных генетических данных. Пятый параграф посвящен выводом и заключению по результатам исследования. Завершается курсовая работа списком литературы и листингом программ.

Купить