Необходимость в исследовании белков и пептидов возникает при решении самых разных задач современной биологии, химии и медицины. Наиболее широко используемым методом их анализа является массспектрометрия.
На вход прибора, называемого масс-спектрометром, поступают ионизированные молекулы исследуемого белка или пептида. Далее они разделяются по отношению m/z массы к заряду, для определенного значения
m/z обладающие им ионы изолируются и фрагментируются. Информация о фрагментных ионах и их интенсивности записывается в так называемый тандемный, или МС/МС, масс-спектр.
В ходе проделанной работы был разработан прототип программной системы, позволяющей находить подтверждения гипотезам о типах
фрагментных ионов и наглядно визуализировать используемые ими пики. Далее планируется усовершенствовать предложенные методы и, тем
самым, расширить возможности системы и обеспечить удобство ее применения при решении практических задач.
[1] К. В. Вяткина. De novo секвенирование белков и пептидов: алгоритмы, приложения, перспективы.
[2] Kira Vyatkina, Si Wu, Lennard J. M. Dekker, Martijn M. VanDuijn, Xiaowen Liu, Nikola Tolic, Mikhail Dvorkin, Sonya Alexandrova,Theo M. Luider, Ljiljana Pasa-Tolic and Pavel A. Pevzner. De Novo Sequencing of Peptides from Top-Down Tandem Mass Spectra
[3] Xiaowen Liu, Yuval Inbar, Pieter C. Dorrestein, Colin Wynne, Nathan Edwards, Puneet Souda, Julian P. Whitelegge, Vineet Bafna and Pavel A. Pevzner Deconvolution and Database Search of Complex Tandem Mass Spectra of Intact Proteins
[4] Huseyin Guner, Patrick L. Close, Wenxuan Cai, Han Zhang, Ying Peng, Zachery R. Gregorich and Ying Ge MASH Suite: A User-Friendly and Versatile Software Interface for High-Resolution Mass Spectrometry Data Interpretation and Visualization.
[5] Chambers, M.C., MacLean, B., Burke, R., Amode, D., Ruderman, D.L., Neumann, S., Gatto, L., Fischer, B., Pratt, B., Egertson, J., Hoff, K., Kessner, D., Tasman, N., Shulman, N., Frewen, B., Baker, T.A., Brusniak, M.-Y., Paulse, C., Creasy, D., Flashner, L., Kani, K., Moulding, C., Seymour, S.L., Nuwaysir, L.M., Lefebvre, B., Kuhlmann, F., Roark, J., Rainer, P., Detlev, S., Hemenway, T., Huhmer, A., Langridge, J., Connolly, B., Chadick, T., Holly, K., Eckels, J., Deutsch, E.W., Moritz, R.L., Katz, J.E., Agus, D.B., MacCoss, M., Tabb, D.L. Mallick, P. Nature Biotechnology 30, 918-920 (2012).A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics.