Поиск клинически значимых генетических вариантов в образцах геномной ДНК и тотальной РНК пациентов немелкоклеточного рака лёгкого (аденокарцинома лёгкого) методом высокопроизводительного секвенирования

Аннотация 2
ВВЕДЕНИЕ 4
1 ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР 6
1.1 Мировая и отечественная статистика по раку лёгкого 6
1.2 Причины возникновения рака лёгкого 10
1.3 Гистологические типы рака лёгкого 12
1.4 Лечение пациентов с немелкоклеточным раком лёгкого 14
1.5 Основные таргетные мишени рака лёгкого (аденокарцинома) 17
1.5.1 Рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) 17
1.5.2 Рецепторная тирозинкиназа анапластической лимфомы (ALK) 18
1.5.3 Тирозинкиназный рецептор инсулина (ROS-1) 19
1.5.4 Мутационная активность семейства RAS 20
1.5.5 Мутационная активность гена B-raf. 20
1.5.6 Протоонкогенный ген C-MYC 23
1.5.7 Трансмебранный тирозинкиназный рецептор (ERBB2/HER2) 23
2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 26
2.1 Материалы исследования 26
2.2 Методы исследования 28
2.2.1 Выделение геномной ДНК и тотальной РНК из парафиновых блоков . .. 28
2.2.2 Флуориметрический метод определения концентрации ДНК и РНК 32
2.2.3 Подготовка NGS-библиотек 33
2.2.3 Электрофоретический анализ ДНК и РНК 39
2.2.4 Секвенирование 41
2.2.5 Биоформатический анализ данных высокопроизводительного
секвенирования 42
3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 49
3.1 Генетические варианты, обнаруженные у пациентов с НМРЛ 49
4 ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ 55
4.1 Мутации гена рецептора эпидермального фактора роста 55
4.1.1 Сочетанные мутации гена EGFR при НМРЛ 56
4.1.2 Новый вариант гена рецептора эпидермального фактора роста 58
4.1.3 Сочетание патогенных мутаций в гене EGFR с патогенными
мутациями в других генах (KRAS и TP53) 61
4.2 Идентификация фьюжен-онкогенов при НМРЛ 66
4.3 Варианты генов KRAS и PIK3CA у пациентов с НМРЛ 67
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 72
ВЫВОДЫ 73
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ 74

Купить

По данным Всемирной Организации Здравоохранения рак легкого является самой частой причиной смерти среди всех онкологических заболеваний. Так, в 2022 году от рака лёгкого зарегистрировано около двух миллионов смертей. Пятилетняя выживаемость после установления диагноза варьирует от 4% до 17%. Ранняя диагностика затруднена из-за низкой чувствительности неинвазивных методов. У 75% пациентов заболевание диагностируется на поздних, неоперабельных стадиях (IIIb-IV).
Немелкоклеточный рак легкого (НМРЛ, NSCLC) - самый распространенный тип рака легкого, протекает в агрессивной форме бессимптомно, быстро и с распространением метастазов. На его долю приходится до 90% всех случаев этого заболевания. НМРЛ представлен различными гистотипами (аденокарцинома, плоскоклеточный рак, крупноклеточный рак и недифференцированный). Среди которых самый распространенный - аденокарцинома, рак железистого эпителия бронхиальной стенки, составляет около 40% всех случаев.
Согласно Российским и зарубежным рекомендациям по диагностике и лечению НМРЛ, пациентам следует проводить генетическое тестирование на наличие мутаций в генах EGFR, BRAF, c-MET, RET, HER2, ALK, ROS согласно разработанным алгоритмам диагностики при помощи ПЦР-тестов и других методов. Мутации генов EGFR, ROS, BRAF наиболее часто мутируют в опухоли НМРЛ и являются мишенями для назначения таргетной терапии пациентам на IV стадии НМРЛ. Однако, при ПЦР-диагностики, у большинства пациентов не удаётся найти мишени для назначения таргетной терапии.
Ввиду выше сказанного, данная работа направлена на поиск клинически-значимых генетических вариантов при помощи метода высокопроизводительного секвенирования (NGS). Включение данного метода в стандарты тестирования позволит обнаружить причины возникновения опухоли. Правильно подобранное лечение способно повысить качество жизни, наряду с показателями выживаемости при НМРЛ, что несомненно является ключевой задачей в онкологии.
Методы высокопроизводительного секвенирования ДНК позволяют быстро и точно определять нуклеотидную последовательность интересующих генов за счет прочтения множества коротких многократно клонированных фрагментов ДНК. Для диагностики и скрининга генетических вариантов, ассоциированных с развитием рака, рекомендуется применять технологию высокопроизводительного секвенирования, поскольку данный метод позволяет исследовать широкий спектр клинически значимых генетических вариантов и достичь максимальной диагностической чувствительности. Нами сформулированы цели и задачи:
Цель: провести поиск клинически-значимых или новых генетических вариантов в образцах геномной ДНК и тотальной РНК пациентов с немелкоклеточным раком лёгкого методом высокопроизводительного секвенирования.
Задачи:
1. Провести поиск значимых генетических вариантов геномной ДНК у пациентов с немелкоколктеточным раком лёгкого;
2. Провести поиск значимых генетических вариантов тотальной РНК у пациентов с немелкоколктеточным раком лёгкого;
3. Провести поиск новых генетических вариантов (тотальная РНК и геномная ДНК) у пациентов с немелкоколктеточным раком лёгкого;
4. Проанализировать возможность новых терапевтических подходов при лечении немелкоклеточного рака легкого с учетом выявленных генетических вариантов;
Научная новизна: В данной работе будет изучен молекулярной генетический портрет аденокарциномы лёгкого (НМРЛ), будут выявлены новые мутации генов, требующие дальнейшего изучения в патогенезе и таргетной терапии НМРЛ.

Купить