Боррелии комплекса Borrelia burgdorferi sensu lato являются возбудителями иксодового клещевого боррелиоза (ИКБ) - природно-очагового заболевания, регистрируемого на территории 72 субъектов Российской Федерации с ежегодной заболеваемостью от 6,4 до 9,9 тысяч случаев (Ястребов и др., 2012). Было установлено, что повсеместное распространение и преимущественное эпидемическое значение в России имеют виды B. garinii и B. afzelii, а также недавно обнаруженный вид B. miyamotoi. В 2009 году один из серотипов B. garinii был выделен в качестве отдельного вида B. bavariensis на основе данных мультилокусного сиквенс-типирования (МЛСТ) (Margos et al., 2009). Было показано, что метод МЛСТ обладает высокой информативностью и может быть применен как для изучения эволюции боррелий, так и для выявления филогенетических линий, отличающихся повышенной патогенностью для человека. Однако, на момент начала наших исследований в международную базу данных Borrelia MLST Database (http://borrelia.mlst.net) были депонированы последовательности только трех изолятов из России. В связи с изменением классификации боррелий необходимо было проведение сравнительных исследований для уточнения таксономического статуса геногрупп внутри видов B. garinii и B. afzelii, а также их соотношения в разных регионах. Молекулярно¬генетический анализ B. miyamotoi на территории России выявил отсутствие генетической изменчивости данного вида, что обусловило необходимость разработки новой системы генотипирования, основанной на вариабельных генетических маркерах.
