Гиппокамп - одна из самых старых частей лимбической системы головного мозга, отвечающая за многие важные функции, например,участвует в формирование эмоций, переход кратковременной памяти в долговременную. До сих пор не установлено, как именно происходят многие механизмы внутри гиппокампа. Модель или симуляция этих процессов, могли бы помочь ученым лучше понимать их, а также увеличило бы скорость проверки теорий.
Целью данной работы является построение части численной модели нейронной сети гиппокампа крысы, а именно моделирование GiantDepolarizationPotential. Вычислительная машина воспроизводит только вычислительный процесс, в ней нет нейронов. Однако данные, полученные с помощью вычислительной машины, можно соотнести с реальными. Вычислительных мощностей не хватит для симуляции мозга человека, поэтому был выбран мозг крысы. Так как рассматриваемый отдел мозга у млекопитающих имеет много общего, то адаптация симуляции для человеческого мозга может быть произведена относительно быстро.
Для достижения цели были поставлены следующие задачи:
1. Выбор инструмента для моделирования нейрона и нейронной сети;
2. Выбор модели нейрона;
3. Моделирование процесса Giant Depolarization Potential;
4. Создание удобного интерфейса для моделирования процесса в рамках одного нейрона, а такжеAPIдля разработчиков нейронных сетей.
В результате выполнения дипломной работы было разработано приложение, позволяющее проводить моделирование
giantdepolarizationpotential и наблюдать изменение мембранного потенциала, а также проводимости глутамата и ГАМК.
В процессе выполнения дипломной работы были решены следующие задачи:
• Создана новая модель нейрона в Nest, правильно отображающая основные параметры нейрона;
• На основе новой модели создано приложение, реалистично моделирующее GDP;
• Создана графическая оболочка, позволяющая изменять параметры моделирования, позволяющая просмотреть изменения в поведении при GDP с различными параметрами.
Дальнейшее развитие приложения:
• Добавление новых параметров;
• Добавление новых графиков.
1. IlgamKhalilov. Dynamic Changes from Depolarizing to Hyperpolarizing GABAergic Actions during Giant Depolarizing Potentials in the Neonatal Rat Hippocampus / IlgamKhalilov, Marat Minlebaev, Marat Mukhtarov, RoustemKhazipov - Казань. Казанскийуниверситет, 2015 - 8с.
2. Документация Brian/ [Электронный
ресурс]https://brian2.readthedocs.io/en/stable/index. html
3. Документация Neuron/ [Электронный ресурс]
http: //www. neuron. yale. edu/neuron/docs
4. Документация Nest/ [Электронный ресурс] http://www.nest-
simulator. org/documentation/
5. Henri M. Duvernoy. The Human Hippocampus / Henri M. Duvernoy, 1998 - 233c.
6. Per Andersen. The Hippocampus Book / Per Andersen, Richard Morris, DavidAmaral, Tim Bliss, & John O’Keefe, 2007 - 872c.
7. The Human Brain: From Neurone to Nervous System /
[Электронныйресурс] http://neurones.co.uk/Neurosciences/Chapters/Chapter%208/Ch%208%2 0Old/P. 18%20Hippocampus%20OLD.html
8. AmbroiseGartner. Hippocampus: Anatomy, Functions and Neurobiology / AmbroiseGartner, Dener Frantz, 2010 - 196c.
9. John H. Byrne. Introduction to Neurons and Neuronal Networks / [Электронныйресурс]
http: //neuroscience. uth.tmc.edu/s 1 /introduction.html
10. Шмидт Р. Физиология человека: учеб. пособие / Р.Шмидт, Г. Тевс - 3-е издание, 2005 - 323с.
11. Курс нейробиологии Гарварда / [Электронный ресурс]
https://www.mcb80x.org/
12. Ситдикова Г.Ф. Структура и функции каналов возбудимой клетки:
электронный ресурс / Ситдикова Г.Ф, Хафизов Г.Ф, HermannA. - Казань. Казанский университет, 2011 - 96с.
http://kpfu.ru/docs/F1752605902/Ion%20channel.pdf
13. Hodgkin A.L. A quantitative description of membrane current and its application to conduction and excitation in nerve. / Hodgkin A.L, Huxley A.F., J. Physiol, 1952 - 544с.
14. Marc-Oliver Gewaltig. NEST by Example: An Introduction to the Neural Simulation Tool NEST Version 2.6.0 / Marc-Oliver Gewaltig, Abigail Morrison ,EkkehardPlesser, 2014 - 21с.
http://www.nest-simulator.org/wp-
content/uploads/2015/02/NEST_by_Example.pdf
15. Симуляцияионныхканалов / [Электронныйресурс]
https://www. mcb80x.org/course/electrical_properties/action_potential/ac t