Тип работы:
Предмет:
Язык работы:


Анализ потенциальных рецептор-распознающих белков бактериофага ф24Б

Работа №74607

Тип работы

Бакалаврская работа

Предмет

биология

Объем работы51
Год сдачи2019
Стоимость4325 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
40
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


1. Введение 3
2. Обзор литературы 5
2.1. Лизогенная конверсия 5
2.1.1. Stx-конверсия 6
2.1.2. Stx-конвертирующий бактериофаг ф24В 7
2.2. Семейство Podoviridae 7
2.3. Адсорбция хвостатых бактериофагов 9
2.4. Фаговые рецепторы грамотрицательных бактерий 10
2.4.1. Пили и жгутики 12
2.4.2. Белки внешней мембраны 12
2.4.3. Липополисахариды 13
2.5. Адсорбция фагов семейства Podoviridae 14
2.5.1. Специфика адсорбции бактериофага ф24Б 15
3. Материалы и методы 18
4. Результаты и их обсуждение 26
5. Заключение 42
6. Выводы 43
7. Благодарности 44
8. Список литературы 45

Бактериофаги - одна из наиболее многочисленных и разнообразных групп вирусов. Они играют важную роль в формировании микробных сообществ, в эволюции бактерий, осуществлении биогеохимического круговорота веществ. Способность бактериофагов к лизогении — варианту жизненного цикла, при котором происходит сохранение и репликация генетического материала в виде профага без лизиса клеток и размножения вируса — позволяет инфицированным лизогенным клеткам приобретать новые признаки благодаря латеральному переносу генов.
Иногда вследствие лизогенизации бактериофагами бактерии способны приобретать новые, в том числе и патогенные свойства. Таким образом возникает поток генов патогенности бактериями-патогенами и родственными им бактериями-симбионтами нормальной микробиоты. Лизогенный цикл начинается с акта адсорбции вирусной частицы на поверхности бактериальной клетки — эта стадия является необходимой и определяющей дальнейшее развитие инфекции. Поэтому изучение механизмов адсорбции может помочь в решении проблем, связанных с патогенной конверсией бактерий.
Умеренный бактериофаг ф24Б является представителем семейства Podoviridae (фаги с коротким несократимым хвостом), но специфика его генома дает основание относить его к лямбдоидным бактериофагам. Этот вирус может эффективно лизогенизировать различные штаммы Escherichia coli.Геном фага ф24Б содержит ген шигаподобного токсина stx,способный экспрессироваться в инфицированных клетках. Несмотря на потенциальную значимость этого объекта для экологии симбиотической флоры человека и животных, механизмы его адсорбции пока слабо изучены, в том числе из-за методических сложностей исследования, связанных с его биологическими особенностями.
Целью данной работы является исследование строения и свойств потенциальных белков адсорбционного аппарата бактериофага ф24Б. Для этого мы поставили несколько задач, включающих получение и анализ исследуемых белков в рекомбинантном виде, получение бактерий- лизогенов по этому бактериофагу, изучение их свойств, получение и электронная микроскопия очищенных препаратов данного вируса.

Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь в написании работ!


В результате выполнения данной работы мы получили новые данные о биологии бактериофага ф24В.
Нами были изучены особенности потенциальных белков адсорбционного аппарата данного бактериофага. В частности, биоинформатическим анализом в структуре потенциального белка осевой фибриллы бактериофага была выявлена гомология с белком хвостовой иглы фага P22 gp26. Также удалось получить рекомбинантные белки gp56 и gp61-59. Более того, исследования, касающиеся последнего, говорят в пользу гипотезы о наличии программируемого сдвига рамки считывания в области генов g61и g59.
В ходе работы мы выяснили, что центрифугирование препарата исследуемого вируса отрицательно сказывается на значение его титра, что, вероятно, связано с агрегацией фага в условиях повышенной ионной силы. Нами было показано, что ф24В, полученный индукцией лизогена, плохо отделим от соочищающихся фибрилл, чего нельзя сказать о его делеционных мутантах ф24ВДог/61 и ф24ВДог/63. Это означает, что продукты экспрессии orf61и orf63оказывают влияние на фенотип вируса.
При получении лизогенов по ф24В мы обнаружили, что штаммы, лишенные нормального О-антигена, имеют значительно большую эффективность лизогенизации фагом ф24В, чем штаммы с развитым О- антигеном. Получить лизогенов из культуры клеток с полноценным О- антигеном удалось лишь благодаря небольшому количеству спонтанных rough-мутантов в этой культуре. Подобное условие лизогенизации связано с наличием у О-антигена функции неспецифического экранирования конечного рецептора.



1. Каттер Э. Бактериофаги: биология и практическое применение / Под ред. Элизабет Каттер, Александра Сулаквелидзе // Пер. с англ. коллектив переводчиков; науч. ред. А.В. Летаров. - М.: Научный мир., 2012. - 640 с. - С. 590-591.
2. Askora A., Kawasaki T., Fujie M., Yamada T. Lysogenic Conversion of the Phytopathogen Ralstonia solanacearum by the P2virus ()RSY1 //Frontiers in Microbiology. - 2017. - T. 8. - 2212.
3. Baines D., Lee B., McAllister T. Heterogeneity in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 fecal shedding in cattle is related to Escherichia coli O157:H7 colonization of the small and large intestine. //Canadian Journal of Microbiology. - 2008. - T. 54. - №. 12. - С. 984-995.
4. Barksdale L. Lysogenic Conversions in Bacteria. //Bacteriological Reviews. - 1959. - Т 23. - №. 4. - С. 202-212.
5. Brussow H., Canchaya C., Hardt W.D. Phages and the evolution of bacterial pathogens: from genomic rearrangements to lysogenic conversion. //Microbiology and molecular biology reviews. - 2004. - T. 68. - №. 3. - C. 560-602.
6. Cuervo A., Pulido-Cid M., Chagoyen M., Arranz R., Gonzalez-Garcia V.A., Garcia-Doval C., Caston J.R., Valpuesta J.M., van Raaij M.J., Martin- Benito J., Carrascosa J.L. Structural characterization of the bacteriophage T7 tail machinery. //The Journal of Bilogical Chemistry. - 2013. - T. 288. - №. 36. - С. 26290-26299.
7. Donnenberg M.S., Whittam T.S. Pathogenesis and evolution of virulence in enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli. //The Journal of Clinical Investigation. - 2001. - T. 107. - №. 5. - С. 539-548.
8. Duong F., Eichler J., Price A., Leonard M.R., Wickner W. Biogenesis of the gram-negative bacterial envelope. //Cell. - T. 91 - №. 5. - С. 567-573.
9. Dydecka A., Bloch S., Rizvi A., Perez S., Nejman-Falenczyk B., Topka G., Gasior T., Necel A., Wegrzyn G., Donaldson L.W., Wegrzyn A. Bad Phages in Good Bacteria: Role of the Mysterious orf63 of X and Shiga Toxin-Converting O24B Bacteriophages. //Frontiers in Microbiology - 2017. - T. 8. - C. 1618.
10. Dydecka A., Nejman-Falenczyk B., Bloch S., Topka G., Necel A., Donaldson L.W., Wegrzyn G., Wegrzyn A. Roles of orf60a and orf61 in Development of Bacteriophages X and O24B. //Viruses. - 2018. - T. 10. - №. 10.- E553.
11. Eklund M.W., Poysky F.T., Reed S.M., Smith C.A. Bacteriophage and the toxigenicity of Clostridium botulinum type C. //Science.- 1971. - T. 172 - №. 3982 - С. 480-482.
12. Emiola A., Andrews S.S., Heller C., George J. Crosstalk between the lipopolysaccharide and phospholipid pathways during outer membrane biogenesis in Escherichia coli. //Proceedings of the National Academy of Sciences of the U. S. A. - 2016. - T. 113. - №. 11. - С. 3108-3113.
13. Feiner R., Argov T., Rabinovich L., Sigal N., Borovok I., Herskovits A.A. A new perspective on lysogeny: prophages as active regulatory switches of bacteria. //Nature Reviews. Microbiology. - 2015. - T. 13. - №. 10. - С. 641¬650.
14. Flayhan A., Wien F., Paternostre M., Boulanger P., Breyton C. New insights into pb5, the receptor binding protein of bacteriophage T5, and its interaction with its Escherichia coli receptor FhuA. //Biochimie. - T. 94. - №. 9.
- С. 1982-1989.
15. Fortier L.C., Sekulovic O. Importance of prophages to evolution and virulence of bacterial pathogens. //Virulence. - 2013. - T. 4. - №. 5. - С. 354¬365.
16. Freeman V.J., Studies on the virulence of bacteriophage-infected strains of Corynebacterium diphtheriae. //Journal of Bacteriology. - 1951. - T. 61. - №. 6. - С. 675-688.
17. Geue L., Menge C., Eichhorn I., Semmler T., Wieler L.H., Pickard D., Berens C., Barth S.A. Evidence for Contemporary Switching of the O-Antigen Gene Cluster between Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Strains Colonizing Cattle. //Frontiers in Microbiology. - 2017. - T. 8. - 424.
18. Guerrero-Ferreira R.C., Viollier P.H., Ely B., Poindexter J.S., Georgieva M., Jensen G.J., Wright E.R. Alternative mechanism for bacteriophage adsorption to the motile bacterium Caulobacter crescentus. //Proceedings of the National Academy of Sciences. - T. 108. - №. 24. - С. 9963-9968.
19. Harrison E., Brockhurst M.A. Ecological and Evolutionary Benefits of Temperate Phage: What Does or Doesn't Kill You Makes You Stronger. //BioEssays. - 2017. - T. 39. - №. 12.
20. Hatano M. Effect of iron concentration in the medium on phage and toxin production in a lysogenic, virulent Corynebacterium diphtheriae. //Journal of Bacteriology. - 1956 - T. 71. - №. 1. - С. 121-122.
21. Holloway B.W., Cooper G.N. Lysogenic conversion in Pseudomonas aeruginosa. //Journal of Bacteriology. - 1962. - №. 84 - С. 1321-1324.
22. Holt G.S., Lodge J.K., McCarthy A.J., Graham A.K., Young G., Bridge
S.H., Brown A.K., Veses-Garcia M., Lanyon C.V., Sails A., Allison H.E., Smith D.L. Shigatoxin encoding Baceriophage ф24B modulates bacterial metabolism to raise antimicrobial tlerance. - Scientific Reports. - 2017. T. 7. - 40424.
23. Ibarra C., Amaral M.M., Palermo M.S. Advances in pathogenesis and therapy of hemolytic uremic syndrome caused by Shiga toxin-2. //IUBMB Life. - 2013. - T. 65. - №. 10. - С. 827-835.
24. James C.E., Stanley K.N., Allison H.E., Flint H.J., Stewart C.S., Sharp
RJ, Saunders J.R., McCarthy A.J.
Lytic and lysogenic infection of diverse Escherichia coli and Shigella strains with a verocytotoxigenic bacteriophage. //Applied and Environmental Microbiology. - 2001. - T. 67. - №. 9. - С. 4335-4337.
25. Kulikov E.E., Golomidova A.K., Prokhorov N.S., Ivanov P.A., Letarov A.V. - High-throughput LPS profiling as a tool for revealing of bacteriophage infection strategies. //Scientific Reports. - 2019. - T. 9. - №. 1. - 2958.
26. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. //Nature. - 1970. - T. 227. - №. 5259. - С. 680-685.
27. Langenscheid J., KillmannH., Braun V. A FhuA mutant of Esc
herichia coli is infected by phage T1-independent of TonB. //FEMS
Microbiology Letters. - 2004. - T. 234. - №. 1. - С. 133-137.
28. Letarov A.V., Golomidova A.K., Tarasyan K.K. Ecological basis of rational phage therapy. //Acta naturae. - 2010. - T. 2. - №. 1. - С. 60-72.
29. Letarov A.V., Kulikov E.E. Adsorption of Bacteriophages on Bacterial Cells. //Biochemistry (Mocsow). - 2017. - T. 82. - №. 13. - С. 1632-1658.
30. McCutcheon J.G., Peters D.L., Dennis J.J. Identification and Characterization of Type IV Pili as the Cellular Receptor of Broad Host Range Stenotrophomonas maltophilia Bacteriophages DLP1 and DLP2. //Viruses. - T. 10 - №. 6 - C. 338.
31. McNulty R., Cardone G., Gilcrease E.B., Baker T.S., Casjens S.R., Johnson J.E. Cryo-EM Elucidation of the Structure of Bacteriophage P22 Virions after Genome Release. //Biophysical Journal. - 2018. - T. 114. - №. 6. -C. 1295-1301.
32. Mlynarczyk G, Mlynarczyk A, Zabicka D, Jeljaszewicz J.Lysogenic conversion as a factor influencing the vancomycin tolerance phenomenon in Staphylococcus aureus. //The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 1997. - T. 40. - №. 1. - С. 136-137.
33. Nakayama K., Kanaya S., Ohnishi M., Terawaki Y., Hayashi T. Thecomplete nucleotide sequence of CTX, a cytotoxin-converting phage of Pseudomonas aeruginosa: implications for phage evolution and horizontal gene transfer via bacteriophages. //Molecular Microblogy. - 1999. - T. 31 - №. 2. - С. 399-419.
34. Olia A.S., Al-Bassam J., Winn-Stapley D.A., Joss L., Casjens S.R., Cingolani G. Binding-induced stabilization and assembly of the phage P22 tail accessory factor gp4. //Journal of Molecular Biology. — 2006. — T. 363. — №. 2. — С. 558-576.
35. Parent K. N., Erb M. L., Cardone G., Nguyen K., Gilcrease E.B., Porcek N.B., Pogliano J., Baker T.S., Casjens S.R. OmpA and OmpC are critical host factors for bacteriophage Sf6 entry in Shigella. //Molecular microbiolohgy. -
2014. - T. 92. - №. 1. - С. 47-60.
36. Pickard D., Toribio A.L., Petty N.K., van Tonder A., Yu L., Goulding
D. , Barrell B., Rance R., Harris D., Wetter M., Wain J., Choudhary J., Thomson N., Dougan G. A conserved acetyl esterase domain targets diverse bacteriophages to the Vi capsular receptor of Salmonella enterica serovar Typhi. //Journal of Bacteriology. — 2010. — T. 192. — №. 21. — С. 5746-5754.
37. Prokhorov N.S., Riccio C., Zdorovenko E.L., Shneider M.M., Browning
C., Knirel Y.A., Leiman P.G., Letarov A.V Function of bacteriophage G7C esterase tailspike in host cell adsorption. //Molecular Microbiology. - 2017. - T. 105. - №. 3. - С. 382-398.
38. Pyra A., Brzozowska E., Pawlik K., Gamian A., Dauter M., Dauter Z. Tail tubular protein A: a dual-function tail protein of Klebsiella pneumoniae bacteriophage KP32. //Scientific Reports. - 2017. - T. 7. - №. 1. - С.2223.
39. Rollauer S.E., Sooreshjani M.A., Noinaj N., Buchanan S.K. Outer membrane protein biogenesis in Gram-negative bacteria. //Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. -
2015. - T. 370. - №. 1679.
40. Schultz K.M., Lundquist T.J., Klug C.S. Lipopolysaccharide binding to the periplasmic protein LptA. //Protein Science. - T. 26. - №. 8. - С. 1517-1523.
41. Smith D.L., James C.E., Sergeant M.J., Yaxian Y., Saunders
J.R., McCarthy A.J., Allison H.E. Short-tailed stx phages exploit the conserved YaeT protein to disseminate Shiga toxin genes among enterobacteria. //Journal of Bacteriology. - 2007. - T. 189. - №. 20. - С. 7223-7233.
42. Svab D., Balint B., Maroti G., Toth I. A novel transducible chimeric phage from Escherichia coli O157:H7 Sakai strain encoding Stx1 production. - Infection, Genetics and Evolution //Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics of Infectious Diseases. - 2015. - №. 29 - С. 42-47.
43. Tomas J.M., Jofre J.T. Lipopolysaccharide-specific bacteriophage for Klebsiella pneumoniae C3. //Journal of Bacteriology. - 1985. - Т. 162. - №. 3. - С. 1276-1279.
44. Trojet S.N., Caumont-Sarcos A., Perrody E., Comeau A.M., Krisch H.M. The gp38 adhesins of the T4 superfamily: a complex modular
determinant of the phage's host specificity. //Genome Biology and Evolution. - 2011. - №. 3. - С. 674-686.
45. Tu Q., Yin J., Fu J., Herrmann J., Li Y., Yin Y., Stewart A.F., Muller R., Zhang Y. Room temperature electrocompetent bacterial cells improve DNA transformation and recombineering efficiency. //Scientific Reports. - 2016. - T.6.- 24648.
46. Uematsu S., Akira S. Toll-Like receptors (TLRs) and their ligands. //Handbook of Experimental Pharmacology. - 2008. - №. 183. - С. 1-20.
47. Waldor MK, Mekalanos JJ. Lysogenic conversion by a filamentous phage encoding cholera toxin. - Science. 1996 Jun 28;272(5270):1910-4.
48. Wollin R., Stocker B.A., Lindberg A.A. Lysogenic conversion of Salmonella typhimurium bacteriophages A3 and A4 consists of O-acetylation of rhamnose of the repeating unit of the O-antigenic polysaccharide chain. //Journal of Bacteriology. - 1987. - T. 169. - №. 3. - С. 1003-1009.
49. Xu J., Hendrix R.W., Duda R.L. Conserved translational frameshift in dsDNA bacteriophage tail assembly genes. //Molecular cell. - 2004. - Т. 16. - №. 1. - С. 11-21.
50. Yoshida T., Fukada M., Koide N., Ikeda H., Sugiyama T., Kato Y., Ishikawa N., Yokochi T. Primary cultures of human endothelial cells are susceptible to low doses of Shiga toxins and undergo apoptosis. //The Journal of Infectious Diseases. - 1999. - T. 180. - №. 6. - С. 2048-2052.
51. Zha Z., Li C., Li W., Ye Z., Pan J. LptD is a promising vaccine antigen and potential immunotherapeutic target for protection against Vibrio species infection. //Scientific Reports. - 2016. - T. 6 - C. 38577.


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.




©2025 Cервис помощи студентам в выполнении работ