Тип работы:
Предмет:
Язык работы:


ОБОСНОВАНИЕ АРХИТЕКТУРЫ ГИППОКАМПА КРЫСЫ ДЛЯ РЕАЛИЗАЦИИ НА БИОЛОГИЧЕСКИ РЕАЛИСТИЧНЫХ НЕЙРОННЫХ СЕТЯХ

Работа №61212

Тип работы

Дипломные работы, ВКР

Предмет

информатика

Объем работы53
Год сдачи2017
Стоимость4760 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
36
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


Введение 3
1. Гиппокамп 5
1.1 Начало исследования гиппокампа 5
1.2 Анатомия и морфология гиппокампа крысы 7
1.3 Функции гиппокампа 11
1.4 Роль в памяти 14
1.5 Пирамидальные нейроны 15
2. Метаболизм гиппокампа 17
2.1 Синапс 17
2.2 Химическая передача 20
2.3 Глутамат 21
2.4 Гамк (GABA) 23
2.5 Ацетилхолин 27
2.6 Куб Лёвхейма. Серотонин. Дофамин. Норадреналин 30
2.7 Разработанная архитектура 36
3. Мембранный потенциал 38
3.1 Ионные каналы (Na, K, CL) 38
3.2 Деполяризация 38
Заключение 44
Глоссарий 45
Список использованных источников


Мы живём во время нейробиологической революции и считаем, что необходимо рассматривать нейробиологию и нейроинформатику как обязательную основу для автономных систем, управляемых реакциями, подобными эмоциям, или вычислительными эмоциями. Успехи исследований в нейронауках (комплексе наук о человеческом мозге и устройстве его работы) вызвали всплеск интереса в различных сферах общества, в том числе и в IT.
Перед лабораторией нейробиологии КФУ стоит глобальная задача изучения GDP(Giant depolarizing potentials), и изучении роли гиппокампа во сне и в процессах взросления, (так как в связи со взрослением меняется роль ГАМК - он в молодом мозге играет роль ингибитора, а во взрослом роль эксайбитора).
A giant depolarizing potential (GDP) - это тип спонтанной активности, который можно наблюдать в развивающемся мозге на ранних стадиях развития. Одним из основных условий для развития GDP (которое встречается в развивающемся, но не взрослом мозге) является то, что действие ГАМК на этих стадиях должно быть возбуждающим, а не тормозным [1].
В начале развития нейронная активность в гиппокампе характеризуется гигантскими деполяризующими потенциалами (GDPs). Эти потенциалы состоят из рекуррентных деполяризаций мембраны с наложенными потенциалами быстрого действия, разделенных интервалами покоя. Они генерируются взаимодействием глутамата и гамма-аминомасляной кислоты (ГАМК), которая в непосредственном постнатальном периоде деполяризуется и возбуждает [2].
Гиппокамп играет важную роль в важных функциях мозга (например, в памяти, обучении), поэтому в последние два десятилетия этот мозговой регион стал главной целью исследований нейронауки. В течение этого периода было накоплено большое количество анатомических, нейрохимических и электрофизиологических данных. Несмотря на то, что были опубликованы отличные обзоры по анатомии и электрофизиологии формирования гиппокампа, нейрохимия этой области не была тщательно исследована. Поэтому целью этого обзора является обобщение нейрохимических данных о высвобождении основных нейротрансмиттеров, обнаруженных в области гиппокампа: глутамат (GLU), гамма-аминомасляная кислота (ГАМК), ацетилхолин (ACh), норадреналин (NA) И серотонин (5-НТ) [3].
Для достижения поставленных целей нужно было последовательно рассмотреть поведение и особенности пирамидальных нейронов в гиппокампе крысы, и подобрать наиболее подходящую модель во фреймворке NEST для построения реалистичных графиков мембранного потенциала и GDP в дальнейшем. Так-же стояла цель предложить свой вариант архитектуры гиппокампа крысы для дальнейшей реализации компьютерной модели, по которой впоследствии можно будет изучать поведение этого отдела мозга при определенных входных данных.


Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь в написании работ!


Разработанная архитектура на основе схемы циклов нейромедиаторов (Рис.10) была реализована во фреймворке симуляции реалистичных сетей NEST с использованием модулей для каждого из медиаторов.
Каждый медиатор на (Рис.10) является самостоятельным модулем, большинство из которых ещё предстоит реализовать. Модуль дофаминовой подсистемы уже показал хорошие результаты на правдоподобность [71], серотониновая, норадреналиновая подсистемы разработаны и сейчас проходят этап валидации в реальных объемах нейронов. Разработка моделей таких нейромедиаторов, как ацетилхолин, глутамат и ГАМК для NEST еще не завершена, и использование их влияния станет хорошим уточнением общей модели гиппокампа крысы.
Была реализована модель пирамидального нейрона отдела СА3 гиппокампа крысы (Рис.11) и получены реалистичные графики мембранного потенциала и активности ионных каналов (Рис.12).
В конечном итоге, будет получена компьютерная модель гиппокампа крысы, с протекающими там метаболическими процессами, что даст возможность симулировать различные состояния, в которые способна впадать крыса, и прогнозировать их, а также изучать биоэлектрическую активность гиппокампа крысы. Данная модель позволит более детально изучить эмоциональные состояние (Таблица 1) и способность мозга крысы к обучению.



1. Ben-Ari Y. GABA: a pioneer transmitter that excites immature neurons and generates primitive oscillations [Текст] / Y. Ben-Ari, J. Gaiarsa, R. Tyzio, R. Khazipov // Physiol Rev. - 2007.
2. Mohajerani M.H. Role of giant depolarizing potentials in shaping synaptic currents in the developing hippocampus [Текст] / M.H. Mohajerani, E. Cherubini // Crit Rev Neurobiol. - 2006.
3. Vizi E.S. Neurochemistry and pharmacology of the major hippocampal transmitter systems: synaptic and nonsynaptic interactions [Текст] / E.S. Vizi,
J.P. Kiss // Hippocampus. - 1998.
4. Per Andersen. The Hippocampus book [Текст] / Per Andersen, R. Morris, D. Amaral, T. Bliss, J. O’Keefe // Oxford university press. - 2007.
5. Alberts D.A. Dorland's illustrated medical dictionary (32nd ed.) [Текст] / Philadelphia, PA: Saunders // Elsevier. - 2012.
6. Покровский В.М. Физиология человека [Текст] / В.М. Покровский, Г.Ф. Коротько // 2003.
7. Amaral D. Ch 3. Hippocampal Neuroanatomy. The Hippocampus Book [Текст] / D. Amaral, P. Lavenex // Oxford University Press. - 2006.
8. Aimone J.B. Regulation and Function of Adult Neurogenesis: From Genes to Cognition [Текст] / J.B. Aimone, Y. Li, S.W. Lee, G.D. Clemenson, W. Deng, F.H. Gage // Physiological Reviews. - 2014.
9. Wheeler D.W. Hippocampome.org: a knowledge base of neuron types in the rodent hippocampus [Текст] / D.W. Wheeler, C.M. White, C.L. Rees, A.O. Komendantov, D.J. Hamilton, G.A. Ascoli // eLife. - 2015.
10. Gray J.A. The Neuropsychology of Anxiety: An Enquiry into the Functions of the Septo-Hippocampal System [Текст] / J.A. Gray, N. McNaughton // Oxford University Press. - 2000.
11. Scoville W.B. Loss of recent memory after bilateral hippocampal lesions [Текст] / W.B. Scoville, B. Milner // Journal of Neurology, Neurosurgery, and Psychiatry. - 1957.
12. Squire L.R. The legacy of patient H.M. for neuroscience [Текст] / L.R. Squire // Neuron. - 2009.
13. Eichenbaum H. Memory, Amnesia, and the Hippocampal System [Текст] / H. Eichenbaum, N.J. Cohen // MIT Press. - 1993.
14. O'Keefe J. The hippocampus as a spatial map. Preliminary evidence from unit activity in the freely-moving rat [Текст] / J. O'Keefe, J. Dostrovsky // Brain Research. - 1971.
15. O'Keefe J. The Hippocampus as a Cognitive Map [Текст] / J. O'Keefe,
L. Nadel // Oxford University Press. - 1978.
16. Moser E.I. Place cells, grid cells, and the brain's spatial representation system [Текст] / E.I. Moser, E. Kropff, M.B. Moser // Annual Review of Neuroscience. - 2008.
17. Schiller D. Memory and Space: Towards an Understanding of the Cognitive Map [Текст] / D. Schiller, H. Eichenbaum, E.A. Buffalo, L. Davachi,
D. Foster, S. Leutgeb, C. Ranganath // Journal of Neuroscience. - 2015.
18. Eichenbaum H. The hippocampus and declarative memory: Cognitive mechanisms and neural codes [Текст] / H. Eichenbaum // Behavioural Brain Research. - 2001.
19. Buzsaki G. Memory, navigation and theta rhythm in the hippocampal- entorhinal system [Текст] / G. Buzsaki, I.E. Moser // Nature Neuroscience. - 2013.
20. Ito R. The role of the hippocampus in approach-avoidance conflict decision-making: Evidence from rodent and human studies [Текст] / R. Ito, A.C. Lee // Behavioural Brain Research. - 2016.
21. Squire L.R. The Neuropsychology of Memory [Текст] / L.R. Squire,
D. L. Schacter // Guilford Press. - 2002.
22. VanElzakker M. Environmental novelty is associated with a selective increase in Fos expression in the output elements of the hippocampal formation and the perirhinal cortex [Текст] / M. VanElzakker, R.D. Fevurly, T. Breindel, R.L. Spencer // Learning & Memory. - 2008.
23. Di Gennaro G. Severe amnesia following bilateral medial temporal lobe damage occurring on two distinct occasions [Текст] / G. Di Gennaro, L.G. Grammaldo, P.P. Quarato, V. Esposito, A. Mascia, A. Sparano, G.N. Meldolesi, A. Picardi // Neurological Sciences. - 2006.
24. Virley D. Primary CA1 and conditionally immortal MHP36 cell grafts restore conditional discrimination learning and recall in marmosets after excitotoxic lesions of the hippocampal CA1 field [Текст] / D. Virley, R.M. Ridley, J.D. Sinden, T.R. Kershaw, S. Harland // Brain. - 1999.
25. Diana R.A. Imaging recollection and familiarity in the medial temporal lobe: a three-component model [Текст] / R.A. Diana, A.P. Yonelinas, C. Ranganath // Trends in Cognitive Sciences. - 2007.
26. Elias L.J. Neuropsychology: Clinical and Experimental Foundations [Текст] / L.J. Elias, D. M. Saucier // Boston: Pearson/Allyn & Bacon. - 2006.
27. Jerome Engel. Epilepsy: A Comprehensive Textbook in Three Volumes [Текст] // Philadelphia, PA: Lippincott Williams & Wilkins. - 2008.
28. Schacter D.L. Psychology (2nd ed.) [Текст] / D.L. Schacter, D.T. Gilbert, D.M. Wegner // New York: Worth Publishers. - 2011.
29. Missler M. Synaptic cell adhesion [Текст] / M. Missler, T.C. Sudhof, T. Biederer // Cold Spring Harb Perspect Biol. - 2012.
30. Foster M. Textbook of Physiology, volume 3 (7th ed.) [Текст] / M. Foster, C. S. Sherrington // London: Macmillan. - 1897.
31. Tansey E.M. Not committing barbarisms: Sherrington and the synapse, 1897 [Текст] / E.M. Tansey // Brain Research Bulletin. Amsterdam: Elsevier. -
1997.
32. Perea G. Tripartite synapses: astrocytes process and control synaptic information [Текст] / G. Perea, M. Navarrete, A. Araque // Trends in Neurosciences. Cambridge, MA: Cell Press. - 2009.
33. Silverthorn, Dee Unglaub. Human Physiology: An Integrated Approach (4th ed.) [Текст] / W.C. Ober, C.W. Garrison, A.C. Silverthorn, B.R. Johnson // San Francisco: Pearson/Benjamin Cummings. - 2007.
34. Lynch M.A. Long-Term Potentiation and Memory [Текст] / M.A. Lynch // Physiological Reviews. - 2004.
35. Krugers Harm J. Regulation of Excitatory Synapses and Fearful Memories by Stress Hormones [Текст] / Krugers Harm J., Zhou Ming, Joels Marian // Kindt Merel Frontiers in Behavioral Neuroscience. - 2011.
36. Drexel M. Expression of GABA receptor subunits in the hippocampus and thalamus after experimental traumatic brain injury [Текст] / M. Drexel, N. Puhakka, E. Kirchmair, H. Hortnagl, A. Pitkanen, G. Sperk // Neuropharmacology. - 2015.
37. Meldrum B.S. Glutamate as a neurotransmitter in the brain: review of physiology and pathology [Текст] / B.S. Meldrum // The Journal of Nutrition. - 2000.
38. McEntee W.J. Glutamate: its role in learning, memory, and the aging brain [Текст] / W.J. McEntee, T.H. Crook // Psychopharmacology. - 1993.
39. Okubo Y. Imaging extrasynaptic glutamate dynamics in the brain [Текст] / Y. Okubo, H. Sekiya, S. Namiki // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2010.
40. C.A. Tamminga. Glutamate dysfunction in hippocampus: relevance of dentate gyrus and CA3 signaling [Текст] / C.A. Tamminga, S. Southcott,
C. Sacco, A.D.Wagner, S.Ghose // Schizophr Bull. - 2012.
41. Watanabe M. GABA and GABA receptors in the central nervous system and other organs [Текст] / M. Watanabe, K. Maemura, K. Kanbara, T. Tamayama, H. Hayasaki // International Review of Cytology. - 2002.
42. Jennifer L. Hellier. The Brain, the Nervous System, and Their Diseases [3 volumes] [Текст] // ABC-CLIO, LLC. - 2015.
43. Marescaux C. Generalized Non-Convulsive Epilepsy: Focus on GABA- B Receptors [Текст] / M. Vergnes, R. Bernasconi // Journal of Neural Transmission. Supplementa. - 1992.
44. Sieghart W. Subunit composition, distribution and function of GABA(A) receptor subtypes [Текст] / W. Sieghart, G. Sperk // Curr Top Med Chem. - 2002.
45. Enna S.J. GABAB receptor signaling pathways [Текст] / S.J. Enna // Pharmacology of GABA and Glycine Neurotransmission (Handbook of Experimental Pharmacology) (Volume 150). - 2001.
46. Ffrench-Constant R.H. A point mutation in a Drosophila GABA receptor confers insecticide resistance [Текст] / T.A. Rocheleau, J.C. Steichen, A.E. Chalmers // Nature. - 1993.
47. Szabadics J. Excitatory effect of GABAergic axo-axonic cells in cortical microcircuits [Текст] / Varga C, Molnar G, Olah S, Barzo P, Tamas G // Science. - 2006.
52. Jones B.E. From waking to sleeping: neuronal and chemical substrates [Текст] // Trends in pharmacological sciences. - 2005.
53. Himmelheber A.M. Increases in cortical acetylcholine release during sustained attention performance in rats [Текст] / A.M. Himmelheber, M. Sarter,
J.P. Bruno // Brain research. Cognitive brain research. - 2000.
54. Platt Bettina. The cholinergic system, EEG and sleep [Текст] / Platt Bettina, Riedel Gernot // Behavioural Brain Research. - 2011.
55. Woolf N.J. Cholinergic systems in the rat brain: IV. Descending projections of the pontomesencephalic tegmentum [Текст] / N.J. Woolf, L.L. Butcher // Brain Research Bulletin. - 1989.
56. Goldberg J.A. Spontaneous firing and evoked pauses in the tonically active cholinergic interneurons of the striatum [Текст] / J.A. Goldberg, J.N.J. Reynolds // Neuroscience. - 2011.
57. Hasselmo M.E. The Role of Acetylcholine in Learning and Memory [Текст] / M.E. Hasselmo // Current opinion in neurobiology. - 2006.
58. Lovheim H. A new three-dimensional model for emotions and monoamine neurotransmitters [Текст] / H. Lovheim // Med Hypotheses. - 2012.
59. Gonzalez-Flores D. Ingestion of Japanese plums (Prunus salicina Lindl. cv. Crimson Globe) increases the urinary 6-sulfatoxymelatonin and total antioxidant capacity levels in young, middle-aged and elderly humans: Nutritional and functional characterization of their content [Текст] / D. Gonzalez-Flores, B. Velardo, M. Garrido, D. Gonzalez-Gomez // Journal of Food and Nutrition Research. - 2011.
60. Young S.N. How to increase serotonin in the human brain without drugs [Текст] / S.N. Young // Rev. Psychiatr. Neurosci. - 2007.
61. Berger M. The expanded biology of serotonin [Текст] / M. Berger, J.A. Gray, B.L. Roth // Annu. Rev. Med. - 2009.
62. Duman R.S. Neural plasticity: consequences of stress and actions of antidepressant treatment [Текст] // Dialogues in Clinical Neuroscience. - 2004.
63. Marian Joels. The neuro-symphony of stress [Текст] / Marian Joels, Tallie Z. Baram // Nature Reviews Neuroscience. - 2009.
64. Moncrieff J. The myth of the chemical cure. A critique of psychiatric drug treatment [Текст] / J. Moncrieff // Basingstoke, UK: Palgrave MacMillan. - 2008.
65. Malenka R.C. Chapter 6: Widely Projecting Systems: Monoamines, Acetylcholine, and Orexin [Текст] / R.C. Malenka, E.J. Nestler, S.E. Hyman // Molecular Neuropharmacology: A Foundation for Clinical Neuroscience (2nd ed.) - 2009.
66. Hall J.E. Textbook of medical physiology [Текст] / J.E. Hall, A.C. Guyton // St. Louis, Mo: Elsevier Saunders. - 2006.
67. Lim Carmay. Chapter 10. Potassium Versus Sodium Selectivity in Monovalent Ion Channel Selectivity Filters [Текст] / Lim Carmay, Dudev Todor // The Alkali Metal Ions: Their Role in Life. - 2016.
68. Persinger M. The Cancer Cell Plasma Membrane Potentials as Energetic Equivalents to Astrophysical Properties [Текст] / M. Persinger, R. Lafrenie // International Letters of Chemistry, Physics and Astronomy. - 2014.
69. Lodish H. Molecular Cell Biology (7th ed.) [Текст] / H. Lodish, A. Berk, C. Kaiser, M. Krieger, A. Bretscher, H. Ploegh, A. Amon // 2000.
70. Hodgkin A. A quantitative description of membrane current and its application to conduction and excitation in nerve [Текст] / A. Hodgkin, A. Huxley // J. Physiol. - 1952.
71. A. Leukhin. Simulation of a Fear-like State on a Model of Dopamine System of Rat Brain [Текст] / M. Talanov, I. Sozutov // Biologically Inspired Cognitive Architectures (BICA). - 2016.


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.




©2025 Cервис помощи студентам в выполнении работ