Список сокращений 4
Введение 6
Глава 1. Обзор литературы 10
Краткий обзор семейств гепатоцитарных ядерных факторов. 10
Семейство С/ЕВР. 10
Семейство HNF1 14
Семейство HNF3 17
Семейство HNF6 20
Семейство HNF4 21
Супер-семейство ядерных рецепторов 29
Развитие печени 31
Семейство GATA 32
Развитие поджелудочной железы 33
Обобщение сведений о локализации и влиянии ГЯФ на гепато-специфическую
экспрессию. 35
Обеспечение гепатоцитарного фенотипа - взаимная регуляция ГЯФ. 38
HNF4 - один из важнейших ГЯФ 42
Роль ГЯФ при регенерации и вирусной инфекции 45
Нарушения экспрессии ГЯФ 46
Гепатоцеллюлярные карциномы 47
ГЯФ при канцерогенезе 58
Заключение 59
Экспериментальная часть 61
Глава 2. Материалы и методы 61
Список использованных растворов и сред. 61
Линии перевиваемых гепатокарцином 62
Клеточные линии. 62
Бактериальные штаммы и плазмидные векторы. 62
Выделение нуклеиновых кислот 63
Электрофорез нуклеиновых кислот 64
Метод “Обратная Транскрипция - Полимеразная Цепная Реакция” (ОТ-ПЦР) 64 Метод TRAP (Telomerese Repeate Amplification Protocol) 69
Авторадиография 70
Иммунохимическое выявление белков 70
Сканирование и компьютерная обработка результатов. 71
Глава 3. Результаты исследований 72
Описание исследуемой модели гепатокарцином мышей 72
Восстановление экспрессии гена HNF4a в культуре клеток НЗЗ 84
Анализ коллекции перевиваемых гепатокарцином мышей 92
Глава 4. Обсуждение полученных результатов 97
Экспрессия HNF4a коррелирует с уровнем дифференцировки гепатокарцином. 97
Изменение экспрессии ГЯФ и некоторых транскрипционных факторов при 98
прогрессии ГК мышей.
Снижение уровня дифференцировки при прогрессии ГК мышей. 105
Утрата эпителиальных свойств при прогрессии ГК мышей Ю6
Индукция активности гена с-тус и активация теломеразного комплекса. Ю7
Восстановление экспрессии гена HNF4a 108
Восстановление некоторых эпителиальных свойств. 109
Восстановление экспрессии гепато-специфических транскрипционных 110
регуляторов.
Выводы 116
Список литературы 117
Злокачественный рост клеток основан на автономной и неограниченной пролиферации клеточного клона, выходящего за пределы собственной ткани и способного к росту в негомологичных тканях. При этом опухоль представляет собой популяцию генетически нестабильных клеток, в которых происходит постоянное накопление мутаций, ведущих к эволюции опухоли в сторону более агрессивного фенотипа. Это явление, получившее название опухолевой прогрессии, является фундаментальным свойством опухолей различного происхождения, но всегда определяется свойствами исходной ткани, давшей начало опухоли.
Гепатокарцинома (ГК) - один из самых часто встречаемых раков в мире, лечение которого осложняется тем, что опухоли обычно образуются на базе хронических заболеваний печени. По эпидемиологическим данным, хронические инфекции вирусами HBV и HCV являются причиной до 80% ГК в мире.
Вирусные инфекции вызывают хронические воспаления печени, при которых в ткани высок уровень клеточной смерти и пролиферации. Это пренеопластическая стадия; при стимуляции, например, оксидативным стрессом или воспалительными цитокинами, происходит злокачественная трансформация клеток (Buendia, 2000).
Прогрессия ГК сопровождается снижением уровня дифференцировки,сопряженным с подавлением экспрессии ткане-специфических генов, увеличением скорости пролиферации клеток, утратой эпителиальной морфологии, приобретением инвазивности и способности к метастазированию. Однако карциномы часто сохраняют способность к ре-дифференцировке.
Возможность реверсии низко-дифференцированных гепатом к более дифференцированным была показана in vitro (Spath and Weiss, 1998) при экзогенной экспрессии гена гепатоцитарного ядерного фактора (HNF) 4а - специфичного для печени регулятора транскрипции.
Определяющую роль в регуляции экспрессии большинства генов, специфичных для печени, и в поддержании дифференцировочного статуса клеток играет соотношение в клетке уровней так называемых гепатоцитарных ядерных факторов (ГЯФ), к которым относят несколько семейств регуляторных белков: HNF1, С/ЕВР, HNF3, HNF4 и HNF6. Тканевая специфичность экспрессии печень-специфических генов достигается, по- видимому, одновременным участием нескольких гепатоцитарных факторов в регуляции j их транскрипции. Между экспрессией ГЯФ существуют тесные связи, однако, иерархические отношения между представителями различных семейств факторов пока исследованы недостаточно полно.
В настоящей работе роль ГЯФ в прогрессии ГК исследована на созданной в НИИ Канцерогенеза РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН коллекции перевиваемых ГК мыши, полученных из химически индуцированных первичных опухолей. В эту коллекцию входят также две ГК единого происхождения, резко различающиеся по скорости роста и уровню дифференцировки: медпенно-растущая дифференцированная ГК мыши (мГК) и одномоментно выщепившийся из нее на раннем пассаже, по-видимому, в результате инактивации одного или немногих ключевых генов, быстро-растуший де- дифференцированный вариант (6ГК).
Мы предположили, что сравнение свойств мГК и 6ГК позволит идентифицировать генетические пути, определяющие основные свойства прогрессии ГК, и приступить к разработке новых подходов к нормализации злокачественного фенотипа, а также к диагностике ГК.
Цели и задачи исследования.
Целью настоящей работы была идентификация генов и выявление молекулярных механизмов, которые лежат в основе прогрессии и де-дифференцировки опухолей печени.
« В рамках этой проблемы основное внимание было сосредоточено на определении
роли гепатоцитарных транскрипционных факторов и неткане-специфических регуляторов, экспрессия которых изменяется в ходе прогрессии опухолей, и поиске путей реверсии злокачественного фенотипа.
Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие экспериментальные задачи:
• Провести сравнительную характеристику медленной и быстрой ГК мышей с целью идентификации генов, в экспрессии которых при скачкообразной прогрессии от мГК к 6ГК произошли существенные изменения.
• Охарактеризовать гены, экспрессия которых прямо или обратно коррелирует с уровнем дифференцировки при прогрессии.
• Проанализировать роль HNF4a в поддержании уровня дифференцировки, установлении эпителиального фенотипа и регуляции экспрессии гепато- специфических генов в ГК мышей in vitro.
Научная новизна и практическая ценность работы
Новизна исследования в первую очередь связана с использованием имеющихся в нашем распоряжении уникальных моделей: коллекции химически идуцированных ГК с различной скоростью роста и уровнем дифференцировки и системы ГК мышей единого происхождения (мГК и 6ГК), резко отличающихся по скорости роста, дифференцировочному статусу и морфологическим характеристикам, а также культуры клеток 6ГК (НЗЗ).
Это позволило методом полуколичественного ОТ-ПЦР впервые провести полный анализ спектров экспрессии ГЯФ, определяющих фенотип печени, при прогрессии ГК.
Наши результаты показали, что уровень транскрипции HNF4a, одного из ключевых гепато-специфических регуляторов, коррелирует с уровнем экспрессии маркеров дифференцировки и общим дифференцировочным статусом химически индуцированных ГК, о котором мы можем судить по морфологическим признакам. Ранее подобные исследования опухолей печени in vivo не проводились.
В работе впервые показано, что по сравнению с нормальной печенью, в ГК, сохраняющих высокий уровень дифференцировки, параллельно с ре-экспрессией онко- эмбрионального маркера a-фетопротеина (АФП) происходит активация транскрипции эмбриональной изоформы HNF4a7.
Нами показано, что при прогрессии произошли резкие изменения в экспрессии целого блока ГЯФ и других транскрипционных регуляторов. Значительно снижена экспрессия HNF1, vHNFl, C/EBPa, HNF4a, HNF3y и HNF6, ядерного рецептора FTF и энтодермального фактора GATA4 и активируется транскрипция ядерного рецептора COUP-TFI. Изменений в экспрессии ряда других транскрипционных факторов: С/ЕВРр, HNF3a, HNF30, ядерного рецептора COUP-TFII, энтодермального фактора GATA 6 не произошло. Основные закономерности экспрессии ГЯФ, выявленные на этой модели, подтверждены на коллекции химически индуцированных ГК с различным уровнем дифференцировки.
Нами показано, что наряду со снижением уровня дифференцировки прогрессия от мГК к 6ГК сопровождается активацией онкогена с-шус и теломеразного комплекса.
При прогрессии ГК активируется экспрессия транскрипционного регулятора Snail - индуктора эпителиально-мезенхимального перехода.
При экзогенной экспрессии HNF4a в культуре клеток НЗЗ мы наблюдали частичное восстановление экспрессии гепато-специфических генов.
Впервые получены свидетельства того, что фактор HNF4a прямо или косвенно способен активировать экспрессию генов ГЯФ HNF6 и HNF4a7 и транскрипцию ядерного рецептора FTF. Таким образом, под воздействием экзогенной экспрессии HNF4a в культуре НЗЗ произошел сдвиг в сторону приобретения более дифференцированного гепато-специфического фенотипа.
Изучение возможностей реверсии опухолевого фенотипа и идентификация генов, участвующих в этом процессе, а также определение механизмов регуляции генов опухолевых маркеров относится к фундаментальным исследованиям природы опухолевого роста и имеет прямое отношение к разработке методов диагностики и биотерапии злокачественных опухолей. Повышение уровня дифференцировки в ГК может увеличить чувствительность опухоли к терапии.
Апробация работы
Диссертация была апробирована на совместном заседании кафедры Вирусологии МГУ им. М.В. Ломоносова и лаборатории Иммунохимии НИИ Канцерогенеза РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН 7 апреля 2001 года. Доклад по теме диссертации ("Экспрессия печень-специфических генов в новой модели быстро- и медленно-растущих гепатокарцином мышей") был признан лучшим на VI Международной конференции студентов и аспирантов по фундаментальным наукам "Ломоносов-99", секция "Биология",подсекция "Вирусология". Материалы исследований, представленных в работе, докладывались на международных конференциях: XXIX International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine (ISOBM) Meeting and VIII International Symposium “Biology and Clinical Usefulness of Tumor Markers”, 2001; Rodolphe Brupbacher Foundation Fifth Scientific Symposium "Clinical and Basic Oncology: New Developments", 2001.
Публикации
По теме диссертации опубликовано 8 печатных работ.
Структура и объем работы
Диссертация изложена на 135 страницах машинописного текста (12 шрифт, полуторный интервал), содержит 14 рисунков, 3 таблицы. Состоит из глав: «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты исследования», «Обсуждение результатов», «Выводы» и «Список литературы». Список литературы содержит 244 источников, в том числе 9 в отечественных рецензируемых изданиях
Абелев, Г.И. (2000). Механизмы дифференцировки и опухолевый рост. Биохимия 65(1): 127-138.
Варга, Е.В. (2002). ГЯФ и опухолевые маркеры при прогрессии гепатокарцином. Дисс. на соискание ученой степени канд. биол. наук., М.
Варга, Е.В., Черемнова, О.А.. Овчинников, Д.А., Шапигузов, А.. Кудрявцева. Е.И.. Морозова, О.В., Энгельгардт, Н.В., Лазаревич, Н.Л. (2001). Экспрессия тканеспецифических генов при прогрессии гепатокарцином мыши. Генетика 37(6): 803- 10.
Копнин, Б.П. (2000). Мишени действия онкогенов и опухолевых супрессоров: ключ к пониманию базовых механизмов канцерогенеза. Биохимия 65(1): 5-33.
Кудрявцева, Е.И., Морозова, О.В., Рудинская, Т.Д., Энгельгардт, Н.В. (2001). Нарушение межклеточных контактов и взаимодействия клеток с внеклеточным матриксом в быстрорастущей гепатокарциноме мышей. Архив Патологии 4: 33-37.
Куприна, Н.И. (1965). Органоспецифические антигены в печени и экспериментальных гепатомах. Дисс. на соискание ученой степени канд. биол. наук. М.
Урываева, И.В., Бродский, В. (1972). Особенности репродукции гепатоцитов при регенерации печени мыши. Цитология 14(10): 1219-28.
Урываева, И.В., Фактор, В.М. (1975). Фракция роста печени, ее состав по плоидности клеток и изменение при старении. Онтогенез 6(5): 458-465.
Энгельгардт, Н.В., Кудрявцева, Е.И., Морозова, О.В., Рудинская, Т.Д. (2000). Скачкообразная прогрессия перевиваемой гепатокарциномы мышей, сопряженная с утратой полярности клеток. Архив Патологии 62(3): 24-29
Abelev, G.I. (1965). Antigenic structure of chemically-induced hepatomas. Prog Exp Tumor Res 7: 104-57.
Abelev, G.I. (1993). Alpha-fetoprotein biology. Sov. Sci. Rev. D. Physicochem. Biol. 11: 85-109.
Abelev, G.I., Perova, S., Khramkova, N.I., Postnikova, Z.A., Irlin, I. (1963). Production of embrional alpha-globulin by the transplantable mouse hepatomas. Transplant. Bull 1: 174- 180.
Anastasiadis, A.G., Lemm, I., Radzewitz, A., Lingott, A., Ebert, T., Ackermann, R., Ryffel, G.U., Schulz, W.A. (1999). Loss of function of the tissue specific transcription factor HNF1 alpha in renal cell carcinoma and clinical prognosis. Anticancer Res 19(3A): 2105-10.
Ang, S.L., Wierda, A., Wong, D., Stevens, K.A., Cascio, S., Rossant, J., Zaret, K.S. (1993). The formation and maintenance of the definitive endoderm lineage in the mouse: involvement of HNF3/forkhead proteins. Development 119(4): 1301-15.
Ayer, D. (1999). Histone deacetylases: transcriptional repression with SINers and NuRDs. Trends Cell Biol 9: 193-198.
Bach, I., Galcheva-Gargova, Z., Mattei, M.G., Simon-Chazottes, D., Guenet, J.L., Cereghini, S., Yaniv M. (1990). Cloning of human hepatic nuclear factor 1 (HNF1) and chromosomal localization of its gene in man and mouse. Genomics 8(1): 155-64.
Bach, I., Mattei, M.G., Cereghini, S., Yaniv M. (1991). Two members of an HNF1 homeoprotein family are expressed in human liver. Nucleic Acids Res 19(13): 3553-9.
Bach, I., Pontoglio, M., Yaniv M. (1992). Structure of the gene encoding hepatocyte nuclear factor 1 (HNF1). Nucleic Acids Res 20(16): 4199-204.
Bach, I., Yaniv M. (1993). More potent transcriptional activators or a transdominant inhibitor of the HNF1 homeoprotein family are generated by alternative RNA processing. EMBOJ 12(11): 4229-42.
Bailly, A., Torres-Padilla, M.E., Tinel, A.P., Weiss, M.C. (2001). An enhancer element 6 kb upstream of the mouse HNF4alphal promoter is activated by glucocorticoids and liver- enriched transcription factors. Nucleic Acids Res 29(17): 3495-505.
Batsche, E., Muchardt, C., Behrens, J., Hurst, H.C., Cremisi, C. (1998). RB and c-Myc activate expression of the E-cadherin gene in epithelial cells through interaction with transcription factor AP-2. Mol Cell Biol, 18(7):3647-58.
Baumhueter, S., Courtois, G., Crabtree G.R. (1988). A variant nuclear protein in dedifferentiated hepatoma cells binds to the same functional sequences in the beta fibrinogen gene promoter as HNF-1. EMBO J 7(8): 2485-93.
Baumhueter, S., Mendel, D.B., Conley, P.B., Kuo, C.J., Turk, C., Graves, M.K., Edwards, C.A., Courtois, G., Crabtree G.R. (1990). HNF-1 shares three sequence motifs with the POU domain proteins and is identical to LF-B1 and APF. Genes Dev 4(3): 372-9.
Bello-Fernandez C., Packham G., Cleveland JL. (1993). The ornithine decarboxylase gene is a transcriptional target of c-Myc. Proc Natl Acad Sci USA, 90(16): 7804-8.
Bernier, D., Thomassin, H., Allard, D., Guertin, M., Hamel, D., Blaquiere, M., Beauchemin, M., LaRue, H., Estable-Puig, M., Belanger, L. (1993). Functional analysis of developmentally regulated chromatin-hypersensitive domains carrying the alpha 1-fetoprotein gene promoter and the albumin/alpha 1-fetoprotein intergenic enhancer. Mol Cell Biol, 13(3):1619-33
Blumenfeld, M., Maury, M., Chouard, T., Yaniv, M., Condamine, H. (1991). Hepatic nuclear factor 1 (HNF1) shows a wider distribution than products of its known target genes in developing mouse. Development 113: 589-599.
Bodnar, P.M., Kononenko, L.O. (1998). Glucobay in the therapy of patients with non¬insulin-dependent diabetes mellitus. Lik Sprava, 3: 111-4.
Bois-Joyeux, B., Danan, J. L. (1994). Members of the CCAAT/enhancer-binding protein, hepatocyte nuclear factor-1 and nuclear factor-1 families can differentially modulate the activities of the rat a-fetoprotein promoter and enhancer. Biochem. J. 301: 49-55.
Boj, S.F., Parrizas, M., Maestro, M.A., Ferrer, J. (2001). A transcription factor regulatory circuit in differentiated pancreatic cells. Proc Natl Acad Sci USA 98(25): 14481-6.
Bossard, P., Zaret, K. (1998). GATA transcription factors as potentiators of gut endoderm differentiation. Development 125: 4909-17.
Bracke, M.E., Van Roy, F.M., Mareel, M.M. (1996). The E-cadherin/catenin complex in invasion and metastasis. Curr Top Microbiol Immunol, 213 (1): 123-61.
Buchkovich, K.J., Greider, C.W. (1996). Telomerase regulation during entry into the cell cycle in normal human T cells. Mol Biol Cell, 7(9): 1443-54.
Buendia, M.A. (2000). Genetics of hepatocellular carcinoma. Semin Cancer Biol 10(3): 185-200.
Bulla, G.A., Fournier,. R.E.K., (1992). Selection of hepatoma cell variants deficient in alpha 1-antitrypsin gene expression. Somat. Cell. Mol. Genet., 18: 361- 370.
Bulla, G.A., Fournier, R.E. (1994). Genetic analysis of a transcriptional activation pathway by using hepatoma cell variants. Mol Cell Biol 14(11): 7086-94.
Carver, E.A., Jiang, R., Lan, Y., Oram, K.F., Gridley, T. (2001). The mouse snail gene encodes a key regulator of the epithelial-mesenchymal transition. Mol Cell Biol, 21(23): 8184-8.
Cascio, S., Zaret, K. (1991). Hepatocyte differentiation initiates during endodermal- mesenchymal interactions prior to liver formation. Development 113: 217-215.
Cereghini, S. (1996). Liver-enriched transcription factors and hepatocyte differentiation. FASEB J 10(2): 267-82.
Cereghini, S., Blumenfeld, M., Yaniv M. (1988). A liver-specific factor essential for albumin transcription differs between differentiated and dedifferentiated rat hepatoma cells. Genes Dev 2(8): 957-74.
Cereghini, S., Ott, M.O., Power, S., Maury M. (1992). Expression patterns of vHNFl and HNF1 homeoproteins in early postimplantation embryos suggest distinct and sequential developmental roles. Development 116(3): 783-97.
Chang, C.J., Chen, Y.L., Lee, S.C. (1998). Coactivator TIF10 interacts with transcription factor C/EBP0 and glucocorticoid receptor to induse al-acid glycoprotein gene expression. Mol Cell Biol 18: 5880-87.
Chaya, D., Fougere-Deschatrette, C., Weiss, M.C. (1997). Liver-enriched transcription factors uncoupled from expression of hepatic functions in hepatoma cell lines. Mol Cell Biol, 17 (11): 6311-20.
Chen, M., Ou, J.H. (1995). Cell type-dependent regulation of the activity of the negative regulatory element of the hepatitis В virus core promoter. Virology 214(1): 198-206.
Chen, H.L., Wu, X.Z., Tong, H., Qureshi, I.A. (1997). Correlation between the Dynamic • Changes of Lipids and Phospholipases during Induced Hepatocarcinogenesis. Sheng Wu Hua Xue Yu Sheng Wu Wu Li Xue Bao (Shanghai), 29(5):489-94.
Chen, P.L., Riley, D.J., Chen, Y., Lee, W.H. (1996). Retinoblastoma protein positivly regulates terminal adiposyte differentiation through direct interaction with C/EBPs. Genes Dev. 10:2794-2804.
Chen, W.S., Manova, K., Weinstein, D.C., Duncan, S.A., Plump, A.S., Prezioso, V.R., Bachvarova, R.F., Jr. Darnell, J.E. (1994). Disruption of the HNF4 gene, expressed in visceral endoderm, leads to cell death in embrionic ectoderm and impaired gastrulation of mouse embryos. Genes Dev., 8: 2466-2477.
Chevre, J.C., Hani, E.H., Boutin, P., Vaxillaire, M., Blanche, H., Vionnet, N., Pardini, V.C., Timsit, J., Larger, E., Charpentier, G., Beckers, D., Maes, M., Bellanne-Chantelot, C., Velho, G., Froguel, P. (1998). Mutation screening in 18 Caucasian families suggest the existence of other MODY genes. Diabetologia, 41(9): 1017-23.
Cirillo, L., Zaret, K. (1999). An early developmental transcription factor complex that is md 'fable on nucleosome core particles than on free DNA. Mol Cell 4: 961-969.
trk, K.L., Halay, E.D., Lai, E., Burley S.K. (1993). Co-crystal structure of the HNF- 3/fork head DNA-recognition motif resembles histone H5. Nature 364(6436): 412-20.
Clotman, F., Lannoy, V.J., Reber, M., Cereghini, S., Cassiman, D., Jacquemin, P., Roskams, T., Rousseau, G.G., Lemaigre, F.P. (2002). The onecut transcription factor HNF6 is required for normal development of the biliary tract. Development, 129(8): 1819-28.
> Cockell, M., Stolarczyk, D., Frutinger, S., Hughes, G.J., Wellauer, P.K. (1995). Binding
site HNF3- beta and gamma and pancreas transcription factor 1 are required for expression of the gene encoding pancreatic alfa-amylase. Moll Cell Biol, 15: 1933-41/
Coffinier, C., Thepot, D., Babinet, C., Yaniv, M., Barra J. (1999). Essential role for the homeoprotein vHNFl/HNFlbeta in visceral endoderm differentiation. Development 126(21): 4785-94.
Coffinier, C., Varra, J., Babinet, C., Yaniv, M. (1999a). Expression of the vHNFl/HNFlbeta homeoprotein gene during mouse organogenesis. Meeh Dev 89(1-2): 211-13.
Cong, Y.S., Wen, J., Bacchetti, S. (1999). The human telomerase catalytic subunit hTERT: organization of the gene and characterization of the promoter. Hum Mol Genet, 8(1): 137-42.
Conneely, O.M., Kettelberger, D.M., Tsai, M.J., Schrader, W.T., O'Malley, B.W. (1989). The chicken progesterone receptor A and В isoforms are products of an alternate translation initiation event. J Biol Chem, 264(24): 14062-4.
Corrales, F.J., Perez-Mato, I., Sanchez Del Pino, M.M., Ruiz, F., Castro. C., Garcia- Trevijano, E.R., Latasa, U., Martinez-Chantar, M.L., Martinez-Cruz, A., Avila, M.A., Mato, J.M. (2002). Regulation of mammalian liver methionine adenosyltransferase. J Nutr, 132 (8): 2377S- 81S
Costa, R.H., Grayson, D.R., Jr. Darnell JE (1989). Multiple hepatocyte-enriched nuclear factors function in the regulation of transthyretin and alpha 1-antitrypsin genes. Mol Cell Biol 9(4): 1415-25.
Costa A, Pulido F, Rubio R, Cepeda C, Torralba M, Costa JR. (2002). Lipid changes in HIV-infected patients who started rescue therapy with an amprenavir/ritonavir-based highly active antiretroviral therapy. AIDS, 16(14): 1983-4.
Crowe, A.J., Sang, L., Li, K., Lee, K., Spear, B., Barton, M.C. (1999). Hepatocyte nuclear factor 3 relieves chrometin-mediated repression of the alpha-fetoprotein gene. J Biol Chem 274: 25113-25120.
DeSimone, V., L. De Magistris, D. Lazzaro, J. Gerstner, P. Monaci, A. Nicosia, R. Cortese (1991). LFB3, a heterodimer-forming homeoprotein of the LFB1 family, is expressed in specialized epithelia. Embo J 10(6): 1435-43.
>. Descombes, P., U. Schibler (1991). A liver-enriched transcriptional activator protein,
LAP, and a transcriptional inhibitory protein, LIP, are translated from the same mRNA. Cell 67(3): 569-79.
Diehl, A.M. (1998). Roles of CCAAT/enhancer-binding proteins in regulation of liver regenerative growth. Journal Of Biological Chemistry 273(47): 30843-6.
Drewes, T., Senkel, S., Holewa, B., Ryffel G.U. (1996). Human hepatocyte nuclear factor 4 isoforms are encoded by distinct and differentially expressed genes. Mol Cell Biol 16(3): 925- 31.
Duncan, S.A., Manova, K., Chen, W.S., Hoodless, P., Weinstein, D.C., Bachvarova, R.F., Jr. Darnell JE (1994). Expression of transcription factor HNF-4 in the extraembryonic endoderm, gut, and nephrogenic tissue of the developing mouse embryo: HNF-4 is a marker for primary endoderm in the implanting blastocyst. Proc Natl Acad Sci USA 91(16): 7598-602.
Duncan, S.A., Nagy, A., Chan, W. (1997). Murine gastrulation requires HNF-4 regulated i-gene expression in the visceral endoderm: tetrapioid rescue of Hnf-4(-/-) embryos. Development
124(2): 279-87.
Duncan, S.A., Navas, M.A., Dufort, D., Rossant, J., Stoffel M. (1998). Regulation of a transcription factor network required for differentiation and metabolism. Science 281(5377): 692-5.
Edlund, M., Wikstrom, K., Toomik, R., Ek, P., Obrink, B. (1998). Characterization of protein kinase C-mediated phosphorylation of the short cytoplasmic domain isoform of C-CAM. FEBS, 425(1): 166-70.
Evans, R.M. (1988). The steroid and thyroid hormon receptor superfamily. Science, 240: 889-895.
Falvey, E., Marcacci, L., Schibler U. (1996). DNA-binding specificity of PAR and C/EBP leucine zipper proteins: a single amino acid substitution in the C/EBP DNA-binding domain confers PAR-like specificity to C/EBP. Biol Chem 377(12): 797-809.
Flodby, P., C. Barlow, H. Kylefjord, L. Ahrlund-Richter, K.G. Xanthopoulos (1996). Increased hepatic cell proliferation and lung abnormalities in mice deficient in CCAAT/enhancer binding protein alpha. J Biol Chem 271(40): 24753-60.
Frain, M., Swart, G., Monaci, P., Nicosia, A., Stampfli, S., Frank, R., Cortese R. (1989). The liver-specific transcription factor LF-B1 contains a highly diverged homeobox DNA binding domain. Cell 59(1): 145-57.
Friedman, A.D., Landshulz, W.H., McKnight, S.L. (1989). CCAAT/enhancer-binding protein activates the promoter of the serum albumin gene in cultured hepatoma cells. Genes Dev., 3: 1314-1322.
Fukuda-Taira, S. (1981). Hepatic induction in the avian embryo: specificity of reactive endoderm and inductive mesoderm. J Embryol Exp Morphol 63: 111-125.
Galameau, L., Pare, J.F., Allard, D., Hamel, D., Levesque, L., Tugwood, J.D., Green, S., Belanger, L. (1996). The alpha 1-fetoprotein locus is activated by a nuclear receptor of the Drosophila FTZ-F1 family. Mol Cell Biol, 16(7):3853-65.
Garcia, A.D., Ostapchuk, P., and Hearing, P. (1993). Functional interaction of nuclear factors EF-C, HNF-4, and RXR alpha with hepatitis В virus enhancer I. J. Virol., 67: 3940-50.
Giroldi, L.A., Bringuier, P.P., de Weijert, M., Jansen, C., van Bokhoven, A., Schalken,
J.A. (1997). Role of E boxes in the repression of E-cadherin expression. Biochem Biophys Res Commun, 241(2):453-8.
Greenbaum, L.E., D.E. Cressman, B.A. Haber, R. Taub (1995). Coexistence of C/EBP alpha, beta, growth-induced proteins and DNA synthesis in hepatocytes during liver regeneration. Implications for maintenance of the differentiated state during liver growth. J Clin Invest 96(3): 1351-65.
Greenbaum, L.E., Li, W., Cressman, D.E., Peng, Y., Ciliberto, G., Poli, V., Taub R. (1998). CCAAT enhancer- binding protein beta is required for normal hepatocyte proliferation in mice after partial hepatectomy. J Clin Invest 102(5): 996-1007.
Greider, C.W., Blackbum, E.H. (1985). Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts. Cell, 43(21):405-13
Greider, C.W., Blackbum, E.H. (1989). A telomeric sequence in the RNA of Tetrahymena telomerase required for telomere repeat synthesis. Nature, 337(6205):331 -7
Gregory, P., Horz, W. (1998). Life with nucleosomes: chromatin remodeling in gene regulation. Curr Opin Cell Biol 10: 339-345.
Guaita, S., Puig, I., Franci, C., Garrido, M., Dominguez, D., Batlie, E., Sancho, E., Dedhar, S., Garcia De Herreros, A., Baulida, J. (2002). Snail induction of epithelial-to- mesenchymal transition in tumor cells is accompanied by MUC-1 repression and ZEB1 expression. J Biol Chem (epub ahead of print).
Gualdi, R., Bossard, P., Zheng, M., Hamada, Y., Coleman, J.R., Zaret, K.S. (1996). Hepatic specification of the gut endoderm in vitro: cell signaling and transcriptional control. Gene Dev 10: 1670-1682.
Hadzopoulou-Cladaras, M., Kistanova, E., Evagelopoulou, C., Zeng, S., Cladaras, C„ Ladias, J.A. (1996). Functional domain of the HNF4. J. Biol. Chem. 272(1): 539-550.
Hall, A.J., Chuansumrit, A., Peake, I.R., Winship, P.R. (1994). A single base pair deletion in the promoter region of the factor DC gene is associated with haemophilia B. Thromb Haemost 72(6): 799-803.
Hall, R.K., Sladek, F.M., Granner D.K. (1995). The orphan receptors COUP-TF and HNF-4 serve as accessory factors required for induction of phosphoenolpyruvate carboxykinase gene transcription by glucocorticoids. Proc Natl Acad Sci U S A 92(2): 412-6.
Hann, H.W., Stahlhut, M.W., Rubin, R., Maddrey, W.C. (1992). Antitumor effect of deferoxamine on human hepatocellular carcinoma growing in athymic nude mice. Cancer, 70(8):2051-6.
Hanahan, D., Weinberg, R.A., (2000). The hallmarks of cancer. Cell 100(1): 57-70.
Hamish, D.C., Malik, S., Kilbourne, E., Costa, R., Karathanasis S.K. (1996). Control of apolipoprotein AI gene expression through synergistic interactions between hepatocyte nuclear factors 3 and 4. J Biol Chem 271(23): 13621-8.
Hata, K. (1995). On the right track. The integrated IEC campaign succeeds in recruiting many acceptors in a fishing commune. Integration, 45:14-6.
Hatzis, P., Talianidis, I. (2001). Regulatory mechanisms controlling human hepatocyte nuclear factor 4alpha gene expression. Mol Cell Biol, 21(21): 7320-30.
Hayashi, Y., Wang, W., Ninomiya, T., Nagano, H., Ohta, K., Itoh H. (1999). Liver enriched transcription factors and differentiation of hepatocellular carcinoma. Mol Pathol 52(1): 19-24.
Hayhurst, G.P., Lee, Y.H., Lambert, G., Ward, J.M., Gonzalez F.J. (2001). Hepatocyte nuclear factor 4alpha (nuclear receptor 2A1) is essential for maintenance of hepatic gene expression and lipid homeostasis. Mol Cell Biol 21(4): 1393-403.
Hemavathy, K., Ashraf, S.I., Ip, Y.T. (2000). Snail/slug family of repressors: slowly going into the fast lane of development and cancer. Gene, 257(1): 1-12.
Henriksson, M., Luscher, В. (1996). Proteins of the Мус network: essential regulators of cell growth and differentiation. Adv Cancer Res, 68:109-82
Herbst, R.S., Nielsch, U., Sladek, F., Lai, E., Babiss, L.E., Jr. Darnell J.E. (1991). Differential regulation of hepatocyte-enriched transcription factors explains changes in albumin and transthyretin gene expression among hepatoma cells. New Biol 3(3): 289-96.
Hertz, R., Magenheim, J., Berman, I., Bar-Tana J. (1998). Fatty acyl-CoA thioesters are ligands of hepatic nuclear factor-4alpha. Nature 392(6675): 512-6.
Hibshoosh, H., Johnson, M., Weinstein, I.B. (1991). Effects of overexpression of ornithine decarboxylase (ODC) on growth control and oncogene-induced cell transformation. Oncogene, 6(5):739-43
Holewa, B., Strandmann, E.P., Zapp, D., Lorenz, P., Ryffel, G.U. (1996a). Transcriptional hierarchy in Xenopus embryogenesis: HNF4 a maternal factor involved in the developmental activation of the gene encoding the tissue specific transcription factor HNF1 alpha (LFB1). Meeh Dev, 54(l):45-57.
Holewa, B., Pogge, E. (1996b). Transcriptional hierarchy in Xenopus embriogenesis: д HNF4 is maternal factor involved in the developmental activation of the gene encoding the tissue
specific transcription factor LFB1. Meeh. Dev. 54: 45-57.
Huang, G.T., Lee, H.S., Chen, C.H., Chiou, L.L., Lee, C.Z, Chen, D.S., Hsu, H.C., Sheu,
J.C. (1999). Tissue hepatocyte growth factor and proliferating cell nuclear antigen in hepatocellular carcinoma. J Formos Med Assoc 98(2): 92-6.
Imhof, A., Yang, X.J., Ogryzko, V.V., Nakatani, Y., Wolffe, A.P., Ge, H. (1997). Acetylation of general transcription factors by histone acetyltransferases. Curr Biol 7(9): 689- 92.
Inaba, T., Shapiro, L.H., Funabiki, T. (1994). DNA-binding specifity and trans- activatingponential of the leukemia-associated E2A-hepatic leukemia factor protein. Mol Cell Biol 14: 3403-14.
Ingelman-Sundberg, M., Johansson, I., Persson, I., Oscarson, M., Hu, Y., Bertilsson, L., Dahl, M.L., Sjoqvist, F. (1994). Genetic polymorphism of cytochrome P450. Functional consequences and possible relationship to disease and alcohol toxicity. EXS 71: 197-207.
Jung, J., Zheng, M., Goldfarb, M., Zaret, K.S. (1999). Initiation of mammalian liver development from endoderm by fibroblast growth factors. Science 284: 1998-2003.
Kaestner, K.H., Hiemisch, H., Luckow, B., Schutz G. (1994). The HNF-3 gene family of transcription factors in mice: gene structure, cDNA sequence, and mRNA distribution. Genomics 20(3): 377-85.
Kaestner, K.H., Hiemisch, H., Schutz G. (1998). Targeted disruption of the gene encoding hepatocyte nuclear factor 3gamma results in reduced transcription of hepatocyte¬specific genes. Mol Cell Biol 18(7): 4245-51.
Kaestner, K.H., Katz, J., Liu, Y., Drucker, D.J., Schutz G. (1999). Inactivation of the winged helix transcription factor HNF3alpha affects glucose homeostasis and islet glucagon gene expression in vivo. Genes Dev 13(4): 495-504.
Kaestner, K.H., Knochel, W., Martinez D.E. (2000). Unified nomenclature for the winged helix/forkhead transcription factors. Genes Dev 14(2): 142-6.
Khramkova, N.I., Postnikova, Z.A., Abelev, G.I. (1963). Antigenic structure of mouse hepatomas Ш. A study of organospecific liver antigens in the hepatomas with the aid of specific antibodies. Neoplasma 10(2): 127-131.
Kritis, A.A., Ktistaki, E., Barda, D., Zannis, V.I., Talianidis, I. (1993). An indirect negative autoregulatory mechanism involved in hepatocyte nuclear factor-1 gene expression. Nucleic Acids Res 21(25): 5882-9.
Ktistaki, E. (1995). Recruitment of hepatosyte nuclear factor 4 into specific intranuclear compartmens depends on tyrosin phosphorylation that affects its DNA-binding and transactivation potencial. Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 9876-80.
Krutovskikh, V.A., Oyamada, M., Yamasaki, H. (1991). Sequential changes of gap- junctional intercellular communications during multistage rat liver carcinogenesis: direct measurement of communication in vivo. Carcinogenesis 12(9): 1701-6.
Kuo, C.F., Xanthopoulos, K.G., Jr. Darnell J.E. (1990). Fetal and adult localization of C/EBP: evidence for combinatorial action of transcription factors in cell-specific gene expression. Development 109(2): 473-81.
Kuo, C.J., Conley, P.B., Chen, L., Sladek, F.M., Jr. Darnell JE, Crabtree G.R. (1992). A transcriptional hierarchy involved in mammalian cell-type specification. Nature 355(6359): 457- 61.
Kuo, C.T., Morrisey, E.E., Anandappa, R., Sigrist, K., Lu, M.M., Parmacek, M.S., Soudais, C., Leiden, J.M. (1997). GATA4 transcription factor is required for ventral morphogenesis and heart tube formation. Genes Dev 11(8): 1048-60.
Lahuna, О., Fernandez, L., Karlsson, H., Maiter, D., Lemaigre, F.P., Rousseau, G.G., Gustafsson, J., Mode, A. (1997). Expression of hepatocyte nuclear factor 6 in rat liver is sex¬dependent and regulated by growth hormone. Proc Natl Acad Sci USA 94(23): 12309-13.
Lahuna, O., Rastegar, M., Maiter, D., Thissen, J.P., Lemaigre, F.P., Rousseau, G.G. (2000). Involvement of STAT5 (signal transducer and activator of transcription 5) and HNF-4 (hepatocyte nuclear factor 4) in the transcriptional control of the hnf6 gene by growth hormone. Mol Endocrinol 14(2): 285-94.
Landry, C., Clotman, F., Hioki, T., Oda, H., Picard, J.J., Lemaigre, F.P., Rousseau G.G. (1997). HNF-6 is expressed in endoderm derivatives and nervous system of the mouse embryo and participates to the cross-regulatory network of liver- enriched transcription factors. Dev Biol 192(2): 247-57.
Landschulz, W.H., Johnson, P.F., McKnight, S.L. (1988). The leucine zipper: a hypothetical structure common to a new class of DNA binding proteins. Science, 240: 1754- 1764.
Lannoy, V.J., Burglin, T.R., Rousseau, G.G., Lemaigre F.P. (1998). Isoforms of . hepatocyte nuclear factor-6 differ in DNA-binding properties, contain a bifunctional homeodomain, and define the new ONECUT class of homeodomain proteins. J Biol Chem 273(22): 13552-62.
Lavery, D.J., Lopez-Molina, L., Margueron, R., Fleury-Olela, F., Conquet, F., Schibler, U., Bonfils C. (1999). Circadian expression of the steroid 15 a-hydroxylase (Cyp2a4) and coumarin 7-hydroxylase (Cyp2a5) genes in mouse liver is regulated by the PAR leucine zipper transcription factor DBP. Mol Cell Biol 19(10): 6488-99.
LeDouarin, N.M. (1975). An eperimental analysis of liver development. Med Biol 53: 427-55.
Lee, Y.H., Sauer, B., Johnson, P.F., Gonzalez F.J. (1997). Disruption of the c/ebp alpha gene in adult mouse liver. Mol Cell Biol 17(10): 6014-22.
Legraverend, C., Antonson, P., Flodby, P., Xanthopoulos, K.G. (1993). High level activity of the mouse CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP alpha) gene promoter involves autoregulation and several ubiquitous transcription factors. Nucleic Acids Res 21(8): 1735-42.
Lekstrom-Himes, J., Xanthopoulos K.G. (1998). Biological role of the CCAAT/enhancer- binding protein family of transcription factors. J Biol Chem 273(44): 28545-8.
Lemaigre, F.P., Durviaux, S.M., Truong, O., Lannoy, V.J., Hsuan, J.J., Rousseau G.G. (1996). Hepatocyte nuclear factor 6, a transcription factor that contains a novel type of A
homeodomain and a single cut domain. Proc Natl Acad Sci USA 93(18): 9460-4.
Li, J., Ning, G., Duncan, S.A. (2000). Mammalian hepatocyte differentiation requires the
transcription factor HNF-4alpha. Genes Dev 14(4): 464-74.
Lincoln, A.J., Monczak, Y., Williams, S.C., Johnson P.F. (1998). Inhibition of CCAAT/enhancer-binding protein alpha and beta translation by upstream open reading frames. J Biol Chem 273(16): 9552-60.
Lingner, J., Hughes, T.R., Shevchenko, A., Mann, M., Lundblad, V., Cech, T.R. (1997). Reverse transcriptase motifs in the catalytic subunit of telomerase. Science, 276 (5312): 561 -7.
Locker, J. (2001). Tissue-specific regulation by transcription factors. Transcription factors. J. Locker. Oxford, BIOS Scientific Publishers Ltd. 1: 237-262.
Lopez-Molina, L., Conquet, F., Dubois-Dauphin, M., Schibler U. (1997). The DBP gene is expressed according to a circadian rhythm in the suprachiasmatic nucleus and influences circadian behavior. Embo J 16(22): 6762-71.
Magee, T.R., Cai, Y., El-Houseini, M.E., Locker, J., Wan, Y.J. (1998). Retinoic acid Г mediates down-regulation of the alpha-fetoprotein gene through decreased expression of
hepatocyte nuclear factors. J Biol Chem 273(45): 30024-32.
McPherson, C.E., Shim, E.Y., Friedman, D.S., Zaret, K.S. (1993). An active tissue¬specific enhancer and bound transcription factors existing in a precisely positioned nucleosomal array. Cell 75(2): 387-98.
Mendel, D.B., Hansen, L.P., Graves, M.K., Conley, P.B., Crabtree G.R. (1991). HNF-1 alpha and HNF-1 beta (vHNF-1) share dimerization and homeo domains, but not activation domains, and form heterodimers in vitro. Genes Dev 5(6): 1042-56.
Michalopoulos, G.K., DeFrances, M.C. (1997). Liver regeneration. Science 276(5309): 60-6.
Miquerol, L., Lopez, S., Cartier, N., Tulliez, M., Raymondjean, M., Kahn, A. (1994). Expression of the L-type pyruvate kinase gene and the hepatocyte nuclear factor 4 transcription factor in exocrine and endocrine pancreas. J Biol Chem, 269(12): 8944-51.
Molkentin, J., Lin, Q., Duncan, S., Olson, E. (1997). Requirement of the transcription factor GATA4 for heart tube formation and ventral morphogenesis. Genes Dev. 11: 1061-72.
Molkentin, J.D. (2000). The zinc finger-containing transcription factors GATA-4, -5, and -6. Ubiquitously expressed regulators of tissue-specific gene expression. J Biol Chem 275(50): к 38949-52.
Moses, H.L., Yang, E.Y., Pietenpol, J.A. (1990). TGF-beta stimulation and inhibition of cell proliferation: new mechanistic insights. Cell, 63(2):245.
Morgan, K., Scobie, G., Marsters, P., Kalsheker, N.A. (1997). Mutation in an alpha 1-
ч. antitrypsin enhancer results in an interleukin-6 deficient acute-phase response due to loss of
cooperativity between transcription factors. Biochim Biophys Acta 1362(1): 67-76.
Morrisey, E.E., Ip, H.S., Lu, M.M., Parmacek, M.S. (1996). GATA-6: a zinc finger transcription factor that is expressed in multiple cell lineages derived from lateral mesoderm. Dev Biol 177(1): 309-22.
Morrisey, E.E., Tang, Z., Sigrist, K., Lu, M.M., Jiang, F., Ip, H.S., Parmacek, M.S. (1998). GATA6 regulates HNF4 and is required for differentiation of visceral endoderm in the mouse embryo. Genes Dev 12(22): 3579-90.
Mueller, C.R., Maire, P., Schibler U. (1990). DBP, a liver-enriched transcriptional activator, is expressed late in ontogeny and its tissue specificity is determined posttranscriptionally Cell 61(2): 279-91.
Mutoh, K., Wakuri, H., Liu, B., Seno, M., Taniguchi, K. (1998). Electron microscopic study of intercalated duct cells in the chicken pancreatic islet and effects of tolbutamide r administration. Okajimas Folia Anat Jpn, 75(5): 231-7.
* Nagao, T., Ishida, Y., Yamazaki, K., Kondo, Y. (1995). Nucleolar organizer regions in
hepatocellular carcinoma related to the cell cycle, cell proliferation and histologic grade. Pathol Res Pract, 191(10): 967-72.
Nagy, P., Bisgaard, H.C., Thorgeisson, S.S. (1994). Expression of hepatictranscription factor during liver development and oval cell differentiation. J. Cell. Biol. 126: 223-233.
Nakamura, T., Akiyoshi, H., Shiota, G., Isono, M., Nakamura, K., Moriyama, M., Sato,
K. (1999). Hepatoprotective action of adenovirus-transferred HNF-3gamma gene in acute liver injury caused by CCI4. FEBS Lett 459(1): 1-4.
Nakhei, H., Lingott, A., Lemm, I., Ryffel G.U. (1998). An alternative splice variant of the tissue specific transcription factor HNF4alpha predominates in undifferentiated murine cell types. Nucleic Acids Res 26(2): 497-504.
Nerlov, C., Ziff, E.B (1994). Three levels of functional interaction determine the activity of CCAAT/enhancer binding protein-a on the serum albumin promoter. Genes Dev 8(3): 350-62.
Nerlov, C., Ziff, E.B (1995). CCAAT/enhancer binding protein-a amino acid motifs with C dual TBP and TFIIB binding ability co-operate to activate transcription in both yeast and
mammalian cells. EMBO J 14: 4318-28.
Nicosia, A., Monaci, P., Tomei, L., De Francesco, R., Nuzzo, M., Stunnenberg, H., Cortese R. (1991). A myosin-like dimerization helix and an extra-large homeodomain are essential elements of the tripartite DNA binding structure of LFB1. Cell 61(7): 1225-36.
Nieto, M.A. (2002). The snail superfamily of zinc-finger transcription factors. Nat Rev Mol Cell Biol, 3(3): 155-66.
Ninomiya, T., Hayashi, Y., Saijoh, K., Ohta, K., Yoon, S., Nakabayashi, H., Tamaoki, T., Kasuga, M., Itoh, H. (1996). Expression ratio of hepatocyte nuclear factor-1 to variant hepatocyte nuclear factor-1 in differentiation of hepatocellular carcinoma and hepatoblastoma. J Hepatol 25(4): 445-53.
Nuclear Receptors Nomenclature Committee (1999). A unified nomenclature systems for the nuclear receptor superfamily. Cell 97: 161-3.
Ogden, S.K., Lee, K.C., Barton, M.C. (2000). Hepatitis В viral transactivator HBx alleviates p53-mediated repression of alpha-fetoprotein gene expression. J Biol Chem, 275(36): 27806-14.
Ogden, S.K., Lee, K.C., Wemke-Dollries, K., Stratton, S.A., Aronow, B., Barton, M.C. r (2001). p53 targets chromatin structure alteration to repress alpha-fetoprotein gene expression. J
Biol Chem, 276(45): 42057-62.
* Ott, M.O., Rey-Campos, J., Cereghini, S., Yaniv M. (1991). vHNFl is expressed in
epithelial cells of distinct embryonic origin during development and precedes HNF1 expression. Meeh Dev 36(1-2): 47-58.
Osada, T., Sakamoto, M., Ino, Y., Iwamatsu, A., Matsuno, Y., Muto, T., Hirohashi, S. (1996). E-cadherin is involved in the intrahepatic metastasis of hepatocellular carcinoma. Hepatology, 24(6): 1460-7.
Pani, L., Overdier, D.G., Porcella, A., Qian, X., Lai, E., Costa R.H. (1992a). Hepatocyte nuclear factor 3 beta contains two transcriptional activation domains, one of which is novel and conserved with the Drosophila fork head protein. Mol Cell Biol 12(9): 3723-32.
Pani, L., Quian, X.B., Cievidence, D., Costa R.H. (1992b). The restricted promoter activity of the liver transcription factor hepatocyte nuclear factor 3 beta involves a cell-specific factor and positive autoactivation. Mol Cell Biol 12(2): 552-62.
Pare, J.F., Roy, S., Galameau, L., Belanger, L. (2001). The mouse fetoprotein transcription factor (FTF) gene promoter is regulated by three GATA elements with tandem E box and Nkx motifs, and FTF in turn activates the Hnf3beta, Hnf4alpha, and Hnfl alpha gene promoters. J Biol Chem 276(16): 13136-44.
Philippe, J., Morel, C., Prezioso V.R. (1994). Glucagon gene expression is negatively regulated by hepatocyte nuclear factor 3 beta. Mol Cell Biol 14(5): 3514-23.
Pierreux, C.E., Stafford, J., Demonte, D., Scott, D.K., Vandenhaute, J., O'Brien, R.M., Granner, D.K., Rousseau, G.G., Lemaigre, F.P. (1999). Antiglucocorticoid activity of hepatocyte
nuclear factor-6. Proc Natl Acad Sci USA, 96(16): 8961-6.
Pontoglio, M., Faust, D.M., Doyen, A., Yaniv, M., Weiss M.C. (1997). Hepatocyte nuclear factor lalpha gene inactivation impairs chromatin remodeling and demethylation of the phenylalanine hydroxylase gene. Mol Cell Biol 17(9): 4948-56.
Pontoglio, M., Sreenan, S., Roe, M., Pugh, W., Ostrega, D., Doyen, A., Pick, A.J., Baldwin, A., Velho, G., Froguel, P., Levisetti, M., Bonner-Weir, S., Bell, G.I., Yaniv, M., Polonsky K.S. (1998). Defective insulin secretion in hepatocyte nuclear factor 1 alpha-deficient mice. J Clin Invest 101(10): 2215-22.
Power, S.C., Cereghini, S. (1996)..Positive regulation of the vHNFl promoter by the orphan receptors COUP-TFl/ЕагЗ and COUP-TFII/Arpl. Mol Cell Biol 16(3): 778-91.
Qian, X., Costa R.H. (1995). Analysis of hepatocyte nuclear factor-3 beta protein domains required for transcriptional activation and nuclear targeting. Nucleic Acids Res 23(7): r 1184-91.
t Qiu, Y., Krishnan, V., Pereira, F.A., Tsai, S.Y., Tsai, M.J. (1996). Chicken ovalbumin
upstream promoter-transcription factors and their regulation. J Steroid Biochem Mol Biol 56(1-6 Spec No): 81-5.
Rachez, C., Gamble, M., Chang, C.P., Atkins, G.B., Lazar, M.A., Freedman, L.P. (2000). The DRIP complex and SRC-l/pl60 coactivators share similar nuclear receptor binding determinants but constitute functionally distinct complexes. Mol Cell Biol, 20(8): 2718-26.
Rana, B., Y. Xie, D. Mischoulon, N.L. Bucher, S.R. Farmer (1995). The DNA binding activity of C/EBP transcription factor is regulated in the G1 phase of the hepatocyte cell cycle. J Biol Chem 270(30): 18123-32.
Raney, A.K., Zhang, P., McLachlan, A. (1995). Regulation of transcription from the hepatitis В virus large surface antigen promoter by hepatocyte nuclear factor 3. J Virol 69(6): 3265-72.
Rey-Campos, J., Chouard, T., Yaniv, M., Cereghini S. (1991). vHNFl is a homeoprotein that activates transcription and forms heterodimers with HNF1. EMBO J 10(6): 1445-57.
f Ryffel B. (1996). Gene knockout mice as investigative tools in pathophysiology. Int J
Exp Pathol, 77(4): 125-41.
Ryffel, G.U. (2001). Mutations in the human genes encoding the transcription factors of the hepatocyte nuclear factor (HNF)l and HNF4 families: functional and pathological consequences. J Mol Endocrinol 27(1): 11-29.
K Samadani, U., Costa R.H. (1996). The transcriptional activator hepatocyte nuclear factor
6 regulates liver gene expression. Mol Cell Biol 16(11): 6273-84.
Samadani, U., Porcella, A., Pani, L., Johnson, P.F., Burch, J.B., Pine, R., Costa, R.H. (1995). Cytokine regulation of the liver transcription factor hepatocyte nuclear factor-3 beta is mediated by the C/EBP family and interferon regulatory factor 1. Cell Growth Differ 6(7): 879- 90.
Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T. (1989). Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor, NY., Cold Spring Harbor laboratory.
Sasaki, H., Hogan, B.L. (1993). Differential expression of multiple fork head related genes during gastrulation and axial pattern formation in the mouse embryo. Development 118(1): 47-59.
Schaeffer, E., Guillou, F., Part, D., Zakin M.M. (1993). A different combination of . transcription factors modulates the expression of the human transferrin promoter in liver and c Sertoli cells. J Biol Chem 268(31): 23399-408.
Sei, S., Ebert, T., Ryffel, G.U., Drewes, T. (1996). Human renal cell carcinogenesis is
4 accompanied by a coordinate loss of the tissue specific transcription factors HNF4 alpha and
HNF1 alpha. Cancer Lett 101(2): 205-10.
Shen, C.N., Slack, J.M., Tosh, D. (2000). Molecular basis of transdifferentiation of pancreas to liver. Nat Cell Biol 2(12): 879-87.
Shiota, G., Okano, J., Kawasaki, H., Kawamoto, T., Nakamura, T. (1995). Serum hepatocyte growth factor levels in liver diseases: clinical implications. Hepatology 21(1): 106- 12.
Sladek, F.M., Ruse, Jr, M.D., Nepomuceno, L., Huang, S.M., Stallcup M.R. (1999). Modulation of transcriptional activation and coactivator interaction by a splicing variation in the F domain of nuclear receptor hepatocyte nuclear factor 4alphal. Mol Cell Biol 19(10): 6509-22.
Sladek, F.M., Zhong, W.M., Lai, E., Jr. Darnell JE (1990). Liver-enriched transcription factor HNF-4 is a novel member of the steroid hormone receptor superfamily. Genes Dev 4(12B): 2353-65.
Soutoglou, E., Papafotiou, G., Katrakili, N., Talianidis, I. (2000). Transcriptional f activation by hepatocyte nuclear factor-1 requires synergism between multiple coactivator
proteins. J Biol Chem, 275(17): 12515-20.
Spath, G.F., Weiss, М.С. (1997). Hepatocyte nuclear factor 4 expression overcomes repression of the hepatic phenotype in dedifferentiated hepatoma cells. Mol Cell Biol 17(4): ?
1913-22.
4 Spath, G.F., Weiss, M.C. (1998). Hepatocyte nuclear factor 4 provokes expression of
epithelial marker genes, acting as a morphogen in dedifferentiated hepatoma cells. J Cell Biol 140(4): 935-46.
Stoffel, M., Duncan S.A. (1997). The maturity-onset diabetes of the young (MODY1) transcription factor HNF4alpha regulates expression of genes required for glucose transport and metabolism. Proc Natl Acad Sci U S A 94(24): 13209-14.
Sund, N.J., Ang, S.L., Sackett, S.D., Shen, W., Daigle, N., Magnuson, M.A., Kaestner,
K.H. (2000). Hepatocyte nuclear factor 3beta (Foxa2) is dispensable for maintaining the differentiated state of the adult hepatocyte. Mol Cell Biol 20(14): 5175-83.
Taipale, J., Keski-Oja, J. (1997). Growth factors in the extracellular matrix. FASEB J 11(1): 51-9.
Tahara, H., Kuniyasu, H., Yokozaki, H., Yasui, W., Shay, J.W., Ide, T., Tahara, E. * (1995). Telomerase activity in preneoplastic and neoplastic gastric and colorectal lesions. Clin C4 Cancer Res, 1(11): 1245-51.
4 Takiguchi, M. (1998). The C/EBP family of transcription factors in the liver and other
organs. Int L Exp Pathol 79: 369-391.
Tang, F.Y., Meydani, M. (2001). Green tea catechins and vitamin E inhibit angiogenesis of human microvascular endothelial cells through suppression of IL-8 production. Nutr Cancer, 41(1-2): 119-25.
Taraviras, S., Monaghan, A.P., Schutz, G., Kelsey G. (1994). Characterization of the mouse HNF-4 gene and its expression during mouse embryogenesis. Meeh Dev 48(2): 67-79.
Taylor, D.G., Haumbenwallner, S., Leff, T. (1996). Characterization of a DN-HNF4. Nucleic Acids Res. 24:2930- 2935.
Tian, J.M., Schibler U. (1991). Tissue-specific expression of the gene encoding hepatocyte nuclear factor 1 may involve hepatocyte nuclear factor 4. Genes Dev 5(12A): 2225- 34.
Tilghman, S.M., Belayew, A. (1982). Transcriptional control of the murine albumin/alpha-fetoprotein locus during development. Proc Natl Acad Sci USA, 79(17): 5254-7.
Timchenko, N.A., M. Wilde, GJ. Darlington (1999). C/EBPa regulates formation of S-
. phase-specific E2F-plO7 complexes in livers of newborn mice. Mol Cell Biol 19(4): 2936-45.
133
Timchenko, N.A., Harris, T.E., Wilde, M (1997). CCAAT/enhancer binding protein a regulates p21 protein and hepatocyte proliferation in newborn mice. Mol Cell Biol 17: 7252-61.
Toniatti, C., Monaci, P., Nicosia, A., Cortese, R., Ciliberto G. (1993). A bipartite activation domain is responsible for the activity of transcription factor HNF1/LFB1 in cells of hepatic and nonhepatic origin. DNA Cell Biol 12(3): 199-208.
Tonjes, R.R., Xanthopoulos, K.G., Darnell, J.E., Jr. Paul D. (1992). Transcriptional control in hepatocytes of normal and cl4CoS albino deletion mice. EMBO J., 11: 127-33.
Torchia, J., Rose, D.W., Inostroza, J., Kamei, Y., Westin, S., Glass, C.K., Rosenfeld, M.G. (1997). The transcriptional co-activator p/CIP binds СВР and mediates nuclear-receptor function. Nature, 387(6634): 677-84.
Torres-Padilla, M.E., Fougere-Deschatrette, C., Weiss, M.C. (2001). Expression of HNF4alpha isoforms in mouse liver development is regulated by sequential promoter usage and constitutive 3' end splicing. Meeh Dev, 109(2): 183-93.
Tranche, F., Rollier, A., Herbomel, P., Bach, I., Cereghini, S., Weiss, M., Yaniv M. (1990). Anatomy of the rat albumin promoter. Mol Biol Med 7(2): 173-85.
Tranche, F., and Yaniv,. M. (1992). HNF-1, a homeoprotein member of the hepatic (Г transcription regulatory network. BioEssays, 14: 579-587.
Tsai, L.C., Hung, M.W., Yuan, C.C., Chao, P.L., Jiang, S.Y., Chang, G.G., Chang, T.C. (1997). Effects of tamoxifen and retinoic acid on cell growth and c-myc gene expression in human breast and cervical cancer cells. Anticancer Res, 17(6D): 4557-62.
Van den Hoff, M.J., Vermeulen, J.L., De Boer, P.A., Larners, W.H., Moorman A.F. (1994). Developmental changes in the expression of the liver-enriched transcription factors LF- Bl, C/EBP, DBP and LAP/LIP in relation to the expression of albumin, alpha-fetoprotein, carbamoylphosphate synthase and lactase mRNA. Histochem J 26(1): 20-31.
Vaisse, C., Kim, J., Espinosa, R. 3rd, Le Beau, M.M., Stoffel, M. (1997). Pancreatic islet expression studies and polymorphic DNA markers in the genes encoding hepatocyte nuclear factor-3alpha, -3beta, -3gamma, -4gamma, and -6. Diabetes, 46(8): 1364-7.
Viollet, B., Kahn, A. and Raymondejean, M. (1997). Protein kinase A-dependent phosphorylation modulates DNA-binding activity of HNF4. Mol. Cell. Biol. 17: 4208-19.
Volpes, R., van den Oord, J J., Desmet, V.J. (1993). Integrins as differential cell lineage markers of primary liver tumors. Am J Pathol 142(5): 1483-92.
f Wang, B., Cai, S.R., Gao, C., Sladek, F.M., Ponder, K.P. (2001). Lipopolysaccharide
i results in a marked decrease in hepatocyte nuclear factor 4 alpha in rat liver. Hepatology, 34(5):
979-89.
134
Wang, N.D., M.J. Finegold, A. Bradley, C.N. Ou, S.V. Abdelsayed, M.D. Wilde, L.R. Taylor, D.R. Wilson, GJ. Darlington (1995). Impaired energy homeostasis in C/EBP alpha knockout mice. Science 269(5227): 1108-12.
Wang, W., Hayashi, Y., Ninomiya, T., Ohta, K., Nakabayashi, H., Tamaoki, T., Itoh, H. (1998). Expression of HNF-1 alpha and HNF-1 beta in various histological differentiations of hepatocellular carcinoma. J Pathol 184(3): 272-8.
Wang, W.X., Li, M., Wu, X., Wang, Y., Li, Z.P. (1998). HNF1 is critical for the liver¬specific function of HBV enhancer II. Res Virol 149(2): 99-108.
Wang, X.Z., Lawson, B., Brewer, J.W., Zinszner, H., Sanjay, A., Mi, L.J., Boorstein, R., Kreibich, G., Hendershot, L.M., Ron, D. (1996). Signals from the stressed endoplasmic reticulum induce C/EBP-homologous protein (CHOP/GADD153). Mol Cell Biol 16(8): 4273- 80.
Wegner, M., Cao, Z., Rosenfeld M.G. (1992). Calcium-regulated phosphorylation within the leucine zipper of C/EBP0. Science 256(5055): 370-3.
Weigel, D., Jurgens, G., Kuttner, F., Seifert, E., Jackie H. (1990). The homeotic gene fork . head encodes a nuclear protein and is expressed in the terminal regions of the Drosophila embryo. Cell 57(4): 645-58.
Weinberg, R.A. (2002). Cancer Biology and Therapy: the road ahead. Cancer Biol Ther, 1(1): 3.
Weinstein, D.C., Ruiz i Altaba, A., Chen, W.S., Hoodless, P., Prezioso, V.R., Jessell, T.M,. Jr. Darnell JE. (1994). The winged-helix transcription factor HNF-3 beta is required for notochord development in the mouse embryo. Cell 78(4): 575-88.
Welm, A.L., Timchenko, N.A., Darlington, GJ. (1999). C/EBPa regulates generation of C/EBP0 isoforms through activation of specific proteolytic cleavage. Mol Cell Biol 19: 1695- 1704.
Wick, M., Zubov, D., Hagen, G. (1999). Genomic organization and promoter characterization of the gene encoding the human telomerase reverse transcriptase (hTERT). Gene, 232(1): 97-106.
Williams, S.C., Baer, M., Dillner, A J., Johnson, P.F. (1995). CRP2 (C/EBP0) contains a bipartite regulatory domain that controls transcriptional activation, DNA binding and cell specificity. EMBO J14: 3170-83.
Wogan, G.N. (2000). Impacts of chemicals on liver cancer risk. Semin Cancer Biol 10(3): 201-10.
135
Workman, J.L., Kingston, R.E., (1998). Alteration of nucleosome structure as a mechanism of transcriptional regulation. Annu Rev Biochem, 67: 545-79.
Wu, K.L., Gannon, M., Peshavaria, M. (1997). HNF30 is involved in pancreatic 0-cell- specific transcription of the pdx-1 gene. Moll Cell Biol 17: 6002-13.
Xanthopoulos, K.G., Mirkovitch J. (1993). Gene regulation in rodent hepatocytes during development, differentiation and disease. Eur J Biochem 216(2): 353-60.
Xu, L., Hui, L., Wang, S., Gong, J., Jin, Y., Wang, Y., Ji, Y., Wu, X., Han, Z., Hu, G. (2001). Expression profiling suggested a regulatory role of liver-enriched transcription factors in human hepatocellular carcinoma. Cancer Res 61(7): 3176-81.
Yamagata, K., Furuta, H., Oda, N., Kaisaki, P.J., Menzel, S., Cox, N.J., Fajans, S.S., Signorini, S., Stoffel, M., Bell, G.I. (1996). Mutations in the hepatocyte nuclear factor-4alpha gene in maturity-onset diabetes of the young (MODY1). Nature, 384(6608): 458-60.
Yamane, A., Seetharam, L., Yamaguchi, S., Gotoh, N., Takahashi, T., Neufeld, G., Shibuya, M. (1994). A new communication system between hepatocytes and sinusoidal endothelial cells in liver through vascular endothelial growth factor and Fit tyrosine kinase receptor family (Flt-1 and KDR/Flk-1). Oncogene 9(9): 2683-90.
Yu, X., Mertz, J.E. (2001). Differential regulation of the pre-C and pregenomic promoters of human hepatitis В virus by members of the nuclear receptor superfamily. J Virol 71(12): 9366-74.
Zaret, K. (1998). Early liver differentiation: genetic potentiation and multilevel growth control. Curr Opin Genet Dev 8(5): 526-31.
Zaret, K. (1999). Developmental competence of the gut endoderm: genetic potentiation by GATA and HNF3/fork head proteins. Dev Biol 209: 1-10.
Zhong, W., Mirkovitch, J., Jr. Darnell JE. (1994). Tissue-specific regulation of mouse hepatocyte nuclear factor 4 expression. Mol Cell Biol 14(11): 7276-84.