Тип работы:
Предмет:
Язык работы:


Видоидентификация и молекулярная паспортизация фитопатогенных грибов природно-трансгенных растений рода Linaria

Работа №123461

Тип работы

Магистерская диссертация

Предмет

биология

Объем работы54
Год сдачи2018
Стоимость4900 руб.
ПУБЛИКУЕТСЯ ВПЕРВЫЕ
Просмотрено
65
Не подходит работа?

Узнай цену на написание


Введение
1. Обзор литературы
1.1. Т-ДНК агробактерий
1.2. Agrobacterium tumefaciens
1.3. Agrobacterium Rhizogenes
1.4. Природно-трансгенные растения
1.5. Linaria
1.6. Т-ДНК, вторичные метаболиты и устойчивость растений к болезням и вредителям
1.7. Фитопатогены
1.8. Систематика фомоидных грибов…
1.9. Молекулярные маркеры
1.9.1 Внутренний транскрибируемый спейсер
1.9.2.Ген белка гистона
1.9.3.Гены большой и малой рибосомальных субъединиц…
1.9.4.Ген тубулина
1.9.5.Ген актина
1.9.6.Фактор элонгации трансляции
1.10. Микросателлитные маркеры
2. Материалы и методы…
2.1. Материалы
2.2. Методы
3. Результаты и обсуждение
3.1. ДНК-штрихкодирование
3.2. Микросателлитные маркеры
Заключение
Выводы
Список литературы
Приложение


В лаборатории генной и клеточной инженерии в последние годы активно изучают природно-трансгенные растения. Это виды, в геномах которых обнаружены последовательности, гомологичные Т-ДНК Agrobacterium rhizogenes (называемые клеточной Т-ДНК или клТ-ДНК). Они описаны в пределах родов Nicotiana, Linaria и Ipomoea.
Хотя этот феномен обнаружен более 30 лет назад, до сих пор не известно, какие функции выполняет клТ-ДНК. В литературе обсуждают разные возможные ее функции, но наиболее вероятными считают влияние на регенерационный потенциал и устойчивость к фитопатогенам посредством изменения вторичного метаболизма.
Изучение роли клТ-ДНК в формировании устойчивости растения к болезням требует большой подготовительной работы, связанной с подбором генотипов растения, контрастных по наличию Т-ДНК, но с одинаковым генетическим фоном, а также фитопатогенов с различной вирулентностью в отношении растения.
Растения рода Linaria широко распространены в дикой природе, поэтому являются удобной моделью для изучения экологических функций клТ-ДНК. Однако, фитопатогены растений этого рода изучены не достаточно подробно, хотя уже сейчас известно, что среди них много фомоидных микромицетов. Соответственно, целью нашей работы была видоидентификация и молекулярная паспортизация изолятов фитопатогенов, выделенных с растений сем. Plantaginaceae и способных заражать льнянку.
В задачи работы входило:
- видоидентификация фитопатогенов при помощи ДНК-штрихкодирования с исползованием маркеров Beta-tubulin, ITS, LSU
- разработка микросателлитных маркеров для вида Boeremia exigua
- молекулярная паспортизация изолятов Boeremia exigua


Возникли сложности?

Нужна помощь преподавателя?

Помощь в написании работ!


В ходе работы было охарактеризовано 14 штаммов фитопатогенных грибов, из которых 9 образцов относятся к B. exigua, среди них было выявлено наибольшее вирулентных к льнянке изолятов. Кроме того, были видоидентифицированны такие широкораспространенные виды, как P. herbarum, T. roseum и P. Cucumerinа, который является слабым фитопатогеном растений рода Linaria и один узкоспециализированный вид H. novae verbascicola. Была создана коллекция на основе штаммов B. exigua, которая может имспользоваться в дальнейшем для изучения имунного ответа L. vulgaris при инокуляции этим патогеном. В результате подтверждены данные об обедненной микробиоте L. vulgaris.
В ходе работ по молекулярной паспортизации фитопатогенов рода Boeremia нами был предложен простой и удобный способ поиска последовательностей для разработки микросателлитных маркеров. С его помощью получено 8 маркеров, среди которых 5 оказались полиморфными. Этих маркеров оказалось достаточно, чтобы отличать изоляты 32.11, 32.13, 32.25, 32.78, 32.118, 17.82, 17.87 друг от друга.



Гомжина М.М., Проблемы идентификации грибов рода Phoma sensu lato в условиях чистой культуры, Вестник защиты растений 3(89) – 2016, 52-53
Губанов И. А., Иллюстрированный определитель растений Средней России. В 3 т. — М.: Т-во науч. изд. КМК, Ин-т технолог. иссл., 2004. Т. 3. Покрытосеменные (двудольные: раздельнолепестные). С. 181.
Лутова Л.А. Генетическая инженерия растений: свершения и надежды. Соросовский образовательный журнал, Том 6, №10, 2000.
Матвеева Т.В., Сокорнова С.В., Биологические особенности природно-трансгенных растений и их роль в эволюции, Физиология растений, 2017, том 64, № 5, с. 1–15
Полуэктова Е. В., Фитотоксические метаболиты гриба Paraphoma sp. ВИЗР 1.46 и перспективы их практического использования, диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук, ФГБНУ ВИЗР, 2015
Попкова К.В. Общая фитопатология, Общая фитопатология : учебник для вузов. 2-е изд., перераб. и доп. Дрофа 448 с.
Сокорнова С.В., Гасич Е.Л., Матвеева Т.В., Афонин А.Н. Микромицеты растений рода Linaria, содержащих в своем геноме Т-ДНК (2015) Микология и фитопатология, 49 (2): 140 - 145.
Сокорнова С.В., Гасич Е.Л., Бемова В.Д., Матвеева Т.В. Поиск и видовая идентификация патогенов природно-трансгенного вида Linaria vulgaris. Экологическая генетика. – 2018. – Т. 16. – № 1. – С. 27–34.
Хлесткина Е.К. Молекулярные маркеры в генетических исследованиях и в селекции. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2013, Том 17, № 4/2 С. 1044-1054.
Цицин Н.В., М.Атлас лекарственных растений СССР. Медгиз, 1962. С. 14-16. 702 с.
Aveskamp M.M., Gruyter de J., Woudenberg J.H.C., Verkley G.J.M. and Crous P.W. Highlights of the Didymellaceae: A polyphasic approach to characterise Phoma and related pleosporalean genera. Studies in Mycology 2010. Vol 65. P. 1–60.
Cherieta, Mancinib I., Seghiria R., Benayachea F. and Benayachea S.. Chemical constituents and biological activities of the genus Linaria (Scrophulariaceae). Natural Product Research, 2015.
Chen K, Otten L. Natural Agrobacterium Transformants: Recent Results and Some Theoretical Considerations. Front Plant Sci. 2017.
Chen Q, Jiang JR, Zhang GZ, et al. Resolving the Phoma enigma. Stud Mycol. 2015; 82:137-217.
Chen Q., Ke Zhang, Zhang G. & Cai l., A polyphasic approach to characterise two novel species of Phoma (Didymellaceae) from China, Phytotaxa 197 (4): 267–281, 2015.
Dangre D.M., Dnyaneshwar P. R., Aniket K. G. and Mahendra K. RaiAn in Silico Molecular Evolutionary Analysis of Selected Species of Phoma : A Comparative Approach, JPB, Vol.2, 2009.
De Gruyter J., Woudenberg J.H., Aveskamp M.M., Verkley G.J., Groenewald J.Z., Crous P.W.., Revised taxonomy of Phoma and allied genera, Stud Mycol. 2013; 75(1):1-36
Fründt C., Meyer A.D., Ichikawa T., Meins F. Jr., A tobacco homologue of the Ri-plasmid orf13 gene causes cell proliferation in carrot root discs, Mol Gen Genet. 1998; 259(6):559-68.
Garnica S., Schön M.E., Abarenkov K., Riess K., Liimatainen K., Niskanen T., Dima B., Soop K., Frøslev T.G., Jeppesen T.S., Peintner U., Kuhnert-Finkernagel R., Brandrud T.E., Saar G., Oertel B., Ammirati J.F. , Determining threshold values for barcoding fungi: lessons from Cortinarius (Basidiomycota), a highly diverse and widespread ectomycorrhizal genus. FEMS Microbiol Ecol. 2016
Helfer A., Pien S., Otten L., Functional diversity and mutational analysis of Agrobacterium 6B oncoproteins. Mol Genet Genomics. 2002; 267(5):577-86.
Matveeva T.V.,Bogomaz D.I., Pavlova O.A.,Nester E.W. andLutova, L. A.(2012).Horizontal Gene Transfer from Genus Agrobacterium to the Plant Linaria in Nature. Mol.PlantMicrobeInteract. 25, 1542–1551.
Matveeva T. V. and Lutova L.A. Horizontal gene transfer from Agrobacterium to plants. Front Plant Sci. 2014; 5:326
Matveeva T.V., Sokornova S.V., Lutova L.A. Influence of Agrobacterium oncogenes on secondary metabolism of plants. Phytochem Rev. 2015; 14(3):541-554.
Nuenen M., de Ruffray P., Otten L., Rapid divergence of Agrobacterium vitis octopine-cucumopine Ti plasmids from a recent common ancestor, Mol Gen Genet. 1993; 240(1):49-57.
Rai MK, Tiwari VV, Irinyi L, Kovics GJ. Advances in Taxonomy of Genus Phoma: Polyphyletic Nature and Role of Phenotypic Traits and Molecular Systematics. Indian J Microbiol. 2013;54(2):123-128.
Shkryl Y.N., Veremeichik G.N., Bulgakov V.P., Tchernoded G.K., Mischenko N.P., Fedoreyev S.A., Zhuravlev Y.N., Individual and combined effects of the rolA, B, and C genes on anthraquinone production in Rubia cordifolia transformed calli. Biotechnol Bioeng. 2008 May 1; 100(1):118-25.
Smit S., Widmann J., Knight R., Evolutionary rates vary among rRNA structural elements. Nucleic Acids Res. 2007; 35(10):3339-54
Truong C., Mujic A.B., Healy R., Kuhar F., Furci G., Torres D., Niskanen T., Sandoval-Leiva P.A., Fernández N., Escobar J.M., Moretto A., Palfner G., Pfister D., Nouhra E., Swenie R., Sánchez-García M., Matheny P.B., Smith M.E.. How to know the fungi: combining field inventories and DNA-barcoding to document fungaldiversity. New Phytol. 2017 May;214(3):913-919
Tautz D., Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers, Nucleic Acids Res. 1989 Aug
Yahr R., Conrad L. Schoch and Bryn T. M. Dentinger, Scaling up discovery of hidden diversity in fungi: impacts of barcoding approaches, Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2016 Sep 5;


Работу высылаем на протяжении 30 минут после оплаты.




©2025 Cервис помощи студентам в выполнении работ