1 Введение
2 Обозначения
3 Алгоритм
3.1 Структура графа
3.2 Некомбинаторный метод
3.3 Построение графа
3.4 Семплирование
3.5 Вычисление
3.6 Вычисление Pr(A)
3.7 Улучшения
3.8 Особенности
4 Результаты
4.1 Ссылки
Список литературы
Масс-спектрометрический анализ важен для открытия и изучения различных лекарств. Часто при анализе мы не можем полагаться на стандартные базы данных, так как они не содержат неизвестных модификация и тем более неизвестных соединений. Перебор возможных формул соединений тоже не подходит,
так как это слишком дорогостоящий по времени метод. На сегодняшний один из лучших подходов для
решения подобных задач – это построение спектрального графа, в котором каждая вершина которого
соответствует пику из данного масс-спектра, а ребра проводятся между вершинами, состоящими друг от
друга на некоторую массу из "алфавита". При этом ребро направлено от вершины с меньшей массой к
вершине с большей массой. Например, пептидное секвинирование может быть выполнено с использованием такого "алфавита" размера 20.
К наиболее известным методам анализа белков и пептидов относятся методы изложенные в статьях
[2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10].
В недавней статье [1] был предложен алгоритм анализа малых молекул, основанный на этих идеях. При
этом есть основания полагать, что данный алгоритм может даже применен для анализа модифицированных пептидов и пептидных антибиотиков с нестандартными аминокислотами. Цель данной работы была
проверка этой гипотезы и адаптация предложенного подхода к указанному случаю.
