Аннотация
Список условных сокращений 3
Введение 4
Обзор литературы 7
1.1 Происхождение народа ненцы 7
1.2 Системы генетических маркеров 7
1.3 Строение Y-хромосомы и ее применение в популяционной генетике 9
2 Материалы и методы 11
2.1 Материал исследования 11
2.2 Методы исследования 11
2.2.1 Спектрофотометрическое определение качества выделенной ДНК 11
2.2.2 Маркеры, использованные для характеристики генетического разнообразия ...11
2.2.3 Генотипирование SNP маркеров 12
2.2.4 Генотипирование Y-STR-маркеров 13
2.3 Статистический анализ данных 15
3 Результаты и обсуждение 17
Выводы 35
Список литературы 36
Приложение А. Диаллельные маркеры, определяемые ими гаплогруппы и способ генотипирования. Состав, температура отжига праймеров и размеры фрагментов
амплификатов диаллельных маркеров. Микросателлитные маркеры Y-хромосомы,
последовательности праймеров, флуоресцентные метки 39
Изучение структуры генофондов популяций человека является одним из ключевых направлений современной генетики, а также привлекает внимание исследователей из смежных дисциплин - антропологии, археологии, лингвистики. Анализ структуры генофондов популяций человека с использованием диаллельных и микросателлитных маркеров Y-хромосомы является одним из наиболее современных и результативных методов изучения генетического разнообразия различных популяций человека, позволяет проводить комплексную оценку генофонда человечества в целом, отдельных этносов, выполнять филогенетические реконструкции отдельных линий, филогеографические исследования гаплогрупп, миграционных процессов и ряд других задач. Несмотря на бурное развитие методов, позволяющих анализировать генофонды популяций на уровне полных геномов, использование маркеров Y-хромосомы по-прежнему является актуальным для решения целого ряда вопросов популяционной генетики.
В последние годы произошел настоящий прорыв в популяционной генетике, связанный с широким внедрением методов секвенирования, как для полногеномного генотипирования образцов, так и для поиска новых информативных SNP-маркеров в различных гаплогруппах Y-хромосомы. Использование новых высокоинформативных Y- хромосомно-специфичных SNP-маркеров является одним из наиболее перспективных инструментов анализа региональных и этнических популяционных генофондов. Развитие методов массового параллельного секвенирования вывело анализ популяционных генофондов на максимально возможный уровень разрешения. Открытие огромного количества новых информативных маркеров позволяет изучать филогенетические связи отдельных линий внутри гаплогрупп с ранее невозможной точностью. Генотипирование новых маркеров SNP может служить не только дополнением, но и альтернативой идентификации ДНК по аутосомным локусам. В то же время можно создать эффективные тест-системы для определения наиболее вероятного этнического (этно-территориального) происхождения индивида.
Ненцы расселены на огромной территории, простирающейся с запада на восток на несколько тысяч километров. В европейской части выделяется несколько ненецких ареалов («тундр»): Канинско-Тиманская, Малоземельская, Большеземельская. За Уралом ненцы живут в низовьях Оби и Енисея, на Ямальском, Тазовском и Гыданском полуостровах. В административном отношении эта территория входит в состав трех автономных округов — Ненецкого, Ямало-Ненецкого и Таймырского (ДолганоНенецкого), являющихся субъектами РФ. Небольшие группы ненцев живут также в северных районах Коми республики и Ханты-Мансийского автономного округа, а также на Кольском полуострове Ненцы — самый крупный народ среди коренных народов Севера. В 2002 г. их насчитывалось в России 41302 человек. [Воложанина, 2017]
В XX в. в состав гыданских ненцев влились отдельные представители лесных и европейских ненцев, а также несколько человек русских и татар. По данным 2001 года на территории Тазовского района проживали представители 43 ненецких родов и 8 оненечившихся фамилий. Ненецкие роды делятся на две фратрии — Харючи и Вануйто. На Гыдане проживают представители обеих фратрий. К родам фратрии Харючи относятся — Адер, Евай, Лапсуй, Ненянг, Няруй, Окотэтто, Сусой, Сэротэтто, Сюгней, Тогой, Тэсида, Хабдю, Харючи, Хороля, Худи, Хэно, Ядне, Яндо, Яптунай. Во фратрию Вануйто входят роды — Вануйто, Вэнго, Ламдо, Лаптандер, Пуйко, Сабы, Салиндер, Яр, Яптик, Яунгад. Основу гыданского этнического массива составили ненцы родов Харючи, Яр, Сюгней (Сигуней), Айваседа, Адер.
Энецкие и хантыйские по происхождению роды также относятся к фратрии Вануйто. К «энецким» родам принадлежат — Марьик, Аседа, Паровых, Тёр, Оковай. К «хантыйским» относятся — Тибичи, Вэхо, Неркыхы, Няданги, Пурунгуй, Салиндер. Ни в одну из фратрий не входят роды лесных ненцев — Вэлло, Нячь и Пяк, а также европейские роды Пырерка и Тайбери. Нельзя причислить к той или иной фратрии и оненечившихся селькупов Кыткиных, русских Макушиных, Шушаковых, Щепеткиных и татарина Сатыкова [Квашин, 2001].
Это приводит нас к необходимости рассмотрения организации генофонда коренного народонаселения ЯНАО помимо этнического и субэтнического уровня также и на уровне родов. Если два человека принадлежат к разным гаплогруппам, между ними не может быть родства по мужской линии.
Цель: Охарактеризовать структуру генофонда ненцев по маркерам
нерекомбинирующей части Y-хромосомы и аутосомным STR-маркерам.
Задачи:
1. Провести анализ состава генофонда гыданских и ямальских ненцев с использованием маркеров нерекомбинирующей части Y-хромосомы и оценить частоты встречаемости её гаплогрупп.
2. Провести анализ состава генофонда гыданских и ямальских ненцев с использованием аутосомных STR-маркеров.
3. Провести подробный анализ филогении ненецких сублиний Y-хромосомы по SNP-маркерам.
4. Провести анализ возраста генерации гаплотипов по различным гаплогруппам.
Исследование проводилось на базе «Научно-исследовательского института медицинской генетики» Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук», в лаборатории эволюционной генетики, под руководством ведущего научного сотрудника, доктора биологических наук В.Н. Харькова.
1. Ямальские и гыданские ненцы совпадают по составу гаплогрупп Y-хромосомы, но отличаются по их частотам.
2. Результаты генетического анализа доказывают, что рода гыданских ненцев являются, прежде всего, объединением родственников по отцовской линии.
3. Большинство родов гыданских и ямальских ненцев характеризуется полным доминированием одной гаплогруппы со специфичным спектром гаплотипов, подчеркивающим недавний эффект основателя.
4. Две фратрии ненцев значительно различаются по генетической структуре родов по маркерам Y-хромосомы, что подтверждает их формирование на основе различных предковых компонент от автохтонного и пришлого населения.
5. Ненецкие рода хантыйского и энецкого происхождения по составу Y- хромосомных гаплогрупп полностью отличаются друг от друга и от самодийской по происхождению фратрии Харючи.
6. Возраст генерации разнообразия гаплотипов по гаплогруппам Y-хромосомы совпадает со временем миграции самодийского населения из Южной Сибири и началом демографического роста смешанных популяций.
