Тип работы:
Предмет:
Язык работы:


Автоматическая сегментация опухолей головного мозга на МРТ-изображениях

Работа №126631

Тип работы

Дипломные работы, ВКР

Предмет

информатика

Объем работы27
Год сдачи2021
Стоимость4750 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
88
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


Введение 3
Постановка задачи 5
Обзор литературы 7
Глава 1.Датасет 8
1.1. Описание датасета 8
1.2. Аугментация датасета 9
Глава 2. Построение модели для классификации 11
2.1. Модели VGG, ResNet и EfficientNet 11
2.2. Обучение 12
2.3. Оценка эффективности моделей классификации 15
Глава 3. Построение модели для сегментации 18
3.1. Модели UNET и UNET++ 18
3.2. Обучение модели 20
Глава 4. Сравнение подходов сегментации 21
Выводы 24
Заключение 25
Список литературы 26


Магнитно-резонансная томография (МРТ) является одним из ведущих методов для получения анатомо-топографической информации состояния органов человеческого организма. МРТ основан на явлении ядерного
магнитного резонанса. Премущество данного метода в сравнении с другими
методами диагностической визуализации – это возможность получения детального изображения мягких тканей, поэтому МРТ широко применяется
для визуализации структуры головного мозга, брюшной полости, отделов
позвоночника и т.д.
Сегментация МРТ-изображений является необходимой частью обработки исследований и активно развивается в настоящее время. Сегментация – это выделение областей интереса на изображении. Это могут быть
задачи выделения долей головного мозга, отдельных позвонков в позвоночнике, а также опухолевых образований в органах [13][14]. Сегментация
может проводиться различными методами: нейросетевые методы, методы
водораздела, текстурные и другие [14]. Данная проблема является одной
из актуальных задач обработки диагностических данных .
В настоящей работе рассматривается автоматическая сегментация
опухолевых образований на МРТ-изображениях головного мозга. В связи с все большей автоматизацией процессов обработки МРТ-изображений,
данная задача является актуальной, т.к автоматическая обработка позволит облегчить работу медицинских специалистов по обработке МРТизображений.
Автоматическая сегментация МРТ-изображений в данной работе производится сверточными нейронными сетями. Сверточные нейронные сети
моделируют работу нервных клеток живого организма при распознавании
образов. Данный тип нейронных сетей лучше всего подходит для обработки
изображений с большим разрешением. Основу нейронных сетей составляет операция свертки, которая применяется последовательно с добавлением нелинейных слоев (функций активации). Таким образом, получается
композиция функций или слоев с параметрами, которые можно оптимизировать, чтобы достичь наилучшего результата. Результатом сегментиро-
3вания является маска, показывающая, где на оригинальном изображении
расположена интересующая область. Конечно, если интересующая область
отсутствует на изображении, то возвращается пустая маска, т.е. обычное
черное изображение.
В первой главе описываются используемые данные для построения
моделей сегментации изображений, а также для построения моделей классификации изображений. Они представляют собой пары, состоящие из МРТизображения и маски нахождения опухоли. Вторая глава посвящена построению модели классификации. Рассматривается ряд архитектур сверточных нейронных сетей для классификации изображений. Исследуются
их особенности. Решается задача обучения нейронных сетей для работы
по классификации изображений. Производится ROC-анализ этих моделей
после обучения для определения наиболее подходящей нейронной сети для
решения задачи. Третья глава описывает нейросетевые модели, которые используются для сегментации изображений в данной работе. Описываются
особенности модели UNET и ее модификаций. Строится процесс обучения
моделей на тренивочных данных. Четвертая глава посвящена сравнению
различных подходов к сегментации. Применение моделей классификации и
сегментации позволяет построить ряд методов для сегментации образований на МРТ-изображениях. Алгоритм последовательного применения моделей классификации и сегментации может позволить улучшить точность
сегментации в сравнении с простым применением нейросети для сегментации.



Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь студентам в написании работ!


В ходе работы были выполнены все поставленные задачи. Рассмотрены архитектуры для классификации изображений. Реализованы нейросетевые модели классификатора для первичной обработки МРТ-изображений
и была произведена оценка их работы, выбрана наиболее удачная. Исследованы особенности архитектур UNET и ее модификаций. Данные модели
были обучены на рассмотренном датасете. Используя модели сегментации
и модель бинарной классификации, удалось построить двухэтапный подход
сегментации МРТ-изображений. Были построены сравнительные оценки
двухэтапного и одноэтапного подходов с применением оригинальной модели UNET и ее усовершенствований.
Основные результаты работы:
1. Построен одноэтапный алгоритм автоматической сегментации МРТ изображений.
2. Построен двухэтапный алгоритм автоматической сегментации с использованием классификатора.
3. Проведен анализ и сравнение разработанных алгоритмов.
Построенные алгоритмы могут быть полезны в обработке
МРТ-изображений при визуализации и исследовании опухолевых образований головного мозга.


[1] Ronneberger O. U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation / O. Ronneberger, P. Fischer , T. Brox // Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI). — 2015. — C.234-241.
[2] A Nested U-Net Architecture for Medical Image Segmentation. In: Stoyanov D. et al. (eds) Deep Learning in Medical Image Analysis and Multimodal Learning for Clinical Decision Support. DLMIA 2018, ML- CDS 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 11045. / Z. Zhou [et al.] // Springer, Cham. — 2018.
[3] Tan M. EfficientNet: Rethinking Model Scaling for Convolutional Neural Networks / M. Tan, Q. V. Le // CoRR. — 2019.
[4] He K. Deep Residual Learning for Image Recognition / K. He, X. Zhang, R. Shaoqing, J. Sun // CoRR. — 2015.
[5] Simonyan K. Very Deep Convolutional Networks for Large-Scale Image Recognition / K. Simonyan, A. Zisserman // CoRR. — 2014.
[6] Kaggle [Электронный ресурс]: URL: https://www.kaggle.com/ mateuszbuda/lgg-mri-segmentation (дата обращения: 15.05.2021).
[7] Pytorch [Электронный ресурс]: URL: https://pytorch.org/docs/stable/ index.html (дата обращения: 15.05.2021).
[8] Марусина, М.Я. Современные виды томографии / М.Я. Марусина,
А.О. Казначеева. — Санкт-Петербург: СПбГУ ИТМО, 2006. — 132с.
[9] Аббасов М.Э. Методы оптимизации / М.Э. Аббасов. — СПб: ВВМ, 2014. — 64 с.
[10] Гудфеллоу Я. Глубокое обучение / Я. Гудфеллоу. — Москва: ДМК Пресс, 2018. — 652 с.
[11] Segmenting brain tumors from FLAIR MRI using fully convolutional neural networks / [P. Lorenzo, J. Nalepa, B. Bobek-Billewicz та in.] // Computer Methods and Programs in Biomedicine. — 2019. — № 176. — C.135-148.
[12] Isin A. Review of MRI-based Brain Tumor Image Segmentation Using Deep Learning Methods / A. I§in, C. Direkoglu, M. §ah // Procedia Computer Science. — 2016. — № 102. — C.317-324.
[13] Despotovic, I. MRI Segmentation of the Human Brain: Challenges, Methods, and Applications [Electronic resource] / I. Despotovic,
B. Goossens, W. Philips // Computational and Mathematical Methods in Medicine. — 2015. — Vol. 2015. — Available from: https://doi.org/10.1155/2015/450341.
[14] MRI segmentation: Methods and applications / [L. Clarke, R. Velthuizen, M. Camacho та in.] // Magnetic Resonance Imaging. — 1995. — № 3. —
C. 343-368.
[15] Nalepa J. Data Augmentation for Brain-Tumor Segmentation: A Review / J. Nalepa, M. Direkoglu, M. Kawulok // Frontiers in Computational Neuroscience. — 2019. — № 13. — C.83.
[16] Ning X. Image Classification of Brain Tumors Using Improved CNN Framework with Data Augmentation / X. Ning, Z. Li, H. Pang // Mobile Computing, Applications, and Services. - 2020. - C.83-101
[17] Iglovikov V. TernausNet: U-Net with VGG11 Encoder Pre-Trained on ImageNet for Image Segmentation / V. Iglovikov, A. Shvets// CoRR. - 2018.


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.




©2024 Cервис помощи студентам в выполнении работ