Представленный материал является образцом учебного исследования, примером структуры и содержания учебного исследования по заявленной теме. Размещён исключительно в информационных и ознакомительных целях.
Workspay.ru оказывает информационные услуги по сбору, обработке и структурированию материалов в соответствии с требованиями заказчика.
Размещение материала не означает публикацию произведения впервые и не предполагает передачу исключительных авторских прав третьим лицам.
Материал не предназначен для дословной сдачи в образовательные организации и требует самостоятельной переработки с соблюдением законодательства Российской Федерации об авторском праве и принципов академической добросовестности.
Авторские права на исходные материалы принадлежат их законным правообладателям. В случае возникновения вопросов, связанных с размещённым материалом, просим направить обращение через форму обратной связи.
ℹ️Настоящий учебно-методический информационный материал размещён в ознакомительных и исследовательских целях и представляет собой пример учебного исследования. Не является готовым научным трудом и требует самостоятельной переработки.
ВВЕДЕНИЕ 4
1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1 Традиционные методы идентификации микроорганизмов 6
1.2 ДНК 8
1.2.1 Генетическая система бактерий 10
1.2.2 Ген 16S рРНК 12
1.2.3 Выделение ДНК 13
1.3 Предполагаемые бактерии 15
1.3.1 Бактерии рода Rhizobium 15
1.3.2 Бактерии рода Bacillus 16
1.3.3 Бактерии рода Micrococcus 17
1.4 Образцы бактерий используемые для сравнения 18
1.4.1 Кишечная палочка (Escherichia coli) 18
1.4.2 Водородокисляющая бактерия (Ralstonia eutropha) 19
1.4.3 Фотобактерии (Photobacterium phosphoreum) 19
1.5 Полимеразная цепная реакция 20
1.5.1 Очистка ДНК после реакции амплификации 22
1.5.2 Использование ПЦР 23
1.6 Рестриктный анализ ДНК 27
1.6.1 Звёздчатая активность рестриктаз 29
1.7 Метод полиморфизма длин рестрикционных фрагментов 29
1.8 Электрофорез 31
1.9 Секвенирование 32
2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 34
2.1 Используемые образцы бактерий 34
2.2 Методика выделения ДНК 35
2.3 Проведение ПЦР 35
2.4 Методика очистки ампликонов 36
2.5 Проведение реакции рестрикции 37
2.6 Методика проведения электрофореза 38
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 41
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ 42
📖 Введение
Наряду с традиционными методами идентификации микроорганизмов, таких как использование культуральных и морфологических характеристик; химических и биохимических реакций [1], в последнее время широкое применение находят методы определения и сравнения микроорганизмов, основанные на исследовании нуклеотидных последовательностей различных генов микроорганизмов [2] и анализе полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ), полученных в результате амплификации отдельных генов бактерий [3]. Часто для идентификации используют гены, кодирующие 16S и 23S рибосомальные РНК, поскольку они присутствуют во всех бактериальных клетках и являются видоспецифичными для большинства микроорганизмов [4]. Использование для идентификации гена 16S рибосомальной РНК, позволяет различать близкородственные виды и подвиды микроорганизмов [5].
Одним из перспективных и современных методов идентификации возбудителя заболевания является идентификация организмов по маркерному гену 16S рРНК. Особенности расположения вариативных и консервативных участков этого гена до конца не изучены. Поэтому детальное изучение последовательностей нуклеотидов в данном гене может помочь при идентификации микроорганизмов.
Цель работы:
Исследовать последовательности нуклеотидов в гене 16S рРНК у опытных образцов бактерий для определения их вида.
Для достижения заданной цели были поставлены следующие задачи:
1. Выделить ДНК из опытных образцов бактерий, определить концентрацию и чистоту полученных препаратов ДНК.
2. Получить ампликоны с использованием пар праймеров 8F - 1492L и 500L - 1350R гена 16S рРНК для данных бактерий.
3. Провести реакции рестрикции для полученных ампликонов.
4. Провести гель-электрофорез полученных рестриктов с маркерами в агарозном геле и проанализировать полученные электрофореграммы для определения вида исследуемых образцов.
5. Используя секвенированные последовательности ампликона гена 16S рРНК провести определение вида исследуемых образцов.
Работа была проведена на базе центра коллективного пользования приборов ИФБиБТ, Красноярск.