ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР 5
1.1 Кальций - сигнальные пути астроцита 6
1.2 Математические модели астроцита 8
1.2.1 Математическая модель кальций-сигнальных путей Риера 8
1.2.2 Математическая модель кальций-сигнальных путей Лаврентовича и Хемкина 10
1.2.3 Математическая модель кальций-сигнальных путей Дюпонта 11
1.2.4 Математическая модель кальций-сигнальных путей Де Питты 13
1.3 Параметры моделей 15
1.4 Модель VGCC, RyR и PMCA 16
ГЛАВА 2. ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 20
2.1 Описание математической модели 20
2.2 Условия исследования 20
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ 23
3.1 Спонтанные колебания кальция в цитозоле 23
3.2 Глутаматная стимуляция колебаний цитозольного кальция 25
3.3 Сравнение модели астроцита с базовыми моделями 26
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 31
СПИСОК ИСТОЧНИКОВ 32
ПРИЛОЖЕНИЕ
Астроцит является невозбуждаемой клеткой головного мозга, которая контролирует химическую среду вокруг нервных клеток (нейронов) и участвует в иммунных реакциях на нервную ткань. Астроцит имеет сложную физиологию, а также выполняет множество функций. Потому экспериментальное изучение механизмов взаимодействия имеет множество сложностей. Для изучения определенного механизма выключают определенные пути с помощью блокаторов.
Одним из методов изучения гомеостаза астроцита является математическое моделирование кальций сигнальных путей. В модель включаются пути, вносящие наибольший вклад в общий кальций - сигнальный поток, что позволяет получить чистый сигнал.
Существующие основные четыре модели астроцита не учитывают некоторые существенные механизмы, такие как ионные токи клеточной мембраны и различные внутриклеточные сигнальные каскады [36 - 38]. Так, в моделях отсутствует рианодиновый рецептор, влияющий на процесс кальций индуцированного высвобождения кальция.
Есть доказательства того, что рианодиновый путь в динамике кальция активируется сильным стимулом или при патологии [1]. Существуют данные, что вклад RyR в динамику Са2+ в астроцитах существенен [3]. В то же время некоторые авторы сообщали о не существенном влиянии RyR на динамику Са2+ в астроцитах [44].
Целью работы является создание математической модели рианодиновой регуляции кальциевого гомеостаза астроцита.
Для достижения цели были поставлены следующие задачи исследования:
1. Из источников литературы выделить Ca - сигнальные пути астроцита. Определить по кинетическим характеристикам пути, вносящие вклад в общий поток кальция;
2. Составить математическую модель кальций - сигнальных путей с вкладами в общий поток кальция;
3. Оценить влияние рианодинового рецептора на спонтанные колебания и колебания кальция от глутаматного стимула;
4. Сравнить полученную модель с четырьмя базовыми математическими моделями.
1. Из источников литературы выделены Ca - сигнальные пути астроцита. Определены пути, имеющие больший вклад в общий кальций-сигнальный поток;
2. Составлена математическая модель астроцита с выбранными кальций-сигнальными путями;
3. Включение RyR регуляции позволяет снять противоречия между существующими моделями динамики цитозольного Са в астроцитах. RyR позволяет оценить эффект глутаматного стимула на спонтанные осцилляции Са в цитоплазме;
4. Проведено сравнение полученной модели с четырьмя базовыми математическими
моделями: совмещение спонтанных осцилляций кальция с осцилляциями от
глутаматных стимулов позволило убрать недостатки существующих моделей.
1. Aley P. K. et al. Hypoxia stimulates Ca2+ release from intracellular stores in astrocytes via cyclic ADP ribose-mediated activation of ryanodine receptors //Cell calcium. - 2006. - Т. 39. - №. 1. - P. 95-100.
2. Bagur R., Hajnoczky G. Intracellular Ca2+ sensing: its role in calcium homeostasis and signaling // Molecular cell. - 2017. - Т. 66. - №. 6. - P. 780-788.
3. Beck A. et al. Calcium release from intracellular stores in rodent astrocytes and neurons in situ //Cell calcium. - 2004. - Т. 35. - №. 1. - P. 47-58.
4. Bennett M. R., Farnell L., Gibson W. G. Origins of blood volume change due to glutamatergic synaptic activity at astrocytes abutting on arteriolar smooth muscle cells //Journal of theoretical biology. - 2008. - Т. 250. - №. 1. - P. 172-185.
5. Bennett M. R., Farnell L., Gibson W. G. Origins of the BOLD changes due to synaptic activity at astrocytes abutting arteriolar smooth muscle //Journal of theoretical biology. - 2008. - Т. 252. - №. 1. - P. 123-130.
6. Blackburn D. et al. Astrocyte function and role in motor neuron disease: a future therapeutic target? //Glia. - 2009. - Т. 57. - №. 12. - С. 1251-1264.
7. Brini M. et al. The plasma membrane calcium pump in health and disease // The FEBS journal. - 2013. - Т. 280. - №. 21. - P. 5385-5397.
8. Chander B. S., Chakravarthy V. S. A computational model of neuro-glio-vascular loop interactions //PloS one. - 2012. - Т. 7. - №. 11. - P. e48802.
9. De Pitta M. et al. Glutamate regulation of calcium and IP 3 oscillating and pulsating dynamics in astrocytes // Journal of biological physics. - 2009. - Т. 35. - №. 4. - P. 383-411.
10. De Young G. W., Keizer J. A single-pool inositol 1, 4, 5-trisphosphate-receptor-based model for agonist-stimulated oscillations in Ca2+ concentration //Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1992. - Т. 89. - №. 20. - P. 9895-9899.
11. Diekman C. O. et al. Modeling the neuroprotective role of enhanced astrocyte mitochondrial metabolism during stroke //Biophysical journal. - 2013. - Т. 104. - №. 8. - P. 1752-1763.
12. Ding F. et al. a1-Adrenergic receptors mediate coordinated Ca2+ signaling of cortical astrocytes in awake, behaving mice //Cell calcium. - 2013. - Т. 54. - №. 6. - P. 387¬394.
13. Dupont G., Lokenye E. F. L., Challiss R. A. J. A model for Ca2+ oscillations stimulated by the type 5 metabotropic glutamate receptor: an unusual mechanism based on repetitive, reversible phosphorylation of the receptor //Biochimie. - 2011. - Т. 93. - №. 12. - P. 2132-2138.
14. Dupont G. et al. Models of calcium signalling. - Cham, Switzerland : Springer International Publishing, 2016. - Т. 43.
15. Farr H., David T. Models of neurovascular coupling via potassium and EET signalling //Journal of theoretical biology. - 2011. - Т. 286. - P. 13-23.
16. Fiacco T. A., McCarthy K. D. Astrocyte calcium elevations: properties, propagation, and effects on brain signaling //Glia. - 2006. - Т. 54. - №. 7. - P. 676-690.
17. Friel D. D. [Ca2+] i oscillations in sympathetic neurons: an experimental test of a theoretical model // Biophysical journal. - 1995. - Т. 68. - №. 5. - P. 1752-1766.
18. Gibson W. G., Farnell L., Bennett M. R. A computational model relating changes in cerebral blood volume to synaptic activity in neurons //Neurocomputing. - 2007. - Т. 70. - №. 10-12. - P. 1674-1679.
19. Goto I., Natsume K. The regulation of cell-response heterogeneities induced by astrocytic intracellular enzyme concentration - 2008. - № 48. - p. 161166 (in Japanese).
20. Hadfield J., Plank M. J., David T. Modeling secondary messenger pathways in neurovascular coupling //Bulletin of mathematical biology. - 2013. - Т. 75. - №. 3. - P. 428-443.
21. Handy G. et al. Mathematical investigation of IP3-dependent calcium dynamics in astrocytes //Journal of computational neuroscience. - 2017. - Т. 42. - №. 3. - P. 257-273.
22. Hasel P. et al. Neurons and neuronal activity control gene expression in astrocytes to regulate their development and metabolism //Nature communications. - 2017. - Т. 8.
- С. 15132.
23. Hewavitharana T. et al. Role of STIM and Orai proteins in the store-operated calcium signaling pathway // Cell calcium. - 2007. - Т. 42. - №. 2. - P. 173-182.
24. Hofer T., Venance L., Giaume C. Control and plasticity of intercellular calcium waves in astrocytes: a modeling approach //Journal of Neuroscience. - 2002. - Т. 22. - №. 12. - P. 4850-4859.
25. Kang M., Othmer H. G. Spatiotemporal characteristics of calcium dynamics in astrocytes //Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science. - 2009. - Т. 19.
- №. 3. - P. 037116.
26. Karimi G. et al. A neuromorphic real-time VLSI design of Ca2+ dynamic in an astrocyte //Neurocomputing. - 2018. - Т. 272. - P. 197-203.
27. Keizer J., Levine L. Ryanodine receptor adaptation and Ca2+ (-) induced Ca2+ release-dependent Ca2+ oscillations //Biophysical journal. - 1996. - Т. 71. - №. 6. - P. 3477-3487.
28. Kenny A., Plank M. J., David T. The role of astrocytic calcium and TRPV4 channels in neurovascular coupling //Journal of computational neuroscience. - 2018. - Т. 44. - №. 1. - P. 97-114.
29. Komin N. et al. Multiscale Modeling Indicates That Temperature Dependent [Ca2 //Neural plasticity. - 2015. - Т. 2015.
30. Larter R., Craig M. G. Glutamate-induced glutamate release: A proposed mechanism for calcium bursting in astrocytes //Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science. - 2005. - Т. 15. - №. 4. - P. 047511.
31. Lavrentovich M., Hemkin S. A mathematical model of spontaneous calcium (II) oscillations in astrocytes //Journal of Theoretical Biology. - 2008. - Т. 251. - №. 4. - P. 553-560.
32. Lewis R. S. Store-operated calcium channels: new perspectives on mechanism and function // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2011. - Т. 3. - №. 12. - P. 26.
33. Liu W., Tang F., Chen J. Designing dynamical output feedback controllers for store- operated Ca2+ entry // Mathematical biosciences. - 2010. - Т. 228. - №. 1. - P. 110¬118.
34. Li Y. X., Rinzel J. Equations for InsP3 receptor-mediated [Ca2+] i oscillations derived from a detailed kinetic model: a Hodgkin-Huxley like formalism //Journal of theoretical Biology. - 1994. - Т. 166. - №. 4. - С. 461-473.
35. Lopez-Caamal F. et al. Spatial quantification of cytosolic Ca 2+ accumulation in nonexcitable cells: an analytical study //IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB). - 2014. - Т. 11. - №. 3. - P. 592-603.
36. Manninen T., Havela R., Linne M. L. Reproducibility and comparability of computational models for astrocyte calcium excitability // Frontiers in neuroinformatics. - 2017. - Т. 11. - P. 11.
37. Manninen T. et al. Challenges in reproducibility, replicability, and comparability of computational models and tools for neuronal and glial networks, cells, and subcellular structures // Frontiers in neuroinformatics. - 2018. - Т. 12. - P. 22.
38. Manninen T., Havela R., Linne M. L. Computational models for calcium-mediated astrocyte functions // Frontiers in computational neuroscience. - 2018. - Т. 12. - P. 14.
39. Markiewicz I., Lukomska B. The role of astrocytes in the physiology and pathology of the central nervous system //Acta Neurobiol Exp (Wars). - 2006. - Т. 66. - №. 4. - С. 343-358.
40. Mesiti F. et al. Astrocyte-neuron communication as cascade of equivalent circuits //Nano Communication Networks. - 2015. - Т. 6. - №. 4. - P. 183-197.
41. Montaseri G., Yazdanpanah M. J. Desynchronization of two coupled limit-cycle oscillators using an astrocyte-inspired controller //International Journal of Biomathematics. - 2014. - Т. 7. - №. 01. - P. 1450001.
42. Okubo Y. et al. Inositol 1, 4, 5-trisphosphate receptor type 2-independent Ca2+ release from the endoplasmic reticulum in astrocytes //Glia. - 2019. - Т. 67. - №. 1. - P. 113¬124.
43. Oschmann F. et al. Spatial separation of two different pathways accounting for the generation of calcium signals in astrocytes //PLoS computational biology. - 2017. - Т. 13. - №. 2. - P. e1005377.
44. Parri H. R., Crunelli V. The role of Ca2+ in the generation of spontaneous astrocytic Ca2+ oscillations //Neuroscience. - 2003. - Т. 120. - №. 4. - P. 979-992.
45. Politi A. et al. Models of IP3 and Ca2+ oscillations: frequency encoding and identification of underlying feedbacks // Biophysical Journal. - 2006. - Т. 90. - №. 9.
- P. 3120-3133.
46. Riera J. et al. Modeling the spontaneous Ca2+ oscillations in astrocytes: inconsistencies and usefulness //Journal of integrative neuroscience. - 2011. - Т. 10.
- №. 04. - P. 439-473.
47. Riera J. et al. Quantifying the uncertainty of spontaneous Ca2+ oscillations in astrocytes: particulars of Alzheimer's disease //Biophysical journal. - 2011. - Т. 101.
- №. 3. - P. 554-564.
48. Roth B. J. et al. A mathematical model of agonist-induced propagation of calcium waves in astrocytes //Cell calcium. - 1995. - Т. 17. - №. 1. - P. 53-64.
49. Siekmann I. et al. Data-Driven Modelling of the Inositol Trisphosphate Receptor (IP3R) and its Role in Calcium-Induced Calcium Release (CICR) // Computational glioscience. - Springer, Cham, 2019. - P. 39-68.
50. Skupin A. et al. How does intracellular Ca2+ oscillate: by chance or by the clock? //Biophysical journal. - 2008. - Т. 94. - №. 6. - P. 2404-2411.
51. Sofroniew M. V., Vinters H. V. Astrocytes: biology and pathology //Acta neuropathologica. - 2010. - Т. 119. - №. 1. - С. 7-35.
52. Stamatakis M., Mantzaris N. V. Modeling of ATP-mediated signal transduction and wave propagation in astrocytic cellular networks //Journal of theoretical biology. - 2006. - Т. 241. - №. 3. - P. 649-668.
53. Sterratt D. et al. Principles of computational modelling in neuroscience. - Cambridge University Press, 2011.
54. Stout Jr R. F., Parpura V. Voltage-gated calcium channel types in cultured C. elegans CEPsh glial cells // Cell calcium. - 2011. - Т. 50. - №. 1. - P. 98-108.
55. Takeuchi T., Duszkiewicz A. J., Morris R. G. M. The synaptic plasticity and memory hypothesis: encoding, storage and persistence // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2014. - Т. 369. - №. 1633. - P. 14.
56. Taheri M. et al. Diversity of evoked astrocyte Ca2+ dynamics quantified through experimental measurements and mathematical modeling // Frontiers in systems neuroscience. - 2017. - Т. 11. - P. 79.
57. Tang J., Luo J. M., Ma J. Information transmission in a neuron-astrocyte coupled model // PLoS One. - 2013. - Т. 8. - №. 11. - P. 11.
58. Toivari E. et al. Effects of transmitters and amyloid-beta peptide on calcium signals in rat cortical astrocytes: Fura-2AM measurements and stochastic model simulations //PloS one. - 2011. - Т. 6. - №. 3. - P. e17914.
59. Ullah G., Jung P., Cornell-Bell A. H. Anti-phase calcium oscillations in astrocytes via inositol (1, 4, 5)-trisphosphate regeneration //Cell calcium. - 2006. - Т. 39. - №. 3. - P. 197-208.
60. Wang X., Takano T., Nedergaard M. Astrocytic calcium signaling: mechanism and implications for functional brain imaging //Dynamic Brain Imaging. - Humana Press, 2009. - С. 93-109.
61. Witthoft A., Karniadakis G. E. A bidirectional model for communication in the neurovascular unit //Journal of Theoretical biology. - 2012. - Т. 311. - P. 80-93.
62. Witthoft A., Filosa J. A., Karniadakis G. E. Potassium buffering in the neurovascular unit: models and sensitivity analysis // Biophysical journal. - 2013. - Т. 105. - №. 9. - P. 2046-2054.
63. Zhao Y. T. et al. Arrhythmogenic mechanisms in ryanodine receptor channelopathies //Science China Life Sciences. - 2015. - Т. 58. - №. 1. - P. 54-58.
64. Zeng S. et al. Simulation of spontaneous Ca2+ oscillations in astrocytes mediated by voltage-gated calcium channels // Biophysical journal. - 2009. - Т. 97. - №. 9. - P. 2429-2437.