Тип работы:
Предмет:
Язык работы:


РЕПЕРТУАР ТОКСИНОВ ОБЫКНОВЕННОГО ЩИТОМОРДНИКА (GLOYD/US HALYS) ПО ДАННЫМ АННОТАЦИИ ТРАНСКРИПТОМА ЯДОВИТЫХ ЖЕЛЕЗ

Работа №187800

Тип работы

Бакалаврская работа

Предмет

биология

Объем работы61
Год сдачи2020
Стоимость4280 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
19
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


ЗАДАНИЕ 2
РЕФЕРАТ 4
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 6
ВВЕДЕНИЕ 7
1 Токсикология обыкновенного щитомордника 9
1.1 Токсинологическая классификация 9
1.2 Строение ядозубного аппарата 9
1.3 Общие сведения о яде и механизме его действия 12
2 Материалы и методика исследования 14
3 Биология обыкновенного щитомордника как объекта исследования 23
3.1 Систематика и таксономическая структура вида 23
3.2 Морфологическое описание вида 23
3.3 Ареал вида 26
3.4 Вертикальное, биотопическое распределение и численность 27
3.5 Сезонная цикличность 29
3.6 Суточная активность 30
3.7 Размножение 31
3.8 Структура популяций 32
3.9 Питание 33
3.10 Враги и паразиты 33
3.11 Особенности поведения 33
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ 53
ПРИЛОЖЕНИЕ А

Актуальность темы. В практической медицине наиболее известны и широко применяются препараты на основе пчелиного («Апифор», «Вирапин», «Унгапивен» и другие) и змеиного («Випросал», «Випротокс») ядов как обезболивающие и противовоспалительные средства. Змеиные яды используются для диагностики и лечении болезней свертывающей системы крови. Другим важным аспектом является моделирование некоторых патологических состояний с помощью зоотоксинов, основанное на выявлении специфического механизма их действия. Так, с помощью яда гремучей змеи можно моделировать инфаркт миокарда; яды некоторых гадюк хорошо воспроизводят тромбогеморрагический синдром. Подобный подход имеет важное значение не только для моделирования патологических процессов с целью исследования их патогенеза, но и в плане экспериментальной терапии этих состояний (Гелашвили и др., 2015).
Репертуар токсинов обыкновенного щитомордника (Gloydius halys)имеет свои биохимические особенности. Его определение и изучение считается перспективным как для создания диагностических препаратов при выявлении болезней свертывающей системы крови, так и терапевтических препаратов, в связи с чем привлекает к себе большое внимание исследователей за рубежом.
Степень изученности. За последние 15 лет произошло активное накопление данных о составе яда щитомордников. Большой вклад внесли зарубежные ученые, обнаружившие во множестве гемотоксины, различные металлопротеазы, фосфолипазы А, кардиотоксины, факторы роста нервов, один нейротоксин и другие белки (Li et al., 2004). Позднее из яда G. halysвыделена фибриногеназа с высокой антитромбозной активностью, пригодная для клинического использования (Ma et al. 2008), обнаружено противомикробное действие щелочной фосфолипазы А2 и одной из металлопротеаз, причем последняя была эффективна против штаммов бактерий с множественной лекарственной устойчивостью (Perumal Samy et al., 2008a, 2008b). В 2013 г. описан белок из яда обыкновенного щитомордника, названный палланалгезином, обладающий анальгетическими свойствами и способный модулировать уровни нейропептидов в головном и спинном мозге, что способствует восстановлению поврежденного нерва и обезболиванию (Ye et al., 2013 a, b).
Цель данной работы - по данным аннотации транскриптома ядовитых желез описать репертуар токсинов и их изменчивость в популяции обыкновенного щитомордника (Gloydius halys) на северной периферии ареала (Новосибирская область).
Для достижения данной цели поставлены следующие задачи:
1) описание основных биологических особенностей исследуемого объекта - щитомордника обыкновенного (Gloydius halys);
2) выполнить функциональную аннотацию транскриптомов путем
автоматизированного поиска сходных последовательностей в базах данных NCBI и UniProtKB;
3) осуществить сортировку аннотированных транскриптов по принадлежности к семействам белков, представляющих известные змеиные токсины, для исключения прочих белков, экспрессируемых в ткани железы и не входящих в состав яда;
4) составить токсикологические характеристики ядов на основе выявленных в транскриптомах токсинов и ферментов;
5) анализ аминокислотной изменчивости выявленных токсинов.
Структура данной работы приведена в соответствие цели и задачам данного исследования.
Автор искренне благодарит доцента кафедры зоологии позвоночных и экологии БИ ТГУ В. Н. Куранову - за научное руководство, проведение и организацию работ, консультации и подбор литературы, научного сотрудника, к.б.н. лаборатории экологии сообществ позвоночных животных Института систематики и экологии животных Сибирского отделения Российской академии наук. (г. Новосибирск) Е. П. Симонова - за научное руководство, исследовательский материал, помощь в освоении методики, проведение и организацию работ, консультации и подбор литературы.


Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь в написании работ!


1. Атлас пресмыкающихся Северной Евразии (таксономическое разнообразие, географическое распространение и природоохранный статус) / Н. Б. Ананьева [и др.]. - СПб. : Зоол. ин-т РАН, 2004. - 232 с.
2. Банников А.Г. Материалы по фауне и биологии амфибий и рептилий Монголии // Бюллетень Московского общества испытателей природы, отд. биол. - 1958. -Т. 63, вып. 2.
- С. 71-91.
3. Богданов О.П. Экология пресмыкающихся / О. П. Богданов, О. Н. Сударев. - Ташкент: Укитувчи, 1989. - 128 с.
4. Гелашвили Д. Б. Зоотоксинология: биоэкологические и биомедицинские аспекты / Д. Б. Гелашвили, В. Н. Крылов, Е. Б. Романова. - Нижний Новгород : ННГУ, 2015.
- 770 с.
5. Дунаев Е. А. Змеи. Виды фауны России. Атлас-определитель / Е. А. Дунаев, В. Ф. Орлова. - М. : Фитон XXI, 2017. - 328 с.
6. Емельянов А. А. Амфибии и рептилии Советского Дальнего Востока / А. А. Емельянов. - Владивосток : Дальнаука, 2018. - 416 с.
7. Жизнь животных : в 6 т. / А. Г. Банников [и др.] ; под ред. А. Г. Банникова. - М. : Просвещение, 1969. Т. 4. Ч. 2 : Земноводные, пресмыкающиеся. - 485 с.
8. Земноводные и пресмыкающиеся Кемеровской области: [учебно методическое пособие и справочник-определитель для преподавателей, учащихся и студентов] / Н. В. Скалон. - Кемерово: «И1111 Кузбасс»; «Скиф», 2005. - 128 с.
9. Земноводные и пресмыкающиеся Монголии. Пресмыкающиеся / Н. Б. Ананьева [и др.]. - М. : КМК Лтд, 1997. - 416 с.
10. Земноводные. Пресмыкающиеся. Школьная энциклопедия (Серия «Животные Казахстана») / З. К. Брушко [и др.] ; под ред. А. Ф. Ковшаря. - Алматы: Атамура, 2011. - 432 с.
11. Змеи Кавказа: таксономическое разнообразие, распространение, охрана / Б. С. Туниев [и др.] ; сост. и общ. ред. Н. Б. Ананьева. - СПб. - М. : Товарищество научных изданий КМК, 2009. - 223 с.
12. Карташев Н. Н. и др. Практикум по зоологии позвоночных: Учеб. Пособие для студентов вузов / Н. Н. Карташев, В. Е. Соколов, И. А. Шилов. - 3-е изд., испр. и доп. - М.: Аспект Пресс, 2004. - 383 с.
13. Колбинцев В. Г. Земноводные и пресмыкающиеся заповедника Аксу-Джабаглы и особенности их экологии // Selevinia. - 2006. - С. 160-172.
14. Колобаев Н. Н. О влиянии микроклимата на морфологические признаки обыкновенного щитомордника // Влияние изменения климата на экосистемы бассейна реки Амур. М.: WWF России, 2006. - С. 120-128.
15. Красная книга Республики Хакасия: редкие и исчезающие виды животных /
B. В. Анюшин [и др.]. - Новосибирск: Наука, 2004. - 320 с.
16. Лесняк А. П. Экология и содержание в змеепитомниках Палласова щитомордника Agkistrodon halys (Pallas 1776) : автореф. дис. ... канд. биол. наук / А. П. Лесняк. - Ташкент, 1964. - 16 с.
17. Определитель земноводных и пресмыкающихся фауны СССР / А. Г. Банников [и др.]. - М. : Просвещение, 1977. - 414 с.
18. Орлова В. Ф. Материалы по герпетофауне юго-западной Монголии / В.Ф. Орлова [и др.] // Очерки герпетологии Монголии. -Улаанбатор: Китаб, 2018. С. 416-427.
19. Павловский Е. Н. Ядовитые животные Средней Азии. - Сталппабад: ТФ АН СССР, 1950. - 109 с.
20. Симонов Е. П. Структура и динамика периферийной популяции обыкновенного щитомордника (Gloydius halys (Pallas, 1776)) : дис. ... канд. биол. наук / Е. П. Симонов. - Новосибирск, 2012. - 117 с.
21. Симонов Е.П. Половой диморфизм и морфологическая изменчивость обыкновенного щитомордника (Gloydius halys) на северной периферии ареала. // Современная герпетология. - 2013. - Т. 13. - Вып. %. - С. 148-154.
22. Симонов Е.П. Распространение и некоторые аспекты экологии обыкновенного щитомордника (Gloydius halys) на севере ареала в Новосибирской области. // Поволжский экологический журнал. - 2007. - № 1. - С. 71-74.
23. Симонов Е.П. Уточнение северной границы ареала щитомордника обыкновенного (Gloydius (Agkistrodon) halys)и его биотопическая приуроченность на территории Западной Сибири // Вестник Мордов. ун-та. - 2008. - № 2. - Серия биол. науки. -
C. 65-70.
24. Стефанов В. Е. Биоинформатика: учебник для академического бакалавриата / В. Е. Стефанов, А. А. Тулуб, Г. Р. Мавропуло-Столяренко. - М. : Юрайт, 2019. - 252 с.
25. Тропина М.Г. Амфибии и рептилии западного побережья озера Байкал (определение, экология, охрана) / М. Г. Тропина. - Иркутск: Время странствий, 2014. - 124 с.
26. Чернов С.А. К систематике и распространению Agkistrodon (Ophidia) в Советском Союзе. // Докл. АН СССР. - 1934. - Т. 1. - № 6. - С. 350-356.
27. Яковлев В. А. Земноводные и пресмыкающиеся Алтайского заповедника : автореф. дис. канд. биол. наук / В. А. Яковлев. - Л., 1985. -23 с.
28. Яковлев В.А. К биологии обыкновенного щитомордника в Алтайском заповеднике // Вопросы герпетологии: Матер. IV Всесоюзного совещания «Вид и его продуктивность в ареале». - Ч. 5. - Свердловск, 1984. - С. 50-51.
29. A Bioinformatician's Guide to Metagenomics / Victor Kunin, Alex Copeland, Alla Lapidus, Konstantinos Mavromatis, Philip Hugenholtz // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2008. - Vol. 72, № 4. - P. 557-578.
30. Affinity-purification of fibrinogenase with high proteolytic activity from Agkistrodon halys (Chinese) Venom / Biao Ma [et al.] // Archives of Pharmacal Research. - 2008. - Vol. 31, № 9. - P. 1129-1136.
31. Basic Local Alignment Search Tool [Electronic resource] // National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine. - Electronic data. - USA, - [S. y.]. - URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi/ (access date: 21.11.2019).
32. ExPASy - Translate tool [Electronic resource] // ExPASy Bioinformatics Resource Portal. - Electronic data. - [S. l. and S. y.]. - URL: https://web.expasy.org/translate/ (access date: 21.11.2019).
33. Flesia Ana Georgina. Multiclass classification of tree structured objects: the k-nn case / Ana Georgina Flesia // Biomat-2013: International Symposium On Mathematical And Computational Biology. Cordoba, 8 January 2013. - Cordoba, 2013. - P. 323-343.
34. Hall Barry G. Building Phylogenetic Trees from Molecular Data with MEGA / Barry G. Hall // Molecular Biology and Evolution. - 2012. - Vol. 30, № 5. - P. 1229-1235.
35. Hall Barry G. Phylogenetic trees made easy: a how-to manual / Barry G. Hall // The Quarterly Review of Biology. - 2013. - Vol. 88, № 1. - P. 47-48.
36. Mackessy Stephen P. Handbook of venoms and toxins of reptiles / Stephen P. Mackessy.- Northern Colorado : CRC Press, 2009. - 552 p.
37. Masatoshi Nei. Molecular evolution and phylogenetics / Nei Masatoshi, Kumar Sudhir. - New York : Oxford University Press, 2000. - 352 p.
38. Orlov Nikolai L. Analysis of nomenclature, classification, and distribution of the Agkistrodon halys - Agkistrodon intermedius complexes: a critical review / Nikolai L. Orlov, Andrei V. Barabanov // Russian Journal of Herpetology. - 1999. - Vol. 6, № 3. - P. 167-192.
39. Proteomic characterization of two snake venoms: Naja naja atra and Agkistrodon halys/ Shuting Li [et al.] // The Biochemical Journal. - 2004. - Vol. 384, № 1. - P. 119-127.
40. Purification, characterization and bactericidal activities of basic phospholipase A2 from the venom of Agkistrodon halys (Chinese pallas) / R Perumal Samy [et al.] // Biochimie. - 2008b. - Vol 90, № 9. - P. 1372- 1388.
SeaView [Electronic resource] // omicX. - Electronic data. - [S. l.], 2015-2020. -
URL: https://omictools.com/seaview-tool (access date: 21.11.2019).
42. Simonov Evgeniy. Differences in habitat use, daily activity patterns and preferred ambient temperatures of adult and neonate Gloydius halys halys from an isolated population in southwest Siberia: preliminary data / Evgeniy Simonov // Herpetology Notes. - 2009. - Vol. 2, № 1. - P. 1-7.
43. Viper metalloproteinase (Agkistrodon halys pallas) with antimicrobial activity against multi-drug resistant human pathogens / [R Perumal Samy et al.] // Journal of Cell Physiology. - 2008a. - Vol 216, № 1. - P. 54-68.
44. Warrell David A. Snake Bite / David A. Warrell // The Lancet. - 2010. - Vol. 375, № 9708. - P. 77-88.
45. Ye Y., Li M., Chen X. Antinociceptive activity and pathway of the pallanalgesin isolated from venom of Agkistrodon halys (Pallas) / Y. Ye, M. Li, X. Chen // Pharmaceutical Biology. - 2013a. - Vol 51, № 8. - P. 987-996.
46. Ye Y., Li M., Chen X. Purification and characterization of a novel antinociceptive peptide from venom of Agkistrodon halys Pallas / Y. Ye, M. Li, X Chen // Archives of Pharmacal Research. - 2013b. - Vol 36, № 4. - P. 448-456.


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.




©2025 Cервис помощи студентам в выполнении работ