Тип работы:
 Предмет:
 Язык работы:


АНАЛИЗ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК ПРИ РАКЕ ШЕЙКИ МАТКИ

Работа №27448

Тип работы

Диссертация

Предмет

биология

Объем работы110
Год сдачи2003
Стоимость500 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
693
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


Введение
Функция метилирования ДНК 12
Метилирование во время развития 13
Ферменты метилирования 15
Метилирование как динамический процесс 17
Роль метилирования в канцерогенезе 20
Генетическая роль метилирования ДНК в канцерогенезе 22
Эпигенетическая роль метилирования ДНК в канцерогенезе 23
Сравнительный анализ современных методов определения статуса метилирования ДНК 33
Методы анализа статуса метилирования CpG динуклеотидов 33
Методы идентификации CpG-островков, аберрантно-метилированных в опухолях 35
Заключение 37
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 38
1. Список использованных реактивов 38
2. Клинические материалы 40
3. Выделение ДНК и РНК из клеточных культур 41
4. Выделение ДНК из лейкоцитов 41
5. Рестрикция геномной ДНК 42
6. Бисульфитная модификация ДНК 43
7. Полимеразная цепная реакция 43
7.1. Праймеры 43
7.2. Метилчувствительная ПЦР со статистическими GC-богатыми праймерами 45
8.2. Выделение продуктов ПЦР из агарозного геля 47
9. Клонирование продуктов ПЦР 47
9.1. Вектор 47
9.2. Получение компетентных клеток Escherichia coli 48
9.3. Трансформация клеток Escherichia coli 49
9.4. Выделение плазмидной ДНК 49
10. Гель-электрофорез 50
10.1. Электрофоретическое разделение ДНК в агарозном геле 50
10.2. Электрофоретическое разделение РНК в агарозном геле 51
10.3. Электрофорез ПЦР-амплифицированной ДНК в денатурирующем полиакриламидном геле 52
11. Блот-гибридизация 53
11.1. Перенос ДНК на нейлоновую мембрану 53
11.2. Перенос РНК на нитроцеллюлозную мембрану 53
11.3. Получение меченого зонда 54
11.4. Гибридизация ДНК (РНК), иммобилизованной на мембране 54
12. Обратная транскрипция 55
13. Переосаждение ДНК (РНК) 55
14. Анализ нуклеотидных последовательностей 55
1.1. Принцип метода метилчувствительной ПЦР со статистическими
GC-богатыми праймерами 57
1.2. Анализ фрагментов, выявленных с помощью метилчувствительной
ПЦР со статистическими GC-богатыми праймерами 63
1.3. Определение статуса метилирования CpG-островка при раке шейки матки 70
1.4. Определение полного размера CpG-островка гена вЗА-аДаптина 12
2. Исследование экспрессии и статуса метилирования гена вЗА-адаптина при раке шейки матки 76
2.1. Исследование экспрессии мРНК гена в3А-адаптина в опухолях шейки
матки и в клеточных линиях рака шейки матки 76
2.2. Изучение статуса метилирования CpG-островка гена вЗА-адаптина в
опухолях шейки матки и в клеточных линиях рака шейки матки 78
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ 86
ВЫВОДЫ 94
ЛИТЕРАТУРА 95

Актуальность темы: Рак шейки матки занимает второе место среди всех онкологических заболеваний у женщин. Этиологическим фактором рака шейки матки (РШМ) признаны вирусы папиллом человека (HPV) из так называемой группы высокого риска (типы 16, 18 и другие). После вирусной инфекции РШМ может развиться через стадии дисплазии, рака in situна протяжении нескольких лет, в течение которых в прогрессию опухоли вносят вклад возникающие и накапливающиеся изменения в клеточных генах, регулирующих такие важные для нормальной жизнедеятельности клетки процессы, как пролиферация, апоптоз, ангиогенез, поддержание генетической стабильности.
В последнее десятилетие было установлено, что в многостадийном процессе образования опухолей нарушение функций клеточных генов может происходить не только в результате генетических событий (точечные мутации, делеции, амплификация и реарранжировка генов), но и в результате эпигенетических изменений, в том числе локального гиперметилирования ДНК. Аберрантному метилированию в опухолевых клетках подвергаются специфические последовательности - CpG-островки, ассоциированные с 5' регуляторными районами многих генов. В нормальных клетках большинство CpG-островков не метилировано, а их метилирование в опухолевых клетках, как правило, сопровождается подавлением транскрипции соответствующего гена, наследуемой при делении клетки. Механизмы инициации локального метилирования CpG-островков в опухолях пока не ясны.
В последнее время разработаны методы идентификации гиперметилированных районов ДНК, основанные на дифференциальном статусе метилирования CpG-островков в нормальных и опухолевых клетках. Во многих случаях с помощью этих методов были идентифицированы гены, инактивируемые в опухолях путем аберрантного метилирования ассоциированных с ними CpG-островков. Среди них обнаружены как новые гены, утрата функций которых оказалась существенной для развития опухолей, так и известные гены, подавление экспрессии которых в опухолях в отсутствии инактивирующих мутаций уже было продемонстрировано. Число генов, для которых обнаружен альтернативный мутациям эпигенетический механизм инактивации в опухолях, постоянно растет, что свидетельствует о широком распространении этого механизма в процессе канцерогенеза.
Цель настоящей работы: Идентификация гиперметилированных в опухолях шейки матки CpG-островков и ассоциированных с ними генов, экспрессия которых может быть подавлена вследствие нарушения метилирования ДНК.
Исходя из цели работы, были поставлены следующие
экспериментальные задачи:
1) Провести скрининг аберрантно-метилированных GC-богатых последовательностей ДНК в карциномах шейки матки методом метилчувствительной ПЦР со статистическими GC-богатыми праймерами, определить нуклеотидную последовательность обнаруженных GC- богатых фрагментов ДНК, выявить среди них CpG-островки.
2) Провести поиск в базах данных гомологий выявленных CpG-островков с известными последовательностями ДНК.
3) В случае отсутствия гомологий CpG-островка с известными последовательностями в базах данных, провести клонирование и определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК, фланкирующих CpG-островок для его локализации в геноме человека.
4) В случае установления ассоциации выявленных CpG-островков с генами, провести анализ статуса метилирования и экспрессии соответствующих генов в первичных опухолях и клеточных линиях карцином шейки матки.
Научная новизна и практическая ценность работы:
С помощью метода метилчувствительной ПЦР со статистическими GC- богатыми праймерами было выявлено 7 GC-богатых фрагментов ДНК длиной от 300 до 1200 пар оснований, пять из которых (более двух третей)
В работе впервые показано подавление экспрессии мРНК гена вЗА- адаптина в клеточных линиях рака шейки матки. Продукт гена вЗА- адаптина представляет собой одну из субъединиц адаптерного комплекса АР-3, вовлеченного во внутриклеточный транспорт белков. Показана возможность восстановления экспрессии мРНК вЗА-адаптина под действием деметилирующего агента 5-азацитидина, что указывает на связь процессов метилирования и транскрипции гена. Впервые определена нуклеотидная последовательность района, прилегающего к 5' концу гена. Установлены размер первого экзона гена вЗА-адаптина и размер CpG-островка, ассоциированного с геном. CpG-островок гена вЗА-адаптина включает 5' нетранскрибируемый район гена, первый экзон и начало первого интрона.
Теоретическое значение работы заключается в получении новых данных об участии клеточных генов в механизме злокачественной трансформации под действием вирусов папиллом человека. Обнаруженное подавление экспрессии гена вЗА-адаптина в клетках карцином шейки матки указывает на необходимость дальнейшего исследования роли белковых комплексов, вовлеченных в эндо/экзоцитоз белков, в канцерогенезе. Показана возможность идентифицикации CpG-островков, до сих пор не представленных в опубликованных версиях нуклеотидных последовательностей генома человека, с помощью метода метилчувствительной ПЦР со статистическими GC-богатыми праймерами, что позволяет получить информацию о GC-богатых трудноклонируемых районах генома человека.


Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь в написании работ!
ДИПЛОМНЫЕ МАГИСТЕРСКИЕ ДИССЕРТАЦИИ
КУРСОВЫЕ СТАТЬИ ВКР

1. С помощью метода метилчувствительной ПЦР со статистическими GC- богатыми праймерами было выявлено семь GC-богатых фрагментов ДНК, пять из которых (более двух третей) обладают свойствами CpG-островков. Из пяти выявленных CpG-островков два оказались непредставленными в опубликованных версиях генома человека.
2. С помощью компьютерного анализа установлено, что для CpG-островка 22 (GenBank AF218212) гомологичная последовательность в базах данных не представлена. CpG-островки 32 и 34 локализованы соответственно на 1З и Х хромосомах, ассоциация с известными генами отсутствует. CpG- островок 36 имеет гомологию с 3.3-kb тандемным повтором, располагающимся в прителомерной области длинного плеча хромосом 4 и 10, и с кДНК гена DUX4, кодируемой одной копией этого повтора. CpG- островок 26 (GenBank AF247736) имеет частичную гомологию с кДНК гена вЗА-адаптина.
3. Экспериментально определена нуклеотидная последовательность регуляторной зоны и граница 1 экзона гена вЗА-адаптина(GenBank AF247736.2), и установлен размер (868 п.н.) и местоположение CpG- островка гена вЗА-адаптина. CpG-островок гена включает нетранскрибируемую область, первый экзон и 5' конец первого интрона.
4. Методами гибридизации и ПЦР в сочетании с метилчувствительной рестрикцией и секвенирования обработанной бисульфитом натрия ДНК установлено, что CpG-островок гена вЗА-адаптина не подвергается метилированию в плоскоклеточных карциномах шейки матки и в клеточных линиях рака шейки матки.
5. Впервые показано, что экспрессия гена вЗА-адаптина снижена в клеточных линиях рака шейки матки и может быть активирована обработкой деметилирующим агентом 5-азацитидином, несмотря на отсутствие метилирования CpG-островка гена.



1. Ahluwalia A, Hurteau JA, Bigsby RM and Nephew KP. DNA methylation in ovarian cancer. II. Expression of DNA methyltransferases in ovarian cancer cell lines and normal ovarian epithelial cells.// Gynecol. Oncol., 2001, 82, pp. 299¬304.
2. Ammanamanchi S, Kim SJ, Sun LZ and Brattain MG. Induction of transforming growth factor-beta receptor type II expression in estrogen receptor-positive breast cancer cells through SP1 activation by 5-aza-2'- deoxycytidine.// J. Biol. Chem., 1998, 273, pp. 16527-16534.
3. Antequera F and Bird AP. Number of CpG islands and genes in human and mouse.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, pp. 11995-11999.
4. Antequera F, Boyes J and Bird A. High levels of de novo methylation and altered chromatin structure at CpG islands in cell lines.// Cell, 1990, 62, pp. 503-514.
5. Bakin AV and Curran T. Role of DNA 5-methylcytosine transferase in cell transformation by fos.// Science, 1999, 283, pp. 387-390.
6. Barlow DP. Methylation and imprinting: from host defense to gene regulation?// Science, 1993, 260, pp. 309-310.
7. Baylin SB and Herman JG. DNA hypermethylation in tumorigenesis: epigenetics joins genetics.// Trends Genet., 2000, 16, pp. 168-174.
8. Baylin SB, Herman JG, Graff JR, Vertino PM and Issa JP. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect of neoplasia.// Adv. Cancer Res., 1998, 72, 141-196.
9. Baylin SB, Hoppener JW, de Bustros A, Steenbergh PH, Lips CJ and Nelkin BD. DNA methylation patterns of the calcitonin gene in human lung cancers and lymphomas.// Cancer Res., 1986, 46, pp. 2917-2922.
10. Belinsky SA, Nikula KJ, Palmisano WA, Michels R, Saccomanno G, Gabrielson E, Baylin SB and Herman JG. Aberrant methylation of p16INK4a is an early event in lung cancer and a potential biomarker for early diagnosis.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, pp. 11891-11896.
11. Bestor TH and Tycko B. Creation of genomic methylation patterns.// Nat. Genet., 1996, 12, pp. 363-367.
12. Bestor TH. Activation of mammalian DNA methyltransferase by cleavage of a Zn binding regulatory domain.// EMBO J., 1992, 11, pp. 2611-2517.
13. Bird AP, Taggart MH, Nicholls RD and Higgs DR. Non-methylated CpG-rich islands at the human a-globin locus: Implications for evolution of the a-globin pseudogene.// EMBO J., 1987, 6, pp. 999-1004.
14. Bird AP. CpG-rich islands and the function of DNA methylation.// Nature, 1986, 321, pp. 209-213.
15. Bird AP. DNA methylation patterns and epigenetic memory.// Genes & Dev., 2002, 16, pp. 6-21.
16. Bird AP. Gene number, noise reduction and biological complexity.// Trends Genet., 1995, 11, pp. 94-100.
17. Boehm M and Bonifacino JS. Adaptins - the final recount.// Mol. Biol. Cell, 2001, 12, pp. 2907-2920.
18. Boehm M and Bonifacino JS. Genetic analyses of adaptin function from yeast to mammals.// Gene, 2002, 286, pp. 175-186.
19. Boggs BA, Cheung P, Heard E, Spector DL, Chinault AC and Allis CD. Differentially methylated forms of histone H3 show unique association patterns with inactive human X chromosomes.// Nat. Genet., 2002, 30, pp. 73-76.
20. Cappabianca L, Farina AR, Tacconelli A, Mantovani R, Gulino A and Mackay AR. Reconstitution of TIMP-2 expression in SH-SY5Y neuroblastoma cells by 5-azacytidine is mediated transcriptionally by NF-Y through an inverted CCAAT site.// Exp. Cell Res., 2003, 286, pp. 209-218.
21. Carotti D, Funiciello S, Palitti F and Strom R. Influence of pre-existing methylation on the de novo activity of eukaryotic DNA methyltransferase.// Biochemistry, 1998, 37, pp. 1101-1108.
22. Chen RZ, Pettersson U, Beard C, Jackson-Grusby L and Jaenisch R. DNA hypomethylation leads to elevated mutation rates.// Nature, 1998, 395, pp. 89¬93.
23. Chuang LS, Ian HI, Koh TW, Ng HH, Xu G and Li BF. Human DNA- (cytosine-5) methyltransferase-PCNA complex as a target for p21WAF1.// Science, 1997, 277, pp. 1996-2000.
24. Clark SJ, Harrison J, Paul CL and Frommer M. High sensitivity mapping of methylated cytosines.// Nucl. Acids Res., 1994, 22, pp. 2290-2297.
25. Costello JF, Fruhwald MC, Smiraglia DJ, Rush LJ, Robertson GP, Gao X, Wright FA, Feramisco JD, Peltomaki P, Lang JC, Schuller DE, Yu L, Bloomfield CD, Caligiuri MA, Yates A, Nishikawa R, Huang HJS, Petrelli NJ, Zhang X, O'Dorisio MS, Held WA, Cavenee WK and Plass C. Aberrant CpG- island methylation has non-random and tumour-type-specific patterns.// Nat Genet., 2000, 25, 132-138.
26. Cote S, Sinnett D and Momparler RL. Demethylation by 5-aza-2'-deoxycytidine of specific 5-methylcytosine sites in the promoter region of the retinoic acid receptor beta gene in human colon carcinoma cells.// Anticancer Drugs, 1998, 9, pp. 743-759.
27. Cross SH, Charlton JA, Nan X and Bird AP. Purification of CpG islands using a methylated DNA binding column.// Nat. Genet., 1994, 6(3), pp. 236-244.
28. Dell'Angelica EC, Ooi CE and Bonifacino JS. p3A-adaptin, a subunit of the adaptor-like complex AP-3.// J. Biol. Chem., 1997, 272(24), pp. 15078-15084.
29. Di Croce L, Raker VA, Corsaro M, Fazi F, Fanelli M, Faretta M, Fuks F, Lo Coco F, Kouzarides T, Nervi C, Minucci S and Pelicci PG. Methyltransferase recruitment and DNA hypermethylation of target promoters by an oncogenic transcription factor.// Science, 2002, 295, pp. 1079-1082.
30. Eng C, Herman JG and Baylin SB. A bird's eye view of global methylation.// Nat. Genet., 2000, 24, pp. 101-102.
31. Esteller M, Catasus L, Matias-Guiu X, Mutter GL, Prat J, Baylin SB and Herman JG. hMLH1 promoter hypermethylation is an early event in human endometrial tumorigenesis.// Am. J. Pathol., 1999, 155, pp. 1767-1772.
32. Esteller M, Corn PG, Urena JM, Gabrielson E, Baylin SB and Herman JG. Inactivation of glutathione S-transferase P1 gene by promoter hypermethylation in human neoplasia.// Cancer Res., 1998, 58, pp. 4515-4518.
33. Esteller M, Hamilton SR, Burger PC, Baylin SB and Herman JG. Inactivation of the DNA repair gene O6-methylguanine-DNA methyltransferase by promoter hypermethylation is a common event in primary human neoplasia.// Cancer Res., 1999, 59, pp. 793-797.
34. Esteller M, Risques RA, Toyota M, Capella G, Moreno V, Peinado MA, Baylin SB and Herman JG. Promoter hypermethylation of the DNA repair gene O6- methylguanine-DNA methyltransferase is associated with the presence of G:C to A:T transition mutations in p53 in human colorectal tumorigenesis.// Cancer Res., 2001, 61, pp. 4689-4692.
35. Esteller M, Toyota M, Sanchez-Cespedes M, Capella G, Peinado MA, Watkins DN, Issa JP, Sidransky D, Baylin SB and Herman JG. Inactivation of the DNA repair gene O6-methylguanine-DNA methyltransferase by promoter hypermethylation is associated with G to A mutations in K-ras in colorectal tumorigenesis.// Cancer Res., 2000, 60, pp. 2368-2371.
36. Finnegan EJ, Peacock WJ and Dennis ES. DNA methylation, a key regulator of plant development and other processes.// Curr. Opin. Genet. Dev., 2000, 10, pp. 217-223.
37. Floyd S and De Camilli P. Endocytosis proteins and cancer: a potential link?// Trends Cell Biol., 1998, 8, pp. 299-301.
38. Gabriels J, Beckers MC, Ding H, De Vriese A, Plaisance S, van der Maarel SM, Padberg GW, Frants RR, Hewitt JE, Collen D and Belayew A. Nucleotide sequence of the partially deleted D4Z4 locus in a patient with FSHD identifies a putative gene within each 3.3 kb element.// Gene, 1999, 236, 25-32.
39. Gacy AM, Goellner G, Juranic N, Macura S and McMurray CT. Trinucleotide repeats that expand in human disease form hairpin structures in vitro.// Cell, 1995, 81, pp. 533-540.
40. Gardiner-Gardner M and Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes.// J. Mol. Biol., 1987, 196, pp. 261-282.
41. van Geel M, Dickson MC, Beck AF, Bolland DJ, Frants RR, van der Maarel SM, de Jong PJ and Hewitt JE. Genomic analysis of human chromosome 10q and 4q telomeres suggests a common origin.// Genomics, 2002, 79, pp. 210¬217.
42. Gonzalgo ML, Liang G, Spruck CH, Zingg JM, Rideout WM and Jones PA. Identification and characterization of differentially methylated regions of genomic DNA by methylation-sensitive arbitrarily primed PCR.// Cancer Res., 1997, 57, pp. 594-599.
43. Gowher H, Leismann O and Jeltsch A. DNA of Drosophila melanogaster contains 5-methylcytosine.// EMBO J, 2000, 19, pp. 6918-6923.
44. Graff JR, Herman JG, Lapidus RG, Chopra H, Xu R, Jarrard DF, Isaacs WB, Pitha PM, Davidson NE and Baylin SB. E-cadherin expression is silenced by DNA hypermethylation in human breast and prostate carcinomas.// Cancer Res., 1995, 55, pp. 5195-5199.
45. Cui H, Horon IL, Ohlsson R, Hamilton SR and Feinberg AP. Loss of imprinting in normal tissue of colorectal cancer patients with microsatellite instability.// Nat. Med., 1998, 4, pp. 1276-1280.
46. Herman JG, Graff JR, Myohanen S, Nelkin BD and Baylin SB. Methylation¬specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, pp.9821-9826.
47. Herman JG, Latif F, Weng Y, Lerman MI, Zbar B, Liu S, Samid D, Duan DS, Gnarra JR, Linehan WM and Baylin SB. Silencing of the VHL tumor¬suppressor gene by DNA methylation in renal carcinoma.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, pp. 9700-9704.
48. Herman JG, Umar A, Polyak K, Graff JR, Ahuja N, Issa JP, Markowitz S, Willson JK, Hamilton SR, Kinzler KW, Kane MF, Kolodner RD, Vogelstein B, Kunkel TA and Baylin SB. Incidence and functional consequences of hMLH1 promoter hypermethylation in colorectal carcinoma.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, pp. 6870-6875.
49. Herman JG. Hypermethylation of tumor suppressor genes in cancer.// Sem. Cancer Biol., 1999, 9, pp. 359-367.
50. Howell CY, Steptoes AL, Miller MW and Chaillet JR. cis-Acting signal for inheritance of imprinted DNA methylation patterns in the preimplantation mouse embryo.// Mol Cell Biol, 1998, 18, pp. 4149-4156.
51. Hsieh CL. Dynamics of DNA methylation pattern.// Curr. Opin. Genet. Dev., 2000, 10, pp. 224-228.
52. Hsieh CL. In vivo activity of murine de novo methyltransferases, Dnmt3a and Dnmat3b.// Mol. Cell. Biol., 1999, 19, pp. 8211-8218.
53. Hung MS, Karthikeyan N, Huang B, Koo HC, Kiger J, and Shen CJ.
Drosophila proteins related to vertebrate DNA (5-cytosine)
methyltransferases.// Proc. Natl. Acad. Sci., 1999, 96, pp. 11940-11945.
54. Iguchi-Ariga SM and Schaffner W. CpG methylation of the cAMP-responsive enhancer/promoter sequence TGACGTCA abolishes specific factor binding as well as transcriptional activation.// Genes Dev., 1989, 3, pp. 612-619.
55. Jaenisch R and Bird A. Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and enviromental signals.// Nature Gen., 2003, 33, pp. 245-254.
56. Janvier K, Craig H, Le Gall S, Benarous R, Guatelli J, Schwartz O and Benichou S. Nef-induced CD4 downregulation: a diacidic sequence in human immunodeficiency virus type 1 Nef does not function as a protein sorting motif through direct binding to beta-COP.// J. Virol., 2001, 75, pp. 3971-3976.
57. Jones PA and Laird PW. Cancer epigenetics comes of age.// Nature Genet., 1999, 21, pp. 163-167.
58. Kafri T, Ariel M, Brandeis M, Shemer R, Urven L, McCarrey J, Cedar H and Razin A. Developmental pattern of gene-specific DNA methylation in the mouse embryo and germ line.// Genes & Dev., 1992, 6, pp. 705-714.
59. Kiyono T, Foster SA, Koop JI, McDougall JK, Galloway DA and Klingelhutz AJ. Both Rb/p16INK4a inactivation and telomerase activity are required to immortalize human epithlial cells.// Nature, 1998, 396, pp. 84-88.
60. Kohno T, Kawanishi M, Inazawa J and Yokota J. Identification of CpG islands hypermethylated in human lung cancer by the arbitrarily primed-PCR method.// Hum. Genet., 1998, 102, pp. 258-264.
61. Kondo Y and Issa JP. Enrichment for histone H3 lysine 9 methylation at Alu repeats in human cells.// J. Biol. Chem., 2003, in press.
62. Kong A, Gudbjartsson DF, Sainz J, Jonsdottir GM, Gudjonsson SA, Richardsson B, Sigurdardottir S, Barnard J, Hallbeck B, Masson G, Shlien A, Palsson ST, Frigge ML, Thorgeirsson TE, Gulcher JR and Stefansson K. A high-resolution recombination map of the human genome.// Nat. Genet., 2002, 31, pp. 241-247.
63. Laird PW and Jaenisch R. DNA methylation and cancer.// Hum. Mol. Genet., 1994, Vol. 3, pp. 1487 - 1495.
64. Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, Dewar K, Doyle M, FitzHugh W, Funke R, Gage D, Harris K, Heaford A, Howland J, Kann L, Lehoczky J, LeVine R, McEwan P, McKernan K, Meldrim J, Mesirov JP, Miranda C, Morris W, Naylor J, Raymond C, Rosetti M, Santos R, Sheridan A, Sougnez C, Stange-Thomann N, Stojanovic N, Subramanian A, Wyman D, Rogers J, Sulston J, Ainscough R, Beck S, Bentley D, Burton J, Clee C, Carter N, Coulson A, Deadman R, Deloukas P, Dunham A, Dunham I, Durbin R, French L, Grafham D, Gregory S, Hubbard T, Humphray S, Hunt A, Jones M, Lloyd C, McMurray A, Matthews L, Mercer S, Milne S, Mullikin JC, Mungall A, Plumb R, Ross M, Shownkeen R, Sims S, Waterston RH, Wilson RK, Hillier LW, McPherson JD, Marra MA, Mardis ER, Fulton LA, Chinwalla AT, Pepin KH, Gish WR, Chissoe SL, Wendl MC, Delehaunty KD, Miner TL, Delehaunty A, Kramer JB, Cook LL, Fulton RS, Johnson DL, Minx PJ, Clifton SW, Hawkins T, Branscomb E, Predki P, Richardson P, Wenning S, Slezak T, Doggett N, Cheng JF, Olsen A, Lucas S, Elkin C, Uberbacher E, Frazier M, Gibbs RA, Muzny DM, Scherer SE, Bouck JB, Sodergren EJ, Worley KC, Rives CM, Gorrell JH, Metzker ML, Naylor SL, Kucherlapati RS, Nelson DL, Weinstock GM, Sakaki Y, Fujiyama A, Hattori M, Yada T, Toyoda A, Itoh T, Kawagoe C, Watanabe H, Totoki Y, Taylor T, Weissenbach J, Heilig R, Saurin W, Artiguenave F, Brottier P, Bruls T, Pelletier E, Robert C, Wincker P, Smith DR, Doucette-Stamm L, Rubenfield M, Weinstock K, Lee HM, Dubois J, Rosenthal A, Platzer M, Nyakatura G, Taudien S, Rump A, Yang H, Yu J, Wang J, Huang G, Gu J, Hood L, Rowen L, Madan A, Qin S, Davis RW, Federspiel NA, Abola AP, Proctor MJ, Myers RM, Schmutz J, Dickson M, Grimwood J, Cox DR, Olson MV, Kaul R, Raymond C, Shimizu N, Kawasaki K, Minoshima S, Evans GA, Athanasiou M, Schultz R, Roe BA, Chen F, Pan H, Ramser J, Lehrach H, Reinhardt R, McCombie WR, de la Bastide M, Dedhia N, Blocker H, Hornischer K, Nordsiek G, Agarwala R, Aravind L, Bailey JA, Bateman A, Batzoglou S, Birney E, Bork P, Brown DG, Burge CB, Cerutti L, Chen HC, Church D, Clamp M, Copley RR, Doerks T, Eddy SR, Eichler EE, Furey TS, Galagan J, Gilbert JG, Harmon C, Hayashizaki Y, Haussler D, Hermjakob H, Hokamp K, Jang W, Johnson LS, Jones TA, Kasif S, Kaspryzk A, Kennedy S, Kent WJ, Kitts P, Koonin EV, Korf I, Kulp D, Lancet D, Lowe TM, McLysaght A, Mikkelsen T, Moran JV, Mulder N, Pollara VJ, Ponting CP, Schuler G, Schultz J, Slater G, Smit AF, Stupka E, Szustakowski J, Thierry- Mieg D, Thierry-Mieg J, Wagner L, Wallis J, Wheeler R, Williams A, Wolf YI, Wolfe KH, Yang SP, Yeh RF, Collins F, Guyer MS, Peterson J, Felsenfeld A, Wetterstrand KA, Patrinos A, Morgan MJ, Szustakowki J, de Jong P, Catanese JJ, Osoegawa K, Shizuya H, Choi S, Chen YJ; International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome.// Nature, 2001, 409, pp. 860-921.
65. Lee WH, Morton RA, Epstein JI, Brooks JD, Campbell PA, Bova GS, Hsieh WS, Isaacs WB, Nelson WG. Cytidine methylation of regulatory sequences near the pi-class glutathione S-transferase gene accompanies human prostatic carcinogenesis.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, pp. 11733-11737.
66. Li E, Bestor TH and Jaenisch R. Targeted mutation of the DNA methyltransferase gene results in embryonic lethality.// Cell, 1992, 69, pp. 915¬926.
67. Li Q, Ahuja N, Burger PC and Issa JP. Methylation and silencing of the Thrombospondin-1 promoter in human cancer.// Oncogene, 1999, 18, pp. 3284¬3289.
68. Liang G, Robertson KD, Talmadge C, Sumegi J and Jones PA. The gene for a novel transmembrane protein containing epidermal growth factor and follistain domains is frequently hypermethylated in human tumor cells.// Cancer Res., 2000, 60, pp. 4907-4912.
69. Liang G, Salem CE, Yu MC, Nguyen HD, Gonzales FA, Nguyen TT, Nichols PW and Jones PA. DNA methylation differences associated with tumor tissues identified by genome scanning analysis.// Genomics, 1998, 53, pp. 260-268.
70. Lindsay S and Bird AP. Use of restriction enzymes to detect potential gene sequences in mammalian DNA.// Nature, 1987, 327, pp. 336-338.
71. Lisitsyn N, Lisitsyn N and Wigler M. Cloning the differences between two complex genomes.// Science, 1993, 259, pp. 946-951.
72. Liu Y, Oakeley EJ, Sun L and Jost JP. Multiple domains are involved in the targeting of the mouse DNA methyltransferase to the DNA replication foci.// Nucleic Acids Res., 1998, 26, pp. 1038-1045.
73. Lyko F, Ramsahoye BH and Jaenisch R. DNA methylation in Drosophila melanogaster.// Nature, 2000, 408, pp. 538-540.
74. MacLeod AR, Rouleau J and Szyf M. Regulation of DNA methylation by the Ras signaling pathway.// J. Biol. Chem., 1995, 270, pp. 11327-11337.
75. Macleod D, Charlton J, Mullins J and Bird AP. Sp1 sites in the mouse aprt gene promoter are required to prevent methylation of the CpG island.// Genes Devel., 1994, 8, pp. 2282-2292.
76. Maloisel L and Rossignol JL. Suppression of crossing-over by DNA methylation in Ascobolus.// Genes Devel., 1998, 12, pp. 1381-1389.
77. Martienssen RA and Colot V. DNA methylation and epigenetic inheritance in plants and filamentous fungi.// Science, 2001, 293, pp. 1070-1074.
78. Mayer W, Niveleau A, Walter J, Fundele R and Haaf T. Demethylation of the zygotic paternal genome.// Nature, 2000, 403, pp. 501-502.
79. McKeon C, Ohkubo H, Pastan I and de Crombrugghe B. Unusual methylation pattern of the a 2(1) collagen gene.// Cell, 1982, 29, pp. 203-210.
80. Melvin AJ, McGurn ME, Bort SJ, Gibson C and Lewis DB. Hypomethylation of the interferon-gamma gene correlates with its expression by primary T- lineage cells.// Eur. J. Immunol., 1995, 25, pp. 426-430.
81. Mummaneni P, Walker KA, Bishop PL and Turker MS. Epigenetic gene inactivation induced by a cis-acting methylation center.// J. Biol. Chem., 1995, 270, pp. 788-792.
82. Nguyen CT, Weisenberger DJ, Velicescu M, Gonzales FA, Lin JC, Liang G and Jones PA. Histone H3-lysine 9 methylation is associated with aberrant gene silencing in cancer cells and is rapidly reversed by 5-aza-2'- deoxycytidine.// Cancer Res., 2002, 62, pp. 6456-6461.
83. Noyer-Weidner M and Trautner TA. in “DNA Methylation: Molecular Biology and Biological Significance”// Jost JP and Saluz HP eds, Basel: Birkhauster Verlag, 1993, pp. 39-108.
84. Nuovo GJ, Plaia TW, Belinsky SA, Baylin SB and Herman JG. In situ detection of the hypermethylation-induced inactivation of the p16 gene as an early event in oncogenesis.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, pp. 12754-12759.
85. Ohtani-Fujita N, Fujita T, Aoike A, Osifchin NE, Robbins PD and Sakai T. CpG methylation inactivates the promoter activity of the human retinoblastoma tumor-suppressor gene.// Oncogene, 1993, 8, pp. 1063-1067.
86. Okano M, Bell DW, Haber DA and Li E. DNA methylationtransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development.// Cell, 1999, 99, pp. 247-257.
87. Okano M, Xie S and Li E. Cloning and characterization of a family of novel mammalian DNA(cytosine-5)-methyltransferases.// Nat. Genet., 1998, 19, pp. 219-220.
88. Olek A, Oswald J and Walter J. A modified and improved method for bisulphite based cytosine methylation analysis.// Nucl. Acids Res., 1996, 24, pp. 5064-5066.
89. Oue N, Kuraoka K, Kuniyasu H, Yokozaki H, Wakikawa A, Matsusaki K and Yasui W. DNA methylation status of hMLH1, p16(INK4a), and CDH1 is not associated with mRNA expression levels of DNA methyltransferase and DNA demethylase in gastric carcinomas.// Oncol. Rep., 2001, 8, pp. 1085-1089.
90. Peters AH, Mermoud JE, O'Carroll D, Pagani M, Schweizer D, Brockdorff N and Jenuwein T. Histone H3 lysine 9 methylation is an epigenetic imprint of facultative heterochromatin.// Nat. Genet., 2002, 30, pp. 77-80.
91. Pfeifer GP. p53 mutational spectra and the role of methylated CpG sequences.// Mutat. Res., 2000, 450, pp. 155-66.
92. Pogribny IP, Poirier LA and James SJ. Differential sensitivity to loss of cytosine methyl groups within the hepatic p53 gene of folate/methyl deficient rats.// Carcinogenesis, 1995, 16, pp. 2863-2867.
93. Pradhan S and Kim GD. The retinoblastoma gene product interacts with maintenance human DNA(cytosine-5)-methyltransferase and modulates it activity.// EMBO J., 2002, 21, pp. 779-788.
94. Rainier S and Feinberg AP. Capture and characterization of 5-aza-2'- deoxycytidine-treated C3H/10T1/2 cells prior to transformation.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, pp. 6384-6388.
95. Rapoport I, Chen YC, Cupers P, Shoelson SE and Kirchhausen T. Dileucine¬based sorting signals bind to the beta chain of AP-1 at a site distinct and regulated differently from the tyrosine-based motif-binding site.// EMBO J., 1998, 17, pp. 2148-2155.
96. Rhee I, Bachman KE, Park BH, Jair KW, Yen RW, Schuebel KE, Cui H, Feinberg AP, Lengauer C, Kinzier KW, Baylin SB and Vogelstein B. DNMT1 and DNMT3b cooperate to silence genes in human cancer cells.// Nature, 2002, 416, pp. 552-556.
97. Riggs AD, Xiong Z, Wang L and LeBon JM. Methylation dynamics, epigenetic fidelity and X chromosome structure.// Novartis Found. Symp., 1998, 214, pp. 214-225.
98. Robertson KD, Uzvolgyi E, Liang G, Talmadge C, Sumegi J, Gonzales FA and Jones PA. The human DNA methyltransferases (DNMTs) 1, 3a and 3b: coordinate mRNA expression in normal tissues and overexpression in tumors.// Nucl. Acids Res., 1999, 27, pp. 2291-2298.
99. Robinson MS and Bonifacino JS. Adaptor-related proteins.// Curr. Opin. Cell Biol, 2001, 13, pp. 444-453.
100. Saito Y, Kanai Y, Sakamoto M, Saito H, Ishii H and Hirohashi S. Expression of mRNA for DNA methyltransferases and methyl-CpG-binding proteins and DNA methylation status on CpG islands and pericentromeric satellite regions during human hepatocarcinogenesis.// Hepatology, 2001, 33, pp. 561-568.
101. Sasaki H, Allen ND and Surani MA. in “DNA methylation: Molecular Biology and Biological Significance”// Jost JP and Saluz HP eds, Basel: Birkhauster Verlag, 1993, pp. 469-486.
102. Shin TH, Paterson AJ, Grant JH 3rd, Meluch AA and Kudlow JE. 5- Azacytidine treatment of HA-A melanoma cells induces Sp1 activity and concomitant transforming growth factor alpha expression.// Mol. Cell Biol., 1992, 12, pp. 3998-4006.
103. Simpson DJ, Hibberts NA, McNicol AM, Clayton RN and Farreli WE. Loss of pRb expression in pituitary adenomas is associated with methylation of the RB1 CpG island.// Cancer Res., 2000, 60, pp. 1211-1216.
104. Soengas MS, Capodieci P, Polsky D, Mora J, Esteller M, Opitz-Araya X, McCombie R, Herman JG, Gerald WL, Lazebnik YA, Cordon-Cardo C and Lowe SW. Inactivation of the apoptosis effector Apaf-1 in malignant melanoma.// Nature, 2001, 409, pp. 207-211.
105. Szyf M, Tanigawa G and McCarthy Jr PL. A DNA signal from Thy-1 defines de novo methylation patterns in embryonic stem cells.// Mol. Cell. Biol., 1990, 10, pp. 4396-4400.
106. Takai D and Jones PA. Comprehensive analysis of CpG islands in human chromosomes 21 and 22.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99(6), pp. 3740¬3745.
107. Takebayashi S, Nakao M, Fujita N, Sado T, Tanaka M, Taguchi H and Okumura K. 5-Aza-2'-deoxycytidine induces histone hyperacetylation of mouse centromeric heterochromatin by a mechanism independent of DNA demethylation.// Biochem. Biophys. Res. Commun., 2001, 288, pp. 921-926.
108. Toth M, Lichtenberg U and Doerfler W. Genomic sequencing reveals a 5- methylcytosine-free domain in active promoters and the spreading of preimposed methylation patterns.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, pp. 3728-3732.
109. Toyota M, Ho C, Ahuja N, Jair KW, Li Q, Ohe-Toyota M, Baylin S and Issa JP. Identification of differentially methylated sequences in colorectal cancer by methylated CpG island amplification.// Cancer Res., 1999, 59, pp. 2307-2312.
110. Toyota M, Ho C, Ohe-Toyota M, Baylin S and Issa JP. Inactivation of CACNA1G, a T-type calcium channel gene, by aberrant methylation of its 5' CpG island in human tumors.// Cancer Res., 1999, 59, pp. 4535-4541.
111. Turker MS, Mummaneni P and Bishop PL. Region and cell type-specific de novo DNA methylation in cultured mammalian cells.// Somat. Cell. Mol. Genet., 1991, 17, pp. 151-157.
112. Turker MS. The establishment and maintenance of DNA methylation patterns in mouse somatic cells.// Sem. Cancer Biol., 1999, 9, pp. 329-337.
113. Tweedie S, Ng HH, Barlow AL, Turner BM, Hendrich B and Bird AP. Vestiges of a DNA methylation system in Drosophila melanogaster.// Nat. Genet., 1999, 23, pp. 389-390.
114. Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, Smith HO, Yandell M, Evans CA, Holt RA, Gocayne JD, Amanatides P, Ballew RM, Huson DH, Wortman JR, Zhang Q, Kodira CD, Zheng XH, Chen L, Skupski M, Subramanian G, Thomas PD, Zhang J, Gabor Miklos GL, Nelson C, Broder
S, Clark AG, Nadeau J, McKusick VA, Zinder N, Levine AJ, Roberts RJ, Simon M, Slayman C, Hunkapiller M, Bolanos R, Delcher A, Dew I, Fasulo D, Flanigan M, Florea L, Halpern A, Hannenhalli S, Kravitz S, Levy S, Mobarry C, Reinert K, Remington K, Abu-Threideh J, Beasley E, Biddick K, Bonazzi V, Brandon R, Cargill M, Chandramouliswaran I, Charlab R, Chaturvedi K, Deng Z, Di Francesco V, Dunn P, Eilbeck K, Evangelista C, Gabrielian AE, Gan W, Ge W, Gong F, Gu Z, Guan P, Heiman TJ, Higgins ME, Ji RR, Ke Z, Ketchum KA, Lai Z, Lei Y, Li Z, Li J, Liang Y, Lin X, Lu F, Merkulov GV, Milshina N, Moore HM, Naik AK, Narayan VA, Neelam B, Nusskern D, Rusch DB, Salzberg S, Shao W, Shue B, Sun J, Wang Z, Wang A, Wang X, Wang J, Wei M, Wides R, Xiao C, Yan C, Yao A, Ye J, Zhan M, Zhang W, Zhang H, Zhao Q, Zheng L, Zhong F, Zhong W, Zhu S, Zhao S, Gilbert D, Baumhueter S, Spier G, Carter C, Cravchik A, Woodage T, Ali F, An H, Awe A, Baldwin D, Baden H, Barnstead M, Barrow I, Beeson K, Busam D, Carver A, Center A, Cheng ML, Curry L, Danaher S, Davenport L, Desilets R, Dietz S, Dodson K, Doup L, Ferriera S, Garg N, Gluecksmann A, Hart B, Haynes J, Haynes C, Heiner C, Hladun S, Hostin D, Houck J, Howland T, Ibegwam C, Johnson J, Kalush F, Kline L, Koduru S, Love A, Mann F, May D, McCawley S, McIntosh
T, McMullen I, Moy M, Moy L, Murphy B, Nelson K, Pfannkoch C, Pratts E, Puri V, Qureshi H, Reardon M, Rodriguez R, Rogers YH, Romblad D, Ruhfel
B, Scott R, Sitter C, Smallwood M, Stewart E, Strong R, Suh E, Thomas R, Tint NN, Tse S, Vech C, Wang G, Wetter J, Williams S, Williams M, Windsor S, Winn-Deen E, Wolfe K, Zaveri J, Zaveri K, Abril JF, Guigo R, Campbell MJ, Sjolander KV, Karlak B, Kejariwal A, Mi H, Lazareva B, Hatton T, Narechania A, Diemer K, Muruganujan A, Guo N, Sato S, Bafna V, Istrail S, Lippert R, Schwartz R, Walenz B, Yooseph S, Allen D, Basu A, Baxendale J, Blick L, Caminha M, Carnes-Stine J, Caulk P, Chiang YH, Coyne M, Dahlke
C, Mays A, Dombroski M, Donnelly M, Ely D, Esparham S, Fosler C, Gire H, Glanowski S, Glasser K, Glodek A, Gorokhov M, Graham K, Gropman B, Harris M, Heil J, Henderson S, Hoover J, Jennings D, Jordan C, Jordan J, Kasha J, Kagan L, Kraft C, Levitsky A, Lewis M, Liu X, Lopez J, Ma D, Majoros W, McDaniel J, Murphy S, Newman M, Nguyen T, Nguyen N, Nodell M, Pan S, Peck J, Peterson M, Rowe W, Sanders R, Scott J, Simpson M, Smith T, Sprague A, Stockwell T, Turner R, Venter E, Wang M, Wen M, Wu D, Wu M, Xia A, Zandieh A, Zhu X. The sequence of the human genome.// Science, 2001, 291, pp. 1304-1351.
115. Vertino PM, Yen RW, Gao J and Baylin SB. De novo methylation of CpG island sequences in human fibroblasts overexpressing DNA(cytosine-5)- methyltransferase.// Mol. Cell. Biol., 1996, 16, pp. 4555-4565.
116. Vieira AV, Lamaze C and Schmid SL. Control of EGF receptor signaling by clathrin-mediated endocytosis.// Science, 1996, 274, pp. 2086-2089.
117. Warnecke PM, Mann JR, Frommer M and Clark SJ. Bisulfite sequencing in preimplantation embryos: DNA methylation profile of the upstream region of the mouse imprinted H19 gene.// Genomics, 1998, 51, pp. 182-190.
118. Wigler M, Levy D and Perucho M. The somatic replication of DNA methylation.// Cell, 1981, 24, pp. 33-40.
119. Wolf P, Hu YC, Doffek K, Sidransky D and Ahrendt SA. O6-Methylguanine- DNA methyltransferase promoter hypermethylation shifts the p53 mutational spectrum in non-small cell lung cancer.// Cancer Res., 2001, 61, pp. 8113¬8117.
120. Wong DJ, Foster SA, Galloway DA and Reid BJ. Progressive region-specific de novo methylation of the p16 CpG island in primary human mammary epithelial cell strains during escape from M(0) growth arrest.// Mol. Cell Biol., 1999, 19, pp. 5642-5651.
121. Worm J and Guldberg P. DNA methylation: an epigenetic pathway to cancer and a promising target for anticancer therapy.// J. Oral. Pathol. Med., 2002, 31, pp. 443-449.
122. Yoder JA and Bestor TH. A candidate mammalian DNA methyltransferase related to pmt1p of fission yeast.// Hum. Mol. Genet., 1998, 7, pp. 279-284.
123. Yoder JA, Soman NS, Verdine GL and Bestor TH. DNA(cytosine-5)- methyltransferases in mouse cells and tissues. Studies with a mechanism-based probe.// J. Mol. Biol., 1997, 270, pp. 385-395.
124. Zhang YJ, Chen Y, Ahsan H, Lunn RM, Lee PH, Chen CJ and Santella RM. Inactivation of the DNA repair gene O6-methylguanine-DNA methyltransferase by promoter hypermethylation and its relationship to aflatoxin B1-DNA adducts and p53 mutation in hepatocellular carcinoma.// Int. J. Cancer, 2003, 103, pp. 440-444.
125. Домнинский ДА, Прокунина ЛВ, Козырев СВ, Будилов АВ, Полтараус АБ, Забаровский ЕР и Захарьев ВМ. Построение крупномасштабной физической карты генома человека. Характеристика NotI-клонов с короткой геномной вставкой.// Мол. Биол., 1999, 33, с. 533-541.
126. Клонирование ДНК. Методы.// под ред. Гловера Д. М.: Мир, 1988, стр. 140-175.
127. Лихтенштейн АВ и Киселева НП. Метилирование ДНК и канцерогенез.// Биохимия, 2001, 66, с. 235-255.
128. Маниатис Т, Фрич Э, Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984.- 480 с.
129. Ровенский ЮА. Клеточные и молекулярные механизмы опухолевой инвазии.// Биохимия, 1998, 63, с. 1204-1221.

Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.



Подобные работы


©2025 Cервис помощи студентам в выполнении работ
.