ВВЕДЕНИЕ 3
1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 5
1.1 Генетическая система бактерий 5
1.2 Традиционные методы идентификации микроорганизмов 6
1.3 ДНК 8
1.4 Ген 16S рРНК 9
1.5 Полимеразная цепная реакция 9
1.6 Рестрикция ДНК 11
1.7 Электрофорез ДНК 14
1.8 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов 17
1.9 Анализ in silico 18
1.10 Методика очистки ДНК ампликонов 19
1.11 Характеристика некоторых эндофитных бактерий 19
2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 20
2.1 Объекты исследования 20
2.2 Методика выделения ДНК 20
2.3 Проведение полимеразной цепной реакции 20
2.4 Методика проведения реакции рестрикции 22
2.5 Методика проведения электрофореза
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ источников
Микрофлора почвы оказывает непосредственное влияние на её плодородие и, как следствие, на урожайность растений. Почвенные микроорганизмы в процессе роста и развития улучшают структуру почвы, накапливают в ней питательные вещества, минерализуют различные органические соединения, превращая их в легко усвояемые растением компоненты питания. Для стимуляции этих процессов применяют различные бактериальные удобрения, обогащающие ризосферу растений полезными микроорганизмами. Микроорганизмы, используемые для производства бактериальных препаратов, способствуют снабжению растений не только элементами минерального питания, но и физиологически активными веществами (фитогормонами, витаминами и др.) [1].
Исследование микроорганизмов невозможно без распознавания их принадлежности к тем или иным биологическим родам и видам. Процесс идентификации является важным этапом проведения биологических исследований.
Ранее работы по классификации бактерий основывались на морфологических и физиологических признаках чистых культур. В последние 30 лет возможности для идентификации бактерий расширились в связи с использованием молекулярно-генетических методов [2].
Применение молекулярно-биологического подхода для идентификации микроорганизмов выявило его принципиальные преимущества по сравнению с традиционным фенотипическим подходом: оно открыло возможность идентифицировать некультивируемые организмы. Появилась возможность с помощью единой методологии осуществлять построение филогенетических систем [3].
Наибольший прогресс в реконструкции филогении микроорганизмов был достигнут благодаря секвенированию различных маркерных генов. В частности, секвенирование гена 16S рРНК, а также анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов маркерных ампликонов позволили пересмотреть систематические взаимоотношения между разными бактериями [4, 5].
Метод анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов маркерных ампликонов является одним из наиболее простых методов идентификации бактерий. Для идентификации некоторых микроорганизмов требуется несколько суток, а то и недель. Используя метод анализа ПДРФ результат можно получить в течении дня.
В представленной работе показана применимость метода анализа ПДРФ для идентификации почвенных бактерий.
