ВВЕДЕНИЕ 3
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1. БИОСУРФАКТАНТЫ - СВОЙСТВА И ВОЗМОЖНОСТИ ПРИМЕНЕНИЯ 6
1.1.1. Классификация биосурфактантов 6
1.1.2. Структурно-функциональные особенности сурфактина 7
1.1.3. Структурно-функциональные особенности итурина 14
1.1.4. Структурно-функциональные особенности фенгицина 16
1.2. Перспективы использования биосурфактантов 19
1.2.1. Биосурфактанты в медицине. Потенциально новый подход к
COVID-19 19
1.2.2. Применение биосурфактантов для решения экологических проблем
22
1.2.3. Промышленное применение биосурфактантов для увеличения
добычи нефти 24
1.3. Производство микробных сурфактантов 24
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 27
2.1. Объект исследования 27
2.2. Приготовление питательных сред для культивирования штамма
Bacillus altitudinis 27
2.3. Рост штамма Bacillus altitudinis в жидкой среде 28
2.4. Выделение препаратов ДНК 28
2.5. Выделение ДНК с помощью Chelex 28
2.6. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) 29
2.7. Определение эмульгирующей активности штамма Bacillus altitudinis
API -2019 31
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ 32
ВЫВОДЫ 40
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 41
Актуальность.
Поверхностно-активные вещества, представляющие собой
амфифильные молекулы, имеющие тенденцию накапливаться на границах раздела между жидкими фазами с разной полярностью (например, нефть- вода или воздух-вода), снижая поверхностное и межфазное напряжение, в настоящее время широко используются в сельском хозяйстве, пищевой, фармацевтической, текстильной, бумажной, нефтяной промышленности.
Большинство ПАВ синтезируются химическим путем из нефтехимических продуктов, поэтому они лишь частично поддаются биологическому разложению, вызывая пагубное воздействие на окружающую среду.
Синтезируемые микроорганизмами поверхностно-активные вещества (биосурфактанты) в настоящее время привлекают все большое внимание из- за потенциальных преимуществ по сравнению с химическими аналогами, а именно: они имеют сходные или лучшие характеристики и оказывают меньшее отрицательное воздействие на экосистемы из-за более низкой токсичности и биоразлагаемости. Как следствие, биосурфактанты могут заместить синтетические поверхностно-активные вещества во многих областях промышленности, включая в производство товаров бытовой химии, косметики, пестицидов и многих других.
Несмотря на повышенный рост спроса на биологические поверхностно¬активные вещества, широкое применение биосурфактантов зависит от возможности их производства в крупных масштабах. В некоторых аспектах биоПАВ неконкурентоспособны по сравнению с синтетическими с экономической точки зрения, поскольку для их производства требуются дорогие субстраты и они обладают относительно низкой производительностью, что препятствует их широкому использованию и коммерциализации.
Вместе с тем в последнее десятилетия существенные усилия были направлены на удешевление промышленного синтеза биосурфактантов, а также на поиск и изучение свойств новых микроорганизмов - продуцентов ПАВ.
Объектом данного исследования являлся вновь выделенный из зобика медоносной пчелы штамм продуцент сурфактантов Bacillus altitudinis API- 2019.
Цель исследований - выявить гены синтеза сурфактантов в геноме штамма Bacillus altitudinis API-2019.
В задачи исследования входило:
• изучение культурально-морфологические и физиолого¬
биохимические характеристик Bacillus altitudinis API - 2019
• детекция генов сурфактантов методом ПЦР (сурфактина,
фенгицина, итурина) у Bacillus altitudinis API-2019
• анализ эмульгирующей способности штамма Bacillus altitudinis API - 2019
В работе был использован комплекс классических методов микробиологии, в том числе, приготовление питательных сред для культивирования штамма, выделения препаратов ДНК, детекции генов методом ПЦР в реальном времени.
В результате исследования установлено, что в геноме вновь выделенного штамма Bacillus altitudinis API - 2019 присутствуют гены, контролирующие синтез сурфактантов, в частности ген srfAA, кодирующий сурфактин, ген ituD, кодирующий итурин, и кодирующий фенгицин ген fenD. ПЦР анализ также обнаружил отсутствие в геноме Bacillus altitudinis API-2019 гена sfp, кодирующего сурфактин и гена fenB, кодирующенго фенгицин.
Практическое применение результатов исследования. Полученные данные позволяют расширить ведения о продуцентах сурфактантов рода Bacillus, открывают возможности применения вновь выделенного штамма в научных и промышленных целях.
1. Методом ПЦР установлено, что в геноме штамма Bacillus altitudinis API-2019 присутствует ген srfAA, кодирующий синтез сурфактина.
2. Методом ПЦР в геноме Bacillus altitudinis API-2019 обнаружен ген fenD, кодирующий синтез фенгицина.
3. Методом ПЦР в геноме Bacillus altitudinis API-2019 обнаружен ген ituD, кодирующий синтез итурина.
4. ПЦР анализ показал отсутствие в геноме Bacillus altitudinis API-2019 гена sfp, кодирующего сурфактин и генаfenB, кодирующего фенгицин.
5.Экспериментальные данные подтвердили наличие эмульгирующей способности штамма Bacillus altitudinis API-2019
1. Ziyao Zhou, Furui Liu, Xinyue Zhang et other. “Cellulose-dependent expression and antibacterial characteristics of surfactin from Bacillus subtilis HH2 isolated from the giant panda”
2. Fangxiang Hu, Yuyue Liu, and Shuang Li. “Rational strain improvement for surfactin production: enhancing the yield and generating novel structures”. Microb Cell Fact. 2019; 18: 42.
3. Michiko M., Nakano AND Peter Zuber. “Cloning and Characterization of srfB, a Regulatory Gene Involved in Surfactin Production and Competence in Bacillus subtilis”
4. Fangxiang Hu, Yuyue Liu, and Shuang Li “Rational strain improvement for surfactin production: enhancing the yield and generating novel structures”
5. Ongena M, Jacques P. “Bacillus lipopeptides: versatile weapons for plant disease biocontrol”. Trends Microbiol. 2008 Mar; 16(3):115-25.
6. Delcambe L. “Iturine, new antibiotic produced by Bacillus subtilis”. C R Seances Soc Biol Fil. 1950 Oct; 144(19-20):1431-4.
7. Peypoux F, Guinand M, Michel G, Delcambe L, Das BC, Lederer E. “Structure of iturine A, a peptidolipid antibiotic from Bacillus subtilis”. Biochemistry. 1978 Sep 19; 17(19):3992-6.
8. Besson F, Peypoux F, Quentin MJ, Michel GJ Antibiot (Tokyo) “Action of antifungal peptidolipids from Bacillus subtilis on the cell membrane of Saccharomyces cerevisiae”. 1984 Feb; 37(2):172-7.
9. Besson F, Peypoux F, Quentin MJ, Michel G. J Antibiot (Tokyo) “Action of antifungal peptidolipids from Bacillus subtilis on the cell membrane of Saccharomyces cerevisiae”. 1984 Feb; 37(2):172-7.
10. Farace G, Fernandez O, Jacquens L, Coutte F, Krier F, Jacques P, Clement C, Barka EA, Jacquard C, Dorey S. “Cyclic lipopeptides from Bacillus subtilis activate distinct patterns of defence responses in grapevine”.. Mol Plant Pathol. 2015 Feb; 16(2):177-87
11. Park K., Park Y. S., Ahamed J., Dutta S., Ryu H., Lee S. H., et al. “Elicitation of induced systemic resistance of chili pepper by iturin a analogs derived from Bacillus vallismortis EXTN-1”. (2016). Can. J. Plant Sci. 96 564-570. 10.1139/cjps-2015-0199
12. Wu G, Liu Y, Xu Y, Zhang G, Shen Q, Zhang R. “Exploring Elicitors of the Beneficial Rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens SQR9 to Induce Plant Systemic Resistance and Their Interactions With Plant Signaling Pathways”. Mol Plant Microbe Interact. 2018 May; 31(5):560-567.
13. Peypoux F, Michel G, Delcambe L “The structure of mycosubtilin, an antibiotic isolated from Bacillus subtilis (author's transl)”. Eur J Biochem. 1976 Apr 1; 63(2):391-8.
14. Kenji Tsuge, Takanori Akiyama, and Makoto. “Cloning, Sequencing, and Characterization of the Iturin A Operon”. Shoda. J Bacteriol. 2001 Nov;183(21):626573.
15. Alvina Hanif, Feng Zhang, Pingping Li, Chuchu Li, Yujiao Xu, Muhammad Zubair,Mengxuan Zhang, Dandan Jia, Xiaozhen Zhao, Jingang Liang, Taha Majid,Jingyuau Yan, Ayaz Farzand, Huijun Wu, Qin Gu, and Xuewen Gao. “Fengycin Produced by Bacillus amyloliquefaciens FZB42 Inhibits Fusarium graminearum Growth and Mycotoxins Biosynthesis.” Toxins. 2019 May 24;11(5):295... 66