🔍 Поиск готовых работ

🔍 Поиск работ

Выявление однонуклеотидных полиморфизмов rs4915154 (A138G) и rs17612648 (C77G) в гене PTPRC и полиморфизма rs2476601 s2476601(C1858T) в гене PTPN22 и их ассоциации с угрозой развития миастении

Работа №21123

Тип работы

Главы к дипломным работам

Предмет

биология

Объем работы28
Год сдачи2018
Стоимость7300 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
470
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


ВВЕДЕНИЕ 4
ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ 5
1 Обзор литературы 5
1.1 Миастения 5
1.1.1 Общее понятие о заболевании 5
1.1.2 Эпидемиологические и клинические особенности миастении на
территории Красноярского края 7
1.2 Исследуемые полиморфизмы. Описание и их ассоциация с развитием
заболевания 9
1.2.1 Полиморфизмы гена PTPRC (C77G и A138G) 9
1.2.2 Полиморфизм гена PTPN22 (C1858T) 10
1.3 Целентеразин-зависимые люциферазы и фотопротеины 11
1.4 Цветные варианты Ca2+- регулируемогофотопротеинаобелина и
двойной анализ на их основе 12
2 Материалы и методы 15
2.1 Вещества и реактивы 15
2.2 Буферные растворы и среды 15
2.3 Выделение и очистка фотопротеинов 16
2.3.1 Приготовление компетентных клеток E. coli BL21(DE3) CodonPlus
(RIPL) и их трансформация плазмидной ДНК 16
2.3.2 Культивирование клеток E. coli 16
2.3.3 Выделение и очистка белков 17
2.4 Химический синтез коньюгатов фотопротеинов с другими белками или
олигонуклеотидами 18
2.5 Выделение геномной ДНК 18
2.6 Одновременный биолюминесцентный анализ двух аллелей в одной
лунке для генотипированияоднонуклеотидных полиморфизмов 18
2.6.1 ПЦР-амплификация фрагмента гена PTPN22 18
2.6.2 Мультиплексная ПЦР для амплификации 2 разных участков гена PTPRC 19
2.7 Реакция удлинения аллель-специфическогопраймера (PEXT — реакция) 19
2.8 Биолюминесцентный анализ продуктов PEXT реакции 20
2.9 Статистическая обработка результатов генотипирования
полиморфизмов генов PTPN22 и PTPRC 21
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ 34


Ранее в лаборатории фотобиологии ИФБ СО РАН был разработан способ одновременного выявления аллельных вариантов полиморфизма rs6025 гена пятого коагуляционного фактора (FV) с использованием твердофазного биолюминесцентного анализа [1]. Метод основан на реакции ферментативного удлинения аллель-специфичного праймера (PrimerExtensionReaction, РЕХТ реакция) и последующем анализе продуктов реакции с использованием цветных вариантов фотопротеинаобелина в качестве репортеров. Была показана конкурентоспособность данного метода с методом ПЦР в реальном времени по способности выявлять аллельные варианты и параметрам экономической эффективности. Простота и доступность метода обусловливают перспективность его применения в различных исследованиях: для масштабного скрининга при изучении распространенности тех или иных мутаций в определенном географическом регионе или для определения клинической значимости данной мутации и других [2].
В настоящей работе представлены результаты определения полиморфизмов A138G rs4915154 и C77G rs17612648 в гене PTPRC и полиморфизма C1858T rs2476601 в гене PTPN22, ассоциированных с риском развития миастенищбиолюминесцентным анализом.
Целью данной работы являлось генотипирование однонуклеотидных полиморфизмов rs4915154(A138G), rs17612648 (C77G) в гене PTPRC и полиморфизма rs2476601(C1858T) в гене PTPN22 биолюминесцентным методом и изучение их ассоциации с угрозой развития миастении.
Для достижения поставленной цели были поставлены следующие
задачи:
1. Получить мутантные варианты цветных обелинови их конъюгаты с биоспецифическими молекулами.
2. Описать исследуемые группы: из пациентов с подтвержденным диагнозом миастения и контрольную группу здоровых доноров, не имеющих данного заболевания.
3. Провести биолюминесцентный анализ по выявлению однонуклеотидных полиморфизмов A138G rs4915154 и C77G rs17612648 в гене PTPRC и полиморфизма C1858T rs2476601 в гене PTPN22 в обеих группах.
4. Провести статистический анализ полученных результатов.


Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь в написании работ!
ДИПЛОМНЫЕ МАГИСТЕРСКИЕ ДИССЕРТАЦИИ
КУРСОВЫЕ СТАТЬИ ВКР

1. Krasitskaya, V. V. Obelin mutants as reporters in bioluminescent dual-analyte binding assay / V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev, O. Shimomura, L.A. Frank // Analytical Methods. - 2013. - V. 5, № 3. - P. 636-640.
2. Красицкая, В. В. Определение мутации Лейдена методом ферментативного удлинения аллель-специфичного праймера с двойной биолюминесцентной детекцией (PED-Биолюм) / В.В. Красицкая, Т.Н. Субботина, И.А. Ольховский, Л.А.Франк // Клиническая лабораторная диагностика. - 2013. - № 12. — С. 26, 39-41.
3. Conti-Fine, B. M. Myasthenia gravis: past, present, and future / B.M. Conti-Fine, M. Milani, H.J. Kaminski //The Journal of clinical investigation. - 2006. - V. 116, № 11. - P. 2843-2854.
4. Donger, C. Mutation in the human acetylcholinesterase-associated collagen gene, COLQ, is responsible for congenital myasthenic syndrome with end-plate acetylcholinesterase deficiency / C. Donger, E. Krejci, A. P. Serradell, B. Eymard, S. Bon, S. Nicole, D. Chateau // Hum. Genet. — 1998. — №63. - P. 967-975.
5. Скворцов, M. Б. Миастения. Хирургическое лечение и его эффективность / Скворцов М. Б., Смолин А. И. //Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. - 2012. - № 4-1. — С. 86.
6. Миастения [Электронный ресурс]: Медицинский журнал Медикал. - Режим доступа: http://www.medicalj.ru/diseases/neurology/648- miastenija-simptomy-lechenie.
7. Mantegazza, R. Myasthenia gravis (MG): epidemiological data and prognostic factors / R. Mantegazza, F. Baggi, C. Antozzi et al. //Annals of the New York Academy of Sciences. - 2003. - V. 998, № 1. - P. 413-423.
8. Carr, A. S. A systematic review of population based epidemiological studies in Myasthenia Gravis / A. S. Carr et al. // BMC neurology. - 2010. - V. 10, № 1. - P. 2-9.
9. Juel, V.C. Myasthenia gravis / V.C. Juel, J.M. Massey // Orphanet J Rare Dis. — 2007. - №2. - P. 44.
10. Щербакова, И.И. Клинический случай миастенического криза: возможные механизмы развития, особенности клинического течения и тактика ведения / Н.И. Щербакова, Е.М. Павлова, А.Г. Санадзе // Неврологический журнал. — 2010. - Т. 15, № 3. - С. 35-41.
11. Гасымлы, Э. Д. Эпидемиологические и клинические особенности миастении на территории Красноярского края / Э.Д. Гасымлы, Н.В. Исаева, С.В. Прокопенко, Ю.Н. Андон // Нервно-мышечные болезни. - 2017. - Т. 7, № 4.
12. PTPRC protein tyrosine phosphatase, receptor type C [Электронный ресурс]: The National Center for Biotechnology Information. - Режим доступа: https: //www.ncbi.nlm.nih. gov/gene/5788.
13. Hennig, B. J. PTPRC (CD45) variation and disease association studied using single nucleotide polymorphism tagging / B. J. Hennig, A. E. Fry, K. Hirai, H. Tahara, A. Tamori, М. Moller, J. Hopkin, A. V. Hill //HLA. - 2008. - V. 71, № 5. - P. 458-463.
14. Hermiston, М. L. CD45: a critical regulator of signaling thresholds in immune cells / ML. Hermiston, Z. Xu, A.Weiss //Annual review of immunology. - 2003. - V. 21, № 1. - P. 107-137.
15. Tchilian, E. Z. Altered CD45 expression and disease / E. Z. Tchilian, P. C. L. Beverley // Trends in immunology. - 2006. - V. 27, № 3. - P. 146-153.
16. Boxall, S. Disease associations and altered immune function in CD45 138G variant carriers / S. Boxall, T. Stanton, K. Hirai et al // Human molecular genetics. - 2004. - V. 13, № 20. - P. 2377-2384.
17. Hennig, B. J. PTPRC (CD45) variation and disease association studied using single nucleotide polymorphism tagging / B. J. Hennig, A. E. Fry, K. Hirai, H. Tahara, A. Tamori, М. Moller, J. Hopkin, A.V. Hill // HLA. - 2008. - V. 71, № 5. - P. 458-463.
18. Wu, D. J. Autoimmunity-associated LYP-W620 does not impair thymic negative selection of autoreactive T cells / D.J. Wu et al. //PLoS One. - 2014. - V. 9, № 2. - P. e86677.
19. PTPN22 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 22 [Электронный ресурс]: The National Center for Biotechnology Information. - Режим доступа:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/26191.
20. Burn, G. L. Why is PTPN22 a good candidate susceptibility gene for autoimmune disease? / G. L. Burn, L. Svensson, C. Sanchez-Blanco, М. Saini, A.P. Cope // FEBS letters. - 2011. - V. 585, № 23. - P. 3689-3698.
21. Gianchecchi, E. The putative role of the C1858T polymorphism of protein tyrosine phosphatase PTPN22 gene in autoimmunity / E. Gianchecchi, М. Palombi, A. Fierabracci // Autoimmunity reviews. - 2013. - V. 12, № 7. - P. 717-725.
22. Lopez-Escamez, J. A. A variant of PTPN22 gene conferring risk to autoimmune diseases may protect against tuberculosis / J.A. Lopez-Escamez et al. // Journal of postgraduate medicine. - 2010. - V. 56, № 3. - P. 242.
23. Chapman, S. J. PTPN22 and invasive bacterial disease / S.J. Chapman et al. //Nature genetics. - 2006. - V. 38, № 5. - P. 499.
24. Montes-Cano, M. A. PTPN22 C1858T polymorphism and the outcome of hepatitis C virus infection / M.A. Montes-Cano et al. // Viral immunology. - 2008. - V. 21, № 4. - P. 491-494.
25. Robledo, G. Association study of PTPN22 C1858T polymorphism in Trypanosoma cruzi infection / G. Robledo et al. // HLA. - 2007. - V. 69, № 3. - P. 261-264.
26. Bravo, M. J. PTPN22 C1858T polymorphism and human brucellosis / M.J. Bravo et al. // Scandinavian journal of infectious diseases. - 2009. - V. 41, №2. - P. 109-112.
27. Shimomura O. Bioluminescence: chemical principles and methods. - World Scientific, 2006.
28. Frank, L. A. Bioluminescent immunoassay of alphafetoprotein with Ca2+-activated photoproteinobelin / L.A. Frank, E.S. Vysotski // Bioluminescence and Chemiluminescence. Molecular Reporting with Photons. - 1997. - P. 439-442.
29. Frank, L. A. Bioluminescent immunoassay of thyrotropin and thyroxine using obelin as a label / L.A. Frank, A.I. Petunin, E.S. Vysotski // Analytical biochemistry. - 2004. - V. 325, № 2. - P. 240-246.
30. Frank, L. A. Bioluminescent signal system: bioluminescence immunoassay of pathogenic organisms / L. Frank, S. Markova, N. Remmel, E. Vysotski, I. Gitelson //Luminescence. - 2007. - V. 22, № 3. - P. 215-220.
31. Frank, L. A. Genetically Modified Coelenterazine-Dependent Luciferases as Reporters for In Vitro Assay / L.A Frank, E.E. Bashmakova, V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev //SFU Journal. Biology. — 2017. — V. 10, № 2. — P. 199-210.
32. Illarionov, B. A. Recombinant obelin: Cloning and expression of cDNA, purification, and characterization as a calcium indicator / B.A. Illarionov, L.A. Frank, V.A. Illarionova, V.S. Bondar, E.S. Vysotski, J.R. Blinks // Method Enzym. - 2000. - №305. - P. 223-249
33. Frank, L. A. Conjugates of the Ca2+-Regulated PhotoproteinObelin with Immunoglobulins: Synthesis and Use as Labels in Bioluminescent Immunoassay / L.A. Frank, A.I. Petunin, E.S. Vysotski // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. - 2004. - V. 30, № 4. - P. 327-331.
34. Liu, Z. J. Structure of the Ca2+-regulated photoproteinobelin at 1.7 A resolution determined directly from its sulfur substructure / Z.J. Liu et al. // Protein Science. - 2000. - V. 9, № 11. - P. 2085-2093.
35. Shimomura, O. Bioluminescence: chemical principles and methods. - World Scientific, 2006.
36. Kudryavtsev A. N. et al. Simultaneous bioluminescent immunoassay of serum total and IgG-bound prolactins / A. N. Kudryavtsev, V.V. Krasitskaya, A.I. Petunin, A.Y. Burakov, L.A. Frank // Analytical chemistry. - 2012. - V. 84, № 7. - P. 3119-3124.
37. Krasitskaya, V. V. Obelin mutants as reporters in bioluminescent dual-analyte binding assay / V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev, O. Shimomura, L.A. Frank // Analytical Methods. - 2013. - V. 5, № 3. - P. 636-640.
38. Krasitskaia ,V. V. The detection of Leiden mutation using technique of enzymatic extension of allele-specific primer with double bioluminescent detection (PED-Biolum) / V.V. Krasitskaia, T.N. Subbotina, I.A. Ol'khovskii, L.A. Frank // Klinicheskaialaboratornaiadiagnostika. - 2013. - № 12. - P. 26, 39-41.
39. Frank, L. A. Genetically modified coelenterazine-dependent luciferases as reporters for in vitro assay / L.A Frank, E.E. Bashmakova, V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev // SFU Journal. Biology. — 2017. — V. 10, № 2.
— P. 199-210.
40. Illarionov, B. A. Recombinant obelin: Cloning and expression of cDNA, purification, and characterization as a calcium indicator / B.A. Illarionov, L.A. Frank, V.A. Illarionova, V.S. Bondar, E.S. Vysotski, J.R. Blinks // Method Enzym. - 2000. - №305. - P. 223-249
41. Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 / U.K. Laemmli // Nature. - 1970. - V. 227, № 5259.- P. 680-685.
42. Франк, Л. А. Синтез конъюгатов Ca2+- регулируемого фотопротеинаобелина с иммуноглобулинами и их использование в качестве меток в иммуноанализе / Л.А. Франк, А.И. Петунии, Е.С. Высоцкий // Биоорганическая химия. - 2004. - Т. 30, № 4. - С. 364-368.
43. Krasitskaya, V.V. Obelin mutants as reporters in bioluminescent dual-analyte binding assay / V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev, O. Shimomura, L.A. Frank // Anal. Methods. - 2013. - № 5. - P. 636-640.
44. Франк, Л. А. Синтез конъюгатов Ca2+-
регулируемого фотопротеина обелина с иммуноглобулинами и их использование в качестве меток в иммуноанализе / Л. А. Франк, А. И. Петунии, Е. С. Высоцкий // Биоорганическая химия. - 2004. - Т. 30, № 4. - С. 364-368
45. Frank, L. A. Bioluminescent immunoassay of thyrotropin and thyroxine using obelin as a label / L.A. Frank, A.I. Petunin, E.S. Vysotski // Anal. Biochem. - 2004. - V. 305, № 2. - P. 240-246.
46. Франк, Л.А. Рекомбинатный фотопротеинобелин гидроидного полипа Obelialongissima: выделение и использование в иммуноферментном анализе. Дисс... канд-та биол. наук: 03.00.02 - Красноярск, 1997. - 91 с.
47. Krasitskaya, V. V. Ca2+-Triggered Coelenterazine-Binding Protein From Renilla as an Enzyme-Dependent Label for Binding Assay / V.V. Krasitskaya, S.I. Korneeva, A.N. Kudryavtsev, S.V. Markova, G.A. Stepanyuk, L.A. Frank // Anal. Bioanal. Chem. - 2011. - V. 401, № 8. - P. 2573-2579.
48. Frank, L. A. Violet and greenish photoproteinobelin mutants for reporter applications in dual-color assay / L.A. Frank, V.V. Borisova, S.V. Markova, N.P. Malikova, G.A. Stepanyuk, E.S. Vysotski // Anal. Bioanal. Chem. - 2008. - V. 391, № 8. - P. 2891-2896
49. Hu, Y. W. Primer specific and mispair extension analysis (PSMEA) as a simple approach to fast genotyping / Y.W. Hu, E. Balaskas, G. Kessler, C. Issid, L.J. Scully, D.G. Murphy, A. Rinfret, A. Giulivi, V. Scalia, P. Gill // Nucleic Acids Res. - 1998.- V. 26, № 21. - P. 5013-5015
50. Krasitskaia, V. V. Bioluminescent reporters to identify gene allelic variants / V.V. Krasitskaia, L.P. Burakova, I.A. Pyshnaia, L.A. Frank // Russ. J. Bioorg. Chem. - 2012. - V. 38,№ 3. P. 298-305.
51. Vandiedonck, C. Association of the PTPN22* R620W polymorphism with autoimmune myasthenia gravis / C. Vandiedonck et al. // Annals of neurology. - 2006. - V. 59, № 2. - P. 404-407.


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.




©2025 Cервис помощи студентам в выполнении работ
.