АННОТАЦИЯ 3
Перечень условных обозначений, символов, сокращений, терминов 6
Введение 7
Основная часть 8
1 Обзор литературы 8
1.1 Эпидемиология ПКПР в молодом возрасте 8
1.2 Этиология ПКПР у молодых больных 9
1.2.1 Экзогенные факторы риска 9
1.2.2 Эндогенные факторы риска 10
1.3 Молекулярный ландшафт ПКПР в молодом возрасте 11
1.3.1 Особенности иммунного ландшафта 11
1.3.2 Генетические мутации 12
1.3.3 Эпигенетические и белковые изменения 12
1.4 Роль герминальных генетических нарушений в канцерогенезе 13
1.4.1 Герминальные мутации и их клиническое значение при онкологических
заболеваниях 13
1.4.2 Герминальные мутации при ПКПР 14
1.5 Клинические особенности течения ПКПР в молодом возрасте 15
2 Материалы и методы 19
2.1 Материал исследования 19
2.2. Выделение ДНК из цельной крови 20
2.3 Качественная и количественная оценка выделенной ДНК из цельной крови 20
2.4 Подготовка ДНК-библиотек для полноэкзомного секвенирования 21
2.5 Качественная и количественная оценка ДНК-библиотек 22
2.6 Полноэкзомное секвенирование 22
2.7 Биоинформатическая обработка данных 22
2.8 Статистическая обработка данных 22
2.9 Литературный анализ и анализ функциональной значимости герминальных
мутаций 23
3 Результаты и обсуждение 24
3.1 Качественная и количественная оценка выделенной ДНК из цельной крови 24
3.2 ДНК-банк 25
3.3 Качественная и количественная оценка ДНК-библиотек 26
3.4 Полноэкзомное секвенирование и биоинформатическая обработка данных 27
3.5 Оценка частоты SNP и сравнительный анализ герминальных генетических
нарушений у больных с ПКПР моложе и старше 45 лет 27
3.6 Функциональное аннотирование генов, мутации которых встречаются при ПКПР
у больных моложе 45 лет 31
3.7 Уникальные герминальные мутации у больных ПКПР в молодом возрасте 32
Выводы 36
Список использованных источников и литературы 37
Плоскоклеточная карцинома полости рта (ПКПР) считается заболеванием возрастных пациентов, так как диагноз ставится в возрасте 50-55 лет. За последние 10 лет в мире наблюдается увеличение больных молодого возраста. Категория молодых пациентов с ПКПР находится в возрасте до 45 лет [Comparison of tobacco and alcohol ..., 2022]. У данной группы отсутствуют этиологические факторы, характерные для ПКПР у старших пациентов: курение, употребление алкоголя и инфицирование вирусом папилломы человека (ВПЧ) [Never-smokers, never-drinkers..., 2010]. Предполагается, что ПКПР у молодых пациентов может представлять собой отдельную клиническую единицу со специфической этиологией и патогенезом [Global incidence of oral ..., 2017]. Проблема ПКПР у молодых пациентов за последние 10 лет остается нерешенной [Global oral health status report ..., 2022]. Так как болезнь проявляется в молодом возрасте, то одним из возможных факторов риска ПКПР является семейный анамнез (герминальные или наследственные мутации) [Milanese, 2019]. Данная работа направлена на выявление герминальных генетических нарушений, связанных с возникновением ПКПР у молодых пациентов.
Цель: идентификация герминальных генетических нарушений, ассоциированных с плоскоклеточной карциномой полости рта у молодых больных.
Для достижения цели исследования необходимо выполнить ряд задач:
1. Оценить частоту однонуклеотидных полиморфизмов у больных
плоскоклеточной карциномой полости рта.
2. Провести сравнительный анализ герминальных генетических нарушений у больных плоскоклеточной карциномой полости рта моложе и старше 45 лет.
3. Выполнить функциональное аннотирование генов, мутации которых встречаются при плоскоклеточной карциноме полости рта у больных моложе 45 лет.
4. Найти герминальные генетические нарушения, уникальные для молодых больных плоскоклеточной карциномой полости рта и оценить их потенциальный вклад в возникновение заболевания.
Работа выполнена на базе Томского НИМЦ, НИИ онкологии, лаборатории биологии опухолевой прогрессии.
1. У молодых пациентов с ПКПР обнаружены 19 генов с частотой мутации выше 50 %, которые значимо чаще встречаются по сравнению с возрастными больными: AHNAK2, KLK10, POPDC2, TTLL4, ASB2, BMP4, CAPN9, DNAAF5, GLI3, NEDD1, NOBOX, OBSCN, PCDH9, PRICKLE1, PRPF19, SIGLEC9, SLC34A1, TCF4, TNFRSF10D.
2. При анализе генов, герминальные мутации в которых встречаются только у молодых больных ПКПР, было обнаружено 19 генов с частотой мутации более 40% по сравнению с частотой в мировой когорте по базе данных GnomAD: FMC1, FMC1-LUC7L2, CCDC191, IMP3, NOTCH2NLC, OR52R1, FOXD4L5, KRTAP5-10, ST3GAL5, ALOX15, CXCR1, DOP1A, EEF1AKMT2, GEM, H2AC6, KRTAP5-1, PGM2, PRKG2, PTEN.
3. При функциональном аннотировании генов, мутации которых встречаются только у молодых больных, обнаружено значимое обогащение сигнальных путей, связанных с работой лизосом, транспортера АТФ, взаимодействиями внеклеточного матрикса, метаболическими путями в клетке (такими как метаболизм белка, глицеролипидов), а также внутриклеточным сигнальным путем кальция.
4. При анализе уникальных герминальных генетических нарушений у молодых пациентов с ПКПР обнаружено 20 мутантных генов, которые в 4 и более раз чаще встречается у молодых больных ПКПР, чем в мировой когорте по базе данных GnomAD: MKI67, KIF25, ALAD, STKLD1, REXO4, REXO4, AKR1E2, HAUS3, ZNF717, CNTNAP1, NAV1, OTOR, PTPRD, TENT4B, NMD3, SFN, OGFOD1, NDUFS1, TRIM10, HTRA3, PLEKHG3.
