ВВЕДЕНИЕ 5
1 Обзор литературы 7
1.1 Проблема загрязнения окружающей среды углеводородами нефти 7
1.1.1 Химический состав нефти и нефтепродуктов 7
1.1.2 Механизмы отрицательного действия углеводородов нефти на
окружающую среду 8
1.1.3 Влияние нефтяных загрязнений на растения 9
1.1.4 Влияние нефтяных загрязнений на микрофлору почвы 12
1.2 Методы очистки окружающей среды от загрязнения углеводородами
нефти 14
1.2.1 Фиторемедиация нефтезагрязненных почв 15
1.2.2 Биоремедиация нефтезагрязненных почв с помощью микроорганизмов 18
1.2.3 Биодеструкция углеводородов плазмидосодержашими штаммами 26
1.2.4 Влияние микроорганизмов на процессы фиторемедиации окружающей
среды от органических загрязнителей 28
2 Объекты и методы исследования 31
2.1 Объекты исследования 31
2.2 Методы выделения микроорганизмов 31
2.3 Методы идентификации микроорганизмов 32
2.4 Методы исследования влияния углеводородокисляющих бактерий на
ризосферную микрофлору эспарцета песчаного 33
2.5 Методы исследования ризосферной микрофлоры 34
2.6 Выделение плазмидной ДНК из клеток бактерий 35
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 38
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ 41
В настоящее время при очистке разлива нефти на почве и береговых линиях требуются трудоемкие методы, имеющие много недостатков. Например, использование высокого давления при промывке для вытеснения нефти может уничтожить микробные популяции, в то время как химические сорбенты и диспергаторы могут оказывать негативное действие на окружающую среду. Кроме того, эти методы требуют много времени и способны лишь до некоторой степени удалять нефтяные загрязнения, оставляя за собой большое количество углеводородов, адсорбированных в почве. Таким образом, эти обычные действия первого реагирования не могут обеспечить эффективную очистку разливов нефти в течение короткого периода времени. Поэтому существует настоятельная необходимость в исследовании других экологически чистых методов для удаления нефтяных загрязнений в почве. На сегодняшний день существует целый ряд технологий, доступных для восстановления загрязненной нефтью почвы, одной из которых является биоремедиация,
Одним из решений важной экологической проблемы утилизации нефтяных загрязнений является применение биологических объектов, способных использовать в качестве субстрата углеводороды [1]. Углеводороды в почве разлагаются в результате деятельности углеводородокисляющих микроорганизмов, способных окислить углеводороды до углекислого газа и воды или превращать их в соединения, утилизируемые другими микроорганизмами. Практически все углеводороды, входящие в состав нефти, могут быть объектом микробиологического воздействия
Углеводородокисляющие микроорганизмы (УВОМ) широко распространены в природных экосистемах, встречаются, главным образом, среди аэробных форм [2, 3]. От других гетеротрофных микроорганизмов они отличаются наличием комплекса ферментов, окисляющих углеводороды и способностью к поглощению гидрофобного субстрата [4, 5, 6].
Немаловажную роль в процессах трансформации нефти и нефтепродуктов играют плазмиды, которые увеличивают метаболическую активность микроорганизмов и ускоряют процессы трансформации нефти. Доказано, что присутствие плазмид ускоряет и расширяет способности штаммов утилизировать углеводороды, поэтому необходимо проводить исследования сообщества почвенных микроорганизмов для выявления плазмидосодержащих штаммов.
Создание биологических препаратов, которые в короткие сроки оказывают влияние на нефтяные загрязнения почв, остается одной из ключевых проблем современности. В настоящее время нефть является одним из основных загрязнителей окружающей среды, поэтому важно знать все способы её утилизации, не оказывающие негативного влияния на биосферу.
В связи с этим цель настоящей работы - оценить возможность использования некоторых штаммов углеводородокисляющих бактерий, выделенных из почв г. Красноярска и северных районов Красноярского края, для повышения эффективности фиторемедиации почв, загрязненных нефтепродуктами.
Были поставлены следующие задачи:
1. Выделить из образцов почв г. Красноярска и Туруханского района Красноярского края доминирующие почвенные бактерии, устойчивые к нефтезагрязнению, и провести их идентификацию.
2. Выявить наличие плазмид в отобранных штаммах бактерий.
3. Оценить влияние загрязнения почвы нефтепродуктами на ризосферную микрофлору эспарцета песчаного (Onobrychis arenaria).
4. Оценить влияние углеводородокисляющих бактерий на ризосферную микрофлору эспарцета песчаного (Onobrychis arenaria) при выращивании на нефтезагрязненных почвах в лабораторных условиях и в натурном эксперименте.
5. Оценить биоремедиационый потенциал эспарцета песчаного в сочетании с некоторыми видами выделенных штаммов УВОМ.
В ходе проделанной работы были следующие выводы:
1. Из почвы в Академгородке г. Красноярска были выделены и идентифицированы семь штаммов бактерий, устойчивых к загрязнению нефтепродуктами, пять из которых способны использовать нефть в качестве единственного источника углерода.
2. Из почв Туруханского района выделены шесть штаммов, устойчивых к загрязнению нефтепродуктами.
3. В результате скрининга была обнаружена плазмидная ДНК у штамма, выращенного на минеральной среде с добавлением нефти, размер которой составил более 50000 н.о.
4. В модельном эксперименте в лабораторных условиях внесение нефти стимулировало микробиологические процессы в ризосфере эспарцета песчаного (Onobrychis arenaria): численность аммонифицирующих бактерий увеличивалась в 4 раза и азотфиксирующих - в 3,5 раза. Добавление бактериальной суспензии УВОМ ускоряло процессы деструкции нефти в ризосфере эспарцета, что проявлялось в увеличении коэффициентов минерализации в 37,6 и 10,2 раза в почво-грунте и песке, соответственно. При этом содержание нефти в почво-грунте и песке снизилось в 3,3 и 6,3 миллионов раз по сравнению с исходным количеством внесенной нефти.
5. В природных условиях также было отмечено стимулирование процессов минерализации нефти в ризосфере растения фиторемедианта при добавлении суспензии УВОМ: коэффициент минерализации увеличился в
27,6 раза по сравнению с контрольным участком.
6. Для утилизации нефтяных загрязнений рекомендуется использование эспарцета песчаного с четырьмя штаммами бактерий, которые не подавляли рост ризосферной микрофлоры.
7. Штамм Arthrobacter pascensподавлял рост ризосферной микрофлоры эспарцета песчаного в 3-16 раз по сравнению с контролем, поэтому не рекомендован к использованию для фиторемедиации с данным видом растений.
1. Кузнецов А. Е., Градова Н. Б. Научные основы экобиотехнологии. - М.: Мир, 2006. - Гл. 5. - С. 309 - 417.
2. Биоиндикация и реабилитация экосистем при нефтяных загрязнениях: учебное пособие/ А.В. Кураков [и др]; под ред. А.П.Садчикова и С.В.Котелевцева; М.: Изд-во «Графикон», 2006. - С. 3-66.
3. Современная микробиология. Прокариоты: В 2-х томах.: Пер. с англ. / Под ред. Й. Ленгелера, Г. Древса, Г. Шлегеля. - М.: Мир, 2005. - 496 с.
4. Зайцева Т.А. Микроорганизмы - деструкторы нефти / Зайцева Т.А., Рудакова Л.В., Комбарова М.М. //Научные исследования и инновации. - 2010. - № 4. - С. 59-63.
5. Шамраев А.В. Влияние нефти и нефтепродуктов на различные компоненты окружающей среды / Шамраев А.В., Шорина Т.С. // ВестникОГУ, 2009. -№ 6. - с. 642-645.
6. Atlas R. M. Microbial Hydrocarbon Degradation. Bioremediation of oil spills// J. Chem. Technol-Biotechenol. -1991. - 52. - p. 149-156.
7. Смирнова Е. В. Транспорт и распределение жидких углеводородов в выщелоченном черноземе :дис. ... канд. биол. наук: 03.00.16/ Смирнова Елена Васильевна. - Казань, 2003. - 131 с.
8. Давыдова С. Л. Нефть и нефтепродукты в окружающей среде: учеб. пособие/ С. Л. Давыдова, В. И. Тагасов; М.: Изд-во РУДН, 2004. С. - 163.
9. Назаров А. В. Влияние нефтяного загрязнения почвы на растения / А. В. Назаров // Вестник пермского университета. Серия: Биология. - 2007. - №. 5. С. - 134 - 141.
10. Новоселова Е. И. Роль ферментативной активности почв в осуществлении ею трофической функции в условиях нефтяного загрязнения / Е. И. Новоселова, Н. А. Киреева, М. И. Гарипова //Вестник Башкирского университета. - 2014. - Т. 19. - №. 2. - С. 474.
11. Назаров А. В. Изучение причин фитотоксичности нефтезагрязненных почв /А. В. Назаров, С. А. Иларионов //Альтернативная энергетика и экология. - 2005. - №. 1. - С. 60-65
12. Сангаджиева Л. Х. Влияние нефтяного загрязнения на фитотоксичность светло-каштановых почв Калмыкии / Л. Х. Сангаджиева, Ц. Д. Даваева, А. А. Булуктаев //Вестник Калмыцкого университета. - 2013. - №. 1. - С. 17.
13. Tang, J. Eco-toxicity of petroleum hydrocarbon contaminated soil / Tang, J., Wang, M., Wang, F., Sun, Q., Zhou, Q. // J. Environ. Sci - 2011 - 23 - p. 845-851.
14. Sorkhoh N.A. Crude oil and hydro-carbon degrading strains of Rhodococcus: Rhodococcus strains isolated from soil and marine environments in Kuwait / N. A. Sorkhoh, M. A. Ghannoum, A. Ibrahim, R. J. Stretton, S. S. Rdaman // Environmental Pollution - 1990. - V. 65. - p. 1-18.
15. Ильинский В.В. Углеводородокисляющие бактериоценозы незагрязненных пресных вод и их изменения под влиянием нефтяных углеводородов (на примере юго-восточной части Можайского водохранилища) / В. В. Ильинский, О. В. Поршнева, Т. И. Комарова // Микробиология, 1998. - T. 2. - С. 267-273.
16. Гоголева О. А. Углеводородокисляющие микроорганизмы природных экосистем / О.А. Гоголева, Н.В. Немцева. // Бюллетень Оренбургского научного центра УрО РАН. - 2012. - № 2. С. 2 - 6.
17. Wolinska A. Biological Activity of Autochthonic Bacterial Community in Oil- Contaminated Soil / A. Wolinska, A. Kuzniar, A. Szafranek-Nakonieczna, N. Jastrz^bska, E. Roguska, Z. St^pniewska //Water, Air, & Soil Pollution. - 2016. - Т. 227. - №. 5. - С. 1-12.
18. Шаркова С. Ю. Состояние микробного комплекса почв при нефтезагрязнении / С. Ю. Шаркова, Е. А. Полянскова, Е. А. Парфенова //Известия Пензенского государственного педагогического университета им. ВГ Белинского. - 2011. - №. 25. - С. 614 - 617.
19. Abbasian F. The Biodiversity Changes in the Microbial Population of Soils Contaminated with Crude Oil / F. Abbasian, R. Lockington, M. Megharaj, R. Naidu //Current microbiology. - 2016. - Т. 72. - №. 6. - С. 663-670.
20. Lim M. W. A comprehensive guide of remediation technologies for oil contaminated soil—Present works and future directions / M. W. Lim, E. Von Lau, P. E. Poh //Marine pollution bulletin. - 2016. - V. 109. - P. 14-45.
21. Григориади А. С. Использование микробного препарата для рекультивации нефтезагрязненной почвы различных типов /А. С. Григориади, Н. А. Киреева, А. Р. Гареева, Т. Н. Щемелинина, О.С. Атепаева //Вестник Башкирского университета. - 2011. - Т. 16. - №. 4. - С. 1214-1218
22. Wolejko E. The ways to increase efficiency of soil bioremediation / E. Wofejko, U. Wydro, T. Loboda //Ecological Chemistry and Engineering S. - 2016. - Т. 23. - №. 1. - С. 155-174.
23. Хайруллина Г. Г. Очистка почв от нефтепродуктов при помощи растений и ассоциированных с ними микроорганизмами/ Г. Г Хайруллина, Э. М. Зайнутдинова // Актуальные проблемы науки и техники. Сборник научных трудов IV Международной научно-практической конференции молодых ученых.-Уфа. - 2012. - С. 107.
24. Kirk J. L. The effects of perennial ryegrass and alfalfa on microbial abundance and diversity in petroleum contaminated soil/ J. L. KirkJohn, N. Klironomos, H. Lee, J. T. Trevors //Environmental Pollution. - 2005. - Т. 133. - №. 3. - С. 455-465
25. Wenzel W. W. Rhizosphere processes and management in plant-assisted bioremediation (phytoremediation) of soils / W. W. Wenzel //Plant and Soil. - 2009.- Т. 321. - №. 1-2. - С. 385-408.
26. Ковальская Т. В. Характеристика методов рекультивации нефтезагрязнения / Т. В. Ковальская, Е. В. Нуянзина //Рекомендовано к печати редакционно-издательским советом Астраханского государственного университета Рецензент доктор географических наук, начальник отдела экологического контроля и нормирования. - 2009. - С. 196.
27. Salt D.E. Phytoremediation: a novel strategy for the removal of toxic metals from the environment using plants / , D.E. Salt, M. Blaylock, P.B.A.N. Kumar, V. Dushenkov, B.D. Ensley, I. Chet, I. Raskin // Nature Biotechnology. - 1995. - V.13.
- P.468-474.
28. Тюленева В.А. Биовосстановление почв, загрязненных нефтепродуктами/ B. А. Тюленева, В.А. Соляник, И.В. Соляник // ВюникСумського державного ушверситету. Сер. Техшчш науки. - 2004. - №2 (61). - С. 177-18
29. Arshad M. Perspectives of bacterial ACC deaminase in phytoremediation / M. Arshad, M. Saleem, S. Hussain //Trends in biotechnology. - 2007. - Т. 25. - №. 8. -C. 356-362.
30. Bento F. M. Diversity of biosurfactant producing microorganisms isolated from soils contaminated with diesel oil / F. M. Bento, F. A. de Oliveira Camargo, B. C. Okeke, W. T. Frankenberger Jr //Microbiological research. - 2005. - Т. 160. - №. 3.
- С. 249-255
31. Тимергазина И. Ф., Переходова Л. С. К проблеме биологического окисления нефти и нефтепродуктов углеводородокисляющими микроорганизмами / И. Ф. Тимергазина, Л. С. Переходова //Нефтегазовая геология. Теория и практика. - 2012. - Т. 7. - №. 1. - C.3.
32. Преобразование нефтей микроорганизмами//Труды Всероссийского нефтяного научно-исследовательского геологоразведочного института. Под редакцией Б.Г. Хотимского и А.И. Акопиан. - Л.:ВНИГРИ, 1970. - 281с.
33. Hinsinger P. Rhizosphere geometry and heterogeneity arising from root-mediated physical and chemical processes / P. Hinsinger, G. R. Gobran, P. J. Gregory, W. W. Wenzel //New Phytologist. - 2005. - Т. 168. - №. 2. - С. 293-303.
34. Festa S., Coppotelli B. M., Morelli I. S. Comparative bioaugmentation with a consortium and a single strain in a phenanthrene-contaminated soil: Impact on the bacterial community and biodegradation / S. Festa, B. M. Coppotelli, I. S. Morelli //Applied Soil Ecology. - 2016. - Т. 98. - С. 8-19.
35. Сидоров А. В. Аборигенные углеводородоокисляющие микроорганизмы в биоремедиации водных ресурсов от нефтяного загрязнения/ А. В. Сидоров, Н.В. Морозов //Современные наукоемкие технологии. - 2007. - №. 1. - С. 63-64.
36. Успехи микробиологии. / Под редакцией А.А. Имшеницкого. - М.: «Наука», 1968б. - Т. 15. -225 с.
37. Клюянова, М.А. Разработка основы биопрепарата для деградации нефти при загрязнении природных сред: автореф. дис. . канд. биол. наук: 03.00.23/ Мария Александровна Клюянова. - Уфа, 2009. - 24 с.
38. Мазлова Е. А. Применение биопрепарата биол в биоремедиации нефтезагрязненных почв и шламов/ Е. А. Мазлова, Л. А. Эррера, Н. В. Еремина// Защита окружающей среды в нефтегазовом комплексе. - 2014. - №9. - С. 28-33.
39. Ахмадиев М. В. Применение аборигенных штаммов углеводородокисляющих микроорганизмов при биоремедиации нефтезагрязненных почв и грунтов/ М. В. Ахмадиев// Вестник Пермского национального исследовательского политехнического университета. Прикладная экология. Урбанистика. - 2014. - № 2(14). - С. 119-130.
40. Pacwa-Pfociniczak M. Monitoring the changes in a bacterial community in petroleum-polluted soil bioaugmented with hydrocarbon-degrading strains/ M. Pacwa-Pfociniczak , G. A. Pfaza, Z. Piotrowska-Seget //Applied Soil Ecology. - 2016. - Т. 105. - С. 76-85.
41. Silva-Castro G. A. Autochthonous microbial responses and hydrocarbons degradation in polluted soil during biostimulating treatments under different soil moisture. Assay in pilot plant / G. A. Silva-Castro, A. Rodriguez-Calvo, J. Laguna, J. Gonzalez-Lopez, C. Calvo //International Biodeterioration & Biodegradation. - 2016.
- Т. 108. - С. 91-98.
42. Borah D. Plasmid Curing of a Novel Hydrocarbon Degrading Bacillus cereus Strain DRDU1 Revealed its Involvement in Petroleum Oil Degradation / D. Borah, Y. RNS //Journal of Petroleum &Environmental Engineering. - 2015. - Т. 6. - С. 1
- 4.
43. Ветрова А.А. Влияние катаболических плазмид на физиологические параметры бактерий рода Pseudomonas и эффективность биодеструкции нефти / А.А. Ветрова, И. А. Нечаева, А. А. Игнатова, И.Ф. Пунтус, М. У. Аринбасаров, А. Е. Филонов, А. М. Боронин // Микробиология. - 2007. - № 3. - C. 354-360.
44. Ветрова А. А. Биодеструкция нефти отдельными штаммами и принципы составления микробных консорциумов для очистки окружающей среды от углеводородов нефти / А. А. Ветрова, А. А. Иванова, А. Е. Филонов, В. Б. Забелин, А. Б. Гафаров, С. Л. Соколов, И. А. Нечаева, И. Ф. Пунтус, А. М. Боронин //Известия Тульского государственного университета. Естественные науки. - 2013. - №. 2-1. - С. 241 - 257.
45. Boronin A.M. Diversity of naphthalene biodegradation systems in soil Bacteria/ А. М. Boronin, I. A. Kosheleva // Handbook of hidrocarbon and lipid microbiology. - 2009. - P. 1155-1165.
46. Панов А. В. Влияние загрязнения почвы на состав микробного сообщества / А. В. Панов, Т. З. Есикова, С. Л. Соколов, И. А. Кошелева, А. М. Боронин //Микробиология. - 2013. - Т. 82. - №. 2. - С. 239-246.
47. Greene E.A. Composition of soil microbial communities enriched on a mixture of aromatic hydrocarbons/ E. A. Greene, J. G. Kay, K. Jaber, L. G. Stehmeier, G. Voordouw // Applied and Environmental Microbiology. - 2000. - V. 66. - P. 5282-5289.
48. Hendrickx B. Dynamics of an oligotrophic bacterial aquifer community during contact with a groundwater plume contaminated with benzene, toluene, ethylbenzene and xylenes: an in situ mesocosm study / B. Hendrickx, W. Dejonghe, W. Boenne, M. Brennerova, M. Cernik, T. Lederer, M. Bucheli-Witschel, L. Bastiaens, W. Verstraete, E.M. Top, L. Diels, D. Springael // Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - V. 71. - P. 3815-3825.
49. Gomes N.C.M. Effect of the inoculant strain Pseudomonas putida KT2442 (pNF142) and of naphthalene contamination on the soil bacterial community /
N.C.M. Gomes, I.A. Kosheleva, A. Wolf-Rainer, K. Smalla // FEMS Microbiology Ecology. - 2005. - V. 54. - P. 21-33.
50. Назаров А. В. Потенциал использования микробно-растительного взаимодействия для биоремедиации / А. В. Назаров, С. А. Иларионов //Биотехнология. - 2005. - №. 5. - С. 54.
51. Шабаев В. П. Применение ростстимулирующих ризосферных бактерий для стимуляции роста растений при загрязнении почвы нефтью, свинцом и кадмием/ В. П. Шабаев // Агрохимия. - 2016. - №8. - С. 82-87.
52. Jidere C. Phytoremediation potentials of cowpea (Vigina unguiculata) andmaize (Zea mays) for hydrocarbon degradation in organic and inorganic manure-amended tropical typic paleustults / Jidere C, Akamigbo F, Ugwuanyi J // Int J Phytorem - 2012 - 14 - p. 362-373.
53. Afzal M, Endophytic bacteria: prospects and applications for the phytoremediation of organic pollutants / Afzal M, Khan QM, Sessitsch A // Chemosphere - 2014 - 117 - p. 232-242.
54. Auta HS. Bioaugumentation of crude oil contaminated soil using bacterial consortium / Auta HS, Ijah U, Mojuetan M. // Adv Sci Focus - 2014 - 2 - p. 26-33.
55. Moore FP. Endophytic bacterial diversity in poplar trees growing on a BTEX- contaminated site: the characterisation of isolates with potential to enhance phytoremediation / Moore FP, Barac T, Borremans B, Oeyen L, Vangronsveld J, Van der Lelie D, Campbell CD, Moore ER // Syst Appl Microbiol - 2006 - 29 - p. 539¬556.
56. Zhu X. Application of endophytic bacteria to reduce persistent organic pollutants contamination in plants / Zhu X, Ni X, Liu J, Gao Y. // Clean:Soil, Air, Water - 2014 - 42 - p. 306-310.
57. Ijaz A. Enhanced remediation of sewage effluent by endophyte-assisted floating treatment wetlands/ Ijaz A, Shabir G, Khan QM, Afzal M. // Ecol Eng - 2015 - 84 p. 58-66.
58. Ivanova A. A. Oil biodegradation by microbial-plant associations / A. A. Ivanova, A. A. Vetrova, A. E. Filonov, A. M. Boronin //Applied Biochemistry and Microbiology. - 2015. - Т. 51. - №. 2. - С. 196-201.
59. Fatima K. Plant species affect colonization patterns and metabolic activity of associated endophytes during phytoremediation of crude oil-contaminated soil/ K. Fatima, A. Imran, I. Amin, Q. M. Khan, M. Afzal //Environmental Science and Pollution Research. - 2016. - Т. 23. - №. 7. - С. 6188-6196.
60. Гафарова Е. В. Влияние цеолитсодержащей породы и растений на биологическую активность выщелоченного чернозема, загрязненного нефтяными углеводородами: автореф. дис. на соиск. учен. степ. к. б. н.: 03.00. 07/ Евгения Владимировна Гефарова - Казань, 2006. - 24 с.
61. Нетрусов А. И. Практикум по микробиологии: учеб. пособие / А. И. Нетрусов, М.А. Егорова, Л. М. Захарчук и др. - Москва: Издательский центр «Академия», 2005. - С. 572.
62. Никитина Е. В., Решетник О. А. Методы общей и специальной микробиологии: учеб. пособие / Е. В. Никитина, О.А. Решетник / Казан. гос. технол. ун-т. Казань - 2007. - С.64.
63. Кочетков В. В. Плазмиды биодеградации нафталина у бактерий рода Pseudomonas :дис. ... канд. биол. наук: 03.00.16 / Кочетков Владимир Васильевич. - Пущино, 1985. - 145 с.
64. Hill К.Е. Gene transfer in soil systems using microcosms/ K.E.Hill, E.M.Top // FEMS Microbiol. Ecol. -1998. -V. 25. -P. 319-329.
65. Прозоров А. А. Дополнительные хромосомы бактерий: свойства и происхождение / А.А. Прозоров //МИКРОБИОЛОГИЯ. - 2008. - Т. 77. - №. 4. -С. 437-447.
66. Hayes F. The function and organization of plasmids/ F. Hayes //E. coli Plasmid Vectors: Methods and Applications. Methods in Molecular Biology - V. 235 - 2003.- С. 1-17.
67. Рубин А. Б. Биофизические методы в экологическом мониторинге/ А.Б. Рубин //Соросовский образовательный журнал. - 2000. - Т. 6. - №. 4. - С. 10.