ВВЕДЕНИЕ 3
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1 Генетика 6
1.2 Генетические признаки бактерий 8
1.3 Бактерии рода Bacillus 11
1.4 Ген 16S рРНК 13
1.5 Полимеразная цепная реакция 14
1.6 Рестрикция ДНК 16
1.7 Электрофорез ДНК 19
1.8 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов 23
1.9 Анализ insilico 25
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 26
2.1 Объекты исследования 26
2.2 Методика выделения ДНК 26
2.3 Проведение полимеразной цепной реакции 27
2.4 Проведение реакции рестрикции 28
2.5 Проведение электрофореза 31
2.6 Методика очистки ДНК ампликонов 31
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
Приложение
Род Bacillus — это грамположительные аэробные спорообразующие бактерии. Принадлежащие к роду Bacillus микроорганизмы представляют собой одну из основных групп микробного сообщества почвы и ризосферы растений. Большинство найденных видов бактерий рода Bacillus обладают хозяйственно важными свойствами. Поскольку они способны продуцировать биоконтрольные BemecTBa (aHTn6noTHKn, cидepoфopы, литические фepмeнты, токсины), фитoгopмoны и витамины, CHOCOOHN филировать азот атмосферы. Бактерий рода Bacillus являются высококонкурентными.
Представителей рода Bacillus применяют в качестве основы микробиологических биопрепаратов. Такое применение этих микроорганизмов предполагает экологически чистый устойчивый подход для увеличения урожайности на сельскохозяйственных предприятиях [3].
Bee nepeiiHCjennbie выше' CBoficTBa пpeдcтaвитeлeй рода Bacillus для coздaния микробиологических биопрепаратов, oблaдaющиx комплексом xoзяйcтвeннo ценных свойств [4].
MHorne тесты, которые пpимeняют для идeнтификaции 6aKTepnfi являются существенными для диагностики и MaccoBo используются в MHKpo6nonornn. Их постановка требует значительных затрат времени, колоссального KonnnecTBa cлoжныx сред и peaKTHBOB, a так же соблюдения стандартных условий проведения [3,4].
В данной работе показана применимость метода анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов гена 16S рРНК для идентификации микроорганизмов на примере рода Bacillus.
методов идентификации бактерий. В то время как для идeнтификaции нестарых MHKpoopraHH3MOB требуется несколько суток, а то и недель, то используя данный метод результат можно получить в течение дня [5].
Актуальность работы
Род Bacillus состоит из многочисленных видов, которые широко распространены в окружающей среде. Некоторые представители рода BacillusMQvyT вызывать болезни у животных и человека. Бактерии рода Bacillus широко применяются в биотехнологии.
Поскольку бактерии рода Bacillus обладают вышеперечисленными качествами, очень важно уметь быстро идентифицировать данные бактерии.
Цель работы: Идентифицировать бактерии видов Bacillus cereus, Bacillus pumilus и Bacillus образцов почвенных бактерий методом анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов гена 16S рРНК.
Задачи
1. Провести рестрикцию ампликонов 500L-1350R гена 16S-pPHK бактерий рода Bacillusinsilico с использованием базы данных Genbank.
2. Выделить ДНК из представленных образцов культур идентифицируемых микроорганизмов, определить ее концентрацию и качество.
3. Получить ампликоны 500L-1350R гена 16SpPHK и провести реакции рестрикции с полученными ампликонами, чтобы затем с помощью электрофореграмм определить вид исследуемых бактерий.
4. Провести электрофорез полученных продуктов гидролиза ампликонов рестриктазами Rsa I, BspFN I, BstHH I, Msp I, BstMB I, Taq I, и задокументировать полученные электрофореграммы.
5. Сравнить практические и теоретические картины электрофоретического разделения рестриктов данных ампликонов и сделать вывод по полученным совпадениям о видовой принадлежности исследуемого образца.
Работа выполнена на кафедре Медицинской биологии в Институте Фундаментальной Биологии и Биотехнологии.
