Представленный материал является образцом учебного исследования, примером структуры и содержания учебного исследования по заявленной теме. Размещён исключительно в информационных и ознакомительных целях.
Workspay.ru оказывает информационные услуги по сбору, обработке и структурированию материалов в соответствии с требованиями заказчика.
Размещение материала не означает публикацию произведения впервые и не предполагает передачу исключительных авторских прав третьим лицам.
Материал не предназначен для дословной сдачи в образовательные организации и требует самостоятельной переработки с соблюдением законодательства Российской Федерации об авторском праве и принципов академической добросовестности.
Авторские права на исходные материалы принадлежат их законным правообладателям. В случае возникновения вопросов, связанных с размещённым материалом, просим направить обращение через форму обратной связи.
ℹ️Настоящий учебно-методический информационный материал размещён в ознакомительных и исследовательских целях и представляет собой пример учебного исследования. Не является готовым научным трудом и требует самостоятельной переработки.
ВВЕДЕНИЕ 4
1 ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР 6
1.1 Колоректальный рак 6
1.2 Опухолевое микроокружение 9
1.3 Опухолеассоциированные макрофаги 14
1.4 Моноциты и опухолевая прогрессия 21
2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 25
2.1 Материалы 25
2.2 Методы 25
2.2.1 Клеточная сортировка 25
2.2.2 Выделение РНК 27
2.2.3 Подготовка кДНК библиотек 28
2.2.4 Секвенирование следующего поколения 31
2.2.5 Биоинформатическая обработка данных секвенирования 32
2.2.6 ПЦР в режиме реального времени 36
ВЫВОДЫ 70
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ 71
📖 Введение
Колоректальный рак (КРР) занимает лидирующие позиции по числу новых случаев и смертельных исходов в системе онкологических заболеваний. Показатели высокой смертности связаны с тем, что большинство случаев выявляются на поздних стадиях, часто с наличием отдаленных метастазов. Известно, что патогенез опухолевых заболеваний в значительной степени определяется опухолевым микроокружением (ОМ), в котором иммунная система играет, вероятно, определяющую роль. В КРР отмечается значительное участие иммунной системы в течении заболевания [1]. Отдельного внимания заслуживают опухолеассоциированные макрофаги (ОАМ). Показана связь ОАМ с прогнозом заболевания, а также с резистентностью к анти-PDl иммунотерапии в КРР [2,3].
Важным фактором, определяющим поведение ОАМ в опухолевом очаге, является состояние моноцитов крови, которые инфильтрируют в опухоль и являются главным пластическим ресурсом ОАМ. Недавние исследования показали изменения в транскрипционном профиле моноцитов при раке молочной железы (РМЖ). Моноциты пациентов РМЖ имеют значительные отличия от моноцитов здоровых доноров, в моноцитах пациентов активировались клеточная миграция, ангиогенез, клеточной коммуникация и апоптотический процесс [4]. Показано, что моноциты онкологических больных с поздними стадиями заболевания в значительной степени стимулируют опухолевый рост, по сравнению с моноцитами больных с ранними стадиями заболевания [5].
В настоящей работе впервые методом секвенирования следующего поколения будет проведен полнотранскриптомный анализ моноцитов периферической крови у пациентов с КРР. Результаты позволят сделать выводы о функциональной связи циркулирующих моноцитов и важнейших компонентов микроокружения опухоли - ОАМ. Впервые будет проведен сравнительный анализ транскрипционного профиля моноцитов у больных для двух локализаций КРР: рака прямой кишки и рака толстой кишки.
Целью данной работы является: выявление особенностей программирования моноцитов крови пациентов с раком прямой кишки и раком ободочной кишки.
Для достижения поставленной целей были поставлены следующие задачи:
1. Анализ транскриптомного профиля моноцитов пациентов с раком прямой кишки и раком ободочной кишки с помощью РНК-секвенирования.
2. Выявление дифференциально-экспрессирующихся генов и транскрипционных сигнатур в моноцитах больных раком прямой и ободочной кишки.
3. Валидация результатов РНК-секвенирования на независимой выборке пациентов при помощи ПЦР в режиме реального времени.
Объектами исследования послужили: моноциты периферической крови больных раком прямой кишки и раком сигмовидной кишки.
Данная работа проводилась на базе Лаборатории трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины НИ ТГУ и НИИ онкологии Томского НИМЦ.
✅ Заключение
1. Проанализирован транскриптомный профиль моноцитов пациентов с раком прямой кишки и пациентов с раком ободочной кишки с помощью высокопроизводительного РНК-секвенирования.
2. В моноцитах общей группы КРР при сравнении с моноцитами здоровых доноров повышается экспрессия генов, ассоциированных с воспалением, с М2 поляризацией макрофагов, с процессами заживления, с эпителиально-мезенхимальным переходом, с ангиогенезом. В моноцитах пациентов с КРР подавляется экспрессия генов, ассоциированных с клеточным делением и репликацией.
3. В моноцитах пациентов с РПК по сравнению с моноцитами пациентов с РОК активировались гены, связанные с MTORC1 сигналингом, TGFb сигналингом, IL-4 и IL-13 сигналингом, ангиогенезом, что указывает на про-опухолевую ориентацию моноцитов. В моноцитах пациентов с РОК активировались гены, вовлеченные в метаболические и эпигенетические процессы, что указывает на альтернативный по сравнению с РПК уровень регуляции опухоль-стимулирующей функции моноцитов.
4. На независимой выборке пациентов с КРР и здоровых доноров проведено подтверждение результатов РНК-секвенирования при помощи ПЦР в режиме реального времени. В группе моноцитов пациентов с КРР повышается экспрессия TNFAIP3. PLAU повышается в группе РОК и общей группе КРР по сравнению со здоровыми донорами. В группе РПК понижается экспрессия GPR183 по сравнению со здоровыми донорами.