РЕФЕРАТ 2
ВВЕДЕНИЕ 4
1 Обзор литературы 6
1.1 Актуальность исследования генетических маркеров грибов 6
1.2 Представители рода Armillaria 6
1.2.1 Flammulina velutipesэволюционно близкий вид для представителей
рода Armillaria 7
1.3 Генетические маркеры для видовой идентификации грибов 7
1.3.1 Генетический маркер ITS 8
1.3.2 Генетический маркер IGS 8
1.3.3 Генетические маркер TEF1a 8
1.4 Рестрикционный анализ 8
1.5 Строение участка рибосомальной РНК грибов 9
1.6 Выравнивание нуклеотидных последовательностей 11
1.6.1 Выравнивание двух последовательностей 11
1.6.2 Выравнивание нескольких последовательностей 12
1.6.3 Обоснование гэпов при оценке эволюционных дистанций 12
1.8 Программы для построения выравниваний 13
1.9 Филогенетический анализ 15
2 Материалы и методы 18
2.1 Объекты исследования 19
2.2 Методы используемые для филогенетического анализа 20
3 Результаты и их обсуждение 22
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 26
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ 27
Среди представителей рода Armillaria (Physalacriaceae, Agaricalea, Basidiomycota) хорошо известны как важные патогены растений, которые могут вызывать серьезные корневые заболевания у разных деревьев и древесных растений, так и сапротрофы, которые играют важную экологическую роль в экосистемах. Однако у разновидностей Armillaria наблюдаются значительные различия в патогенности. Например, A. ostoyae, A. solidipesи A. melleaкак правило, считаются сильно патогенными, в то время как такие виды, как A. sinapina, A. cepistipesсчитаются менее патогенными, а также сапротрофы, предпочитающие рост на мертвой древесине (A. gallica). Поэтому разграничение видов Armillariaимеет решающее значение для оценки риска заболевания [1, 2]. Грибы рода Armillariaиграют колоссальную роль в экосистеме, без них леса были бы просто захламлены слаборазлагающейся древесиной. Типичные сапрофиты не влияют сильно пагубно на здоровые деревья, но в настоящее время все чаще и чаще начинают поражать здоровые деревья. А. borealisявляется сапрофитом и в меньшей степени патогеном, а вот с изменением климата возможно приобретает патогенные формы. Понимание филогении и эволюционного происхождения этих видов является важным этапом в изучении патогенности видов Armillaria.
28 образцов рода Armillariaбыли взяты на Дальнем Востоке, юге Красноярского края и Республике Хакасия. В Германии сотрудниками лаборатории лесной геномики Сибирского федерального университета были секвенированы маркерные последовательности на капиллярном секвенаторе. Для построения филогенетического дерева также были включены нуклеотидные последовательности представителей рода Armillaria, взятые из международной базы данных GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).
Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи:
1. Сформировать базу генетических последовательностей;
2. Изучить методы построения выравниваний и филогении;
3. Построение филогенетического дерева для видовой идентификации образцов.
Актуальность данной работы заключается в том, что определение видов грибов только по морфологическим признакам не всегда возможно, поскольку они не всегда могут обеспечивать точные группировки на уровне видов, поэтому сейчас широко используются генетические маркеры для идентификации видов. Они позволяют изучать высоко- и слабопатогенные таксоны грибов и осуществлять генетический мониторинг уровня патогенности в популяциях. Использование генетических маркеров для идентификации видов Armillariaна территории Сибири и Дальнего Востока проводилось впервые.
Впервые была произведена идентификация 28 сибирских и дальневосточных образцов представителей рода Armillaria;
Филогенетический анализ позволил с высокой вероятностью определить образцы, относящиеся к представителям Armillaria;
Исследуемые образцы относятся к 4 разным видам, 18 из 28 образцов относятся к виду A. borealis;
Все образцы попадают в кластеры с уже известными видами.
