1. Введение
2. Обзор литературы:
2.1 Прионы и амилоиды
2.2 Структура прионного белка Sup35
2.3 Фактор [PSI+]
2.4 Модели структурной организации агрегатов Sup35
3. Методы исследования прионного белка Sup35:
3.1 Атомно-силовая микроскопия (AFM)
3.2 Сканирующая туннельная микроскопия (STM)
3.3 Поверхностно-усиленная иголка рамановской спектроскопии (SERS)
и зондово-усиленная иголка рамановской спектроскопии (TERS). . . . . . . . 16
4. Цель работы
5. Материалы и методы
6. Результаты и их обсуждение:
6.1 Исследования с помощью АСМ и СТМ
6.2 Исследования с помощью ПУРС
Выводы
Список используемой литературы
В начале 18 века в Великобритании были зарегистрированы случаи
необычного поведения овец на фермах. Животные страдали от сильного зуда
и постоянно тёрлись о деревья и заборы. На протяжении долгого времени
было не понятно, что же на самом деле является главной причиной столько
необычного поведения домашнего скота. Вклад в изучения внес Бёрн
Сигурдсон, который в 1933 году начал изучать столь редкое неизвестное
ранее заболевание. Он пришел к выводу, что главное причиной данной
болезни являются медленные инфекции и выделил несколько главных
отличий: продолжительность инкубационного периода, характерные
пораженные части организма, медленное развитие инфекции и следствие
всего этого- летальный исход. Позже выяснилось, что это были первые
случаи- почесухи овец или скрейпи. Такие же похожие симптомы были
обнаружены и у другого домашнего скота- коров, они в свою очередь
страдали бешенством. Все эти заболевания позже отнесли к классу
трансмиссивной губчатой энцефалопатии. В середине 20 века К. Гайдушек и
В. Зигас описали болезнь известную среди горных племен форе- «куру» (в
пер.- «дрожь»), которую изучали на восточной части острова Новая Гвинея.
Жители этих мест вместе со своими детьми практиковали обычаи
ритуального каннибализма, употребляя в пищу мозг умерших предков без
специальной обработки, тем самым отдавая признательность умершим.
Таким путем и происходило заражение. Выявленные клинические
проявления заболевания и картина морфологических поражений помогли
провести аналогию с заболеванием скрейпи, поэтому сделали вывод о том,
что медленные инфекции способны поражать не только животных, но и
человека [1,2,3]. На протяжении долгого времени склонялись к тому, что
медленная инфекция всё-таки вызваны вирусами, так как она имела очень сходные проявления.
Картина «медленных инфекций» стала ясной после совершенного открытия
Стенли Прузинером в 1980-х годах. Прузинеру удалось открыть новый класс
инфекции, которая отличается от вирусов и бактерий по многим признакам.
Инфекционный агент нового типа получил название прион. Прионприобретенный или наследуемый фактор, обладающий белковой природой,
имеющий нестандартную третичную структуру и характеризующий
отсутствием нуклеиновых кислот [6]. Но самое важное, что прионы являются
возбудителями нейродегенеративных болезней не только у животных, но и у
человека. На данный момент наиболее известными из них являются болезнь
Крейцфельда-Якоба, фатальная семейная бессонница, синдром Герстмана Штраусслера-Шейнкера. Открытие Прузинера позволило выделить новый
класс заболеваний млекопитающих и людей. Эти заболевания относятся к
«конформационным», в основном поражают нервную систему и головной
мозг и провоцируются нарушением образования пространственной
структуры определенного количества белков [4]. Заболевания бывают
наследственными (13% случаев) и приобретенными (менее 1% случаев), но
больший процент принадлежит спорадическому способу заражения (87%
случаев), также не исключены случаи инфекционного способа заражения, что
впервые было показана Р. Чандлером, проводившим опыты над мышами.
Ему удалось заразить лабораторных грызунов болезнью, которой страдают
овцы- скрейпи, путем введения в мозг здорового животного гомогената мозга
зараженного- интраперитонеально или интрацеребрально [5].
Прионные заболевания приводят к летальному исходу и в настоящее время
являются неизлечимыми. Агрегация прионных белков является причиной
различных заболеваний, связанных с ними. На сегодняшний день сведения и
знания о структуре различных типов агрегатов прионов весьма ограничены.
Следовательно, сами прионы и исследования их структур вызывают большой
интерес в современном мире во многих областях наук.
АСМ изображения показали наличие агрегатов: фибрилл и
мономерного, высаженного прионного белка Sup35 на подложки
кремния и слюды, запыленных золотом и на ВОПГ.
На основании полученных АСМ изображений и их анализе, был найден
диапазон высот сформированных фибрилл.
С помощью сканирующей туннельной микроскопии (СТМ)
изображений агрегатов на тех же образцах, которые были исследованы
с помощью АСМ, не было найдено.
Были получены с помощью ПУРС характерные рамановские спектры
фибрилл на разных подложках: стекло, запыленное золотом и стекло, запыленное серебром.
На основании полученных рамановских спектров был сделан анализ о
наборе конформаций сформированных фибрилл и о составе аминокислотных остатков
1. Зуев В.А. Прионы – возбудители медленных инфекций человека и
животных // РМЖ. 2010. №6.
2. Григорьев В. Б. Прионные болезни человека и животных // Вопросы
вирусологии. — 2004. — Т. 49, № 5.
3. Krull, Ira S.; Brian K. Nunnally. Prions and mad cow.
4. И. С. Шкундина, М. Д. Тер-Аванесян. Прионы. Успехи биологической
химии, т. 46, 2006.
5. Chandler, R.L. (1961) Lancet, 1, 1378–1379.
6. S. B. Prusiner. Prion biology and diseases.
7. Prusiner, S.B., Garfi n, D.E., Cochran, S.P., Baringer, J.R., Hadlow, W.J.,
Eklund, C.M., and Race, R.E. (1978) Trans. Am. Neurol. Assoc., 103.
8. Prusiner, S.B. (1991) Science, 252, 1515–1522
9. Kushnirov, V.V., and Ter-Avanesyan, M.D. (1998) Cell.
10. Doel, S.M., McCready, S.J., Nierras, C.R., and Cox, B.S. (1994) Genetics.
11. Bradley, M.E., and Liebman, S.W. (2004) Mol. Microbiol.
12. Glover et al., 1997; King and Diaz-Avalos, 2004; Paushkin et al., 1997;
Tanaka Et al., 2004.
13. В. Л. Миронов, (2004) Основы сканирующей зондовой микроскопии.
Учебное пособие.
14. A. V. Krasnoslobodtsev, T. Deckert-Gaudig, Y. Zhang, V. Deckert,
Y.L. Lyubchenko, Ultramicroscopy (2016) Polymorphism of amyloid fibrils
formed by a peptide from the yeast prion protein Sup35: AFM and TipEnhanced Raman Scattering studies.
15. Kushnirov, V.V., Kochneva-Pervukhova, N.V., Chechenova, M.B., Frolova,
N.S., Ter-Avanesyan, M.D. (2000) EMBO J.
16. Kendra K. Frederick, Galia T. Debelouchina, Can Kayatekin,Tea Dorminy.
(2014). Distinct prion strains are defined by amyloid core structure and
chaperone binding site dynamics.45
17. Prusiner S.B., McKinley M.P., Groth D.F., Bowman K.A., Mock N.I.,
Cochran S.P., Masiarz F.R. (1981) Scrapie agent contains a hydrophobic
protein.
18. Telling, G.C., Parchi, P., DeArmond, S.J., Cortell, P., Montagna, P.,
Gabizon, R., Mastrianni, J., Lugaresi, E., Gambetti, P., Prusiner, S.B.
(1996) Science.
19. Wickner, R.B. (1994) Science, 264
20. Stahl, N., Baldwin, M.A., Teplow, D.B., Hood, L., Gibson, B.W.,
Burlingame, A.L., and Prusiner, S.B. (1993) Bio chemistry, 32.
21. Sunde, M., and Blake, C. (1997) Adv. Protein Chem., 50.
22. C. Julian Chen (2008). Introduction to Scanning Tunneling Microscopy.
23. Blackie, Evan J.; Le Ru, Eric C.; Meyer, Matthias; Etchegoin, Pablo G.
(2007). "Surface Enhanced Raman Scattering Enhancement Factors: A
Comprehensive Study»
24. Pan K.M., Baldwin M., Nguyen J., Gasset M., Serban A., Groth D.,
Mehlhorn I., Huang Z., Fletterick R.J., Cohen F.E. (1993) Conversion of
alpha-helices into beta-sheets features in the formation of the scrapie prion
proteins
25. Yasuhiko Fujita, Peter Walke, Steven De Feyter (2016). Tip-enhanced
Raman scattering microscopy: Recent advance in tip production.
26. «Structure and Composition of Insulin Fibril Surfaces Probed by TERS»
D.Kurouski, T. Deckert-Gaudig, V. Deckert, I. K. Lednev
27. Liebman, S.W., Sherman, F. (1979) J.Basteriol.
28. Wickner R.B., Taylor K.L., Edskes H.K., Maddelein M.L. Prions: Portable
prion domains // 56 Curr. Biol. 2000.
29. Kishimoto, A., Hasegawa, K., Suzuki, H., Tagushi, H., Namba, K., Yoshida,
M. (2004) Biochem. Biophys. Res. Commun.
30. Bessen, R.A., Kocisko, D.A., Raymond, G.J., Nandan, S., Lansbury, P.N., Jr,
Caughey, B. (1995) Nature, 375.46
31. Nelson, R., Sawaya, M.R., Balbirnie, M., Madsen, A.O., Riekel, C., Grothe,
R., Eisenberg, D. (2005) Nature
32. Kajava AV1, Baxa U, Steven AC. (2010) Beta arcades: recurring motifs in
naturally occurring and disease-related amyloid fibrils.
33. Simons, K., Ehehalt, R.J. (2002) Clin. Invest., 110.
34. A. V. Krasnoslobodtsev, T. Deckert-Gaudig, Y. Zhang, V. Deckert, Y. L.
Lyubchenko (2016). Polymorphism of amyloid fibrils formed by a peptide
from the yeast prion protein Sup35: AFM and Tip-Enhanced Raman
Scattering studies
35. Cox, B. (1965) Heredity, 20.
36. D. Kurouski, T Postiglione, T. Deckert-Gaudig, V. Deckert (2013) Amide I
vibrational mode suppression in surface (SERS) and tip (TERS)
enhanced Raman spectra of protein specimens.
37.T. Deckert-Gaudig, E. Kämmer, V. Deckert (2012) Tracking of nanoscale
structural variations on a single amyloid fibril with tip-enhanced Raman
scattering
38. Kajava V, Baxa U, Wickner R, Steven A. (2004). A model for Ure2p prion
filaments and other amyloids: the parallel superpleated beta-structure
39. Kushnirov V.V., Alexandrov I.M., Mitkevich O.V., Shkundina I.S., TerAvanesyan M.D. (2006) Purification and analysis of prion and amyloid
aggregates.
40.T. Deckert-Gaudig, E. Bailo, V.Deckert. (2009).Tip-enhanced Raman scattering
(TERS) of oxidised glutathione on an ultraflat gold nanoplate
41. Ter-Avanesyan, M.D., Kushnirov, V.V., Dagkesamanskaya, A.R.,
Didichenko, S.A., Chernoff, Y.O., Inge-Vechtomov, S.G., and Smirnov, V.N.
(1993) Mol. Microbiol.
42.Jakobsen, R.J., Brown, L.L., Hutson, T.B., Fink, D.J., (1983). Intermolecular
interactions in collagen self-assembly as revealed by Fourier transform
infrared spectroscopy47
43. Shewmaker F, Wickner RB, Tycko R. (2006) Amyloid of the prion domain
of Sup35p has an in-register parallel beta-sheet structure
44. Gajdusek et al., 1957; Hadlow 1959; Klatzo et al., 1976.
45. Презентация Кушнирова В. В. «Амилоидные и прионные
заболевания». Из нее были взяты рисунки.
46. S. A. Bondarev, G.A. Zhouravleva, M. V. Belousov, A. V. Kajava (2015)
Structure-based view on [PSI+] prion properties.
47.Dusan Losic, Lisandra L. Martin, Adam Mechler, Marie-Isabel Aguilar,
David H. Small (2006) High resolution scanning tunnelling microscopy of
the -amyloid protein (A1–40) of Alzheimer’s disease suggests a novel
mechanism of oligomer assembly.
48. Ping Ping Hu, Hui Liu, Lei Zhan, Lin Ling Zheng, Cheng Zhi Huang.
(2015) Coomassie brilliant blue R-250 as a new surface-enhanced Raman
scattering probe for prion protein through a dual-aptamer mechanism.
49. Xiaojing Ma, Lei Liu, Xiaobo Mao , Lin Niu, Ke Deng , Weihui Wu ,
Yanmei Li , Yanlian Yang and Chen Wang (2009) Amyloid β (1–42) Folding
Multiplicity and Single-Molecule Binding Behavior Studied with STM.
50. Xiaobo Mao, Xiaojing Ma, Lei Liu, Lin Niu, Yanlian Yang, Chen Wang
(2009) Structural characteristics of the beta-sheet-like human and rat islet
amyloid polypeptides as determined by scanning tunneling microscopy.
51. Blackie, Evan J.; Le Ru, Eric C.; Meyer, Matthias; Etchegoin, Pablo G.
(2007). "Surface- Enhanced Raman Scattering Enhancement Factors: A
Comprehensive Study»