Представленный материал является образцом учебного исследования, примером структуры и содержания учебного исследования по заявленной теме. Размещён исключительно в информационных и ознакомительных целях.
Workspay.ru оказывает информационные услуги по сбору, обработке и структурированию материалов в соответствии с требованиями заказчика.
Размещение материала не означает публикацию произведения впервые и не предполагает передачу исключительных авторских прав третьим лицам.
Материал не предназначен для дословной сдачи в образовательные организации и требует самостоятельной переработки с соблюдением законодательства Российской Федерации об авторском праве и принципов академической добросовестности.
Авторские права на исходные материалы принадлежат их законным правообладателям. В случае возникновения вопросов, связанных с размещённым материалом, просим направить обращение через форму обратной связи.
ℹ️Настоящий учебно-методический информационный материал размещён в ознакомительных и исследовательских целях и представляет собой пример учебного исследования. Не является готовым научным трудом и требует самостоятельной переработки.
ПЕРЕЧЕНЬ УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ, СИМВОЛОВ, СОКРАЩЕНИЙ, ТЕРМИНОВ4
ВВЕДЕНИЕ 5
1 Обзор литературы 7
1.1 Клещи - переносчики опасных заболеваний человека и животных 7
1.2 История изучения клещевых инфекций России 8
1.3 Иксодовые клещи России 10
1.4 Иксодиды окрестностей города Томска 11
1.5 Сезонная динамика численности Томских иксодовых клещей 13
1.6 Прокормители иксодовых клещей в окрестностях города Томска 13
1.7 Биология иксодовых клещей в связи с их способностью переносить инфекции 14
1.8 Колонизация клещей микроорганизмами, включая опасные для человека инфекции 15
1.9 Клещевые инфекции окрестностей города Томска 17
1.10 ПИР в реальном времени в контексте анализа иксодовых клещей на зараженность 19
1.11 Подход к диагностике зараженности иксодид в помощью ПИР в реальном времени21
1.12 Данные по анализу зараженности клещей в Томской области, полученные
молекулярно-генетическими методами 22
1.13 Молекулярно-генетическая диагностика зараженности клещей с помощью ПИР в реальном времени как основа для исследований в области микробной метагеномики ...24
1.14 Особенности статистической обработки данных о зараженности клещей,
полученных при помощи ПИР в реальном времени 25
2 Материалы и методы 27
2.1 Отлов клещей и фиксация материала клещей 27
2.2 Выделение РНК фенол-хлороформным методом 28
2.3 Выделение ДНК фенол-хлороформным методом 29
2.4 Определение концентрации и качества ДНК с помощью спектрофотометра 31
2.5 Подбор и проверка праймеров и TaqMan-зондов на генетический материал
иксодового клещевого боррелиоза и риккетсиоза, оптимизация реакционной смеси 32
2.6 Постановка электрофореза в агарозном геле для анализа амплификата 34
2.7 Проведение ПЦР в реальном времени 35
2.8 Статистическая обработка данных зараженности клещей 37
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ И ЛИТЕРАТУРЫ 54
ПРИЛОЖЕНИЕ А 66
📖 Введение
Из-за климатических и других природных изменений ареалы иксодовых клещей, которые могут переносить опасные для человека бактериальные, вирусные и протозойные природно-очаговые заболевания [К вопросу значения иксодовых..., 2017; Zoonotic transmission of pathogens..., 2012], могут расти и изменяться [Якименко и др., 2013 ; Любезнова, Бондаренко, 2012]. Эти изменения способствуют увеличению в численности клещей-переносчиков опасных инфекций в Томской области [Sparagano et al., 2015 ; Ливанова и др., 2011], что является фундаментальной проблемой, на решение которой направлено данное исследование. Качественные данные о зараженности клещей во времени могут способствовать объективности оценки проблемы переноса клещами инфекций, а также могут стать основой для выработки стратегий решения данной проблемы. Зараженность иксодовых клещей может быть связана со стадиями жизненного цикла [Балашов, 1995]. Одной из таких потенциально возможных стратегий является борьба с клещами-переносчиками инфекций или самими инфекциями в клещах через микробиом. Благодаря колонизации комменсальными микроорганизмами клещи могут утрачивать способность переносить клещевые инфекции [Dietary fat intake..., 2001 ; Finney et al., 2015]. Данные о зараженности клещей можно связать с данными о микробиоме их кишечников, так как это первые места контакта клещевых инфекций с клещами [Narasimhan, Fikrig, 2015]. Можно будет понять, какие бактерии способствуют, а какие препятствуют колонизации инфекциями клещей.
В Томской области проблема клещевых инфекций стоит особенно остро, так как заболеваемость вирусом клещевого энцефалита в этом регионе в 9,6 раз выше среднего по России показателя, а боррелиоза - в 3,5 раза [Современная эпидемиологическая ситуация..., 2015]. В России наиболее распространенным вирусным заболеванием, переносимым клещами, является ВКЭ. Самое выявляемое бактериальное заболевание - ИКБ, вызываемое бактериями комплекса Borrelia burgdorferi s. l. [The tick Ixodes., 2010]. Помимо боррелиоза и ВКЭ в окрестностях города Томска клещи могут переносить риккетсиоз, анаплазмоз и бабезиоз [Современная эпидемиологическая ситуация., 2015 ; Анализ множественной инфицированности., 2023]. Угроза заболеть приводит людей к тому, что они в непродолжительный летний период избегают не обрабатываемые территории и места отдыха, что ухудшает качество жизни. Заболевшим клещевыми инфекциями людям необходимо длительное лечение, что может снижать их производительность труда и увеличивать нагрузку на систему здравоохранения.
Объект исследования - клещи I. persulcatus, I. pavlovskyi, D. reticulatusи I. lividus. Зараженность клещей инфекциями, опасными для человека - предмет исследования.
Целью этого исследования является молекулярно-генетический анализ зараженности иксодовых клещей окрестностей города Томска на разных стадиях жизненного цикла (нимфы Ixodespersulcatus P. Sch. 1930 и I. pavlovskyi Pom. 1946, имаго I. persulcatus P. Sch. 1930, I. pavlovskyi Pom. 1946, Dermacentor reticulatus Fabricius, 1794 и I. lividus Koch, 1844).
Задачи:
1) Сбор иксодовых клещей I. persulcatus, I. pavlovskyi, Dermacentor reticulatusи I. lividusна разных стадиях жизненного цикла в окрестностях города Томска, определение их видов и фиксация образцов.
2) Выделение ДНК и РНК из биологического материала собранных иксодовых клещей для их анализа на зараженность с помощью ПЦР в реальном времени.
3) Подбор и оптимизация праймеров и TaqMan-проб на генетический материал Borrelia sp.и Rickettsia sp.для проверки зараженности с помощью ПЦР в реальном времени.
4) Анализ образцов РНК имаго I. persulcatus, I. pavlovskyi, D. reticulatusи I. lividus методом ПЦР в реальном времени на наличие генетического материала вируса клещевого энцефалита (ВКЭ).
5) Анализ образцов ДНК нимф и личинок I. persulcatusи I. pavlovskyi2022 года сбора с помощью ПЦР в реальном времени на наличие генетического материала Borrelia sp., Anaplasmaphagocytophilum, Ehrlichia muris/Ehrlichia chaffeensisи Rickettsia sp.
6) Анализ образцов ДНК имаго I. persulcatus, I. pavlovskyi, D. reticulatusи I. lividus 2023 года сбора с помощью ПЦР в реальном времени на наличие генетического материала Borrelia sp., Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia muris/Ehrlichia chaffeensis, Rickettsia sp. и Babesia sp.
7) Статистическая обработка данных о зараженности клещей, полученная в результате ПЦР в реальном времени.
Данная работа проводилась в лаборатории эволюционной цитогенетики ТГУ. Адрес: г. Томск, пр. Ленина, д. 36, к. 13.
Выражаю свою благодарность младшему научному сотруднику Томского государственного университета Апанасевичу Максиму Владимировичу за совместную работу по сбору, подготовке и анализу биологического материала клещей 2023 года, а также сотруднику Томского государственного университета Коробицину Игорю Геннадьевичу за предоставленных для исследования клещей I. lividus.