Изучение сапрофитной флоры как компонента микробиома человека

РЕФЕРАТ 2
Введение 6
1 Обзор литературы 8
1.1 Бактерии в организме человека 8
1.1.1 Кожа 8
1.1.2 Слизистая оболочка глаз 8
1.1.3 ЖКТ 9
1.1.4 Влагалище 9
1.1.5 Ротовая полость 10
1.1.6 Легкие 10
1.2 Заболевания, связанные с нарушением микробиома 11
1.2.1 Воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) 12
1.2.2 Стойкий колит, вызванный антибиотиками 13
1.2.3 Атопическая астма 13
1.2.4 Ожирение и сахарный диабет 2 типа (СД2) 14
1.2.5 Сердечно-сосудистые заболевания 15
1.2.6 Ревматоидный артрит 15
1.3 Микробном, как терапевтическая мишень 16
1.3.1 Трансплантация фекальной микробиоты 16
1.4 Генетическая система бактерий 17
1.5 Ген 16S rRNA 18
1.6 ПЦР 19
1.7 ПДРФ 21
1.8 Электрофорез в геле 21
1 Материалы и методы 23
2.1 Объект исследования 23
2.2 Методика выделения ДНК 23
2.3 Методика проведения ПЦР 25
2.4 Методика очистки ампликонов 27
2.5 Методика проведения реакции рестрикции 27
2.6 Гель электрофорез 27
3 Результаты 30
3.1 Выделение ДНК из образцов бактерий 30
3.2 Получение ампликонов гена 16S-pPHK 31
3.3 Проведение рестрикции ампликонов 500L - 1350R 33
3.4 Проведения анализа in silico 34
3.5 Сравнение теоретических и экспериментальных данных 35
Заключение 39
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 40
Список используемых источников 41

Купить

Взрослый человек колонизируется многими сотнями видов бактерий, а общая микробная биомасса у среднестатистического взрослого человека составляет приблизительно 3-4 килограмма [1]. Бактерии и другие микроорганизмы в организме составляют микробиоту человека.
Большинство находится в желудочно-кишечном тракте (ЖКТ), но также и все поверхности, контактирующие с окружающей средой, колонизированы. Симбиотические бактерии в нашем организме облегчают переваривание пищи, делают питательные вещества более биодоступными, нейтрализуют токсины [2, 3, 4]. Кроме того, микробиота играет важную роль в защите от инфекций, защищая колонизированные поверхности от вторжения патогенов. В последние годы наблюдается рост исследований микробов в организме и их геномов (ДНК). Становится все более очевидным, что микробы важны для здоровья человека, но также они могут являться возбудителями болезней. Воспалительные заболевания кишечника, язвы желудка, рак толстой кишки и ожирение являются примерами заболеваний, в которых микробиота играет важную роль [4, 5]. С накоплением знаний о влиянии бактерий на здоровье человека, появляются новые методы, которые основаны на применении пробиотиков в терапии.
Актуальность работы
При учёте влияния бактерий в терапии, важна их точная идентификация. Вместе с традиционными методами идентификации микроорганизмов с использованием культуральных и морфологических характеристик, химических и биохимических реакций [6], в последнее время все более широкое применение находят методы определения микроорганизмов, основанные на сравнении нуклеотидных
последовательностей генов микроорганизмов [7] и анализе полиморфизма фрагментов ДНК, которые были получены амплификацией отдельных генов бактерий [8].
Цель
Идентифицировать образцы почвенных бактерий при помощи метода, основанного на генетических особенностях этих бактерий.
Задачи
Для достижения заданной цели были поставлены следующие задачи:
1. Выделить ДНК из опытных образцов бактерий и определить концентрацию и чистоту полученных препаратов ДНК.
2. С помощью метода ПЦР получить ампликоны гена 16SpPHK с использованием выделенных образцов ДНК.
3. Провести реакцию рестрикции полученных ампликонов.
4. Провести электрофорез рестриктов и проанализировать электрофореграммы.
5. Сравнить практические электрофореограммы с теоретическими из нашей базы данных.
6. Сделать выводы о видовой принадлежности бактерий.
Работа выполнена в Центре коллективного пользования Института Фундаментальной Биологии и Биотехнологии СФУ.

Купить