СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 3
ВВЕДЕНИЕ 4
1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР 5
1.1 Иммунный ответ и вовлеченные в него протеины 5
1.2 Цитокины 8
1.2.1 Общие сведения о цитокинах 8
1.2.2 Интерлейкины (IL-12, IL-4) 10
1.2.3 Интерфероны (IFNG) 13
1.2.4 Фактор некроза опухоли (TNF, LTA) 15
1.3 Этническая специфичность изменчивости однонуклеотидных маркеров 16
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 18
2.1 Материалы 18
2.2 Методы 18
2.2.1 Полимеразная цепная реакция 19
2.2.2 Гель-электрофорез 19
2.2.3 Рестрикционный анализ 22
2.3 Статистический анализ данных 22
3 РЕЗУЛЬТАТЫ 28
3.1 Анализ частот аллелей и генотипов 28
3.2 Анализ неравновесия по сцеплению 34
3.3 Анализ подразделённости популяций мира по изученным локусам 37
ВЫВОДЫ 42
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ 43
Полиморфизм генов цитокинов активно привлекается для ассоциативных исследований различных многофакторных заболеваний (МФЗ). Накоплены сведения об ассоциациях аллельных вариантов генов интерлейкинов, интерферонов и их рецепторов с патологическими состояниями [20, 23, 27], но результаты не всегда однозначны [20, 23]. Одна из причин противоречивости ассоциативных исследований заключается в том, что генофонды разных этно-территориальных групп обладают специфичностью в распределении частот аллелей и генотипов привлекаемых к исследованию маркеров. Поэтому изучение генетического полиморфизма маркеров в генах-кандидатах МФЗ в различных этнических группах является первым этапом при проведении генетико-эпидемиологических исследований. Гены цитокинов вовлечены в такой универсальный для развития многих многофакторных заболеваний механизм, как воспаление. Изучение популяционной специфичности в распределении частот аллелей и генотипов генов цитокинов необходимо для лучшего понимания вовлеченности исследуемых генов в патогенез целого ряда МФЗ.
Таким образом, целью данного исследования являлась характеристика вариабельности ряда маркеров генов IL4, IL4RA, IL12A, IL12B, IL12RB1, IFNG, IFNGR2, TNF, LTA у русского населения г. Томска и оценка по ним дифференциации различных этно-территориальных групп населения мира.
Для достижения цели были поставлены следующие задачи:
1. Проанализировать частоты аллелей и генотипов SNP маркеров генов IL4, IL4RA, IL12A, IL12B, IL12RB1, IFNG, IFNGR2, TNF, LTA в популяционной выборке г. Томска.
2. Провести анализ неравновесия по сцеплению маркеров, локализованных в одних генах;
3. Провести анализ неравновесия маркеров, локализованных в разных генах;
4. Проанализировать подразделённость популяций мира по изученным локусам.
Работа выполнена на базе лаборатории популяционной генетики НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ под руководством научного сотрудника к.б.н. Надежды Петровны Бабушкиной.
1. В популяционной выборке г. Томска по шести локусам (rs568408 (в гене IL12A),
rs3212227 (IL12B), rs11575926 (IL12RBT), rs909253 (LTA), rs1800629 (TNF), rs2074570 (IL4RA)) преобладают предковые аллели, частоты которых варьирует от 79,9 %
(rs11575926 (IL12RB1) до 94,78 % (rs2074570 (IL4RA)). По пяти локусам (rs2243291 (IL4), rs3212220 (IL12B), rs3746190 (IL12RB1), rs2069705 (IFNG), rs17880053 (IFNGR2))
превалируют производные аллели, с частотой от 52,1% (rs2069705 (IFNG)) до 85,04 % (rs17880053 (IFNGR)).
2. Для девяти изученных маркеров наиболее часто регистрировался гомозиготный по предковому аллелю генотип, для двух SNP пробладал гетерозиготный генотип (для rs3746190 (в гене IL12RB1) - 47,3%, для rs2069705 (IFNG) - 46,5%).
3. В неравновесии по сцеплению находятся маркеры rs909253/rs1800629 в генах LTA/TNF, rs3746190/rs11575926 в гене IL12RB1 и rs3212220/rs3212227 в гене IL12B. Анализ неслучайных сочетаний генотипов указывает на вероятность наличия функциональных связей между всеми изученными генами.
4. При анализе всех исследованных популяций наибольшие расстояния показаны между европеоидными и монголоидными и негроидными этно-территориальными группами; максимально расстояние между популяциями TOM и CDX - 0,164.
5. Согласно анализу генетической дифференциации, проведенному по частотам аллелей исследованных локусов, популяция русских жителей г. Томска близка к другим европеоидным популяциям (среди которых максимальное значение между TOM/TSI - 0,029, минимальное - TOM/CEU - 0,018).
