Введение 6
1 Физико-химические свойства супероксидного
анион-радикала (о2-) 8
2 Водорастворимые производные фуллерена 10
2.1 Полигидроксилированный фуллерен С60(ОН)24 11
2.2 Антиоксидантная активность фуллеренола 12
2.2.1 Механизм антиоксидантной активности фуллеренола 13
2.2.2 Исследования антиоксидантных свойств фуллеренола на
сегодняшний день 14
3 Теоретические методы и методики исследования 20
3.1 ЭТТ - теория функционала плотности 20
3.1.1 ТЭЛ - Приближение локальной плотности 23
3.1.2 Гибридный метод функционала плотности ВЗЬУР 25
3.2 Полуэмпирический метод 27
3.3 Поляризуемость как специфическая характеристика процесса
переноса электрона 28
3.4 Техника безопасности 35
3.4.1 Организация рабочего места с ПК, ПЭВМ 35
3.4.2 Общие требования безопасности при работе на ПК, ПЭВМ 37
3.4.3 Требования безопасности по завершению работы с ПК, ПЭВМ .. 38
4 Компьютерное моделирование полигидроксилированных фуллеренов
на примере С60(ОН)24 - фуллеренола 39
4.1 Компьютерное моделирование антиоксиданта фуллеренола 39
4.2 Расчет распределения электронной плотности фуллеренола С60(ОН)24
методом функционала плотности 42
5 Изучение полуэмпирическим методом РМ3 механизма дезактиваии
супероксид-иона фуллеренолом 45
5.1 Результаты расчетов энергии элементарных стадий редокс реакций фуллеренола с двумя диссоциированными до О- ОН- группами 45
5.2 Результаты расчетов энергии элементарных стадий редокс реакций
фуллеренола с не диссоциированными до О-ОН- группами 49
Заключение 52
Библиографический список 53
В природе существует тонкое равновесие между биологическими процессами, ответственными за выработку активных форм кислорода (АФК), а также процессами их удаления. Супероксидный-радикал 02-- является продуктом кислородного обмена в организме [1]
Однако может возникнуть дисбаланс между выработкой свободных радикалов и их удалением. Избыток свободных радикалов пагубно действует на живые клетки организма. В результате чего это может привести к окислительному стрессу, где преобладание АФК приводит к различным заболеваниям [2], особенно к преждевременному старению [3] и патологическим изменениям, которые являются причиной появления рака. Свободные радикалы - это высокореактивные частицы, которые взаимодействуют с другими клеточными структурами.
Таким образом, антиоксиданты используются в лечении воспалительных заболеваний [4, 5], для того, чтобы впитать свободные радикалы и свести на нет их вредное воздействие.
Широкое применение водорастворимых производных С60 связано с их антиоксидантной активностью, которая возникает благодаря тому, что в основании лежит уникальная структура фуллерена: он известен как «радикальная губка» из-за его высокого сродства к электронам и многочисленных двойных связей, которые могут быть атакованы свободнорадикальными видами, тем самым «поглощая» их из окружающей среды.
Полигидроксилированные фуллерены принадлежат к группе антиоксидантных наночастиц. Они представляют собой класс фуллеренов, который имеет много гидроксильных групп, образованных в результате химической модификации ковалентных связей С-О на их сферических поверхностях. Химическая формула С6о(ОН)п, где п - представляет собой различное количество гидроксильных групп [6].
Благодаря гидрофильным свойствам и способности удалять свободные радикалы, фуллеренолы могут стать серьезной альтернативой традиционным фармакологическим средствам в химиотерапии, лечении нейродегенеративных заболеваний и радиобиологии. Спектр биологических эффектов фуллеренов широк: от клеточной защиты, до транспорта лекарственных веществ и нейтрализации [7].
Литературные данные свидетельствуют о том, что фуллеренол С60(ОН)24 обладает сильным антиоксидантным потенциалом [8, 9]. Поэтому исследование и расчет энергетических характеристик взаимодействия полигидроксилированного производного фуллерена С60 с супероксид- радикалом является наиболее актуальным и перспективным.
Цель выпускной квалификационной работы - разработка пространственных моделей протекания окислительно-восстановительных реакций молекулярного кислорода на поверхности фуллеренола С60(ОН)24.
Задачи, необходимые для достижения цели:
1. Провести литературный обзор состояния изученности окислительно-восстановительных реакций инактивации супероксид- радикалов 02-на поверхности фуллеренола.
2. Построить компьютерные модели структур фуллеренола С60(ОН)24.
3. Провести квантово-химический расчёт распределения электронной плотности в структурах С60(ОН)24 фуллеренола.
4. Построить компьютерные модели стадий механизма взаимодействия фуллеренола с супероксид-радикалом 02-.
5. Выполнить квантово-химический расчёт профилей поверхности потенциальной энергии процессов инактивации супероксид-радикалов 02-на поверхности фуллеренола.
В работе достигнута цель - разработаны пространственные модели протекания редокс-реакций кислорода на поверхности фуллеренола С6о(ОН)24. По результатам работы сделаны следующие выводы:
1. На основании анализа литературных данных выделены основные химические реакции изменения реакционной способности супероксид- радикалов О2.- на поверхности фуллеренола: редокс реакция в паре супероксид ионов и протонирование одного супероксид иона.
2. Расчетом полной энергии полуэмпирическим методом РМ3 показана устойчивость пространственной структуры для предложенных компьютерных моделей фуллеренола С60(ОН)24.
3. Методом компьютерного моделирования получено распределение электронной плотности фуллеренола С60(ОН)24 и фуллеренола с двумя диссоцированными ОН- группами с помощью ВЗЬУР с базисом 6-3Ю(б,р).
4. Квантово-химическим полуэмпирическим методом РМЗ вычислены энергетические параметры одного из возможных механизмов каталитической активности фуллеренола, как антиоксиданта за счет переноса электронов и инактивации супероксид-радикалов О2-.
5. С помощью анализа полных энергий равновесных структур всех стадий химических реакций на поверхности фуллеренола С60(ОН)24 :
а) показано, что парам супероксид-радикалов О2- энергетически выгодно стыковаться с поверхностью фуллеренола в соседних позициях.
б) выявлено, что процесс взаимодействия с супероксид-радикалами фуллеренола с двумя диссоциированными ОН- группами, энергетически выгоднее, чем процесс, в случае, когда ОН- группы не диссоциируют до О-.
Полученные в работе результаты свидетельствуют о перспективности и актуальности дальнейшего изучения механизма каталитической активности фуллеренолаС60(ОН)24 в качестве антиоксиданта и лекарственного препарата в медицине.
1. Trajkovic S. et al. Radioprotective Efficiency of Fullerenol in Irradiated Mice // Materials Science Forum. September 2005. Vol. 494. PP. 549-554.
2. Cai X. et al. Polyhydroxylated fullerene derivative C(60)(OH)(24) prevents mitochondrial dysfunction and oxidative damage in an MPP(+) - induced cellular model of Parkinson's disease //J. Neurosci Res. Dec. 2008. Vol. 86. № 16. PP. 3622-3634.
3. Osuna S., Swart M., Sola M. On the Mechanism of Action of Fullerene Derivatives in Superoxide Dismutation // Chem. Eur. J. 2010. Vol. 16. PP. 3207-3214.
4. Lee J., Koo N., Min D. B. Reactive Oxygen Species, Aging, and Antioxidative Nutraceuticals // Comprehensive reviews in food science and food safety J. 2004. Vol. 3. № 1. PP. 21-33.
5. Barja G. Free radicals and aging // Trends in Neurosciences J. October 2004, Vol. 27, № 10. PP 595-600.
6. Yudoh K. et al. Water-soluble fullerene (C60) inhibits the development of arthritis in the rat model of arthritis //Int J Nanomedicine. 2009. Vol. 4. PP. 217-225.
7. Собакарь М. С., Ших Е. В. Антиоксидантная терапия и метаболические подходы к лечению заболеваний сердечно - сосудистой системы // Биомедицина. 2010. № 3. C. 10-21.
8. Kokubo K. Water-Soluble Single-Nano Carbon Particles: Fullerenol and Its Derivatives // The Delivery of Nanoparticles. Japan : INTECH, 2012. Гл. 15. С. 317-332.
9. Sachkova A. S. et al. On mechanism of antioxidant effect of fullerenols //Biochemistry and Biophysics Reports J. March 2017. Vol. 9. PP. 1-8.
10. Irshad M. Chaudhuri P. S. Oxidant-antioxidant system : Role and significance in human body // Journal of Experimental Biology. November 2002. Vol. 40. PP. 1233-1239.
11. Andonova L., Georgieva M., Zlatkov A. Free radicals, oxidative stress, and diseases associated with them // Journal of the bulgarian pharmaceutical scientific society. 2015. Vol. 62. № 2. PP. 26-39.
12. Тюлина В. В., Кабанова Е. И., Сапего Н. Ю. и др. Окислительный стресс в митохондриях при аутоиммунных заболеваниях // Ветеринария,зоотехния и биотехнология. 2017. № 11. С. 70-76.
13. G. Schafer G., Kardinahl S. Iron superoxide dismutases: structure and function of an archaic enzyme // Biochemical Society Transactions. 2003. Vol. 31. № 6. PP. 1330-1334.
14. Волков И. К. Антиоксидантная терапия при хронических заболеваниях легких у детей // Пульмонология детского возраста: проблемы и решения : сб. научн. тр. :выпуск 7 / Московский НИИ педиатрии и детской хирургии Росмедтехнологий. Москва, 2007. С. 70-73.
15. Indo H. P. et al. A mitochondrial superoxide theory for oxidative stress diseases and aging // Journal of Clinical Biochemistry and Nutrition. 2015. Vol. 56. № 1. PP. 1-7.
16. Raha S. Robinson B. H. Mitochondria, oxygen free radicals, disease and ageing // Trends in biochemical sciences.Vol. 25, Issue 10, 2000, PP. 502-508.
17. Chiang, L.Y. et al. Multi-hydroxy additions onto C60 fullerene molecules. Journal of the Chemical Society, Chemical Communications // Journal of the Chemical Society, Chemical Communications 1992. № 24. PP 1791-1793.
18. Chiang, L.Y., Upasani R. B., Swirczewski J. W. Versatile nitronium chemistry for C60 fullerene functionalization // Journal of the American Chemical Society. 1992. Vol. 114. № 26. PP. 10154-10157.
19. Еропкин М. Ю. Синтез и биологическая активность фуллеренолов с различным содержанием гидроксильных групп // Химико¬фармацевтический журнал. 2013. Т. 47. № 2. С. 19-23.
20. Fileti E. E. et al. Effects of hydroxyl group distribution on the reactivity, stability and optical properties of fullerenols // Nanotechnology. 2008. Vol. 19. PP. 1-7.
21. Семёнов К. Н. и др. Синтез и идентификация фуллеренола // Вестник СПб. Гос.ун-т. Физика. Химия. 2010. № 4С. 83-89.
22. Alves G. C.Synthesis of C60(OH)18-20 in aqueous alkaline solution
under O2-atmosphere// J. Braz. Chem. Soc. Sept. 2006. Vol.17. №6.
PP. 1186-1190.
23. Kokubo K. et al. Facile Synthesis of Highly Water-Soluble Fullerenes More Than Half-Covered by Hydroxyl Groups // ACS Nano. 2008. Vol.2. № 2. PP. 327-333.
24. Torres V. M., Srdjenovic B. Biomedical application of fullerenes // Handbook on Fullerene: Synthesis, Properties and Applications ;Editor R. F. Verner, C. Benvegnu: Nova Science Publishers, Inc.United States, 2012. Chapter 4.PP. 197-238.
25. Dordevic A., Bogdanovic G. Fullerenol - a new nanopharmaceutic? // Archive of Oncology Institute of Vojvodina, Serbia. December. 2008. Vol 16. №. 3-4. PP. 42-43.
26. Пат. 2472496 Российская федерация, МПК A61K 31/047, A61P 31/12. Применение фуллереноловC60(OН)18-24 и C60(OH)30-38 в качестве противовирусных препаратов / Еропкин М. Ю. [и др.] ; заявитель и патентообладатель ФГБУ "НИИ гриппа" Минздравсоцразвития России. № 2011109732/15 ;заявл. 15.03.11 ;опубл. 20.01.13, Бюл. № 2. 10 с.
27. Аракелян Л.Н. Регулирующее действие галармина на уровень и активность металлопротеинов тканей крыс при кардиотоксичности и нефротоксичности, индуцированных доксорубицином // Нейрохимия. 2011. Т. 28. № 3. С. 244-248.
28. Grebowski J., Kazmierska P., Krokosz A. Fullerenols as a New Therapeutic Approach in Nanomedicine // BioMed Research International J. 2013. Vol. 2013. PP. 1-9.
29. Srdjenovic B. U. et al. Size distribution of fullerenol nanoparticles in cell culture medium and their influence on antioxidative enzymes in Chinese hamster ovary cells // Hemijskalndustrija. 2015. Vol. 69. № 4. PP. 425-431.
30. Kovel E. S. Antioxidant Activity and Toxicity of Fullerenols via Bioluminescence Signaling: Role of Oxygen Substituents // Int. J. Mol. Sci. 2019. Vol. 20. № 9. PP. 1-16.
31. Wang Z. et al. Syntheses, Structures and Antioxidant Activities of Fullerenols: Knowledge Learned at the Atomistic Level // J Cluster Sci. 2015. Vol. 26. № 2. PP. 375-388.
32. Яйкова О. А. Исследование антиоксидантных свойств водорастворимых оксиполигидрокси фуллеренов квантово-химическими методами // Материалы 54-й международной научн. студенческой конф. МНСК-2016 :Химия / Новосиб. гос. ун-т. Новосибирск, 2016. 16-20 апр. С. 174.
33. Mirkov S. M. et al. Nitric oxide-scavenging activity of polyhydroxylatedfullerenol, C60(OH)24// Elsevier Inc. J. Nitric Oxide. 25.09.2004. Vol. 11. Issue 2. PP. 201-207.
34. Rawashdeh R. Y. Mechanistic studies of water soluble fullerenes as free radical scavengers, biological antioxidants and nf-kappabinhibitors : Dis. Doc. of Philosophy / North Carolina at Greensboro, 2014. PP. 144.
35. Wang Z., Gao X., Zhao Y. Mechanisms of Antioxidant Activities of Fullerenols from First-Principles Calculation // J. Phys. Chem. A. 23.09.2018. Vol. 122. № 41. PP. 8183-8190.
36. Torres V. M., Srdjenovic B. Biomedical application of fullerenes // R. F. Verner, C. Benvegnu, pp. 199-239. Nova Science Publishers, Inc. 2011. Part 4. PP. 199-239.
37. Sahni V. Quantal Density Functional Theory II : Approximation Methods and Applications // Berlin, Germany :Springer-Verlag Berlin andHeidelberg GmbH & Co.KG, 2014. PP. 426.
38. Ghosh S. K. Density Functional Theory and Materials Modeling at Atomistic Length Scales // International Journal of Molecular Sciences. 2002. Vol 3.PP. 260-275.
39. Sholl D. S., Steckel J. A. Density functional theory : A Practical Introduction // Canada : John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, New Jersey, 2009. PP. 239.
40. Friesner R. A. Ab initio quantum chemistry: Methodology and applications//Scientific Journal PNAC. 2005. vol. 102.PP. 6648-6653.
41. Seminario J. M., Politzer P. Maksic Z. B. Modern Density Functional Theory: A Tool for Chemistry // Amsterdam : Elsevier Science B.V. 1995. Vol. 2. PP. 406.
42. Tsuneda T. Density Functional Theory in Quantum Chemistry // Japan : Springer.2014. PP. 200.
43. Perdew J. P., Ruzsinszky A. Fourteen Easy Lessons in Density Functional Theory // International Journal of Quantum Chemistry : Wiley Periodicals. 2010. Vol. 110. PP. 2801-2807.
44. Kohn W., Becke A. D., Parr R. G. Density Functional Theory of Electronic Structure // J. Phys. Chem., 1996. Vol. 100, № 31.PP. 12974-12980.
45. Сатанин А.М. Введение в теорию функционала плотности. Учебно-методическое пособие // Нижний Новгород. 2008. 64 с.
46. Revinskii A. F. Local density functional approximation applied to compton profiles // Russian Physics Journal : Plenum. 1996. Vol. 39, № 1. PP. 69-72.
47. Koch W., Holthausen M. C. A Chemist’s Guide to Density Functional Theory // Weinheim, Germany : Wiley-VCH Verlag GmbH . 2001. Edition 2. PP. 293.
48. Engel E., Dreizler R. M. Density Functional Theory : An Advanced Course // Berlin, Germany : Springer-Verlag Berlin Heidelberg.2011. PP. 531.
49. Greisch J-F. Development and Characterization of Fullerene Based Molecular Systems using Mass Spectrometry and Related Techniques : dis. submitted to obtain the degree of doc. of philosophy : Liege, 2008. PP. 261.
50. Ширяев А.К. Квантовая механика и квантовая химия: учеб.метод. пособие / А.К. Ширяев. - Самара:Самар. гос. техн. ун-т, 2010.119 c.
51. Neese, F. «Программная система ORCA». // Междисциплинарные
обзоры Wiley: ComputationalMolecularScience, 2012. Vol. 2. выпуск 1.
C. 73-78.
52. Repasky M. P. et al. PDDG/PM3 and PDDG/MNDO: Improved Semiempirical Methods // J Comput Chem. 2002. Vol. 23. PP. 1601-1622.
53. Борознина Н. П. Разработка способа управления сорбционной активностью нанотубулярных материалов для создания сенсорных наноустройств :дис. док. физ.-мат. наук : 01.04.10. Волгоград, 2019. 351 с.
54. Gupta V. P. Approximate Molecular Orbital Theories // Principles and Applications of Quantum Chemistry: 1st Edition. : Academic Press is an imprint of Elsevier. 2015. PP. 478.
55. Oshkin I. V.,Budyka M. F. Quantum-chemical study of the photoisomerization and photocyclization reactions of styrylquinolines: Potential energy surfaces //High Energy Chemistry. 2010. Vol. 44. PP. 472-481.
56. Zhou H. et al. Performance of the AM1, PM3, and SCC-DFTB methods in the study of conjugated Schiff base molecules //Chemical Physics. 2002. Vol. 277. Issue 2. PP. 91-103.
57. Шундалов М. Б. Лабораторный практикум к мультимедийному электронному учебно-методическому комплексу по дисциплине «физика атома и атомных явлений» / Минск : БГУ, Физический факультет, 2016. С. 163-175.
58. Psarras G. C. Fundamentals of Dielectric Theories //DielectricPolymer Materials for High-Density Energy Storage : Dang Z-M. Elsevier Inc. 2018. 1st Edition. PP. 11-57.
59. Гусев Ю.А. Теория диэлектрической поляризации в статическом электрическом поле // Основы диэлектрической спектроскопии: учеб. пособие для вузов, Казань, 2008. Гл. 1. С. 1-112.
60. Cарже В.И. Организация режимов труда и отдыха пользователей персональных компьютеров / В.И. Сарже, И.О. Протодьяконов, О. И. Протодьяконова, Л.В. Сарже: СПб ГТУРП, - СПб., 2013. C. 25.
61. СанПин 2.2.2/2.4.1340-03. Гигиенические требования к персональным электронно-вычислительным машинам и организации работы. Введ. 2003-06-03. М.:МинздравмедпромРос., 2013. 15 с.
62. Avogadro - Free cross-platform molecular editor. - Режим доступа: https://avogadro.cc/.
63. Chemcraft-графическое программное обеспечение для
визуализации квантовой химии вычисления. URL:
https://www.chemcraftprog.com(дата обращения: 27.05.2020).