СОДЕРЖАНИЕ 2
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 4
ВВЕДЕНИЕ 6
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 8
1.1. Основные характеристики индуцированных плюрипотентных стволовых клеток 8
1.1.1. Предпосылки изучения плюрипотентных свойств клеток 8
1.1.2. Основные факторы, участвующие в репрограммировании 9
1.1.3. Стадии репрограммирования клеток 9
1.1.3.1. Стадия инициации репрограммирования 9
1.1.3.2. Стадия созревания иПС клеток 10
1.1.3.3. Стадия стабилизации иПС клеток 11
1.1.4. Использование иПС клеток в генной терапии 11
1.2. Использование лентивирусных векторов для репрограммирования клеток
1.2.1. Характеристика лентивирусной векторной системы 14
1.2.1.1. Геном вируса иммунодефецита человека-1 14
1.2.1.2. Ранние векторы, основанные на ВИЧ-1 15
1.2.1.3. Первое поколение лентивирусных векторов 16
1.2.1.4. Второе поколение лентивирусных векторов 17
1.2.1.5. Третье поколение лентивирусных векторов 17
1.2.2. Использование лентивекторов в репрограммировании клеток 17
1.3. Искусственные хромосомы человека в генной терапии 19
1.3.1. Способы доставки генетического материала для генной терапии 19
1.3.1.1. Вирусные системы доставки генетического материала 19
1.3.2. Искусственная хромосома как вектор для доставки генетического материала 21
1.3.2.1. Методы конструирования искусственных хромосом 21
1.4. Генетическая терапия гемофилии А 24
1.4.1. Фактор свёртываемости крови VIII 24
1.4.1.1. Участие FVIII в каскаде коагуляции 24
1.4.2. Современная терапия гемофилии А 25
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 26
2.1. Линии клеток и среды 26
2.2. Получение первичных фибробластов мыши 26
2.3. Трансфекция клеток кальций-фосфатным методом 27
2.4. Сборка вирусных частиц в HEK293T клетках 27
2.5. Титрование вирусных частиц 28
2.6. Получение индуцированных плюрипотентных клеток мыши 28
2.7. Иммунофлюоресцентное окрашивание клеток, находящихся в культуре 29
2.8. Тест на формирование тератом иПС клетками и приготовление препаратов
2.8.1. Окрашивание препаратов тератом гематоксилином 31
2.8.2. Иммуногистохимическое окрашивание полученных опухолей на маркер энтодермы альфа-фетопротеин 31
3. РЕЗУЛЬТАТЫ 32
3.1. Получение плюрипотентных стволовых клеток из первичных фибробластов мышей линии FVIII-/- 32
3.1.1. Наработка лентивирусных векторов с индуцируемой экспрессией
репрограммирующих факторов 32
3.1.2. Репрограммирование фибробластов в индуцированные плюрипотентные стволовые клетки 33
3.2. Доказательство плюрипотентного статуса полученных FVIII-/- иПС клеток мыши 35
3.2.1. Анализ экспрессии Oct4 в полученных иПС FVIII-/- клетках 35
3.2.2. Тестирование полученных иПС клонов на формирование тератом в мышах линии NU/J. 37
3.2.3. Окрашивание срезов опухолей гематоксилином 38
3.2.4. Иммуногистохимическое окрашивание опухолей на маркер энтодермы альфа-фетопротеин 40
4. ОБСУЖДЕНИЕ 41
4.1. Репрограммирование соматических клеток является низкоэффективным процессом. . 41
4.2. Полученные иПС клоны гетерогенны 42
7. ВЫВОДЫ 43
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 44
БЛАГОДАРНОСТИ 50
Гемофилия А (HA, hemophilia A) - наиболее распространённый дефект свёртывания крови (Bi et al.,1995), вызванный мутациями в находящемся на Х-хромосоме гене фактора свёртываемости крови VIII (FVIII). HA встречается преимущественно у мужчин (1 из 5 000-10 000 во всех популяциях), но может проявляться и у женщин- носительниц в результате различной инактивации Х-хромосом. До 70% пациентов с HA демонстрируют угрожающий жизни фенотип, имея меньше чем 1% от нормального уровня активности FVIII в плазме крови (Porada et al., 2014), и страдают от частых спонтанных кровотечений, приводящих к гематомам, хроническим болезненным заболеваниям суставов и потенциально угрожающему жизни внутреннему кровотечению. Современное лечение - регулярное профилактическое внутривенное вливание рекомбинантного или полученного из донорской плазмы фактора крови FVIII, является дорогостоящей процедурой и не может обеспечить долговременного эффекта.
Перспективной методикой лечения НА представляется генная терапия с использованием искусственной хромосомы человека (ИХЧ) в качестве вектора, несущего нормальной копии гена FVIII в клетки пациента. В качестве клеток-носителей для доставки ИХЧ в организм пациента могут выступить индуцированные плюрипотентные стволовые (иПС) клетки, полученные из соматических клеток самого пациента путем форсированной экспрессии генов, кодирующих факторы репрограммирования Oct4, Sox2, Klf4 и c-Myc (OSKM) (Okita and Yamanaka, 2011). Использование иПС клеток снимает проблему поиска подходящего донора и возможного отторжения трансплантата.
Целью данной работы является получение индуцированных стволовых клеток (иПС) из фибробластов мыши, мутантной по гену фактора VIII свёртываемости крови для геннотерапевтической модели лечения гемофилии А с помощью искусственных хромосом.
В соответствии с поставленной целью сформулированы следующие задачи:
1. Наработать лентивирусные векторы с индуцируемой экспрессией репрограммирующих факторов - Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc (OSKM).
2. Получить первичные фибробласты мыши, мутантные по гену фактора VIII свёртываемости крови, и провести их репрограммирование с помощью лентивирусной системы экспрессии OSKM.
3. Провести отбор индивидуальных иПС клонов и подтвердить экспрессию эндогенного плюрипотентного маркера Oct4.
4. Подтвердить плюрипотентность полученных иПС клеток с помощью анализа на формирование тератом и наличию в них производных трёх зародышевых листков.
1. Получены индуцированные плюрипотентные стволовые клетки мыши, дефектные по гену, кодирующему фактор VIII свёртываемости крови.
2. Полученные индуцированные плюрипотентные стволовые клетки экспрессируют эндогенный фактор Oct4, и способны развиваться в ткани всех зародышевых листков, что свидетельствует о их полном репрограммировании и плюрипотентности.
омилин А.Н. 2009. Роль и механизм действия транскрипционного фактора Oct4 в поддержании плюрипотентности стволовых клеток млекопитающих. Докторская диссертация. Санкт-Петербург. ИНЦ РАН. 111 с.
2. Akkina R.K., Walton R.M., Chen M.L., Li Q.X., Planelles V. and Chen I.S. 1996. High- efficiency gene transfer into CD34+ cells with a human immunodeficiency virus type 1-based retroviral vector pseudotyped with vesicular stomatitis virus envelope glycoprotein G. J. Virol. 70 : 2581-2585.
3. Apostolou E., Hochedlinger K. 2013. Chromatin dynamics during cellular reprogramming. Nature. 502 : 462-471.
4. Bi L., Lawler A.M., Antonarakis S.E., High K.A., Gearhart J.D., Kazazian H.H. Jr. 1995. Targeted disruption of the mouse factor VIII gene produces a model of haemophilia A. Nat Genet. 10(1) : 119-121.
5. Binder M.D., Hirokawa N., Windhorst U. 2009. Encyclopedia of Neuroscience. Berlin: Springer.
6. Bontempo F.A., Lewis J.H., Gorenc T.J., Spero J.A., Ragni M.V., Scott J.P., Starzl T.E. 1987. Liver Transplantation in Hemophilia A. Blood. 69(6) : 1721-1724.
7. Botquin V., Hess H., Fuhrmann G., Anastassiadis C., Gross M.K., Vriend G., Scholer H.R. 1998. New POU dimer configuration mediates antagonistic control of an osteopontin preimplantation enhancer by Oct-4 and Sox-2. Genes Dev. 12 : 2073-2090.
8. Carey B.W., Markoulaki S., Hanna J., Saha K., Gao Q., Mitalipova M., Jaenisch R. Reprogramming of murine and human somatic cells using a single polycistronic vector. 2009. Proc Natl Acad Sci. 106 : 157-162.
9. Chen J., Liu J., Yang J., Chen Y., Chen J., Ni S., Song H., Zeng L., Ding K., Pei D. 2011. BMPs functionally replace Klf4 and support efficient reprogramming of mouse fibroblasts by Oct4 alone. Cell Res. 21 : 205-212.
10. Chen M., Zhang H., Wu J., Xu L., Xu D., Sun J., He Y., Zhou X., Wang Z., Wu L., Xu S., Wang J., Jiang S., Zhou X., Hoffman A.R., Hu X., Hu J., Li T. 2012. Promotion of the induction of cell pluripotency through metabolic remodeling by thyroid hormone triiodothyronine-activated PI3K/AKT signal pathway. Biomaterials. 33 : 5514-5523.
11. Cowan C.A., Atienza J., Melton D.A. & Eggan K. 2005. Nuclear reprogramming of somatic cells after fusion with human embryonic stem cells. Science. 309 : 1369-1373.
12. David L., Polo J.M. 2014. Phases of reprogramming. Stem Cell Res. 12 : 754-761.
13. Di Stefano B., Sardina J.L., van Oevelen C., Collombet S., Kallin E.M., Vicent G.P., Lu J., Thieffry D., Beato M., Graf T. 2014. C/EBPa poises B cells for rapid reprogramming into induced pluripotent stem cells. Nature. 506 : 235-239.
14. Dos Santos R.L., Tosti L., Radzisheuskaya A., Caballero I., Kaji K., Hendrich B., Silva J. 2014. MBD3/NuRD Facilitates Induction of Pluripotency in a Context-Dependent Manner. Cell Stem Cell. 15 : 1-9.
15. Evans M.J., Kaufman M.H. 1981. Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos. Nature. 292 : 154-156.
16. Fahs S.A., Hille M.T., Shi Q., Weiler H., Montgomery R.R. 2014. A conditional knockout mouse model reveals endothelial cells as the principal and possibly exclusive source of plasma factor VIII. Blood. 123(24) : 3706-3713.
17. Farr C.J., Stevanovic M., Thomson E.J., Goodfellow P.N., Cooke H.J. 1992. Telomere-associated chromosome fragmentation: applications in genome manipulation and analysis. Nat Genet. 2 : 275-282.
18. Feng B., Jiang J., Kraus P., Ng J.H., Heng J.C., Chan Y.S., Yaw L.P., Zhang W., Loh Y.H., Han J., Vega V.B., Cacheux-Rataboul V., Lim B., Lufkin T., Ng H.H. 2009. Reprogramming of fibroblasts into induced pluripotent stem cells with orphan nuclear receptor Esrrb. Nat. Cell Biol. 11 : 197-203.
19. Gurdon J.B. 1962. The developmental capacity of nuclei taken from intestinal epithelium cells of feeding tadpoles. J Emb. Exp. Morphol. 10 : 622-640.
20. Hamasaki M., Hashizume Y., Yamada Y., Katayama T., Hohjoh H., Fusaki N., Nakashima Y., Furuya H., Haga N., Takami Y., Era T. 2012. Pathogenic mutation of ALK2 inhibits induced pluripotent stem cell reprogramming and maintenance: mechanisms of reprogramming and strategy for drug identification. Stem Cells. 30 : 2437-2449.
21. Hanna J., Saha K., Pando B., van Zon J., Lengner C.J., Creyghton M.P., van Oudenaarden A., Jaenisch R. 2009. Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration. Nature. 462 : 595-601.
22. Hanna J., Wernig M., Markoulaki S., Sun C.W., Meissner A., Cassady J.P., Beard C., Brambrink T., Wu L.C., Townes T.M., Jaenisch R. 2007. Treatment of sickle cell anemia mouse model with iPS cells generated from autologous skin. Science. 318 : 1920-1923.
23. Hawkins K., Joy S., McKay T. 2014. Cell signalling pathways underlying induced pluripotent stem cell reprogramming. World J Stem Cells. 6 : 620-628.
24. Hiratsuka M., Uno N., Ueda K., Kurosaki H., Imaoka N., Kazuki K., Ueno E., Akakura Y, Katoh M., Osaki M., Kazuki Y., Nakagawa M., Yamanaka S., Oshimura M. 2011. Integration-free iPS cells engineered using human artificial chromosome vectors. PLoS One. 6 : e25961.
25. Ho R., Papp B., Hoffman J.A., Merrill B.J., Plath K. 2013. Stage-specific regulation of reprogramming to induced pluripotent stem cells by Wnt signaling and T cell factor proteins. Cell Rep. 3 : 2113-2126.
26. Hollestelle M.J., Thinnes T., Crain K., Stiko A., Kruijt J.K., van Berkel T.J., Loskutoff D.J., van Mourik J.A. 2001. Tissue distribution of factor VIII gene expression in vivo - a closer look. Thromb Haemost. 86(3) : 855-861.
27. Hou P., Li Y, Zhang X., Liu C., Guan J., Li H., Zhao T., Ye J., Yang W., Liu K., Ge J., Xu J., Zhang Q., Zhao Y., Deng H. 2013. Pluripotent Stem Cells Induced from Mouse Somatic Cells by Small-Molecule Compounds. Science. 341 : 651-654.
28. Kay M.A., and High K. 1999.Gene therapy for the hemophilias. Proc.Natl.Acad. Sci.U.S.A. 96 (18):9973-9975.
29. Kazuki Y., Hoshiya H., Takiguchi M., Abe S., Iida Y., Osaki M., Katoh M., Hiratsuka M., Shirayoshi Y., Hiramatsu K., Ueno E., Kajitani N., Yoshino T., Kazuki K., Ishihara C., Takehara S., Tsuji S., Ejima F., Toyoda A., Sakaki Y, Larionov V., Kouprina N., Oshimura M. 2011. Refined human artificial chromosome vector for gene therapy and animal transgenesis. Gene Ther. 18 : 384-393.
30. Kondoh H., Lleonart M.E., Nakashima Y, Yokode M., Tanaka M., Bernard D., Gil J., Beach D. 2007. A high glycolytic flux supports the proliferative potential of murine embryonic stem cells. Antioxid. Redox Signal. 9 : 293-299.
31. Kopp J.L., Ormsbee B.D., Desler M., Rizzino A. 2008. Small increases in the level of Sox2 trigger the differentiation of mouse embryonic stem cells. Stem Cells. 26 : 903-911.
32. Kouprina N., Earnshaw W.C., Masumoto H., Larionov V. 2013. A new generation of human artificial chromosomes for functional genomics and gene therapy. Cell. Mol. Life Sci. 70 : 1135¬1148.
33. Kouprina N., Tomilin A., Masumoto H., Earnshaw W.C., Larionov V. 2014. Human artificial chromosome-based gene delivery vectors for biomedicine and biotechnology. Expert Opin. Drug. Deliv. 7 : 11-17.
34. Lee C.A., Berntorp E.E., Hoots W.K., eds. 2005. Textbook of Hemophilia. Malden, MA: Blackwell.
35. Li C., Klco J.M., Helton N.M., George D.R., Mudd J.L., Miller C.A., Lu C., Fulton R., O'Laughlin M., Fronick C., Wilson R.K., Ley T.J. 2015. Genetic heterogeneity of induced pluripotent stem cells: results from 24 clones derived from a single C57BL/6 mouse. PLoS One. 10 : e0120585.
36. Li R., Liang J., Ni S., Zhou T., Qing X., Li H., He W., Chen J., Li F., Zhuang Q., Qin B., Xu J., Li W., Yang J., Gan Y., Qin D., Feng S., Song H., Yang D., Zhang B., Zeng L., Lai L., Esteban
47
M.A., Pei D. 2010. A mesenchymal-to-epithelial transition initiates and is required for the nuclear reprogramming of mouse fibroblasts. Cell Stem Cell. 7 : 51-63.
37. Liu X., Sun H., Qi J., Wang L., He S., Liu J., Feng C., Chen C., Li W., Guo Y, Qin D., Pan G., Chen J., Pei D., Zheng H. 2013. Sequential introduction of reprogramming factors reveals a timesensitive requirement for individual factors and a sequential EMT-MET mechanism for optimal reprogramming. Nat. Cell Biol. 15 : 829-838.
38. Lois C., Hong E.J., Pease S., Brown E.J., Baltimore D. 2002. Germline transmission and tissuespecific expression of transgenes delivered by lentiviral vectors. Science. 295 : 868-872.
39. Lozier J.N., Nichols T.C. 2013. Animal models of hemophilia and related bleeding disorders. Semin Hematol. 50(2) : 175-184.
40. Maekawa M., Yamaguchi K., Nakamura T., Shibukawa R., Kodanaka I., Ichisaka T., Kawamura Y., Mochizuki H., Goshima N., Yamanaka S. 2011. Direct reprogramming of somatic cells is promoted by maternal transcription factor Glis1. Nature. 474 : 225-229.
41. Nakano M., Cardinale S., Noskov V.N., Gassmann R., Vagnarelli P., Kandels-Lewis S., Larionov V., Earnshaw W.C., Masumoto H. 2008. Inactivation of a human kinetochore by specific targeting of chromatin modifiers. Dev. Cell 14 : 507-522.
42. Niwa H., Miyazaki J., Smith A.G. 2000. Quantitative expression of Oct-3/4 defines differentiation, dedifferentiation or self-renewal of ES cells. Nat. Genet. 24 : 372-376.
43. Okita K., Ichisaka T. & Yamanaka S. 2007. Generation of germ-line competent induced pluripotent stem cells. Nature. 448 : 313-317.
44. Okita K., Yamanaka S. 2011. Induced pluripotent stem cells: opportunities and challenges. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 366 : 2198-2207.
45. Orlova N.A., Kovnir S.V., Vorobiev I.I., Gabibov A.G., Vorobiev A.I. 2013. Blood Clotting Factor VIII: From Evolution to Therapy. Acta Naturae. 5(2) : 19-39.
46. Page K.A., Landau N.R. and Littman D.R. 1990. Construction and use of a human immunodeficiency virus vector for analysis of virus infectivity. J. Virol. 64 : 5270-5276
47. Pallister C.J. and Watson M.S. 2010. Haematology. Scion Publishing. 336-347.
48. Pan G., Li J., Zhou Y, Zheng H., Pei D. 2006. A negative feedback loop of transcription factors that controls stem cell pluripotency and self-renewal. FASEB J. 20 : 1730-1732.
49. Park S.J., Yeo H.C., Kang N.Y, Kim H., Lin J., Ha H.H., Vendrell M., Lee J.S., Chandran Y, Lee D.Y., Yun S.W., Chang Y.T. 2014. Mechanistic elements and critical factors of cellular reprogramming revealed by stepwise global gene expression analyses. Stem Cell Res. 12 : 730-741.
50. Plath K., Lowry W.E. 2011. Progress in understanding reprogramming to the induced pluripotent state. Nat. Rev. Genet. 12 : 253-265.
51. Porada C. , Rodman C., Ignacio G., Atala A. and Almeida-Porada G. 2014. Hemophilia A: an ideal disease to correct in utero. Front Pharmacol. 5 : 1-12.
52. Rais Y., Zviran A., Geula S., Gafni O., Chomsky E., Viukov S., Hanna J. 2013. Deterministic direct reprogramming of somatic cells to pluripotency. Nature. 502 : 65-73.
53. Ramezani A., Hawley R.G. 2002. Overview of the HIV-1 lentiviral vector system. Curr Protoc Mol Biol. 16 : Unit 16.21.
54. Raya A., Rodriguez-Piza I., Guenechea G., Vassena R., Navarro S., Barrero M.J., Consiglio A., Castella M., Rio P., Sleep E., et.al. 2009. Disease-corrected haematopoietic progenitors from Fanconi anaemia induced pluripotent stem cells. Nature. 460 : 53-59.
55. Saffery R., Choo K.H. 2002. Strategies for engineering human chromosomes with therapeutic potential. J Gene Med. 4 : 5-13.
56. Sakuma T., Barry M.A., Ikeda Y 2012. Lentiviral vectors: basic to translational. Biochem. J. 443 : 603-618.
57. Samavarchi-Tehrani P., Golipour A., David L., Sung H.K., Beyer T.A., Datti A., Woltjen K., Nagy A., Wrana J.L. 2010. Functional genomics reveals a BMP-driven mesenchymal-to- epithelial transition in the initiation of somatic cell reprogramming. Cell Stem Cell. 7 : 64-77.
58. Tada M., Tada T., Lefebvre L., Barton S.C. & Surani M.A. 1997. Embryonic germ cells induce epigenetic reprogramming of somatic nucleus in hybrid cells. EMBO J. 16 : 6510-6520.
59. Takahashi K., Tanabe K., Ohnuki M., Narita M., Ichisaka T., Tomoda K., Yamanaka S. 2007. Induction of pluripotent stem cells from adult human fibroblasts by defined factors. Cell. 131 : 861-872.
60. Takahashi K., Yamanaka S. 2013. Induced pluripotent stem cells in medicine and biology. Development. 140 : 2457-2461.
61. Takahashi K.,Yamanaka S. 2006. Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. Cell. 126 : 663-676.
62. Tanabe K., Nakamura M., Narita M., Takahashi K., Yamanaka S. 2013. Maturation, not initiation is the major roadblock during reprogramming toward pluripotency from human fibroblasts. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 110 : 12172-12179.
63. Tang Y., Tian X.C. 2013. JAK-STAT3 and somatic cell reprogramming. JAKSTAT. 2 : e24935.
64. Terwilliger E., Burghoff R., Sia R., Sodroski J., Haseltine W. and Rosen C. 1988. The art gene product of human immunodeficiency virus is required for replication. J. Virol. 62 : 655-658.
65. Wakayama T., Perry A.C., Zuccotti M., Johnson K.R. & Yanagimachi R. 1998 Full-term development of mice from enucleated oocytes injected with cumulus cell nuclei. Nature. 394 : 369-374.
66. Walia B., Satija N., Tripathi R.P., Gangenahalli G.U. 2012. Induced pluripotent stem cells: fundamentals and applications of the reprogramming process and its ramifications on regenerative medicine. Stem Cell Rev. 8 : 100-115.
67. Wanisch D., Yanez-Munoz K. 2009. Integration-deficient lentiviral vectors: a slow coming of age. Mol. Ther. 7 : 1316-1332.
68. Wilmut I., Schnieke A.E., McWhir J., Kind A. J. & Campbell K. H. 1997. Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells. Nature. 385 : 810-813.
69. Wiznerowicz M., Trono D. 2003. Conditional suppression of cellular genes: lentivirus vector- mediated drug-inducible RNA interference J. Virol. 77 : 8957-8961.
70. Wu D., Li Y., Crise K., Burgess F. 2003. Transcription start regions in the human genome are favored targets for MLV integration. Science. 300 : 1749-1751.
71. Xu B., Zhang K., Huang Y 2009. Lin28 modulates cell growth and associates with a subset of cell cycle regulator mRNAs in mouse embryonic stem cells. RNA. 15 : 357-361.
72. Yamaguchi S., Kazuki Y, Nakayama Y, Nanba E., Oshimura M., Ohbayashi T. 2011. A method for producing transgenic cells using a multi-integrase system on a human artificial chromosome vector. PLoS One. 6 : e17267.
73. Yang J., Shen M.H. 2006. Polyethylene glycol-mediated cell fusion. Methods Mol. Biol. 325 : 59-66.
74. Yokoo N., Baba S., Kaichi S., Niwa A., Mima T., Doi H., Yamanaka S., Nakahata T., Heike T. 2009. The effects of cardioactive drugs on cardiomyocytes derived from human induced pluripotent stem cells. Biochem. and Bioph. Res. Com. 387 : 482-488.