Тип работы:
 Предмет:
 Язык работы:


Выявление однонуклеотидных полиморфизмов rs4915154 (A138G) и rs17612648 (C77G) в гене PTPRC и полиморфизма rs2476601 s2476601(C1858T) в гене PTPN22 и их ассоциации с угрозой развития миастении

Работа №21123

Тип работы

Главы к дипломным работам

Предмет

биология

Объем работы28
Год сдачи2018
Стоимость7300 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
365
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


ВВЕДЕНИЕ 4
ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ 5
1 Обзор литературы 5
1.1 Миастения 5
1.1.1 Общее понятие о заболевании 5
1.1.2 Эпидемиологические и клинические особенности миастении на
территории Красноярского края 7
1.2 Исследуемые полиморфизмы. Описание и их ассоциация с развитием
заболевания 9
1.2.1 Полиморфизмы гена PTPRC (C77G и A138G) 9
1.2.2 Полиморфизм гена PTPN22 (C1858T) 10
1.3 Целентеразин-зависимые люциферазы и фотопротеины 11
1.4 Цветные варианты Ca2+- регулируемогофотопротеинаобелина и
двойной анализ на их основе 12
2 Материалы и методы 15
2.1 Вещества и реактивы 15
2.2 Буферные растворы и среды 15
2.3 Выделение и очистка фотопротеинов 16
2.3.1 Приготовление компетентных клеток E. coli BL21(DE3) CodonPlus
(RIPL) и их трансформация плазмидной ДНК 16
2.3.2 Культивирование клеток E. coli 16
2.3.3 Выделение и очистка белков 17
2.4 Химический синтез коньюгатов фотопротеинов с другими белками или
олигонуклеотидами 18
2.5 Выделение геномной ДНК 18
2.6 Одновременный биолюминесцентный анализ двух аллелей в одной
лунке для генотипированияоднонуклеотидных полиморфизмов 18
2.6.1 ПЦР-амплификация фрагмента гена PTPN22 18
2.6.2 Мультиплексная ПЦР для амплификации 2 разных участков гена PTPRC 19
2.7 Реакция удлинения аллель-специфическогопраймера (PEXT — реакция) 19
2.8 Биолюминесцентный анализ продуктов PEXT реакции 20
2.9 Статистическая обработка результатов генотипирования
полиморфизмов генов PTPN22 и PTPRC 21
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ 34


Ранее в лаборатории фотобиологии ИФБ СО РАН был разработан способ одновременного выявления аллельных вариантов полиморфизма rs6025 гена пятого коагуляционного фактора (FV) с использованием твердофазного биолюминесцентного анализа [1]. Метод основан на реакции ферментативного удлинения аллель-специфичного праймера (PrimerExtensionReaction, РЕХТ реакция) и последующем анализе продуктов реакции с использованием цветных вариантов фотопротеинаобелина в качестве репортеров. Была показана конкурентоспособность данного метода с методом ПЦР в реальном времени по способности выявлять аллельные варианты и параметрам экономической эффективности. Простота и доступность метода обусловливают перспективность его применения в различных исследованиях: для масштабного скрининга при изучении распространенности тех или иных мутаций в определенном географическом регионе или для определения клинической значимости данной мутации и других [2].
В настоящей работе представлены результаты определения полиморфизмов A138G rs4915154 и C77G rs17612648 в гене PTPRC и полиморфизма C1858T rs2476601 в гене PTPN22, ассоциированных с риском развития миастенищбиолюминесцентным анализом.
Целью данной работы являлось генотипирование однонуклеотидных полиморфизмов rs4915154(A138G), rs17612648 (C77G) в гене PTPRC и полиморфизма rs2476601(C1858T) в гене PTPN22 биолюминесцентным методом и изучение их ассоциации с угрозой развития миастении.
Для достижения поставленной цели были поставлены следующие
задачи:
1. Получить мутантные варианты цветных обелинови их конъюгаты с биоспецифическими молекулами.
2. Описать исследуемые группы: из пациентов с подтвержденным диагнозом миастения и контрольную группу здоровых доноров, не имеющих данного заболевания.
3. Провести биолюминесцентный анализ по выявлению однонуклеотидных полиморфизмов A138G rs4915154 и C77G rs17612648 в гене PTPRC и полиморфизма C1858T rs2476601 в гене PTPN22 в обеих группах.
4. Провести статистический анализ полученных результатов.


Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь студентам в написании работ!
ДИПЛОМНЫЕ МАГИСТЕРСКИЕ ДИССЕРТАЦИИ
Курсовые Статьи Диплом Рязань

1. Krasitskaya, V. V. Obelin mutants as reporters in bioluminescent dual-analyte binding assay / V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev, O. Shimomura, L.A. Frank // Analytical Methods. - 2013. - V. 5, № 3. - P. 636-640.
2. Красицкая, В. В. Определение мутации Лейдена методом ферментативного удлинения аллель-специфичного праймера с двойной биолюминесцентной детекцией (PED-Биолюм) / В.В. Красицкая, Т.Н. Субботина, И.А. Ольховский, Л.А.Франк // Клиническая лабораторная диагностика. - 2013. - № 12. — С. 26, 39-41.
3. Conti-Fine, B. M. Myasthenia gravis: past, present, and future / B.M. Conti-Fine, M. Milani, H.J. Kaminski //The Journal of clinical investigation. - 2006. - V. 116, № 11. - P. 2843-2854.
4. Donger, C. Mutation in the human acetylcholinesterase-associated collagen gene, COLQ, is responsible for congenital myasthenic syndrome with end-plate acetylcholinesterase deficiency / C. Donger, E. Krejci, A. P. Serradell, B. Eymard, S. Bon, S. Nicole, D. Chateau // Hum. Genet. — 1998. — №63. - P. 967-975.
5. Скворцов, M. Б. Миастения. Хирургическое лечение и его эффективность / Скворцов М. Б., Смолин А. И. //Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. - 2012. - № 4-1. — С. 86.
6. Миастения [Электронный ресурс]: Медицинский журнал Медикал. - Режим доступа: http://www.medicalj.ru/diseases/neurology/648- miastenija-simptomy-lechenie.
7. Mantegazza, R. Myasthenia gravis (MG): epidemiological data and prognostic factors / R. Mantegazza, F. Baggi, C. Antozzi et al. //Annals of the New York Academy of Sciences. - 2003. - V. 998, № 1. - P. 413-423.
8. Carr, A. S. A systematic review of population based epidemiological studies in Myasthenia Gravis / A. S. Carr et al. // BMC neurology. - 2010. - V. 10, № 1. - P. 2-9.
9. Juel, V.C. Myasthenia gravis / V.C. Juel, J.M. Massey // Orphanet J Rare Dis. — 2007. - №2. - P. 44.
10. Щербакова, И.И. Клинический случай миастенического криза: возможные механизмы развития, особенности клинического течения и тактика ведения / Н.И. Щербакова, Е.М. Павлова, А.Г. Санадзе // Неврологический журнал. — 2010. - Т. 15, № 3. - С. 35-41.
11. Гасымлы, Э. Д. Эпидемиологические и клинические особенности миастении на территории Красноярского края / Э.Д. Гасымлы, Н.В. Исаева, С.В. Прокопенко, Ю.Н. Андон // Нервно-мышечные болезни. - 2017. - Т. 7, № 4.
12. PTPRC protein tyrosine phosphatase, receptor type C [Электронный ресурс]: The National Center for Biotechnology Information. - Режим доступа: https: //www.ncbi.nlm.nih. gov/gene/5788.
13. Hennig, B. J. PTPRC (CD45) variation and disease association studied using single nucleotide polymorphism tagging / B. J. Hennig, A. E. Fry, K. Hirai, H. Tahara, A. Tamori, М. Moller, J. Hopkin, A. V. Hill //HLA. - 2008. - V. 71, № 5. - P. 458-463.
14. Hermiston, М. L. CD45: a critical regulator of signaling thresholds in immune cells / ML. Hermiston, Z. Xu, A.Weiss //Annual review of immunology. - 2003. - V. 21, № 1. - P. 107-137.
15. Tchilian, E. Z. Altered CD45 expression and disease / E. Z. Tchilian, P. C. L. Beverley // Trends in immunology. - 2006. - V. 27, № 3. - P. 146-153.
16. Boxall, S. Disease associations and altered immune function in CD45 138G variant carriers / S. Boxall, T. Stanton, K. Hirai et al // Human molecular genetics. - 2004. - V. 13, № 20. - P. 2377-2384.
17. Hennig, B. J. PTPRC (CD45) variation and disease association studied using single nucleotide polymorphism tagging / B. J. Hennig, A. E. Fry, K. Hirai, H. Tahara, A. Tamori, М. Moller, J. Hopkin, A.V. Hill // HLA. - 2008. - V. 71, № 5. - P. 458-463.
18. Wu, D. J. Autoimmunity-associated LYP-W620 does not impair thymic negative selection of autoreactive T cells / D.J. Wu et al. //PLoS One. - 2014. - V. 9, № 2. - P. e86677.
19. PTPN22 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 22 [Электронный ресурс]: The National Center for Biotechnology Information. - Режим доступа:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/26191.
20. Burn, G. L. Why is PTPN22 a good candidate susceptibility gene for autoimmune disease? / G. L. Burn, L. Svensson, C. Sanchez-Blanco, М. Saini, A.P. Cope // FEBS letters. - 2011. - V. 585, № 23. - P. 3689-3698.
21. Gianchecchi, E. The putative role of the C1858T polymorphism of protein tyrosine phosphatase PTPN22 gene in autoimmunity / E. Gianchecchi, М. Palombi, A. Fierabracci // Autoimmunity reviews. - 2013. - V. 12, № 7. - P. 717-725.
22. Lopez-Escamez, J. A. A variant of PTPN22 gene conferring risk to autoimmune diseases may protect against tuberculosis / J.A. Lopez-Escamez et al. // Journal of postgraduate medicine. - 2010. - V. 56, № 3. - P. 242.
23. Chapman, S. J. PTPN22 and invasive bacterial disease / S.J. Chapman et al. //Nature genetics. - 2006. - V. 38, № 5. - P. 499.
24. Montes-Cano, M. A. PTPN22 C1858T polymorphism and the outcome of hepatitis C virus infection / M.A. Montes-Cano et al. // Viral immunology. - 2008. - V. 21, № 4. - P. 491-494.
25. Robledo, G. Association study of PTPN22 C1858T polymorphism in Trypanosoma cruzi infection / G. Robledo et al. // HLA. - 2007. - V. 69, № 3. - P. 261-264.
26. Bravo, M. J. PTPN22 C1858T polymorphism and human brucellosis / M.J. Bravo et al. // Scandinavian journal of infectious diseases. - 2009. - V. 41, №2. - P. 109-112.
27. Shimomura O. Bioluminescence: chemical principles and methods. - World Scientific, 2006.
28. Frank, L. A. Bioluminescent immunoassay of alphafetoprotein with Ca2+-activated photoproteinobelin / L.A. Frank, E.S. Vysotski // Bioluminescence and Chemiluminescence. Molecular Reporting with Photons. - 1997. - P. 439-442.
29. Frank, L. A. Bioluminescent immunoassay of thyrotropin and thyroxine using obelin as a label / L.A. Frank, A.I. Petunin, E.S. Vysotski // Analytical biochemistry. - 2004. - V. 325, № 2. - P. 240-246.
30. Frank, L. A. Bioluminescent signal system: bioluminescence immunoassay of pathogenic organisms / L. Frank, S. Markova, N. Remmel, E. Vysotski, I. Gitelson //Luminescence. - 2007. - V. 22, № 3. - P. 215-220.
31. Frank, L. A. Genetically Modified Coelenterazine-Dependent Luciferases as Reporters for In Vitro Assay / L.A Frank, E.E. Bashmakova, V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev //SFU Journal. Biology. — 2017. — V. 10, № 2. — P. 199-210.
32. Illarionov, B. A. Recombinant obelin: Cloning and expression of cDNA, purification, and characterization as a calcium indicator / B.A. Illarionov, L.A. Frank, V.A. Illarionova, V.S. Bondar, E.S. Vysotski, J.R. Blinks // Method Enzym. - 2000. - №305. - P. 223-249
33. Frank, L. A. Conjugates of the Ca2+-Regulated PhotoproteinObelin with Immunoglobulins: Synthesis and Use as Labels in Bioluminescent Immunoassay / L.A. Frank, A.I. Petunin, E.S. Vysotski // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. - 2004. - V. 30, № 4. - P. 327-331.
34. Liu, Z. J. Structure of the Ca2+-regulated photoproteinobelin at 1.7 A resolution determined directly from its sulfur substructure / Z.J. Liu et al. // Protein Science. - 2000. - V. 9, № 11. - P. 2085-2093.
35. Shimomura, O. Bioluminescence: chemical principles and methods. - World Scientific, 2006.
36. Kudryavtsev A. N. et al. Simultaneous bioluminescent immunoassay of serum total and IgG-bound prolactins / A. N. Kudryavtsev, V.V. Krasitskaya, A.I. Petunin, A.Y. Burakov, L.A. Frank // Analytical chemistry. - 2012. - V. 84, № 7. - P. 3119-3124.
37. Krasitskaya, V. V. Obelin mutants as reporters in bioluminescent dual-analyte binding assay / V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev, O. Shimomura, L.A. Frank // Analytical Methods. - 2013. - V. 5, № 3. - P. 636-640.
38. Krasitskaia ,V. V. The detection of Leiden mutation using technique of enzymatic extension of allele-specific primer with double bioluminescent detection (PED-Biolum) / V.V. Krasitskaia, T.N. Subbotina, I.A. Ol'khovskii, L.A. Frank // Klinicheskaialaboratornaiadiagnostika. - 2013. - № 12. - P. 26, 39-41.
39. Frank, L. A. Genetically modified coelenterazine-dependent luciferases as reporters for in vitro assay / L.A Frank, E.E. Bashmakova, V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev // SFU Journal. Biology. — 2017. — V. 10, № 2.
— P. 199-210.
40. Illarionov, B. A. Recombinant obelin: Cloning and expression of cDNA, purification, and characterization as a calcium indicator / B.A. Illarionov, L.A. Frank, V.A. Illarionova, V.S. Bondar, E.S. Vysotski, J.R. Blinks // Method Enzym. - 2000. - №305. - P. 223-249
41. Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 / U.K. Laemmli // Nature. - 1970. - V. 227, № 5259.- P. 680-685.
42. Франк, Л. А. Синтез конъюгатов Ca2+- регулируемого фотопротеинаобелина с иммуноглобулинами и их использование в качестве меток в иммуноанализе / Л.А. Франк, А.И. Петунии, Е.С. Высоцкий // Биоорганическая химия. - 2004. - Т. 30, № 4. - С. 364-368.
43. Krasitskaya, V.V. Obelin mutants as reporters in bioluminescent dual-analyte binding assay / V.V. Krasitskaya, A.N. Kudryavtsev, O. Shimomura, L.A. Frank // Anal. Methods. - 2013. - № 5. - P. 636-640.
44. Франк, Л. А. Синтез конъюгатов Ca2+-
регулируемого фотопротеина обелина с иммуноглобулинами и их использование в качестве меток в иммуноанализе / Л. А. Франк, А. И. Петунии, Е. С. Высоцкий // Биоорганическая химия. - 2004. - Т. 30, № 4. - С. 364-368
45. Frank, L. A. Bioluminescent immunoassay of thyrotropin and thyroxine using obelin as a label / L.A. Frank, A.I. Petunin, E.S. Vysotski // Anal. Biochem. - 2004. - V. 305, № 2. - P. 240-246.
46. Франк, Л.А. Рекомбинатный фотопротеинобелин гидроидного полипа Obelialongissima: выделение и использование в иммуноферментном анализе. Дисс... канд-та биол. наук: 03.00.02 - Красноярск, 1997. - 91 с.
47. Krasitskaya, V. V. Ca2+-Triggered Coelenterazine-Binding Protein From Renilla as an Enzyme-Dependent Label for Binding Assay / V.V. Krasitskaya, S.I. Korneeva, A.N. Kudryavtsev, S.V. Markova, G.A. Stepanyuk, L.A. Frank // Anal. Bioanal. Chem. - 2011. - V. 401, № 8. - P. 2573-2579.
48. Frank, L. A. Violet and greenish photoproteinobelin mutants for reporter applications in dual-color assay / L.A. Frank, V.V. Borisova, S.V. Markova, N.P. Malikova, G.A. Stepanyuk, E.S. Vysotski // Anal. Bioanal. Chem. - 2008. - V. 391, № 8. - P. 2891-2896
49. Hu, Y. W. Primer specific and mispair extension analysis (PSMEA) as a simple approach to fast genotyping / Y.W. Hu, E. Balaskas, G. Kessler, C. Issid, L.J. Scully, D.G. Murphy, A. Rinfret, A. Giulivi, V. Scalia, P. Gill // Nucleic Acids Res. - 1998.- V. 26, № 21. - P. 5013-5015
50. Krasitskaia, V. V. Bioluminescent reporters to identify gene allelic variants / V.V. Krasitskaia, L.P. Burakova, I.A. Pyshnaia, L.A. Frank // Russ. J. Bioorg. Chem. - 2012. - V. 38,№ 3. P. 298-305.
51. Vandiedonck, C. Association of the PTPN22* R620W polymorphism with autoimmune myasthenia gravis / C. Vandiedonck et al. // Annals of neurology. - 2006. - V. 59, № 2. - P. 404-407.


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.



Заказать работу

Заявка на оценку стоимости

Это краткая форма заказа. После ее заполнения вы перейдете на полную форму заказа работы

Каталог работ (149577)

Новости

06.01.2018 Помощь студентам и аспирантам в выполнении работ от наших партнеров Помощь студентам и аспирантам в выполнении работ от наших партнеров

Помощь в выполнении учебных и научных работ на заказ ОФОРМИТЬ ЗАКАЗ

дальше

»» Все новости

Заказать работу

Заявка на оценку стоимости

Это краткая форма заказа. После ее заполнения вы перейдете на полную форму заказа работы

Заказать диплом

Приглашаем авторов студенчесчких работ


©2024 Cервис помощи студентам в выполнении работ
.